Bakteriell systematik-nomenklatur - Versionshistorik

Öjar Melefors: /* IT-kommunikation */

2014-01-16T09:52:01Z

IT-kommunikation

Magnus Thore: /* IT-kommunikation */

2009-11-18T10:01:11Z

IT-kommunikation

Magnus Thore: /* Namnens uppbyggnad */

2009-11-18T10:00:49Z

Namnens uppbyggnad

Magnus Thore den 11 november 2009 kl. 20.44

2009-11-11T20:44:16Z

Magnus Thore: Skapade sidan med '''Till innehållsförteckningen för Referensmetodik: Bakteriella infektioner i hud, mjukdelar, skelett och inre organ'' ---- == Systematik – Nomenklatur == === Allmä…'

2009-11-11T20:43:42Z

Skapade sidan med '''Till innehållsförteckningen för Referensmetodik: Bakteriella infektioner i hud, mjukdelar, skelett och inre organ'' ---- == Systematik – Nomenklatur == === Allmä…'

Ny sida

''Till innehållsförteckningen för [[Referensmetodik: Bakteriella infektioner i hud, mjukdelar, skelett och inre organ]]''

----

== Systematik – Nomenklatur ==

=== Allmänt ===

Det finns flera tusen olika bakterier, parasiter och svampar som alla har sina namn. Endast några hundra av dessa har emellertid kliniskt intresse och identifieras i diagnostiken vid de mikrobiologiska laboratorierna.

Vissa mikroorganismer är dock så ovanliga att man inte kan förvänta sig att de är allmänt kända av läkare och sköterskor i vården.
Följande avsnitt är tänkt som hjälp för att underlätta förståelsen av kommentarerna till de olika bakterierna, ovanligare laboratoriesvar är lämpliga att använda som stående svarskommentar (frasminne). Uppgifter om antibiotikakänslighet har ej inkluderats då resistensläget ofta kan variera och kommentarer, för att vara heltäckande, skulle bli alltför omfattande. Istället hänvisas till RAFs hemsida.

Nedanstående förteckning upptar bakterier som kan ha kliniskt intresse. För varje organism är namnet angivet tillsammans med eventuell synonym. Vidare anges om bakterien är grampositiv eller gramnegativ, dess naturliga förekomst samt sjukdomar den kan orsaka. För fullständighetens skull har även allmänt kända bakterier t.ex. ''Escherichia coli'' och ''Staphylococcus aureus'', inkluderats.

=== Namnens uppbyggnad ===

Mikroorganismers namn är uppbyggda på samma sätt som växters d.v.s. har ursprung i Linnés botaniska system från 1700-talet. En maskros heter t.ex. på latin ''Taraxacum vulgare''. I slutet av 1800-talet började man systematisera bakterienamn på ett likartat sätt. För några vanliga bakterier finns både svensk och latinsk benämning t.ex. pneumokocker vars korrekt vetenskapliga namn är Streptococcus pneumoniae. Majoriteten av bakterier har dock enbart latinsk benämning. Det är lämpligt att hålla sig till eller succesivt övergå till, de taxonomiskt korrekta namnen i så stor omfattning som möjligt för att undvika oklarheter eller missförstånd.

Korrekta bakterienamn är binominala d.v.s. består av två ord. De är på latin eller latiniserade och skrivs i vetenskapliga sammanhang med kursiverad stil (eller understruket i manuskript). I journaler kan man skriva med vanligt typsnitt. Vanligen har bakterienamnen sitt ursprung från latinet eller grekiskan, men även egennamn förekommer.

Det första namnet, stor begynnelsebokstav, betecknar genus och är ett substantiv eller substantiverat adjektiv t.ex. ''Streptococcus''. Förkortning till en bokstav t.ex. S. kan användas om ej oklarhet uppstår. Det andra namnet, liten begynnelsebokstav, är ett specificerande adjektiv t.ex. ''S. pneumoniae.'' Om inte "efternamnet" är känt kan benämningen species (förkortat sp i singularis och spp i pluralis) användas t.ex. ''Streptococcus'' species. Ibland förekommer ett tredje namn (trinomial form) för att beteckna subspecies eller biotyp, liten begynnelsebokstav t.ex. ''Staphylococcus cohnii'' subspecies ''urealyticum''. Däremot kursiveras inte exempelvis serotyp eller andra biovarianter som inte är subspecies.

Ett speciellt problem är att vissa mikroorganismer ibland byter namn. Detta sammanhänger med taxonomiska förändringar (= förändringar i klassifikation) där främst nya molekylärbiologiska och genetiska studier har visat på andra släktskap jämfört med vad man funnit med ursprungliga taxonomiska metoder.

=== IT-kommunikation ===

För att kunna kommunicera över språkliga, professionella och kulturella gränser krävs att de begrepp som används är definierade i en tillräcklig detaljnivå och att begreppen så långt som möjligt är entydiga. IT-kommunikation ökar detta krav och genom att nyttja ISO standard 7826-1 kan kodvärden (motsvarande "element" i C-NPU kodverkets syntax, se Forsum et al 2000) åsättas alla de begrepp som behövs för att beskriva bakterietaxonomi i maskinläsbar form utan att begreppen förvrängs.

*Definitioner för elementkoderna finns i följande:
**URL:http://www.atcc.org/SearchCatalogs/A_Bacteria.cfm
**http://www.nlm.nih.gov/mesh/2002/MBrowser.html
**http://www.nlm.nih.gov/research/umls/

Elementkoder, motsvarande för klinisk bakteriologi väsentlig bakterietaxonomi, har inkluderats i beskrivningen av bakterier nedan men kan också återfinnas i den Svenska versionen av C-NPU kodverket URL:http://www.lio.se/enheter/us/lab/mikrobiologen/index.asp och i sin generiska, engelskspråkliga, form, under URL:http://www.ifcc.org/divisions/SD/C-NPU.htm. Elementkoderna motsvarar alltså den definition som ges i ursprungskodverket. Detta innebär att de motsvarar begreppet typart i samma mening som begreppet typart används i ”Approved list of bacterial names, ASM 1989, Skerman V.B.D. et al.”. Typart, och dess elementkod, skall således uppfattas som en av bakteriologer världen över överenskommen typisk representant för en viss art. Om man önskar beskriva begrepp som bygger på ytterligare egenskaper (subtyper, delmängder mm) bör alltså ny elementkod skapas. I de fall som en professionellt godtagbar definition inte finns i dessa ursprungskodverk har elementkoder inom QU-serien åsatts elementet av C-NPU. I nedanstå¬ende förteckning av medicinskt relevanta bakterier finns således dels elementko¬der och dels en förklarande, pedagogisk text som kan brukas i laboratoriers kommunikation med användare.

== REFERENSER ==

*Forsum U, Olesen H, Frederiksen W, Persson B. Properties and units in the clinical laboratory sciences. VIII. Properties and units in clinical microbiology. Pure and Applied Chemistry 2000; 72: 555-745.
[[Kategori:Infektioner i hud, mjukdelar, skelett och inre organ]]

← Äldre version		Versionen från 16 januari 2014 kl. 09.52
Rad 37:		Rad 37:


−	Elementkoder, motsvarande för klinisk bakteriologi väsentlig bakterietaxonomi, har inkluderats i beskrivningen av bakterier nedan men kan också återfinnas i den Svenska versionen av C-NPU kodverket URL:http://www.lio.se/enheter/us/lab/mikrobiologen/index.asp och i sin generiska, engelskspråkliga, form, under URL:http://www.ifcc.org/~~divisions~~/SD/C-~~NPU.htm.~~ Elementkoderna motsvarar alltså den definition som ges i ursprungskodverket. Detta innebär att de motsvarar begreppet typart i samma mening som begreppet typart används i ”Approved list of bacterial names, ASM 1989, Skerman V.B.D. et al.”. Typart, och dess elementkod, skall således uppfattas som en av bakteriologer världen över överenskommen typisk representant för en viss art. Om man önskar beskriva begrepp som bygger på ytterligare egenskaper (subtyper, delmängder mm) bör alltså ny elementkod skapas. I de fall som en professionellt godtagbar definition inte finns i dessa ursprungskodverk har elementkoder inom QU-serien åsatts elementet av C-NPU. I nedanstående förteckning av medicinskt relevanta bakterier finns således dels elementkoder och dels en förklarande, pedagogisk text som kan brukas i laboratoriers kommunikation med användare.	+	Elementkoder, motsvarande för klinisk bakteriologi väsentlig bakterietaxonomi, har inkluderats i beskrivningen av bakterier nedan men kan också återfinnas i den Svenska versionen av C-NPU kodverket URL:http://www.lio.se/enheter/us/lab/mikrobiologen/index.asp och i sin generiska, engelskspråkliga, form, under
		+	URL:http://www.ifcc.org/ifcc-scientific-division/sd-committees/c-npu/
		+	Elementkoderna motsvarar alltså den definition som ges i ursprungskodverket. Detta innebär att de motsvarar begreppet typart i samma mening som begreppet typart används i ”Approved list of bacterial names, ASM 1989, Skerman V.B.D. et al.”. Typart, och dess elementkod, skall således uppfattas som en av bakteriologer världen över överenskommen typisk representant för en viss art. Om man önskar beskriva begrepp som bygger på ytterligare egenskaper (subtyper, delmängder mm) bör alltså ny elementkod skapas. I de fall som en professionellt godtagbar definition inte finns i dessa ursprungskodverk har elementkoder inom QU-serien åsatts elementet av C-NPU. I nedanstående förteckning av medicinskt relevanta bakterier finns således dels elementkoder och dels en förklarande, pedagogisk text som kan brukas i laboratoriers kommunikation med användare.

	== REFERENSER ==		== REFERENSER ==

← Äldre version		Versionen från 18 november 2009 kl. 10.01
Rad 37:		Rad 37:


−	Elementkoder, motsvarande för klinisk bakteriologi väsentlig bakterietaxonomi, har inkluderats i beskrivningen av bakterier nedan men kan också återfinnas i den Svenska versionen av C-NPU kodverket URL:http://www.lio.se/enheter/us/lab/mikrobiologen/index.asp och i sin generiska, engelskspråkliga, form, under URL:http://www.ifcc.org/divisions/SD/C-NPU.htm. Elementkoderna motsvarar alltså den definition som ges i ursprungskodverket. Detta innebär att de motsvarar begreppet typart i samma mening som begreppet typart används i ”Approved list of bacterial names, ASM 1989, Skerman V.B.D. et al.”. Typart, och dess elementkod, skall således uppfattas som en av bakteriologer världen över överenskommen typisk representant för en viss art. Om man önskar beskriva begrepp som bygger på ytterligare egenskaper (subtyper, delmängder mm) bör alltså ny elementkod skapas. I de fall som en professionellt godtagbar definition inte finns i dessa ursprungskodverk har elementkoder inom QU-serien åsatts elementet av C-NPU. I ~~nedanstå¬ende~~ förteckning av medicinskt relevanta bakterier finns således dels ~~elementko¬der~~ och dels en förklarande, pedagogisk text som kan brukas i laboratoriers kommunikation med användare.	+	Elementkoder, motsvarande för klinisk bakteriologi väsentlig bakterietaxonomi, har inkluderats i beskrivningen av bakterier nedan men kan också återfinnas i den Svenska versionen av C-NPU kodverket URL:http://www.lio.se/enheter/us/lab/mikrobiologen/index.asp och i sin generiska, engelskspråkliga, form, under URL:http://www.ifcc.org/divisions/SD/C-NPU.htm. Elementkoderna motsvarar alltså den definition som ges i ursprungskodverket. Detta innebär att de motsvarar begreppet typart i samma mening som begreppet typart används i ”Approved list of bacterial names, ASM 1989, Skerman V.B.D. et al.”. Typart, och dess elementkod, skall således uppfattas som en av bakteriologer världen över överenskommen typisk representant för en viss art. Om man önskar beskriva begrepp som bygger på ytterligare egenskaper (subtyper, delmängder mm) bör alltså ny elementkod skapas. I de fall som en professionellt godtagbar definition inte finns i dessa ursprungskodverk har elementkoder inom QU-serien åsatts elementet av C-NPU. I nedanstående förteckning av medicinskt relevanta bakterier finns således dels elementkoder och dels en förklarande, pedagogisk text som kan brukas i laboratoriers kommunikation med användare.
−
−

	== REFERENSER ==		== REFERENSER ==

← Äldre version		Versionen från 11 november 2009 kl. 20.44
Rad 1:		Rad 1:
−	''Till innehållsförteckningen för [[Referensmetodik: ~~Bakteriella~~ infektioner i hud, mjukdelar, skelett och inre organ]]''	+	''Till innehållsförteckningen för [[Referensmetodik: Bakteriologisk diagnostik av infektioner i hud, mjukdelar, skelett och inre organ]]''

	----		----

@@ Rad 19: / Rad 19: @@
 === Namnens uppbyggnad ===
-Mikroorganismers namn är uppbyggda på samma sätt som växters d.v.s. har ursprung i Linnés botaniska system från 1700-talet. En maskros heter t.ex. på latin ''Taraxacum vulgare''. I slutet av 1800-talet började man systematisera bakterienamn på ett likartat sätt. För några vanliga bakterier finns både svensk och latinsk benämning t.ex. pneumokocker vars korrekt vetenskapliga namn är Streptococcus pneumoniae. Majoriteten av bakterier har dock enbart latinsk benämning. Det är lämpligt att hålla sig till eller succesivt övergå till, de taxonomiskt korrekta namnen i så stor omfattning som möjligt för att undvika oklarheter eller missförstånd.
+Mikroorganismers namn är uppbyggda på samma sätt som växters d.v.s. har ursprung i Linnés botaniska system från 1700-talet. En maskros heter t.ex. på latin ''Taraxacum vulgare''. I slutet av 1800-talet började man systematisera bakterienamn på ett likartat sätt. För några vanliga bakterier finns både svensk och latinsk benämning t.ex. pneumokocker vars korrekt vetenskapliga namn är ''Streptococcus pneumoniae''. Majoriteten av bakterier har dock enbart latinsk benämning. Det är lämpligt att hålla sig till eller succesivt övergå till, de taxonomiskt korrekta namnen i så stor omfattning som möjligt för att undvika oklarheter eller missförstånd.
 Korrekta bakterienamn är binominala d.v.s. består av två ord. De är på latin eller latiniserade och skrivs i vetenskapliga sammanhang med kursiverad stil (eller understruket i manuskript). I journaler kan man skriva med vanligt typsnitt. Vanligen har bakterienamnen sitt ursprung från latinet eller grekiskan, men även egennamn förekommer.
-Det första namnet, stor begynnelsebokstav, betecknar genus och är ett substantiv eller substantiverat adjektiv t.ex. ''Streptococcus''. Förkortning till en bokstav t.ex. S. kan användas om ej oklarhet uppstår. Det andra namnet, liten begynnelsebokstav, är ett specificerande adjektiv t.ex. ''S. pneumoniae.'' Om inte "efternamnet" är känt kan benämningen species (förkortat sp i singularis och spp i pluralis) användas t.ex. ''Streptococcus'' species. Ibland förekommer ett tredje namn (trinomial form) för att beteckna subspecies eller biotyp, liten begynnelsebokstav t.ex. ''Staphylococcus cohnii'' subspecies ''urealyticum''. Däremot kursiveras inte exempelvis serotyp eller andra biovarianter som inte är subspecies.
+Det första namnet, stor begynnelsebokstav, betecknar genus och är ett substantiv eller substantiverat adjektiv t.ex. ''Streptococcus''. Förkortning till en bokstav t.ex. ''S.'' kan användas om ej oklarhet uppstår. Det andra namnet, liten begynnelsebokstav, är ett specificerande adjektiv t.ex. ''S. pneumoniae.'' Om inte "efternamnet" är känt kan benämningen species (förkortat sp i singularis och spp i pluralis) användas t.ex. ''Streptococcus'' species. Ibland förekommer ett tredje namn (trinomial form) för att beteckna subspecies eller biotyp, liten begynnelsebokstav t.ex. ''Staphylococcus cohnii'' subspecies ''urealyticum''. Däremot kursiveras inte exempelvis serotyp eller andra biovarianter som inte är subspecies.
 Ett speciellt problem är att vissa mikroorganismer ibland byter namn. Detta sammanhänger med taxonomiska förändringar (= förändringar i klassifikation) där främst nya molekylärbiologiska och genetiska studier har visat på andra släktskap jämfört med vad man funnit med ursprungliga taxonomiska metoder.
 === IT-kommunikation ===