Diagnostik av aeroba grampositiva, katalaspositiva stavar

Hoppa till: navigering, sök

Artikel sammanstÀlld och utvidgad frÄn andra artiklar i serien februari 2013.


Diagnostik av aeroba grampositiva, katalaspositiva stavar (koryneforma ”difteroida” stavar och aeroba aktinomyceter)

SmittÀmnen

I det följande beskrivs aeroba/fakultativt anaeroba grampositiva, katalaspositiva stavar som koryneforma (”difteroida”) stavar och aeroba aktinomyceter. Till gruppen grampositiva, katalaspositiva stavar hör ocksĂ„ Listeria med tvĂ„humanpatogena arter ( L. monocytogenes och L. ivanovii). Diagnostiken av de senare beskrivs i artikeln Listeria monocytogenes-hud och mjukdelar/CNS.

Koryneforma (”difteroida”) stavar

Till denna grupp rÀknas ett antal aeroba grampositiva, oftast katalaspositiva stavar. Gruppen omfattar genus Corynebacterium som i gramfÀrgade preparat uppvisar typisk kÀgelform (efter grekiskans coryne för klubba, kÀgla). Till gruppen rÀknas ocksÄ bakterier hörande till cirka 15 andra genera: Turicella, Arthrobacter, Brevibacterium, Dermabacter, Helcobacillus, Rothia, Exinobacterium, Oerskovia, Cellulomonas, Cellulosimicrobium, Microbacterium, Curtobacterium, Leifsonia, Arcanobacterium och Gardnerella. Dessa bakterier uppvisar olika stav- eller kockobacillÀra/kockoida former i gramfÀrgade preparat.


Nedan beskrivs kliniken för nÄgra av de mest kliniskt relevanta arterna

  • Genus Corynebacterium utgörs av mer Ă€n 80 olika bakteriearter, av vilka flera förekommer i hudens normalflora. Artidentifikation Ă€r vanligen svĂ„r och sĂ€llan kliniskt motiverad. De ses ofta som kontamination. Det Ă€r nödvĂ€ndigt med upprepade fynd för att sĂ€kerstĂ€lla relevans. Vissa arter har dock stor klinisk betydelse, och fynden motiverar dĂ„ att Ă„tgĂ€rder vidtas för artidentifikation. Hit rĂ€knas
    • Corynebacterium jeikeium (f.d. C. JK) ses oftast vid infektioner hos sjukhusvĂ„rdade patienter som under lĂ„ng tid behandlats med bredspektrumantibiotika. Bakterien Ă€r ofta antibiotikaresistent. Den kan ge sĂ„rinfektion, endokardit, septikemi och "frĂ€mmande kroppsinfektioner".
    • Corynebacterium urealyticum (tidigare C. D2). Vid urinvĂ€gsinfektion med denna bakterie ses ibland Ă€rtsoppsliknande illaluktande urin. Stenbildning Ă€r vanlig p.g.a. bakteriens ureasproduktion. Även sĂ„rinfektion, peritonit, och septikemi förekommer. Bakterien Ă€r ofta antibiotikaresistent.
    • Corynebacterium diphtheriae: se Corynebacterium diphtheriae/C. ulcerans
    • Corynebacterium psedotuberculosis: se Corynebacterium diphtheriae/C. ulcerans
    • Corynebacterium ulcerans: se Corynebacterium diphtheriae/C. ulcerans
  • Till andra bakterier inom genus Corynebacterium som förekommer i kliniska prover finns ett antal arter som kan komma i frĂ„ga för artbestĂ€mning. Hit hör C. amycolatum som hör till normal human hudflora. Bakterierna Ă€r det vanligaste fyndet av difteroid stav i kliniska prover. De Ă€r ofta multiresistenta. Andra vanliga koryneforma bakterier Ă€r C. macginley och C. striatum. C. glucuronolyticum hör till mannens uro-genitalflora. Kan ge bakteriemi. C. kroppenstedtii Ă€r ett ovaligt fynd, men har isolerats bland annat frĂ„n sputumprov, i lungbiopsier och bröstabscesser. C. pseudodiphtheriticum hör till normal svalgflora. VĂ€ldokumenterad orsak till pneumonier.
  • Bland övriga genus/arter inom gruppen kan sĂ€rskilt nĂ€mnas
    • Leifsonia aquatica (tidigare C. aquaticum) rĂ€knas som en vattenorganism. Ett fĂ„tal fall med humana infektioner finns beskrivna och inkluderar bakteriemi, endokardit, meningit, CAPD-peritonit och cellulit efter skada med högtryckstvĂ€tt.
    • Rothia dentocariosa Ă€r en grampositiv stav nĂ€ra beslĂ€ktad med aktinomyceterna. Den förekommer i övre luftvĂ€garna. De har beskrivits vid endokardit, bakteriemi och luftvĂ€gsinfektioner. R. mucilaginosa (tidigare Stomatococcus) Ă€r ofta kockoid. Den har associerats med fall av bakteriemi, endokardit, endoftalmit, infektioner utgĂ„ende frĂ„n CVK, pneumoni, och cervikal nekrotiserande fasciit.
    • Till human hudflora hör ocksĂ„ genus Arthrobacter, Brevibacterium, Dermabacter. Till bakterier med okĂ€nt ursprung eller som miljöbakterier rĂ€knas exempelvis genus Exiguobacterium, Oerskovia, Cellulomonas. De kan förekomma i olika infektioner hos mĂ€nniska i olika organsystem. Microbacterium skiljer sig frĂ„n övriga bakterier i gruppen genom att de flesta isolaten Ă€r gulpigmenterade.
    • Genus Arcanobacterium, se Arcanobacterium haemolyticum. Observera att bakterierna Ă€r katalasnegativa
    • Genus Gardnerella, se Bakteriell vaginos. Observera att bakterierna Ă€r katalasnegativa.

Aeroba aktinomyceter

Gruppen omfattar 16 olika bakteriegenus som tidigare ansÄgs nÀrbeslÀktade med de anaeroba bakterierna inom Actinomyces, men som numera sammanförs i en egen heterogen grupp av aeroba grampositiva och katalaspositiva stavar, mÄnga förgrenade. Kolonimorfologin Àr ofta distinkt och kan uppvisa olika typer av luftmycel. Till gruppen hör genus Actinomadura, Amycolata/Amycolatopsis, Dermatophilus, Dietzia, Gordonia, Nocardia, Nocardiopsis, Pseudonocardia, Rhodococcus, Saccharomonospora, Saccharopolyspora, Segniliparus, Streptomyces, Thermoactinomycetes, Tsukamurella och Williamsia. Flera av dessa genus innefattar ett större eller mindre antal enskilda arter, i mÄnga fall Àr deras etiologiska roll vid humana infektioner oklar. Actinomadura och Streptomyces har identifierats som etiologiska agens vid mycetom.

  • Nedan beskrivs ett antal genus/arter som kan sĂ€gas vara sĂ€rskilt viktiga.
    • Genus Nocardia: Nocardia species Ă€r grampositiva, "förgrenade" stavar som finns i jord och vatten. De kan ge opportunistiska infektioner (N. asteroides och N. brasiliensis), sĂ€rskilt hos individer med nedsatt immunförsvar, vanligen utgĂ„ende frĂ„n luftvĂ€garna. Vanligaste orsak till traumarelaterade mycetom. Se ocksĂ„ Nocardia.
    • Rhodococcus equi Ă€r en grampositiv stav som uppvisar slĂ€ktskap med bĂ„de korynebakterier och mykobakterier. Den förekommer i jord och vĂ€xter. R. equi har lĂ„g sjukdomsframkallande förmĂ„ga och orsakar infektioner (hudinfektion, pneumoni och septikemi) nĂ€stan uteslutande hos individer med nedsatt immunförsvar.


Se ocksÄ

Provtagning och transport

Provtagningen görs enligt angivna principer för respektive provtyp.

Laboratoriediagnostik

AllmÀnt

Koryneforma bakterier bör identifieras till artnivĂ„ i de fall de isoleras i prov frĂ„n normalt sterila omrĂ„den som blod, leder etc. Detta gĂ€ller inte om endast en enda flaska av flera blivit positiv, dĂ„ fynden sannolikt utgör förorening. Bakterierna primĂ€ridentifieras i relevanta situationer med typisk kolonimorfologi, utseende i gramfĂ€rgning och katalastest. Fenotypiska testbatterier som förtjĂ€nar att vara referensmetodik saknas ofta, men kommersiella brickor Ă€r ofta tillrĂ€ckligt bra för artdiagnostik med specificitet upp mot 90 %. De föreslĂ„r dessutom ofta additiva tester för ytterligare verifiering. Maldi-Tof Ă€r sannolikt anvĂ€ndbar i flera fall för artdiagnostik, men tillrĂ€cklig erfarenhet saknas Ă€nnu för entydig rekommendation av metoden som enda diagnostisk metod. Sekvensering av 16S rRNA Ă€r anvĂ€ndbar metodik.


Diagnostiken av aeroba aktinomyceter Àr komplicerad pÄ grund av den utomordentligt stora variationen i koloni- och cellmorfologi bÄde mellan-och inom arter. ArtmÄngfalden Àr ocksÄ mycket stor. Nocardia kan som regel fenotypas till genusnivÄ med tillgÀnglig fenotypisk metodik, men för sÀker artdiagnostik krÀvs ofta molekylÀrbiologisk sekvensering. Maldi-Tof anses tills vidare erfarenhet nÄs preliminÀrt vara tillrÀckligt specifik för att med sÀkerhet kunna ange ett antal arter. MolekylÀrbiologiska metoder Àr fortfarande enda metoder för definitiv diagnos, vilket gÀller sÄvÀl Nocardia som Rhodococcus.

Koryneforma bakterier

Difteri

Diagnostiken av C. diphtheriae, C. psedotuberculosis, och C. ulcerans beskrivs i artikeln Corynebacterium diphtheriae/C. ulcerans

Övriga koryneforma bakterier

  • Corynebacterium species vĂ€xer pĂ„ fasta standardsubstrat som blod-och hematin-agar med katalaspositiva vita, grĂ„-eller gulaktiga kolonier som ofta Ă€r torra. Glansiga eller mukoida kolonityper förekommer ocksĂ„. Vissa kolonier adhererar till agarn. Ofta svag vĂ€xt pĂ„ CLED-agar. Bakterierna vĂ€xer i blododlingsflaskor, men vissa arter, som Corynebacterium jeikeium, vĂ€xer lĂ„ngsamt och kan ibland producera endast smĂ„ mĂ€ngder CO2, vilket gör att de kan undgĂ„ upptĂ€ckt om inte subkultivering frĂ„n flaska görs.
  • GramfĂ€rgning av kolonimaterial ger besked om genustillhörighet eftersom Corynebacterium har sin typiska morfologi som saknas bland övriga genus i gruppen. Bakteriecellerna tenderar att i ligga i V-formationer och palissader.
  • C. jeikeium: VĂ€xer enbart aerobt med smĂ„ grĂ„vita kolonier. Diagnosen kan verifieras med API Coryne med tillĂ€ggstester eller annan kommersiell metod.
  • C. urealyticum Minimikriterier: lĂ„ngsamvĂ€xande, smĂ„ (pinpoint) glansiga kolonier pĂ„ blodagar. Korta grampositiva stavar, snabbt ureaspositiv. Oftast multipelt antibiotikaresistent. Diagnosen kan vid tveksamhet verifieras med API Coryne eller annan kommersiell metod.
  • C. amycolatum Diagnosen kan verifieras med API Coryne eller annan kommersiell metod.
  • Leifsonia aquatica: Kolonier blir gulfĂ€rgade vid förlĂ€ngd inkubering 3-4 dagar. Kan vara vankomycinresistent. Diagnosen kan verifieras med API Coryne eller annan kommersiell metod.
  • Rothia dentocariosa: Vita, ibland grĂ„-svarta ”ekerhjul”-formade kolonier. Ofta bĂ€ttre vĂ€xt i CO2. Diagnosen kan verifieras med API Coryne eller annan kommersiell metod.

Aeroba aktinomyceter

  • Direktmikroskopi: Kan göras pĂ„ sputum och aspirat frĂ„n olika organsystem. I gramfĂ€rgade preparat syns grampositiva stavar eller kockoida former med eller utan olika grad av förgreningar. Granula kan förekomma som vid aktinomykos.
  • Aeroba aktinomyceter vĂ€xer pĂ„ standardsubstrat som blod-och hematinagar i luft. Om misstanke föreligger vid odlingstillfĂ€llet (klinisk misstanke eller som följd av fynd vid direktmikroskopi) kan Saboraud-agar utan antibiotika och BCYE-agar ocksĂ„ anvĂ€ndas. FörlĂ€ngd inkubering upp till 10 dygn rekommenderas. BCYE inkuberas i 30 och 35 C i luft. Baktierna vĂ€xer bra i blododling, förlĂ€ngd inkubering 10 dygn rekommenderas.
  • PrimĂ€ridentifiering: Kolonimorfologi varierar mellan och inom arter. Vissa producerar gult eller orange pigment och vid förlĂ€ngd inkubering luftmycel som kan vara puderaktigt eller sammetsliknande.
  • GramfĂ€rgning: Nocardia uppvisar tunna förgrenade filament. Rhodococcus uppvisar kocko-bacillĂ€ra former.
  • Nocardia (N. asteroides och N. brasiliensis): se Nocardia
  • Streptomyces: Producerar liksom Nocardia luftmycel.


Se ocksÄ artikeln Maldi-Tof

Referensstammar (under utvÀrdering februari 2013)

  • Corynebacterium jeikeium CCUG 60381
  • Corynebacterium urealyticum CCUG 45302
  • Leifsonia aquatica CCUG 32739
  • Rothia dentocariosa CCUG 50219
  • Gardnerella vaginalis: CCUG 60143 A
  • Rhodococcus equi CCUG 54412

Svarsrutiner

Isolat frÄn normalt sterila lokaler identifieras och svaras ut. Fynd av koryneforma bakterier i enstaka blododlingsflaska av flera anses vara provtagningsförorening. Fynd av toxinbildande Corynebacterium diphtheriae, C. ulcerans eller C. pseudotuberculosis skall alltid svaras ut.

Eftersom koryneforma bakterier (utom de toxinbildande) kan Äterfinnas i normalfloran svaras de i övriga fall ut enbart om de Äterfinns i renkultur eller som dominerande vÀxt.

Eftersom aeroba aktinomyceter finns i miljön Àr enstaka odlingsfynd, som ofta Àr tecken pÄ förorening, svÄra eller omöjliga tolka. Isolatens roll som etiologiska agens stÀrks radikalt om misstÀnkta aktinomyceter pÄvisats i direktmikroskopi av patientprovet.

LaboratorieanmÀlan

Fynd av toxinbildande Corynebacterium diphtheriae, C. ulcerans eller C. pseudotuberculosis anmÀls som difteri enligt gÀllande falldefinitionen. Fynd av andra bakterier i den hÀr beskrivna gruppen Àr inte anmÀlningspliktiga.

Referensfunktioner

Ej utsedda

Författare och faktagranskare

  • Magnus Thore, SMI
  • Berndt Claesson, Skövde, faktagranskare

REFERENSER

  • Lowry, T.R., Brennan, J.A. Stomatococcus mucilaginosis infection leading to early cervical necrotizing fasciitis. 2005. Otolaryngol Head Neck Surg. 2005;132:658-660.
  • Stevenson, L., et al. Abstr. 109th Gen Meet Am Soc Microbiol 2009, abstr C-126 (Maldi aktino)
  • Funke, G., och Bernard, K.A. Coryneform gram-positive rods. In Man Clin Microbiol Eds: Versalovic and others, ASM. 2011; Chapter 26
  • Conville, P.S., och Witebsky, F.G. Nocardia, Rhodococcus, Gordonia, Actinomadura, Streptomyces, and other aerobic actinomycetes. In Man Clin Microbiol Eds: Versalovic and others, ASM. 2011; Chapter 27