Coronavirus (SARS-CoV)

(Omdirigerad frÄn SARS)
Hoppa till: navigering, sök

Huvudartikel publicerad 2005, uppdaterad 2010


Till innehÄllsförteckningen för Referensmetodik: Nedre luftvÀgsinfektioner, 2:a upplagan 2005

och

Referensmetodik:Smittskyddslagens sjukdomar


Figur 15. Coronavirus. Foto:Kjell-Olof Hedlund, Smittskyddsinstitutet

SARS-coronavirus (SARS-CoV)

SmittÀmnen

Coronavirus Ă€r höljebĂ€rande RNA-virus med stor benĂ€genhet att förĂ€ndras genom mutationer och rekombinationer. Virus har fĂ„tt sitt namn pĂ„ grund av att utskott frĂ„n höljet ser ut som en ”corona” i elektronmikroskopet (figur 15). Coronavirus indelas i tre undergrupper, och det finns mĂ„nga coronavirus hos dĂ€ggdjur. De kan orsaka diverse svĂ„ra sjukdomar hos olika djurvĂ€rdar. Fram till 2003 kĂ€nde man endast till tvĂ„ coronavirus som drabbade mĂ€nniska, 229E och OC43. BĂ„da Ă€r vanlig orsak till övre luftvĂ€gsinfektion. I mars 2003 identifierades ett dittills helt okĂ€nt coronavirus hos patienter med svĂ„r akut respiratorisk sjukdom (SARS). Det döptes sĂ„ smĂ„ningom till SARS Coronavirus (SARS-CoV). Virus var genetiskt skilt frĂ„n tidigare identifierade coronavirus. Sannolikt har det sitt ursprung bland nĂ„got av de mĂ„nga smĂ„djur som sĂ€ljs pĂ„ matmarknader i södra Kina, men man vet inte exakt vilket. Virus verkar dĂ„ligt anpassat till humana celler, men under epidemin 2003 förĂ€ndrades det receptor-bindande proteinutskottet (spikeprotein; ”taggproteinet”) pĂ„ nĂ„gra mĂ„nader. Detta skedde sannolikt genom att en klon som var bĂ€ttre anpassad till receptorn pĂ„ mĂ€nskliga celler (angiotensin- converting enzym 2) selekterades. SARS-virus har inte identifierats hos mĂ€nniskor sedan 2004, och risken för spridning av virus frĂ„n 2003 anses nu vara över. Ny överföring frĂ„n djur till mĂ€nniska Ă€r dock inte utesluten. SARS ökade intresset för coronavirus, och 2004 identifierades ett nytt, humant coronavirus som ger luftvĂ€gsinfektion. Coronavirus Ă€r kĂ€nsliga för bl.a. vĂ€rme, lösningsmedel, detergens och formaldehyd, men relativt okĂ€nsligt för pH-förĂ€ndringar. Infekterat material kan vara smittsamt i flera dagar.

Patogenes och patofysiologi

Virus infekterar genom luftvÀgarna, och ger initialt upphov till en kortvarig viremi som orsakar feber och sjukdomskÀnsla. Efter nÄgra dagar till nÄgon vecka vidtar ibland en massiv och tilltagande virusreplikation i lungorna. Denna ger upphov till en intensiv immunologisk reaktion, som tyvÀrr ofta varit ineffektiv nÀr det gÀller att eliminera virus. Virus kan pÄvisas i lungmaterial sÄ lÀnge patienterna har akuta luftvÀgssymtom, och en överdriven immunreaktion tycks vara en del av patogenesen. Faktorer hos virus kan bidra till felreglering av immunsvaret, och intensiv forskning för att identifiera sÄdan virala patogenicitetsfaktorer pÄgÄr.

Symtom och klinisk bild

SARS har definierats av WHO, och Àr anmÀlningspliktig sjukdom i Sverige. Falldefinitionen enligt smittskyddslagen lyder:

  • En klinisk bild med hastigt pĂ„kommande hög feber, ofta med frysningar och frossa, och vistelse inom tio dagar före insjuknandet i ett av WHO definierat omrĂ„de med aktuell lokal smittspridning av sjukdomen (se FolkhĂ€lsomyndighetens hemsida www.folkhalsomyndigheten.se),

eller

  • nĂ€ra kontakt med ett fall av sjukdomen inom tio dagar före insjuknandet.

Kriterier för svÄr akut respiratorisk sjukdom (SARS) Àr f.ö. den kliniska bilden med hastigt pÄkommande hög feber, ofta (i ca 75 procent av fallen) med frysningar och frossa. LuftvÀgssymtom saknas eller Àr milda initialt. Ofta tillfrisknar patienten skenbart efter 3-5 dagar, för att efter ytterligare ett par dagar försÀmras, med lunginflammation och andningsinsufficiens som viktigaste symtom.

Andra symtom som kan ingĂ„ Ă€r hosta (ca 60 %), muskelvĂ€rk (60 %), huvudvĂ€rk (20-55 %), snuva (20 %), halsont (20 %), andnöd (20 %) yrsel och diarrĂ© i varierande omfattning i olika rapporter. Mortaliteten hos de drygt 8000 konstaterade fallen var under utbrottet 2003 11 %, men stigande mortalitet med stigande Ă„lder.

Epidemiologi

Under vÄren 2003 genomlevde vÀrlden en epidemi av ett nytt och till en början okÀnt luftvÀgsvirus, SARS. Totalt rapporterades 8096 fall varav 774 avlidna. De omrÄden som drabbades hÄrdast var Kina, Hongkong, Toronto i Kanada, Taiwan, Singapore och Vietnam.

SARS blev i maj 2004 klassad som allmĂ€nfarlig sjukdom i smittskyddslagen. SARS-liknande virus finns fortfarande bland smĂ„djur i södra Kina, och virus överfördes troligen ett par gĂ„nger frĂ„n djur till mĂ€nniska 2003. NĂ€rkontakt med smittade djur Ă€r den viktigaste förutsĂ€ttningen för att en ny epidemi ska uppkomma. De SARS-virus som spreds mellan mĂ€nniskor 2003 hade troligen lĂ„g smittsamhet, och stor smittdos var en förutsĂ€ttning för att sjukdomen skulle spridas. Virus verkar huvudsakligen spridas med droppsmitta, men fall av luftsmitta kan ha förekommit. Inkubationstiden Ă€r vanligen 2–5 (upp till 10 dagar). Smittsamheten Ă€r i normalfallet mycket lĂ„g eller ingen under inkubationsfas och tidig sjukdom. De svĂ„rast sjuka patienterna som kom till sjukhus utsöndrade mycket virus, och speciellt vĂ„rdpersonal och medpatienter blev smittade. Subklinisk infektion verkar vara mycket ovanlig. Vissa infekterade blev under epidemin ”superspridare”. Om detta berodde pĂ„ att de utsöndrade mycket virus eller ett mer humananpassat virus Ă€n andra Ă€r inte klarlagt, men man har kunnat följa lĂ„nga smittkedjor frĂ„n sĂ„dana personer. Efter juli 2003 har fyra smĂ„ SARS-utbrott konstaterats. Tre av dess har varit laboratoriesmitta. SARS-CoV vĂ€xer snabbt till mycket höga titrar i apnjureceller, och odling av virus stĂ€ller mycket stora krav pĂ„ biosĂ€kerhet.

Inget enda fall har rapporterats i Sverige.

Prevention

Förebyggande ÄtgÀrder Àr inriktade pÄ att undvika att smitta förs in i landet. Det Àr ocksÄ viktigt att upprÀtthÄlla beredskap för tidig upptÀckt av misstÀnkta fall och sÀkert handhavande av patienter och prov.

Provtagning

LÀmpliga provtagningsmaterial för mikrobiologiska undersökningar Àr nasofarynxaspirat för elektronmikroskopi, genamplifikation och cellodling. Feces, BAL-vÀtska, sputum, ögonsekret, blod och urin gÄr ocksÄ att analysera, frÀmst med genamplifikation. I sena publikationer har PCR-undersökning av feces visats vara vÀrdefullt Àven för tidigdiagnostik. Akut och konvalescentserum 1 mÄnad efter insjuknandet skickas för antikroppspÄvisning.

Laboratoriediagnostik

AllmÀnt

Patientmaterial kan ur smittspridningssynpunkt handhas i klass 2 utrymmen, men personalen ska bÀra skyddsklÀder och materialet handhas i skyddsbox. Virusodling pÄ material frÄn SARS-misstÀnkt patient mÄste utföras i skyddsklass 3+. Den definitiva SARS-diagnosen Àr en kriteriediagnos, och det finns ingen metod som verifierat nÀrvaro av SARS-CoV hos alla patienter som anmÀlts ha SARS. För att konfirmera diagnosen behövs flera undersökningsmetoder, och speciellt tidigdiagnostiken Àr svÄr. Virus kan finnas i nÀstan alla kroppsvÀtskor, men mÀngden Àr liten. Antikroppar blir ofta inte detekterbara förrÀn efter 1-2 veckor, och serologi ger föga hjÀlp vid tidigdiagnostik. Flera metoder bör anvÀndas för diagnostiken. Om en ny epidemi uppkommer och det diagnostiska behovet sÄ stort att flera laboratorier bör utföra diagnostiken Àr genamplifikation referensmetod. Metodval diskuteras nedan.

Referensmetod

Genamplifikation

Detta Ă€r den viktigaste metoden för detektion av SARS-CoV och ett flertal reverse transcription (RT)-PCR-metoder finns publicerade. Dessa inkluderar bĂ„de kvalitativa metoder med efterföljande agarosgelelektrofores, samt realtids RT-PCR-metoder som möjliggör kvantifiering av antalet genkopior i ett prov. För att kunna pĂ„visa SARS-CoV med RT-PCR i patientmaterial under de första dagarna av infektion krĂ€vs en metod med hög kĂ€nslighet. Med en av de publicerade realtids RT-PCR-metoderna (Poon et al., 2004a) har man med en modifiering av RNA-extraktionsmetoden (Poon et al., 2003) kunnat pĂ„visa SARS-CoV i 80 % av en samling nasofarynxaspirat (n=50) tagna dag 1-3 efter insjuknandet. I den aktuella metoden extraheras RNA frĂ„n 560 ”L provmaterial med QIAamp Viral RNA Mini Kit (Qiagen). KomplementĂ€rt cDNA syntetiseras dĂ€refter frĂ„n extraherat RNA med hjĂ€lp av random hexamers i en separat RT-reaktion. I den pĂ„följande realtids-PCRen anvĂ€nds primers och probe som Ă€r riktade mot en del av genomet (ORF 1b-regionen) som kodar för det virala RNA-polymeraset. Med denna metod kan man pĂ„visa 1 genkopia/reaktion, vilket motsvarar 28 genkopior/mL nasofarynxaspirat.

OvanstĂ„ende metod har Ă€ven vidareutvecklats till en enstegs RT-PCR, samt till en duplex enstegs RT-PCR med detektion av 18S ribosomalt RNA som intern kontroll i varje reaktion (Poon et al., 2004b). Med denna metod pĂ„visades SARS-CoV RNA i 96,6 % av nasofarynxaspiraten (n=29) tagna dag 1-3 efter insjuknandet. För prover tagna dag 4-9 efter insjuknandet (n=57) var motsvarande siffra 80,7 %.

Ingen i Sverige har haft tillgÄng till patientmaterial som möjliggjort klinisk prövning av de ovan beskrivna metoderna, vilka för nÀrvarande sannolikt Àr de mest optimala. WHO rekommenderar genamplifikation för SARS-diagnostik. Man rekommenderar inte nÄgon speciell metod, men anser att man bör vidta följande försiktighetsÄtgÀrder: Positiv kontroll, negativ kontroll, grÀnsvÀrdeskontroll och inhibitionskontroll ska finnas med i varje test. Minst tvÄ olika genamplifieringsmetoder ska vara positiva för sÀker diagnos, och resultatet bör konfirmeras vid nÄgot av WHOs referenslaboratorier. WHO tillhandahÄller kontrollsera för de laboratorier som sÄ önskar. En europeisk kvalitetsÀkringspanel har skickats avseende SARS-CoV.


Övrig diagnostik

a) Elektronmikroskopi

EM var en viktig metod för identifikation av SARS-CoV, och material frÄn misstÀnkta SARS-patienter undersöks vid FolkhÀlsomyndigheten med EM för snabbdiagnostik. Eftersom mÄnga förkylningar orsakas av andra coronavirus mÄste ett fynd av coronavirus alltid verifieras och virus typas.

b) Virusodling

Virus vÀxer bÀst pÄ VeroE6 (en apnjurecell). Om ingen cytopatogen effekt uppkommer besvaras odlingen negativ efter 10 dagar.

c) Serologi.

Man har huvudsakligen pÄvisat IgG antikroppar med serologi, och undersökningar avseende IgM har inte rapporterats ge tidigare diagnos. SÄvÀl ELISA som IF-teknik finns tillgÀngliga, och det finns Àven kommersiella ELISA-Kit. Samtiga metoder Àr relativt dÄligt utvÀrderade, delvis beroende pÄ bristen pÄ serummaterial. Vid FolkhÀlsomyndigheten anvÀnds IF-teknik med SARS-CoV-infekterade Vero-celler som antigen. De fem positiva sera som vi hittills fÄtt tillgÄng till har alla varit positiva med höga titrar.

97 % av SARS-infekterade personer har visats ha antikroppar mĂ€tbara med IF-teknik 4 veckor efter insjuknandet. I en ELISA-studie var medeltid innan seropositivitet uppkom 18 dagar, kortaste tiden 5 dagar och den lĂ€ngsta 47 dagar.

KvalitetssÀkring

WHO tillhandahÄller referensmaterial för genamplifikation. En Europeisk kvalitetssÀkringspanel för genamplifikation har distribuerats frÄn Hamburg.

Svarsrutiner

Text tillkommer

Laboratorierapportering

SARS Àr en anmÀlningspliktig sjukdom och klassificeras jÀmte smittkoppor som samhÀllsfarlig (Smittskyddslagen 2004:168).

AnmÀls enligt gÀllande falldefinition

Referensfunktioner

FolkhÀlsomyndigheten. Diagnostik sker i sÀkerhetslaboratoriet

REFERENSER och hemsidor

  • LĂ€nk till WHO
  • LĂ€nk till FolkhĂ€lsomyndigheten
  • Navas-Martin S. Weiss SR. 2004 Coronavirus replication and pathogenesis: Implications for the recent outbreak of severe acute respiratory syndrome (SARS), and the challenge for vaccine development [Review] Journal of Neurovirology. 10:75-85.
  • Barkham TMS. 2004.Laboratory safety aspects of SARS at biosafety level 2 [Review] Annals Academy of Medicine Singapore. 33:252-256.
  • Wang JT. Chang SC. 2004. Severe acute respiratory syndrome [Review] Current Opinion in Infectious Diseases. 17:143-148.
  • Peiris JSM. Yuen KY. Osterhaus ADME. Stohr K. 2003. Current concepts: The severe acute respiratory syndrome [Review] New England Journal of Medicine. 349:2431-2441.
  • Poon, L.L., Chan, K.H., Wong, O.K., Yam, W.C., Yuen, K.Y., Guan, Y., Lo, Y.M. and Peiris, J.S. 2003. Early diagnosis of SARS coronavirus infection by real-time RT-PCR. J Clin Virol 28, 233-8.
  • Poon, L.L., Chan, K.H., Wong, O.K., Cheung, T.K., Ng, I., Zheng, B., Seto, W.H., Yuen, K.Y., Guan, Y. and Peiris, J.S. 2004a. Detection of SARS coronavirus in patients with severe acute respiratory syndrome by conventional and real-time quantitative reverse transcription-PCR assays. Clin Chem 50, 67-72.
  • Poon, L.L., Wong, B.W., Chan, K.H., Leung, C.S., Yuen, K.Y., Guan, Y. and Peiris, J.S. 2004b. A one step quantitative RT-PCR for detection of SARS coronavirus with an internal control for PCR inhibitors. J Clin Virol 30, 214-7.
  • van der Hoek L. Pyrc K. Jebbink MF. Vermeulen-Oost W. Berkhout RJM. Wolthers KC. Wertheim-van Dillen PME. Kaandorp J. Spaargaren J. Berkhout B. 2004. Identification of a new human coronavirus. Nature Medicine. 10(4):368-373.