Bakteriella nedre luftvägsinfektioner-provtagning

Hoppa till: navigering, sök

Till innehållsförteckningen för Referensmetodik: Nedre luftvägsinfektioner, 2:a upplagan 2005



Innehåll

Bakteriologisk diagnostik- indikation, provtagning, bedömning och svarsrutiner - Allmänt

Som framg√•tt av tidigare avsnitt √§r diagnostiken vid nedre luftv√§gsinfektioner m√•ngfacetterad med flera olika typer av provtagningsalternativ och tekniska f√∂rfaranden involverade. Olika provtagningsstationer och m√∂jliga m√•lbakterier beskrivs. Under rubriken ‚ÄĚIndikation och bakgrund‚ÄĚ presenteras m√∂jligheter och begr√§nsningar samt i f√∂rekommande fall tolkningsproblem. D√§refter ges konkreta provtagningsanvisningar och under laboratoriediagnostik h√§nvisningar till separata tekniska avsnitt. Ett s√•dant √§r ‚ÄĚAllm√§n odling‚ÄĚ som √§r aktuell i m√•nga fall. F√∂r riktad diagnostik h√§nvisas till motsvarande avsnitt under resp. mikroorganism. Slutligen diskuteras specifik bed√∂mningsproblematik.

Beträffande transportlådor lämnar arbetsgruppen inga generella rekommendationer. I övrigt hänvisas till Packa provet rätt. [1]


B 1 Svalg

Allmän (B.1.1) eller riktad odling (B.1.2) från svalg är inte aktuell vid NLI.


B1.3 Nukleinsyrabaserad diagnostik

Målbakterier

Indikation och bakgrund

Prov kan tas från svalg för påvisande av svårodlade bakterier med PCR-teknik. För mer detaljerad information, se under respektive mikroorganism.

Provtagning

  • Provtagningsmateriel. Transportk√§rl
    • Icke kolad rayon (spunnen cellulosa)-f√∂rsedd provtagningspinne (Copan, Brescia, Italien).
    • PCR-buffert (TRIS-buffert, 0,01 M, pH 7,0 +- 0,05).
  • Provtagningsf√∂rfarande
    • Skrapa bakre svalgv√§ggen s√• att celler fr√•n slemhinnan kommer med. Stoppa ner pinnen i s√§rskild PCR-buffert. Observera att st√∂rst k√§nslighet erh√•lls med prov fr√•n bakre svalgv√§ggen. F√∂r optimal analysk√§nslighet kan nasofarynx- och svalgprovspinnar nedf√∂ras i samma r√∂r med PCR-buffert (TRIS-buffert, 0,01 M, pH 7,0 +- 0,05).

Förvaring/ Transport

F√∂rvaras och transporteras kylt, 2-8 ¬įC. Provet f√•r ej frysas.

Laboratoriediagnostik

Nukleinsyrapåvisning, se vidare under aktuellt agens.

Bedömning och svarsrutiner

Se under respektive mikroorganism.


B 2. Nasofarynx

B 2.1 Allmän odling

Målbakterier

Hos patienter med särskild frågeställning, se Bedömning och svarsrutiner, även fynd av nedanstående bakterier vid allmän odling:

Indikation och bakgrund

Alternativt prov vid diagnostik av samhällsförvärvad pneumoni hos vuxna. Relativa indikationer för nasofarynxprov är långvarig kikhosteliknande hosta hos barn som komplement vid diagnostik av pertussis samt vid exacerbationer av kronisk bronkit.

Nasofarynx utg√∂r en egen ekologisk nisch med specifik mikroflora. Friska barn upp till sju √•rs √•lder √§r i 80-100 % (den h√∂gre siffran g√§ller dagisbarn) koloniserade i nasofarynx med potentiella luftv√§gspatogener, d.v.s. S. pneumoniae, H. influenzae, M. catarrhalis, S. pyogenes eller mer s√§llan meningokocker och stafylokocker. D√§rf√∂r √§r allm√§n odling fr√•n nasofarynx knappast meningsfull vid diagnostik av nedre luftv√§gsinfektioner hos barn i dessa √•ldrar. D√§remot √§r friska vuxna mer s√§llan koloniserade, hos endast ca 5 % √•terfinns s√•dana bakterier i nasofarynx. Vid pneumokockpneumoni hos vuxna har nasofarynxodling d√§rf√∂r mycket h√∂g specificitet (80-97 %) men sensitiviteten √§r relativt l√•g, ca 30 %. Provet √§r √§nd√• indicerat eftersom det √§r b√•de enkelt och billigt. F√∂r andra bakteriespecies, t.ex. H. influenzae och M. catarrhalis, √§r relevansen av fynd vid nasofarynxodling oklar.

Fynd av luftvägspatogener i nasofarynx hos patienter med akut exacerbation av KOL kan ge vägledning vid eventuell antibiotikaterapi, även om data saknas beträffande sensitivitet/specificitet.

Nasofarynxprov kan tas vid långvarig kikhosteliknande hosta hos barn med frågeställningen förekomst av M. catarrhalis. Av samma skäl är det lämpligt att komplettera pertussisodling med allmän odling av nasofarynxsekret.

Provtagning

  • Provtagningsmateriel. Transportk√§rl
    • Provtagningsset med kolat transportmedium (fabrikat Copan, Brescia, Italien referenssubstrat).
  • Provtagningsf√∂rfarande

Patientens huvud skall vara något bakåtlutat, vilket lättast åstadkoms genom att provtagaren håller sin hand bakom patientens nacke. För försiktigt provtagningspinnen längs med botten på ena näsgången till bakre svalgväggen. Låt pinnen om möjligt vara kvar 15 sekunder för att suga upp sekret. Stoppa ner pinnen i transportmediet.

  • F√∂rvaring/ Transport
    • F√∂rvaras och transporteras kylt, 2- 8 ¬įC. Provet f√•r ej frysas.

Laboratoriediagnostik

Aerob odling. Val av medier, atmosfär, temperatur och inkubationstid, se tabell 4.

Bedömning och svarsrutiner

Se ‚ÄĚBed√∂mning av odlingsfynd ‚Äď allm√§n odling‚ÄĚ.

Fynd av målbakterier rapporteras alltid, oavsett om dessa isolerats som renkulturer eller i blandflora. Staphylococcus aureus svaras ej rutinmässigt, endast vid särskild klinisk frågeställning såsom sinuit eller om provet kommer från en patient med cystisk fibros. Pseudomonas aeruginosa rapporteras vid fynd hos patienter med cystisk fibros. Prediktiviteten är dock ej så hög för nedre luftvägsinfektion eftersom olika stammar kan kolonisera de övre respektive nedre luftvägarna.

Riklig v√§xt av Enterobacteriaceae kan rapporteras, exempelvis med kommentaren ‚ÄĚAntibiotikaeffekt?‚ÄĚ. D√• Neissera meningitidis f√∂rekommer i den normala floran rapporteras fynd endast vid renkultur eller dominerande v√§xt i blandfloror. Fynd rapporteras ocks√• om epidemiologiska uppgifter (prov fr√•n milit√§rf√∂rl√§ggning eller liknande, meningit, smittsp√•rning) f√∂religger p√• remissen. Fynd som rapporteras kan kommenteras med ‚ÄĚNeisseria meningitidis kan vara orsak till luftv√§gsinfektion‚ÄĚ.


B 2.2 Riktad odling

Målbakterier

Indikation och bakgrund

Klinisk misstanke på kikhosta. Smittspårning.

Vid pertussis kan Bordetella pertussis (eventuellt B. parapertussis) p√•visas i nasofarynxsekret. Ju tidigare i sjukdomsf√∂rloppet provet tas, desto st√∂rre √§r chansen att p√•visa bakterierna. Specificiteten √§r d√§rvid mycket h√∂g medan sensitiviteten knappast √∂verstiger 50 % och √§r l√§gre hos immuniserade. Nasofarynxaspirat tolereras v√§l s√• bra som pinnprov och har h√∂gre sensitivitet √§n dessa. Aspirat anges d√§rf√∂r som referensmetod. (Hallander et al, 1993, se avsnitt om Bordetella pertussis och parapertussis under bakterier associerade med specifika tillst√•nd). F√∂r optimal sensitivitet kan upprepade nasofarynxprov tas.

Provtagning

  • Provtagningsmateriel. Transportk√§rl
    • Aspirat
    • Babyfeedingkateter storlek 8/sugkateter (M√ľlly).
    • Handvakuumpump (Nalgene Company, Rochester, N.Y.); alternativt 5 mL injektionsspruta.
    • Set f√∂r nasofarynxaspirat (trakealsugset, Nunc, Roskilde, Danmark).
    • Ca 1 mL fysiologisk koksaltl√∂sning.
    • Sterilt r√∂r f√∂r provtransport.

Provtagningsförfarande

Aspirat: F√∂r in sugkatetern genom ena n√§sborren l√§ngs n√§sh√•lans botten mot bakre svalgv√§ggen. Applicera sug +- 2 och dra ut katetern. Flusha katetern med 1,0 mL steril PBS (eller 0,9 % NaCl). Uppsamlad v√§tska transporteras till lab.

Pinnprov: För försiktigt provtagningspinnen längs med botten på ena näsgången till bakre svalgväggen. Låt pinnen om möjligt vara kvar 15 sekunder för att suga upp sekret. Stoppa ner pinnen i charcoaltransportmedium.

Förvaring/ Transport

Förvaras och transporteras i rumstemperatur. Provet får ej frysas.

Laboratoriediagnostik

Aspirat i sterilt rör/kärl.

  • Homogenisera inneh√•llet genom att vortexa minst 30 s. eller v√§nda det f√∂rslutna r√∂ret n√•gra g√•nger.
  • √Ėppna r√∂ret och ta material med eng√•ngsplastpipett, 100 őľL till varje platta. F√∂rslut r√∂ret.
  • Inokulera och inkubera medier. Val av medier, atmosf√§r, temperatur och inkubationstid, se tabell 5 och under Bordetella pertussis.

Sekret pinnprov i transportrör

Bedömning och svarsrutiner

Se under Bordetella pertussis.

B 2.3 Nukleinsyrabaserad diagnostik


Indikation och bakgrund

Prov kan tas från nasofarynx/svalg för påvisande av svårodlade bakterier med PCR-teknik. För mer detaljerad information, se under respektive mikroorganism.

Provtagning

  • Provtagningsmateriel. Transportk√§rl
    • Nasofarynxpinne(Copan, CP184 c, Brescia, Italien).
    • PCR-buffert (TRIS-buffert, 0,01 M, pH 7,0 +- 0,05).
  • Provtagningsf√∂rfarande
    • Patientens huvud skall vara n√•got bak√•tlutat, vilket l√§ttast √•stadkoms genom att provtagaren h√•ller sin hand bakom patientens nacke. F√∂r f√∂rsiktigt provtagningspinnen l√§ngs med botten p√• ena n√§sg√•ngen till bakre svalgv√§ggen. L√•t pinnen om m√∂jligt vara kvar 15 sekunder f√∂r att suga upp sekret. Stoppa ner pinnen i s√§rskild PCR-buffert.

Förvaring/ Transport

F√∂rvaras och transporteras kylt, 2- 8 ¬įC. Provet f√•r ej frysas.

Laboratoriediagnostik

Se under respektive mikroorganism.

Bedömning och svarsrutiner

Se under respektive mikroorganism

Observera att störst känslighet erhålles med prov från bakre svalgväggen. För optimal analyskänslighet kan nasofarynx- och svalgprovspinnar nedföras i samma rör med PCR-buffert (TRIS-buffert, 0,01 M, pH 7,0 +- 0,05).

B 3 Sputum

B 3.1 Allmän odling

Målbakterier

Hos patienter med särskild frågeställning, vid cystisk fibros, immunsupprimerade patienter, alkoholister och/eller då nosokomial smitta kan misstänkas, även fynd av nedanstående bakterier vid allmän odling. Se även riktad odling.


Målbakterier vid särskild frågeställning

Indikation och bakgrund

Undersökning av sputum med representativitetsbedömning och kvantitativ odling är grundläggande för mikrobiologisk diagnostik av nedre luftvägsinfektioner, i första hand vid samhällsförvärvad pneumoni som kräver sjukhusvård. Prov kan också tas för bedömning av mikrobiell kolonisering vid exempelvis cystisk fibros.

Det skall observeras att bara drygt h√§lften av patienter med pneumoni kan producera representativa sputa, vilket begr√§nsar metodens anv√§ndbarhet. I vissa fall n√§r patienten inte kan producera sputum kan s√• kallat ‚Äúinducerat‚ÄĚ sputum taget med hj√§lp av sjukgymnast f√∂rs√∂kas. Ofta f√∂redras dock bronkoskopisk provtagning i dessa situationer. Vissa patienter producerar enbart icke-purulenta sputa. Detta f√∂rekommer framf√∂rallt hos immunsupprimerade patienter med l√•gt antal vita blodceller men √§ven vid fall av pneumkockpneumoni, varf√∂r det √§r tillr√•dligt inom denna patientgrupp att inte tv√§tta men alltid odla √§ven s√•dana prov som makroskopiskt och vid granskning av direktpreparatet bed√∂mts som icke-purulenta.

Svalgfloran i orofarynx inneh√•ller ca 10^6 CFU/mL och sputumprover blir alltid mer eller mindre kontaminerade med bakterier fr√•n denna. M√§ngden kontaminanter √§r d√§rvid av samma storleksordning som den av sjukdomsframkallande bakterier i infektionsh√§rden (ca 10^5 ‚Äď 10^8 CFU/mL). Grad av kontamination avg√∂rs indirekt genom mikroskopisk granskning av gramf√§rgat direktpreparat av sputum. Proportionen epitelceller fr√•n orofarynx och inflammatoriska celler fr√•n infektionsh√§rden √§r avg√∂rande. Om provet √§r purulent enligt granskning av preparatet, i kombination med kvantitativ odling med en cutoff-niv√• f√∂r luftv√§gspatogener p√• 10^8 CFU/L (10^5 CFU/mL) anses analysen ha en specificitet p√• ca 90 % och en sensitivitet p√• 60‚Äď85 %.

Tv√§ttning av sputum s√§gs reducera m√§ngden kontaminerande flora > 99 %.

Direktpreparat och odlingar fr√•n patienter med purulent excacerbation av kronisk bronkit √§r sv√•rtolkade eftersom floran ofta √§r polymikrobiell. √Ąven vid fall av nosokomial pneumoni f√∂religger tolkningssv√•righeter p√• grund av att de sjukdomsframkallande bakterierna ofta √§r identiska med de som f√∂rekommer i svalgfloran. I s√•dana fall rekommenderas invasiva diagnostiska metoder.

Det är oftast inte meningsfullt att odla sputa från patienter som står på antibiotika, såvida inte terapisvikt föreligger. Däremot kan sådana prover användas för antigendetektion avseende t.ex. pneumokocker eller hemofilus.

Vid unders√∂kning av 95 konsekutiva sputumodlingar vid V√§ster√•slaboratoriet bed√∂mdes 47 (49,5 %) av dessa vara representativa f√∂r nedre luftv√§garna och ytterligare 15 (15,8 %) tveksamt representativa. Vanligaste bakteriefynd var H. influenzae (n=18) f√∂ljt av P. aeruginosa och S. pneumoniae (n=7 isolat vardera). Av alla sputumprover i serien var 61 tagna i sluten v√•rd, varav 32 (52,5 %) representativa. Av resterande 34 prov tagna p√• sjukhusens mottagningar eller i √∂ppen v√•rd var 15 (44 %) representativa, p>0,1.

Provtagning

  • Provtagningsmateriel. Transportk√§rl
    • Sputum uppsamlas i steril plastburk utan tillsats och placeras i ytterburk/hylsa.
  • Provtagningsf√∂rfarande
    • Upphostat sputumprov b√∂r om m√∂jligt tas innan antibiotikabehandling inleds. Patienten instrueras att f√∂rs√∂ka hosta upp ett prov fr√•n djupa luftv√§garna. Representativt material erh√•lles l√§ttast p√• morgonen direkt n√§r patienten vaknar. Tillblandning av material fr√•n √∂vre luftv√§garna kan minimeras om patienten f√∂re provtagningen sk√∂ljer munnen med vatten efter det att eventuell protes tagits ut. Om patienten har sv√•rt att hosta upp material, b√∂r provet tas med hj√§lp av sjukgymnast.

Inducerat sputumprov erh√•lles b√§st under och efter 10-20 min inandning av nebuliserad 3 % koksaltl√∂sning. Nebulisator b√∂r nebulisera minst 2 mL v√§tska/min och ge en partikelstorlek av 1-10 őľm. Noggrann munhygien √§r viktig f√∂re provtagning!

Förvaring/ Transport

F√∂rvaras och transporteras kylt, 2-8 ¬įC. Provet f√•r ej frysas.

Laboratoriediagnostik

Direktmikroskopi och allmän kvantitativ odling av representativa sputa är referensmetod. Prov bedöms avseende purulens. Tvättning med kranvatten av purulenta sputa ingår i referensmetoden. Oavsett makroskopisk purulens skall samtliga sputumprov representativitetsbedömas genom mikroskopi av gramfärgat preparat.


Representativitetsbedömning

  • Mikroskopi
    • F√∂r att bakteriologisk odling av sputumprov skall vara meningsfull, m√•ste provet vara representativt f√∂r de djupa luftv√§garna. Huruvida detta √§r fallet, konstateras genom mikroskopering.

Bedömning och svarsrutiner

Fynd av signifikanta mängder av målbakterier (cirka 10^8 CFU/L sputum) anges med mängd. Svaret kompletteras med bedömning av mikroskopi. Fynd av målbakterier i lägre koncentration svaras efter särskild medicinsk bedömning.

B 3.2 Riktad odling

B 3.2.1 Legionella spp

Målbakterier

Indikation och bakgrund

Legionella-pneumoni b√∂r misst√§nkas hos patienter med samh√§llsf√∂rv√§rvad allvarlig pneumoni, s√§rskilt efter resa, vid terapisvikt med beta-laktamantibiotika, vid samtidiga gastrointestinala symtom, myalgier, immunsuppression eller alkoholmissbruk. Legionella b√∂r uteslutas vid nosokomial pneumoni. Bara drygt 40 % av patienterna med Legionella-pneumoni producerar sputa, varf√∂r invasiva diagnostiska metoder ofta blir aktuella.

Provtagning

  • Provtagningsmaterial. Transportk√§rl
    • Se allm√§n odling 3.1.
  • Provtagningsf√∂rfarande
    • Se allm√§n odling 3.1.

Vid Legionella-infektioner kan BAL-material vara att föredra.

Förvaring/ Transport

Se allmän odling 3.1.

Laboratoriediagnostik

Se tabell 5 under Legionella.

Bedömning och svarsrutiner

Se under Legionella.


B 3.2.2 Frågeställning vid cystisk fibros

Målbakterier

Indikation och bakgrund

Odlingen är indicerad hos patienter med cystisk fibros eller annan defekt i immunsystemet som drabbar luftvägarna.

Provtagning

  • Provtagningsmateriel. Transportk√§rl
    • Se allm√§n odling 3.1.
  • Provtagningsf√∂rfarande
    • Se allm√§n odling 3.1.

Förvaring/ Transport

Se allmän odling 3.1.

Laboratoriediagnostik

Se Tabell 5 under respektive målbakterie.

Bedömning och svarsrutiner

Se under respektive målbakterie.

B 3.2.3 Nocardia asteroides, Actinomyces israelii m.fl. hos immunsupprimerade patienter

Målbakterier

Indikation och bakgrund

Odlingen är indicerad hos immunsupprimerade patienter, eller vid särskild frågeställning. Vid immunbristtillstånd kan även andra organismer som Rhodococcus equi, Cryptococcus m.fl.vara aktuella.

Provtagning

  • Provtagningsmaterial. Transportk√§rl
    • Se allm√§n odling 3.1.
  • Provtagningsf√∂rfarande
    • Se allm√§n odling 3.1.

Förvaring/ Transport

Se allmän odling 3.1.

Laboratoriediagnostik

se tabell 5 under resp. organism.

Bedömning och svarsrutiner

Se under resp. organism.

B 3.2.4 Mykobakterier

Se under mykobakterier, Speciell del.


B 3.3 Nukleinsyrabaserad diagnostik

Målbakterier

Indikation och bakgrund

Prov kan tas från sputum för påvisande av svårodlade bakterier med teknik för nukleinsyrapåvisning. För mer detaljerad information, se under respektive mikroorganism.


Provtagning

  • Provtagningsmaterial. Transportk√§rl
    • Se allm√§n odling 3.1.
  • Provtagningsf√∂rfarande
    • Se allm√§n odling 3.1.

För Mycoplasma pneumoniae, Chlamydophila pneumoniae rekommenderas prov från svalg för Bordetella pertussis nasofarynxsekret.

Förvaring/ Transport

Se allmän odling 3.1.

Laboratoriediagnostik

Nukleinsyrapåvisning, se under resp mikroorganism.

Bedömning och svarsrutiner

Se under respektive mikroorganism.


B 4 Prov via bronkoskop

Allmänt

Provmaterialet kommer vanligen till laboratoriet antingen som sekret p√• skyddad borste eller som sk√∂ljv√§tska ‚Äď bronkoalveol√§rt lavage (BAL). Det senare kan f√∂rdelas p√• flera olika typer av unders√∂kningar. En j√§mf√∂relse mellan dessa tillv√§gag√•ngss√§tt avseende bakteriologisk odling visar n√•got b√§ttre siffror f√∂r BAL (tabell 3). Provmaterial kan ocks√• komma som transbronkial biopsi (se nedan) eller som bronksk√∂ljv√§tska och bronksekret.


Lufttabell3.jpg


Direktmikroskopi av BAL-sekret och skyddad borste kan utf√∂ras, men metoden √§r inte standardiserad och kan d√§rf√∂r inte ing√• i en referensmetodik. Vissa f√∂rfattare anger cutoff niv√• f√∂r skivepitelceller p√• < 1 % relativt inflammatoriska celler f√∂r acceptabel kontaminationsniv√•. F√∂rekomst av intracellul√§ra bakterier i minst 2 ‚Äď25 % av polymorfk√§rniga leukocyter i giemsaf√§rgat preparat har ocks√• f√∂reslagits som indikativt f√∂r korrekt taget prov med positivt fynd. F√∂rdelen med direktmikroskopisk unders√∂kning av gram- eller giemsaf√§rgat direktsmear av skyddad borste och cytocentrifugerat BAL √§r m√∂jligheten till snabb definitiv eller presumptiv diagnos.

B 4.1 Skyddad borste

B 4.1.1 Allmän odling

Målbakterier

Indikation och bakgrund

Svår samhällsförvärvad pneumoni inkluderande fall av terapisvikt, i vissa situationer när patienten inte kan producera sputum, nosokomial pneumoni, särskilt ventilatorassocierad (VAP) samt pneumoni hos immunsupprimerad patient.

Vid provtagning nedförs bronkoskopet ofta genom näsan via svalget. Därvid är det ofrånkomligt att det kontamineras av orofaryngeal flora. Visserligen är tekniken vid provtagningen sådan att risken för kontamination av själva provet minskar, men det är avgörande för specificiteten att odlingen utförs kvantitativt. Det bör observeras att koncentrationen av sjukdomsframkallande bakterier i afficierade områden kan variera mellan 10^8 - 10^1^1 CFU/L (10^5 -10^8 CFU/mL).

Prov tas med skyddad borste via dubbellumenkateter som √§r ‚ÄĚpluggad‚ÄĚ under nedf√∂randet i bronktr√§det, vilket minskar omfattningen av kontamination. Borsten samlar ca 0,001‚Äď0,01 mL sekret, vilket inneb√§r att ca 10^3 bakterier p√• borsten motsvarar 10^8 -10^9 CFU/L (10^5 - 10^6 CFU/mL) luftv√§gssekret. Denna cutoff niv√• ger en specificitet p√• √∂ver 90 % och en sensitivitet p√• ca 80 % (Tabell 3).

Provtagning

  • Provtagningsmateriel. Transportk√§rl
    • Endoskopisk cytologiborste.
    • Sterilt r√∂r med 1 mL 0,9 % NaCl.
  • Provtagningsf√∂rfarande
    • F√∂r bakterieodling sker provtagningen via flexibelt bronkoskop med en endoskopisk cytologiborste. Borsten skyddas av en ytterkateter till dess borsten skjuts ut. Prov tas genom att borsten riktas mot/ut i en segmentbronk. Efter provtagning f√∂rs borsten √•ter in i katetern, som dras ut ur bronkoskopet. N√§r katetern tagits ur bronkoskopet m√•ste borsten skyddas f√∂r uttorkning. Tv√§tta kateterspetsen med sterilt vatten. Skjut ut borsten och klipp med steril sax ned denna i ett sterilt r√∂r med 1 mL 0,9 % NaCl.

Förvaring/ Transport

F√∂rvaras kylt 2-8 ¬įC till dess transport kan ske.

Laboratoriediagnostik

Referensmetodik för allmän bakteriologisk odling av material från skyddad borste är aerob och anaerob kvantitativ odling. Se vidare under laboratoriemetodik.

Bedömning och svarsrutiner

Se ‚ÄĚtekniskt avsnitt‚ÄĚ. Endast undantagsvis √§r diagnostik av Mycoplasma och Chlamydophila aktuell med PCR-baserad diagnostik.


B 4.1.2 Riktad odling

Målbakterier

Indikation och bakgrund

Se under respektive agens.

Provtagning

  • Provtagningsmaterial. Transportk√§rl
    • Se under allm√§n odling 4.1.1.
  • Provtagningsf√∂rfarande
    • Se under allm√§n odling 4.1.1.

Förvaring/transport

Se under allmän odling 4.1.1.

Laboratoriediagnostik

Se under respektive agens.

Bedömning och svarsrutiner

Se under respektive agens.

B 4.1.3 Nukleinsyrabaserad diagnostik

Målbakterier

Indikation och bakgrund

Prov kan tas med skyddad borste för påvisande av svårodlade bakterier med nukleinsyrabaserad teknik. För mer detaljerad information, se under respektive mikroorganism. Endast undantagsvis är diagnostik av Mycoplasma och Chlamydophila aktuell med PCR-baserad diagnostik på borstprov. Bronkoskopiska prov är lämpliga för PCR-baserad diagnostik av Legionella pneumophila.

Provtagning

  • Provtagningsmateriel. Transportk√§rl
    • Se allm√§n odling 4.1.1.
  • Provtagningsf√∂rfarande
    • Se allm√§n odling 4.1.1.

Förvaring/ Transport

Se allmän odling. 4.1.1

Laboratoriediagnostik

Nukleinsyrapåvisning, se under resp mikroorganism.

Bedömning och svarsrutiner

Se under resp mikroorganism.


B 4.2 Bronkoalveolärt lavage (BAL)

B 4.2.1 Allmän odling

Vad som gäller prov på skyddad borste gäller också BAL med de skillnader som anges nedan.

Indikation och bakgrund

Vid proceduren förs bronkoskopet ner så långt som möjligt i bronkträdet mot afficierat område, så att lumen helt ockluderas. Detta minskar betydligt risken för kontamination liksom utspädningseffekten av lavagevätskan.

Vid provtagningen späds också luftvägssekretet ut med en faktor 10-100.

Provtagning

  • Provtagningsmateriel. Transportk√§rl
    • Sterila plastr√∂r.
  • Provtagningsf√∂rfarande
    • Kan utf√∂ras p√• flera s√§tt. Oftast kilas bronkoskopspetsen fast i en segmentbronk i den afficierade lungdelen, varefter sk√∂ljning sker med 3 4x50 mL kroppsvarm 0,9 % NaCl. S√• mycket som m√∂jligt, i regel ca 100 mL, reaspireras och analyseras.

Laboratoriediagnostik

Referensmetodik för allmän bakteriologisk odling av BAL är aerob och anaerob kvantitativ odling.

Bedömning och svarsrutiner

Se ‚ÄĚBed√∂mning av odlingsfynd‚ÄĚ-tekniska avsnittet.


B 4.2.2 Riktad odling

Se skyddad borste B 4.1.2 och sputum B 3.2.


B 4.2.3 Nukleinsyrabaserad diagnostik

Se skyddad borste B 4.1.3.


B 4.3 Bronksekret samt bronksköljvätska (ej referensmaterial)

B 4.3.1 Allmän odling

Målbakterier

  • Se under B 4.1.1, skyddad borste.

Indikation och bakgrund

Vid proceduren förs bronkoskopet ner i bronkträdet mot afficierat område. Används ibland för diagnostik vid vanliga nedre luftvägsinfektioner. Bronksköljvätska ger ej skörd från lungvävnad såsom sker vid BAL.

Provtagning

  • Provtagningsmateriel. Transportk√§rl
    • Sterila plastr√∂r utan tillsats.
  • Provtagningsf√∂rfarande
    • Kan utf√∂ras p√• flera s√§tt. Prov tas i bronktr√§det nedom trakea utan att bronkoskopspetsen kilas fast i en segmentbronk, varefter sk√∂ljning sker med 10-20 mL kroppsvarm 0,9 % NaCl. Bronksekret aspireras direkt utan sk√∂ljning.

Förvaring/ Transport

F√∂rvaras och transporteras kylt, 2-8 ¬įC. F√•r ej frysas.

Laboratoriediagnostik

Referensmetodik för allmän bakteriologisk odling av bronksköljvätska är aerob och anaerob odling. Kvantifiering utförs ej.

Bedömning och svarsrutiner

Se ‚ÄĚBed√∂mning av odlingsfynd‚ÄĚ-tekniska avsnittet. Fynd av m√•lbakterier rapporteras alltid, oavsett om dessa isolerats som renkultur eller i blandflora.

B 4.4 Transbronkial biopsi (TBB) (ej referensmaterial)

Målbakterier

  • Se under B 4.1; Skyddad borste.


Indikation och bakgrund

Metoden används endast sparsamt på grund av risken för komplikationer vid provtagningen, främst blödning och pneumothorax. Det har dock visats vid pneumoni hos immunsupprimerade patienter att TBB taget tillsammans med BAL ökar den diagnostiska sensitiviteten med ca en tredjedel. Särskilt ökar sensitiviteten för etiologisk diagnos av invasiva svampinfektioner och herpesinfektioner. TBB används också för tidig upptäckt av komplikationer efter lungtransplantation.

  • Provtagningsmateriel. Transportk√§rl
    • Steril burk med lock eventuellt fuktad med sm√• m√§ngder steril 0,9 % NaCl.

Provtagning

För mikrobiologisk diagnos bör vävnad om minst 0,1 g tas.

Förvaring/ Transport

F√∂rvaras och transporteras kylt, 2-8 ¬įC. F√•r ej frysas.

Laboratoriediagnostik

Allm√§n aerob och anaerob bakteriologisk odling efter ‚ÄĚmortling‚ÄĚ av v√§vnadsbitar (se I 11 och under herpesvirus och Pneumocystis jiroveci).

Bedömning och svarsrutiner

Alla fynd svaras ut.


B 5 Trakealsekret (ej referensmaterial)

Målbakterier

Indikation och bakgrund

Icke bronkoskopiska metoder för att via sugkateter erhålla prov från nedre luftvägarna erbjuder vissa fördelar framför bronkoskopiska metoder. Risken för provtagningskomplikationer minskar, metoderna är billigare och framför allt mer lättillgängliga. Nackdelen är att man inte vet lokalisationen från vilket provet är taget. Trots detta används de frekvent vid diagnostik av framförallt ventilatorassocierad pneumoni på IVA-avdelningar.

Prov tas oftast genom kateter med trakealsugset. I vissa studier har kvantitativ odling av trakealsekret med cutoff nivå på 10^9 CFU/L sekret gett sensitivitet och specificitetsnivåer i paritet med skyddad borste. Andra studier anger dock betydligt sämre värden.

Av ins√§nda icke bronkoskopiska prover fr√•n nedre luftv√§garna, d.v.s. trakeala sugsekret fr√•n patienter p√• vuxen IVA i V√§ster√•s, bed√∂mdes 32 av 42 (76,2 %) utv√§rderingsbara prover mikroskopiskt som purulenta. Endast 5 av de 42 (11,9 %) proverna inneh√∂ll enbart epitel. Dominerande fynd i purulenta prov var Enterobacteriaceae (n=13), Candida species (n=8) och Stenotrophomonas maltophilia (n=6). I √•tta av proverna kunde inga viabla mikroorganismer p√•visas.


Provtagning

  • Provtagningsmateriel. Transportk√§rl
    • Trakeal-sugset; Sugkateter nr 12. Sterilt r√∂r.
  • Provtagningsf√∂rfarande
    • Kateterspetsen f√∂rs blint ned via kopplingsstycket mellan trakealtub och respirator (i f√∂rekommande fall) utan sugkraft. Nedf√∂rs f√∂rsiktigt tills det tar stopp. Dra den sedan l√•ngsamt upp√•t med roterande r√∂relser med sugkraft p√•. Uppsamlat bronksekret skickas till laboratoriet. Vid litet utbyte kan katetern sk√∂ljas ur i steril 0,9 % NaCl.

Förvaring/Transport

F√∂rvaras kylt, 2-8 ¬įC inf√∂r transport.

Laboratoriediagnostik

Kvantitativ aerob odling (odlas som otvättat sputumprov). Eventuellt kan direktmikroskopi utföras för bedömning av purulens och eventuella mikroorganismer.

Bedömning och svarsrutiner

Fynd av målbakterier och mängd besvaras.

B 6 Transtrakeal aspiration (TTA) och öppen perkutan lungbiopsi (ej referensmaterial)

Målbakterier

  • Se under B 4.1; Skyddad borste.

Indikation och bakgrund

Prov taget via bronkoskop f√∂redras i dag p√• grund av mindre risk f√∂r provtagningskomplikationer. √Ąnd√• kan andra invasiva metoder vara aktuella i vissa situationer. De karakteriseras s√§rskilt av sin h√∂ga specificitet, eftersom kontamination med svalgflora praktiskt taget helt undviks. Vid vissa avdelningar anv√§nds TTA som, r√§tt utf√∂rd, har en mycket h√∂g sensitivitet (n√§ra 99 %) och specificitet (93 ‚Äď100 %) vid cutoff-gr√§nsen 10^8 CFU/L. TTA kan kompliceras av bl√∂dning och pneumothorax.

√Ėppen lungbiopsi medger histologisk v√§vnadsdiagnos och √§r s√§rskilt anv√§ndbar vid CMV-diagnostik hos immunsupprimerade patienter. Anv√§nds ocks√• i s√•dana fall d√§r bronkoskopiska metoder ej givit definitiv diagnos. Perkutan lungaspiration har tidigare anv√§nts i n√•gon omfattning f√∂r diagnostik av pneumoni hos barn, men st√•r nu tillbaka f√∂r fiberbronkoskopiska provtagningsmetoder.

Aspiration av insprutad fysiologisk NaCl via perkutan lungpunktion √∂kade etiologiomf√•nget vid samh√§llsf√∂rv√§rvad pneumoni till 83 % fr√•n 50 % med konventionella metoder (blododling, sputumodling, serologi, nukleinsyra-p√•visning). Metoden √§r ej l√§mpad f√∂r rutinbruk p.g.a. viss risk f√∂r pneumothorax.

Provtagning =

  • Provtagningsmateriel. Transportk√§rl
    • Sterilt r√∂r.
  • Provtagningsf√∂rfarande
    • TTA Utf√∂rs endast n√§r andra metoder som bronkoskopi inte √§r m√∂jliga. Grov n√•l sticks i lokalanestesi genom krikoid-membranet i trakea. Sugkateter f√∂rs genom n√•len ner i trakeobronkioltr√§det. Sug appliceras. Eventuellt nedf√∂rs sm√• m√§ngder sterilt 0,9 % NaCl f√∂r att l√∂sa upp material.

Perkutan lungaspiration/biopsi. Utförs säkrast på respiratorvårdad patient.

Förvaring/ Transport

F√∂rvaras kylt, 2-8 ¬įC inf√∂r transport.

Laboratoriediagnostik

TTA. Allmän aerob och anaerob odling kan utföras kvantitativt och med representativitetsbedömning genom mikroskopi som för sputum. Nära samarbete mellan kliniker och lab förutsätts för optimering av metodologi.

Perkutan lungaspiration/biopsi. Biopsimaterial hanteras som beskrivs för transbronkial biopsi.

Bedömning och svarsrutiner

TTA besvaras enligt samma rutiner som för sputum. Perkutan lungaspiration/biopsi besvaras med samtliga fynd.

B 7 Pleurapunktat

Indikation och bakgrund

Provet lämpligt vid misstänkt empyem. Empyem kan ses som en direkt följd av pneumoni. Om bakterier kan isoleras från pleruavätska föreligger ett starkt stöd för att dessa är orsak till den bakomliggande pneumonin.

Provtagning

  • Provtagningsmateriel. Transportk√§rl
    • Punktionsspruta. Sterilt r√∂r, ev. blododlingsflaskor.
  • Provtagningsf√∂rfarande
    • Pleurav√§tska aspireras via en perkutan punktion, under sterila betingelser.

Transport

Bäst är att några mL av materialet sprutas ner i sterilt rör som omgående sänds till laboratoriet. Om transporten fördröjs rekommenderas att provet sprutas ned i blododlingsflaskor.

Laboratoriediagnostik

Allmän aerob och anaerob odling och direktmikroskopi.

Bedömning och svarsrutiner

Fynd vid mikroskopi och allmän odling rapporteras.


B 8 Blod

B 8.1 Blododling

Hos en patient med nedre luftv√§gsinfektion √§r fynd av bakterier i blododling ett mycket starkt st√∂d f√∂r att dessa bakterier √§r orsak till infektionen. Ca 10-15 % av alla patienter med pneumoni, som kr√§ver sjukhusv√•rd, har positiva blododlingar och f√∂r dem som har pneumokockpneumoni √§r motsvarande siffra 20-25 %. Eftersom blododling √§r tekniskt okomplicerad, och ett positivt fynd √§r av stort v√§rde, skall unders√∂kningen utf√∂ras vid alla fall av nedre luftv√§gsinfektion d√§r sjukhusv√•rd blir aktuell. Blod f√∂r odling b√∂r tas √§ven fr√•n afebrila/hypoterma patienter, d√• det inte √§r ovanligt att √§ldre och/eller sv√•rt sjuka patienter inte alls, eller sent i f√∂rloppet, reagerar med feber p√• infektionstimulus.

Provtagning

  • Provtagningsmateriel. Transportk√§rl
    • Aerob och anaerob blododlingsflaska.


Provtagningsförfarande

Prov tas i perifer ven. Fördela minst 20 mL blod i aerob och anaerob flaska. Från barn erhålles ofta mindre volymer. Speciella kommersiella flaskor för barn kan användas även om nyttan med dessa framför vuxenflaskor har ifrågasatts.

Förvaring/Transport

Efter provtagningen förvaras flaskor i rumstemperatur inför transport.

Laboratoriediagnostik

Blododling enligt I.4.

Bedömning och svarsrutiner

Enligt I 4.


B 8.2 Blod, antikroppsdetektion

Många mikrobiella agens som orsakar luftvägsinfektioner kan indirekt diagnostiseras genom påvisande av förändrade antikroppskoncentrationer i serum. Ofta krävs två prov, s.k. akut- och konvalescentserum, med minst 3-4 veckors mellanrum. Den kliniska nyttan av serologisk analys i akutskedet är begränsad, eftersom höga antikroppsnivåer i enstaka serumprov lätt kan felbedömas då förhöjda mätvärden kvarstår lång tid. Däremot bidrar parad serologi kombinerad med påvisning av mikroorganismen till ökad diagnostisk sensitivitet.

Provtagning

  • Provtagningsmateriel. Transportk√§rl
    • Vacutainerr√∂r utan tillsats eller microtainerr√∂r.
  • Provtagningsf√∂rfarande
    • Helblod (5-7 mL) via venpunktion tas i vacutainerr√∂r. Alternativt tas prov i microtainerr√∂r.

Förvaring/Transport

Prov s√§nds omg√•ende till laboratoriet, f√∂rvaras eljest i 2-8 ¬įC i avvaktan p√• transport. Prov √§r h√•llbara i kyl upp till 14 dagar.

Laboratoriediagnostik

Se resp. mikroorganism.

Bedömning och svarsrutiner

Se resp. mikroorganism.


B 9 Urin

Antigenpåvisning

Indikation

Vid infektioner orsakade av S. pneumoniae eller L. pneumophila sg 1 (referensmetod) kan bakteriens kapselpolysackaridantigen ibland påvisas i urinen med olika metoder. Det finns dock idag ingen tillräckligt känslig metod att rekommendera för analys av urin från alla patienter med pneumoni. Om det är mycket angeläget att fastställa en etiologisk diagnos kan, särskilt vid upprepad testning ytterligare patienter diagnostiseras genom påvisande av antigen i urinen. Detta är aktuellt särskilt vid nosokomial pneumoni eller hos antibiotikabehandlade patienter.

Provtagning

  • Provtagningsmateriel. Transportk√§rl
    • Sterilt plastr√∂r, eventuellt vacutainerr√∂r f√∂r urin (Obs! Ej borsyra i r√∂ret!).

Provtagningsförfarande

√Ėverf√∂r 5-10 mL urin till provtagningsr√∂ret.

Förvaring/Transport

Prov förvaras kylt i avvaktan på transport.

Laboratoriediagnostik

Se avsnitt om Legionella och pneumokocker.

Bedömning och svarsrutiner

Se avsnitt om Legionella och pneumokocker.


B 10 Obduktionsmaterial

Provtagning

  • Provtagningsmateriel. Transportk√§rl
    • L√•ga
    • alkohol absolut
    • sterila instrument: knivar, saxar, pincetter, hakar
    • eng√•ngssprutor+kanyler
    • sputumburk
    • blododlingsflaskor (aerob och anaerob)
    • sterila sprutproppar
    • objektglas
    • transportr√∂r med provtagningspinnar

Provtagningsförfarande

Provtagning skall f√∂retas som f√∂rsta moment vid obduktionen. Med h√§nsyn till kontaminationsrisk fr√•n tarmflora tas prov i ordningen: blod, lunga, mj√§lte njure. Huden p√• platsen f√∂r medellinjesnittet avtv√§ttas med sprit och flamberas. √Ėppna med sterila instrument.

Blod: Hjärtat frilägges in situ, och efter flambering av ytan aspireras blod genom punktion med steril spruta och sprutas till aerob och anaerob blododlingsflaska alternativt till sterilt rör.

Organdelar Inspektera respektive organ och flambera p√• ytan. Cirka hasseln√∂tsstora v√§vnadsstycken utsk√§res och ytsteriliseras genom att doppas i 96 % sprit, som d√§refter ant√§ndes (flambering). Varje v√§vnadsstycke l√§ggs f√∂r sig i sputumburk med ytterhylsa.

OBS! Ingen formalintillsats!

Material från exempelvis trakea, hjärnventrikel o.s.v. kan tas med provtagningspinne och transporteras i transportsubstrat. Material från slutna abscesser aspireras i spruta och transporteras i sprutan med påskruvad steril propp till laboratoriet. Om detta ej är praktiskt möjligt kontakta laboratoriet för vidare instruktioner.

Förvaring/Transport

I avvaktan på transport förvaras samtliga prover i kylskåp.

Laboratoriediagnostik

Allmän eller riktad odling beroende på aktuell frågeställning.

Bedömning och svarsrutiner

Fynd av bakterier i obduktionsmaterial måste alltid tolkas med försiktighet. Postmortal utsvämning av bakterier, även till blodbana förekommer. Fynd av luftvägspatogener i lungvävnad tillmäts dock högt diagnostiskt värde. Fynd besvaras efter särskild medicinsk bedömning.