Identifiering av bakterier i rutindiagnostik

Hoppa till: navigering, sök

Till innehÄllsförteckningen för Referensmetodik: Bakteriologisk diagnostik av infektioner i hud, mjukdelar, skelett och inre organ

och

Referensmetodik: Laboratoriemetoder


Identifiering av bakterier i rutindiagnostik

AllmÀnt

Korrekt identifiering av mikroorganismer i ett prov Àr av största betydelse för bedömningen av den kliniska och epidemiologiska relevansen samt för resistensbestÀmningen av fyndet. Ett flertal tekniker, med varierande tidsÄtgÄng och kostnad, finns tillgÀngliga. Adekvat taxonomisk nivÄ för rutinmÀssig identifiering av mikroorganismer avgörs av flera faktorer som kliniska data, provlokal och mikroorganismens patogenicitet. OmvÀxlande anvÀnds familj, genus, species eller gruppbeteckningsnivÄ, vilket framgÄr av texten. I rutindiagnostiken av patientprov har processtiden samt kostnaden en avgörande betydelse för val av identifieringsmetod. De observationer och tester som tillÀmpas syftar till att beskriva bakterien sÄ att den kan jÀmföras med andra tidigare identifierade bakterier.

Den fenotypiska identifieringen baseras primÀrt pÄ erfarenhet om de olika isolatens morfologiska utseende och eventuella lukt. NÀrmare genus/speciesbestÀmning sker via olika spÄrbara tester. För sÀllsynta, atypiska och speciella mikroorganismer (t.ex. de som omfattas av smittskyddslagen) krÀvs ofta kompletterande tester för korrekt identifiering.

I fall dÀr nÀrmare genus/speciesbestÀmning ej anses kliniskt nödvÀndig anvÀnds gruppbeteckningar baserade pÄ vÀxtsÀtt och kriterier nÀrmare definierade under resp. avsnitt.

För deskriptiva tolkningar av typ ”normalflora” behöver ofta inga identifieringstest utföras.

StÀllningstagande till diagnostisk nivÄ (gÀllande generellt metodval och Àven i det enskilda fallet) bestÀms av medicinskt ansvarig bakteriolog utifrÄn lokala erfarenheter och geografisk prevalens av olika mikroorganismer.

I förslaget till minimikriterier har arbetsgruppen valt identifieringstester som Àr allmÀnt förekommande i svensk praxis. Med minimikriterier menas de fenotypiska egenskaper som Àr praktiskt och taxonomiskt anvÀndbara för avsedd nivÄ och som Àr adekvata för identifiering i sitt kliniska sammanhang. De uppfyller ocksÄ de krav som stÀlls för artrelaterad resistensbestÀmning. De vanligaste patogenerna samt de bakterier som i mÄnga stycken betraktas som föga patogena vid rutinodlingar beskrivs pÄ de följande sidorna. För mer ovanliga eller svÄridentifierade isolat, hÀnvisas till sÀrskilt avsnitt i denna bok samt till referenslitteratur eller referenslaboratorium.

Vid validering av alternativ rutinidentifiering bör utvÀrderingen ske bÄde mot hÀr angivna tester och mot metodik som tillÄter full speciesidentifiering.


Identifieringsbegrepp

Genus/speciesbestÀmning

Kliniskt intressanta och vanligt förekommande isolat, angivna med objektiva (t.ex. biokemiska tester) och subjektiva (t.ex. utseende och lukt) fenotypiska minimikriterier för rutindiagnostik. Ex. Staphylococcus aureus och Enterococcus species.

Gruppbeteckning

Icke taxonomiskt begrepp inom rutinbakteriologin. Beteckning för en, ibland homogen och ibland heterogen, grupp av bakterier med vissa gemensamma objektiva (t.ex. mikroskopi, biokemiska tester) och/eller subjektiva (t.ex. utseende och luktfenotypiska) egenskaper. NÀrmare artidentifiering anses inte nödvÀndig i rutindiagnostik. Ex. Koagulasnegativa stafylokocker (KNS), alfastreptokocker och difteroida stavar.


VÀxtsÀtt

I flera fall anvĂ€nds begreppen aerob miljö, aerob bakterie, anaerob miljö etc. Begreppen syftar i första hand pĂ„ olika mikroorganismers vĂ€xtsĂ€tt i laboratoriemiljö i relation till syre. I aerob miljö Ă€r tillgĂ„ngen pĂ„ syre god (>20 %) och koldioxidhalten 0,03 %. I anaerob miljö Ă€r syrehalten starkt reducerad, under 1 %, samtidigt som koldioxid och vĂ€tgas justerats till ca 10% vardera. Anaerob miljö uppnĂ„s effektivast i anaerobbox, dĂ€r syrenivĂ„er under 0,1 % kan erhĂ„llas. I klockor med kommersiella gasgenererande system uppnĂ„s god anaerobios (syrenivĂ„er pĂ„ 0,5–1 %) inom nĂ„gon timme. Även i nedre delen av buljongrör dĂ€r mediet innehĂ„ller smĂ„ mĂ€ngder agar och reducerande substanser som tioglykollat och cystein uppnĂ„s relativt god anaerobios t.o.m. i aerob miljö. I aeroba system föreligger oxiderande redoxförhĂ„llanden, vilket innebĂ€r att elektroner kan vandra till syre (elektronacceptor) som sĂ„lunda fungerar oxiderande. Man sĂ€ger att aerob miljö, genom syrets egenskaper, kĂ€nnetecknas av en hög redoxpotential, normalt mellan 50 – 75 mV mĂ€tt med syre-vĂ€te elektroder. I frĂ„nvaro av syre föreligger reducerande redoxförhĂ„llanden och lĂ„g redoxpotential, idealt ≀250 mV. I mikroaerofil miljö Ă€r syrehalten reducerad jĂ€mfört med aerob miljö, med syrenivĂ„ pĂ„ ca 7 % och koldioxidnivĂ„ pĂ„ ca 14 %.

Syntesen av makromolekyler krÀver tillgÄng till energi. Denna frigörs i aerob oxiderande miljö under elektronvandringen i den metabola elektrontransportkedjan, aerob respiration, med syre som terminal elektronacceptor. I anaeroba system kan energi inte frigöras i en elektrontransportkedja. I sÄdan miljö tillgodogör sig mikroorganismerna energi genom anaerob fermentation som Àr en direkt enzymatisk attack pÄ socker. Denna typ av metabolism Àr lÄngt mindre effektiv Àn den aeroba elektrontransporten vad avser mÀngden frigjord energi.

Vid aerob respiration bildas skadliga reaktiva komponenter som vÀteperoxid, superoxid och hydroxylradikaler. Aeroba bakterier skyddar sig mot dessa med olika enzymsystem som superoxiddismutas och katalas. De flesta anaeroba bakterier saknar sÄdana skyddande enzymer och dör i nÀrvaro av syre. Vissa aerotoleranta anaeroba bakterier skyddar sig med NADH-oxidas som med vÀtgas omvandlar syre till vatten.


Definitioner

Obligat (strikt) aerob

VÀxer bara vid god syretillgÄng med oxiderande redoxförhÄllanden (aerob miljö). Metabolism av typ aerob respiration, d.v.s. syre fungerar som terminal elektronacceptor. Exempel pÄ sÄdana organismer Àr Acinetobacter, Moraxella och Pseudomonas.

Obligat (strikt) anaerob

VĂ€xer bĂ€ttre i frĂ„nvaro av syre under reducerande redoxförhĂ„llanden (anaerob miljö) Ă€n i aerob miljö. Metabolism av typ anaerob fermentation. De flesta kliniskt relevanta obligat anaeroba bakterier Ă€r relativt toleranta mot syre och kan vĂ€xa vid syrenivĂ„er pĂ„ nĂ„gon eller t.o.m. nĂ„gra procent. Hit hör Bacteroides, Prevotella, Veillonella och Clostridium perfringens. Vissa arter, t.ex. Clostridium haemolyticum, vissa isolat av Prevotella melaninogenica Ă€r intoleranta Ă€ven mot smĂ„ restmĂ€ngder syre pĂ„ nivĂ„er frĂ„n 0,1 %. Propionibacterium acnes kan vĂ€xa vid endast lĂ€tt reducerad syrehalt i 5-10 % koldioxid. Vissa streptokockarter som metaboliserar med anaerob fermentation kan likvĂ€l vĂ€xa ocksĂ„ i aerob miljö. Dessa kallas ”aerotoleranta anaerober”.


Fakultativt anaerob

Kan vÀxa i aerob och anaerob miljö och vÀxlar dÀrvid mellan aerob respiration och anaerob fermentation. Exempel Àr stafylokocker, enterokocker, mÄnga streptokocker, Enterobacteriacae, Vibrio och Haemophilus.


Mikroaerofil

VÀxer bara i miljöer med reducerad syrehalt dÀr de dock anvÀnder aerob respiration. Exempel Àr Campylobacter species.


Maldi-Tof

Se artikeln Maldi-Tof.