Diagnostik av aeroba grampositiva, katalaspositiva stavar
Artikel sammanstÀlld och utvidgad frÄn andra artiklar i serien februari 2013.
InnehÄll
Diagnostik av aeroba grampositiva, katalaspositiva stavar (koryneforma âdifteroidaâ stavar och aeroba aktinomyceter)
SmittÀmnen
I det följande beskrivs aeroba/fakultativt anaeroba grampositiva, katalaspositiva stavar som koryneforma (âdifteroidaâ) stavar och aeroba aktinomyceter. Till gruppen grampositiva, katalaspositiva stavar hör ocksĂ„ Listeria med tvĂ„humanpatogena arter ( L. monocytogenes och L. ivanovii). Diagnostiken av de senare beskrivs i artikeln Listeria monocytogenes-hud och mjukdelar/CNS.
Koryneforma (âdifteroidaâ) stavar
Till denna grupp rÀknas ett antal aeroba grampositiva, oftast katalaspositiva stavar. Gruppen omfattar genus Corynebacterium som i gramfÀrgade preparat uppvisar typisk kÀgelform (efter grekiskans coryne för klubba, kÀgla). Till gruppen rÀknas ocksÄ bakterier hörande till cirka 15 andra genera: Turicella, Arthrobacter, Brevibacterium, Dermabacter, Helcobacillus, Rothia, Exinobacterium, Oerskovia, Cellulomonas, Cellulosimicrobium, Microbacterium, Curtobacterium, Leifsonia, Arcanobacterium och Gardnerella. Dessa bakterier uppvisar olika stav- eller kockobacillÀra/kockoida former i gramfÀrgade preparat.
Nedan beskrivs kliniken för nÄgra av de mest kliniskt relevanta arterna
- Genus Corynebacterium utgörs av mer Àn 80 olika bakteriearter, av vilka flera förekommer i hudens normalflora. Artidentifikation Àr vanligen svÄr och sÀllan kliniskt motiverad. De ses ofta som kontamination. Det Àr nödvÀndigt med upprepade fynd för att sÀkerstÀlla relevans. Vissa arter har dock stor klinisk betydelse, och fynden motiverar dÄ att ÄtgÀrder vidtas för artidentifikation. Hit rÀknas
- Corynebacterium jeikeium (f.d. C. JK) ses oftast vid infektioner hos sjukhusvÄrdade patienter som under lÄng tid behandlats med bredspektrumantibiotika. Bakterien Àr ofta antibiotikaresistent. Den kan ge sÄrinfektion, endokardit, septikemi och "frÀmmande kroppsinfektioner".
- Corynebacterium urealyticum (tidigare C. D2). Vid urinvĂ€gsinfektion med denna bakterie ses ibland Ă€rtsoppsliknande illaluktande urin. Stenbildning Ă€r vanlig p.g.a. bakteriens ureasproduktion. Ăven sĂ„rinfektion, peritonit, och septikemi förekommer. Bakterien Ă€r ofta antibiotikaresistent.
- Corynebacterium diphtheriae: se Corynebacterium diphtheriae/C. ulcerans
- Corynebacterium psedotuberculosis: se Corynebacterium diphtheriae/C. ulcerans
- Corynebacterium ulcerans: se Corynebacterium diphtheriae/C. ulcerans
- Till andra bakterier inom genus Corynebacterium som förekommer i kliniska prover finns ett antal arter som kan komma i frÄga för artbestÀmning. Hit hör C. amycolatum som hör till normal human hudflora. Bakterierna Àr det vanligaste fyndet av difteroid stav i kliniska prover. De Àr ofta multiresistenta. Andra vanliga koryneforma bakterier Àr C. macginley och C. striatum. C. glucuronolyticum hör till mannens uro-genitalflora. Kan ge bakteriemi. C. kroppenstedtii Àr ett ovaligt fynd, men har isolerats bland annat frÄn sputumprov, i lungbiopsier och bröstabscesser. C. pseudodiphtheriticum hör till normal svalgflora. VÀldokumenterad orsak till pneumonier.
- Bland övriga genus/arter inom gruppen kan sÀrskilt nÀmnas
- Leifsonia aquatica (tidigare C. aquaticum) rÀknas som en vattenorganism. Ett fÄtal fall med humana infektioner finns beskrivna och inkluderar bakteriemi, endokardit, meningit, CAPD-peritonit och cellulit efter skada med högtryckstvÀtt.
- Rothia dentocariosa Àr en grampositiv stav nÀra beslÀktad med aktinomyceterna. Den förekommer i övre luftvÀgarna. De har beskrivits vid endokardit, bakteriemi och luftvÀgsinfektioner. R. mucilaginosa (tidigare Stomatococcus) Àr ofta kockoid. Den har associerats med fall av bakteriemi, endokardit, endoftalmit, infektioner utgÄende frÄn CVK, pneumoni, och cervikal nekrotiserande fasciit.
- Till human hudflora hör ocksÄ genus Arthrobacter, Brevibacterium, Dermabacter. Till bakterier med okÀnt ursprung eller som miljöbakterier rÀknas exempelvis genus Exiguobacterium, Oerskovia, Cellulomonas. De kan förekomma i olika infektioner hos mÀnniska i olika organsystem. Microbacterium skiljer sig frÄn övriga bakterier i gruppen genom att de flesta isolaten Àr gulpigmenterade.
- Genus Arcanobacterium, se Arcanobacterium haemolyticum. Observera att bakterierna Àr katalasnegativa
- Genus Gardnerella, se Bakteriell vaginos. Observera att bakterierna Àr katalasnegativa.
Aeroba aktinomyceter
Gruppen omfattar 16 olika bakteriegenus som tidigare ansÄgs nÀrbeslÀktade med de anaeroba bakterierna inom Actinomyces, men som numera sammanförs i en egen heterogen grupp av aeroba grampositiva och katalaspositiva stavar, mÄnga förgrenade. Kolonimorfologin Àr ofta distinkt och kan uppvisa olika typer av luftmycel. Till gruppen hör genus Actinomadura, Amycolata/Amycolatopsis, Dermatophilus, Dietzia, Gordonia, Nocardia, Nocardiopsis, Pseudonocardia, Rhodococcus, Saccharomonospora, Saccharopolyspora, Segniliparus, Streptomyces, Thermoactinomycetes, Tsukamurella och Williamsia. Flera av dessa genus innefattar ett större eller mindre antal enskilda arter, i mÄnga fall Àr deras etiologiska roll vid humana infektioner oklar. Actinomadura och Streptomyces har identifierats som etiologiska agens vid mycetom.
- Nedan beskrivs ett antal genus/arter som kan sÀgas vara sÀrskilt viktiga.
- Genus Nocardia: Nocardia species Àr grampositiva, "förgrenade" stavar som finns i jord och vatten. De kan ge opportunistiska infektioner (N. asteroides och N. brasiliensis), sÀrskilt hos individer med nedsatt immunförsvar, vanligen utgÄende frÄn luftvÀgarna. Vanligaste orsak till traumarelaterade mycetom. Se ocksÄ Nocardia.
- Rhodococcus equi Àr en grampositiv stav som uppvisar slÀktskap med bÄde korynebakterier och mykobakterier. Den förekommer i jord och vÀxter. R. equi har lÄg sjukdomsframkallande förmÄga och orsakar infektioner (hudinfektion, pneumoni och septikemi) nÀstan uteslutande hos individer med nedsatt immunförsvar.
Se ocksÄ
Provtagning och transport
Provtagningen görs enligt angivna principer för respektive provtyp.
Laboratoriediagnostik
AllmÀnt
Koryneforma bakterier bör identifieras till artnivÄ i de fall de isoleras i prov frÄn normalt sterila omrÄden som blod, leder etc. Detta gÀller inte om endast en enda flaska av flera blivit positiv, dÄ fynden sannolikt utgör förorening. Bakterierna primÀridentifieras i relevanta situationer med typisk kolonimorfologi, utseende i gramfÀrgning och katalastest. Fenotypiska testbatterier som förtjÀnar att vara referensmetodik saknas ofta, men kommersiella brickor Àr ofta tillrÀckligt bra för artdiagnostik med specificitet upp mot 90 %. De föreslÄr dessutom ofta additiva tester för ytterligare verifiering. Maldi-Tof Àr sannolikt anvÀndbar i flera fall för artdiagnostik, men tillrÀcklig erfarenhet saknas Ànnu för entydig rekommendation av metoden som enda diagnostisk metod. Sekvensering av 16S rRNA Àr anvÀndbar metodik.
Diagnostiken av aeroba aktinomyceter Àr komplicerad pÄ grund av den utomordentligt stora variationen i koloni- och cellmorfologi bÄde mellan-och inom arter. ArtmÄngfalden Àr ocksÄ mycket stor. Nocardia kan som regel fenotypas till genusnivÄ med tillgÀnglig fenotypisk metodik, men för sÀker artdiagnostik krÀvs ofta molekylÀrbiologisk sekvensering. Maldi-Tof anses tills vidare erfarenhet nÄs preliminÀrt vara tillrÀckligt specifik för att med sÀkerhet kunna ange ett antal arter. MolekylÀrbiologiska metoder Àr fortfarande enda metoder för definitiv diagnos, vilket gÀller sÄvÀl Nocardia som Rhodococcus.
Koryneforma bakterier
Difteri
Diagnostiken av C. diphtheriae, C. psedotuberculosis, och C. ulcerans beskrivs i artikeln Corynebacterium diphtheriae/C. ulcerans
Ăvriga koryneforma bakterier
- Corynebacterium species vÀxer pÄ fasta standardsubstrat som blod-och hematin-agar med katalaspositiva vita, grÄ-eller gulaktiga kolonier som ofta Àr torra. Glansiga eller mukoida kolonityper förekommer ocksÄ. Vissa kolonier adhererar till agarn. Ofta svag vÀxt pÄ CLED-agar. Bakterierna vÀxer i blododlingsflaskor, men vissa arter, som Corynebacterium jeikeium, vÀxer lÄngsamt och kan ibland producera endast smÄ mÀngder CO2, vilket gör att de kan undgÄ upptÀckt om inte subkultivering frÄn flaska görs.
- GramfÀrgning av kolonimaterial ger besked om genustillhörighet eftersom Corynebacterium har sin typiska morfologi som saknas bland övriga genus i gruppen. Bakteriecellerna tenderar att i ligga i V-formationer och palissader.
- C. jeikeium: VÀxer enbart aerobt med smÄ grÄvita kolonier. Diagnosen kan verifieras med API Coryne med tillÀggstester eller annan kommersiell metod.
- C. urealyticum Minimikriterier: lÄngsamvÀxande, smÄ (pinpoint) glansiga kolonier pÄ blodagar. Korta grampositiva stavar, snabbt ureaspositiv. Oftast multipelt antibiotikaresistent. Diagnosen kan vid tveksamhet verifieras med API Coryne eller annan kommersiell metod.
- C. amycolatum Diagnosen kan verifieras med API Coryne eller annan kommersiell metod.
- Leifsonia aquatica: Kolonier blir gulfÀrgade vid förlÀngd inkubering 3-4 dagar. Kan vara vankomycinresistent. Diagnosen kan verifieras med API Coryne eller annan kommersiell metod.
- Rothia dentocariosa: Vita, ibland grĂ„-svarta âekerhjulâ-formade kolonier. Ofta bĂ€ttre vĂ€xt i CO2. Diagnosen kan verifieras med API Coryne eller annan kommersiell metod.
- Genus Arcanobacterium: se Arcanobacterium haemolyticum. Observera att bakterierna Àr katalasnegativa.
- Gardnerella vaginalis: se Bakteriell vaginos#SmittÀmnen och Bakteriell vaginos-provtagning. Observera att bakterierna Àr katalasnegativa.
Aeroba aktinomyceter
- Direktmikroskopi: Kan göras pÄ sputum och aspirat frÄn olika organsystem. I gramfÀrgade preparat syns grampositiva stavar eller kockoida former med eller utan olika grad av förgreningar. Granula kan förekomma som vid aktinomykos.
- Aeroba aktinomyceter vÀxer pÄ standardsubstrat som blod-och hematinagar i luft. Om misstanke föreligger vid odlingstillfÀllet (klinisk misstanke eller som följd av fynd vid direktmikroskopi) kan Saboraud-agar utan antibiotika och BCYE-agar ocksÄ anvÀndas. FörlÀngd inkubering upp till 10 dygn rekommenderas. BCYE inkuberas i 30 och 35 C i luft. Baktierna vÀxer bra i blododling, förlÀngd inkubering 10 dygn rekommenderas.
- PrimÀridentifiering: Kolonimorfologi varierar mellan och inom arter. Vissa producerar gult eller orange pigment och vid förlÀngd inkubering luftmycel som kan vara puderaktigt eller sammetsliknande.
- GramfÀrgning: Nocardia uppvisar tunna förgrenade filament. Rhodococcus uppvisar kocko-bacillÀra former.
- Nocardia (N. asteroides och N. brasiliensis): se Nocardia
- Rhodococcus equi : se Grampositiva stavar-diagnostiska minimikriterier
- Streptomyces: Producerar liksom Nocardia luftmycel.
Se ocksÄ artikeln Maldi-Tof
Referensstammar (under utvÀrdering februari 2013)
- Corynebacterium jeikeium CCUG 60381
- Corynebacterium urealyticum CCUG 45302
- Corynebacterium diphtheriae: se Corynebacterium diphtheriae/C. ulcerans
- Corynebacterium psedotuberculosis: se Corynebacterium diphtheriae/C. ulcerans
- Corynebacterium ulcerans: se Corynebacterium diphtheriae/C. ulcerans
- Corynebacterium amycolatum CCUG 56284
- Leifsonia aquatica CCUG 32739
- Rothia dentocariosa CCUG 50219
- Genus Arcanobacterium: se Arcanobacterium haemolyticum
- Gardnerella vaginalis: CCUG 60143 A
- Genus Nocardia: se Nocardia
- Rhodococcus equi CCUG 54412
Svarsrutiner
Isolat frÄn normalt sterila lokaler identifieras och svaras ut. Fynd av koryneforma bakterier i enstaka blododlingsflaska av flera anses vara provtagningsförorening. Fynd av toxinbildande Corynebacterium diphtheriae, C. ulcerans eller C. pseudotuberculosis skall alltid svaras ut.
Eftersom koryneforma bakterier (utom de toxinbildande) kan Äterfinnas i normalfloran svaras de i övriga fall ut enbart om de Äterfinns i renkultur eller som dominerande vÀxt.
Eftersom aeroba aktinomyceter finns i miljön Àr enstaka odlingsfynd, som ofta Àr tecken pÄ förorening, svÄra eller omöjliga tolka. Isolatens roll som etiologiska agens stÀrks radikalt om misstÀnkta aktinomyceter pÄvisats i direktmikroskopi av patientprovet.
LaboratorieanmÀlan
Fynd av toxinbildande Corynebacterium diphtheriae, C. ulcerans eller C. pseudotuberculosis anmÀls som difteri enligt gÀllande falldefinitionen. Fynd av andra bakterier i den hÀr beskrivna gruppen Àr inte anmÀlningspliktiga.
Referensfunktioner
Ej utsedda
Författare och faktagranskare
- Magnus Thore, SMI
- Berndt Claesson, Skövde, faktagranskare
REFERENSER
- Lowry, T.R., Brennan, J.A. Stomatococcus mucilaginosis infection leading to early cervical necrotizing fasciitis. 2005. Otolaryngol Head Neck Surg. 2005;132:658-660.
- Stevenson, L., et al. Abstr. 109th Gen Meet Am Soc Microbiol 2009, abstr C-126 (Maldi aktino)
- Funke, G., och Bernard, K.A. Coryneform gram-positive rods. In Man Clin Microbiol Eds: Versalovic and others, ASM. 2011; Chapter 26
- Conville, P.S., och Witebsky, F.G. Nocardia, Rhodococcus, Gordonia, Actinomadura, Streptomyces, and other aerobic actinomycetes. In Man Clin Microbiol Eds: Versalovic and others, ASM. 2011; Chapter 27