Bilaga 1b. Substratkontroll - Versionshistorik

Magnus Thore: /* Testförfarande inför upphandling av fasta substrat, referensmetod */

2013-01-22T15:12:53Z

Testförfarande inför upphandling av fasta substrat, referensmetod

Magnus Thore: /* Testförfarande vid den fortlöpande tillverkningen av fasta substrat, referensmetod */

2011-12-25T21:29:45Z

Testförfarande vid den fortlöpande tillverkningen av fasta substrat, referensmetod

Magnus Thore: /* Testförfarande vid den fortlöpande tillverkningen av fasta substrat, referensmetod */

2011-12-18T16:07:36Z

Testförfarande vid den fortlöpande tillverkningen av fasta substrat, referensmetod

Magnus Thore den 18 december 2011 kl. 15.59

2011-12-18T15:59:56Z

Magnus Thore: /* Testförfarande vid den fortlöpande tillverkningen av fasta substrat, referensmetod */

2011-12-18T15:57:47Z

Testförfarande vid den fortlöpande tillverkningen av fasta substrat, referensmetod

Magnus Thore: /* Testförfarande vid den fortlöpande tillverkningen av fasta substrat, referensmetod */

2011-12-18T15:57:24Z

Testförfarande vid den fortlöpande tillverkningen av fasta substrat, referensmetod

Magnus Thore: /* Testförfarande vid den fortlöpande tillverkningen av fasta substrat, referensmetod */

2011-12-18T15:56:09Z

Testförfarande vid den fortlöpande tillverkningen av fasta substrat, referensmetod

Magnus Thore: /* Testförfarandet vid den fortlöpande tillverkningen av anrikningsbuljonger (Rappaport och Selenit) */

2011-12-18T15:52:51Z

Testförfarandet vid den fortlöpande tillverkningen av anrikningsbuljonger (Rappaport och Selenit)

Magnus Thore: /* Testförfarande inför upphandling av fasta substrat, referensmetod */

2011-12-18T15:50:31Z

Testförfarande inför upphandling av fasta substrat, referensmetod

Magnus Thore den 18 december 2011 kl. 15.43

2011-12-18T15:43:45Z

Visa ändringar

@@ Rad 10: / Rad 10: @@
 Den ''selektiva'' förmågan bedöms genom att studera växt av målbakterier och inhibition av normalflorans bakterier i jämförelse med växt på icke inhiberande kontrollsubstrat (uttrycks för vardera bakterieart  som relative ''growth index'', se definition nedan). Lämpligt koloniantal för målbakterier är ca <math>10^2</math>, vilket motsvarar ett bakterietal som är vanligt i den diagnostiska situationen (motsvarar ca <math>10^4</math>-<math>10^5</math> bakterier/g feces). Koloniantalet är också lämpligt för att minimera de statistiska följderna av tekniska variationer. Den ''differentierande'' förmågan studeras genom att bedöma parametrarna kolonidiameter, allmänt koloniutseende (opak, semiopak eller genomskinlig, slät eller rå, konvex eller platt, blank eller matt) och kolonifärg (färglös, d.v.s. lika substratet, rosa/röd, gul/vit, svart, grått eller rött kolonicentrum och ev. omslag i mediet samt andra ev. notabla karakteristika).
-Beträffande val av stammar för testningen är minimikravet att ur referensstamspanelerna (se under respektive patogen för målbakterier och nedan för kontaminantstammar för val och förväntat resultat) testa minst två ''Salmonella-, Shigella''- och ''Yersinia''-stammar samt ''E. coli'' CCUG 17 620 och ''E. coli'' CCUG 30 600 (gäller XLD, Hektoen och DC-Hynes) eller två ''Yersinia''-stammar, ''E. coli'' enlig ovan och ''Citrobacter braakii'' CCUG 41760 (gäller CIN-agar). Principen är att utmana substraten med renkulturer av  ”normala” stamtyper men också sådana målbakterier som växer dåligt och sådana kontaminanter som ofta förmår växa på selektiva substrat.
+Beträffande val av stammar för testningen är minimikravet att ur referensstamspanelerna (se under respektive patogen för målbakterier och nedan för kontaminantstammar för val och förväntat resultat) testa minst två ''Salmonella-, Shigella''- och ''Yersinia''-stammar samt ''E. coli'' CCUG 17 620 och ''E. coli'' CCUG 30 600 (gäller XLD, Hektoen och DC-Hynes) eller två ''Yersinia''-stammar, ''E. coli'' enlig ovan och ''Citrobacter braakii'' CCUG 41766 (gäller CIN-agar). Principen är att utmana substraten med renkulturer av  ”normala” stamtyper men också sådana målbakterier som växer dåligt och sådana kontaminanter som ofta förmår växa på selektiva substrat.
 '''Utförande:'''

@@ Rad 29: / Rad 29: @@
 ===Testförfarande vid den fortlöpande tillverkningen av fasta substrat, referensmetod===
-För fortlöpande tillverkningskontroll av selektiva substrat (i första hand DC-Hynes, XLD, Hektoen och CIN-agarmedier) utgör ''Mossel´s ecometriska metod'' referensmetod. Denna metod är enkel att utföra och ger uppfattning om selektiv kapacitet hos substratet.  Principen är att inokulera bakterier i logfas enligt ett visst mönster på agarytan (Figur 16) och med hjälp av växt-endpoint beräkna absolut growth index (AGI, för definition se Tabell 25) och relative growth index (RGI, för definition se nedan) efter jämförelse mot växt på kontrollagar. Det är tillräckligt att testa en referensstam vardera av ''Salmonella'', ''Shigella'' och ''Yersinia'' samt ''E. coli'' CCUG 17620.
+För fortlöpande tillverkningskontroll av selektiva substrat (i första hand DC-Hynes, XLD, Hektoen och CIN-agarmedier) utgör ''Mossel´s ecometriska metod'' referensmetod. Denna metod är enkel att utföra och ger uppfattning om selektiv kapacitet hos substratet.  Principen är att inokulera bakterier i logfas enligt ett visst mönster på agarytan ('''Figur 16''') och med hjälp av växt-endpoint beräkna absolut growth index (AGI, för definition se Tabell 25) och relative growth index (RGI, för definition se nedan) efter jämförelse mot växt på kontrollagar. Det är tillräckligt att testa en referensstam vardera av ''Salmonella'', ''Shigella'' och ''Yersinia'' samt ''E. coli'' CCUG 17620.
 '''Utförande:'''

← Äldre version		Versionen från 18 december 2011 kl. 16.07
Rad 75:		Rad 75:


−	I Tabell 26 visas kontaminantstammar som kan användas vid kontroll av fecessubstrat. Målbakteriestammar för substratkontroller redovisas i Bilaga 2.1	+	I Tabell 26 visas kontaminantstammar som kan användas vid kontroll av fecessubstrat. Målbakteriestammar för substratkontroller redovisas i [[Bilaga 2. Bakteriologiska referensmaterial]]
		+

	'''Tabell 26.''' Kontaminantstammar att använda som referensstammar vid lottestning och fortlöpande tillverkningskontroll av fecessubstrat enligt referensmetodiken.		'''Tabell 26.''' Kontaminantstammar att använda som referensstammar vid lottestning och fortlöpande tillverkningskontroll av fecessubstrat enligt referensmetodiken.

@@ Rad 1: / Rad 1: @@
+''Till innehållsförteckningen för [[Referensmetodik: Tarminfektioner, 2:a upplagan 2002]]''
 '''Bilaga 1.b '''
 ==Substratkontroll==
@@ Rad 159: / Rad 160: @@
 *Weenk. Microbiological assessment of culture media: comparison and statistical evaluation of methods. Int J Food Microbiol 1992;17:159-81.
-[[Kategori:]]
+[[Kategori:Infektioner i mage och tarm]]

@@ Rad 39: / Rad 39: @@
 *7.     Inkubera plattorna övernatt i 35 °C - 37 °C (CIN-agar i 28 °C - 30 °C).
 *8.     Notera det segment där växt sist förekommer (endpoint) på respektive test- och kontrollplattor. Vid avsaknad av växt i mer än två segment (d.v.s. två överhoppade segment) anses endpointen vara den sista med växt före avbrottet.
-*9.     Absolut growth index (AGI) kalkyleras enligt nedanstående tabell 25 och relativ growth index (RGI) enligt formel (se under '''Figur 16''' nedan).
+*9.     Absolut growth index (AGI) kalkyleras enligt nedanstående tabell 25 och relativ growth index (RGI) enligt formel (se under '''Tabell 25''' nedan).

@@ Rad 79: / Rad 79: @@
 {| class="wikitable"
 |-
-!  Bakterie!!CCUG  !!ATCC  !!Karakteristika !!Växt på XLD1  !!Växt på DC-Hynes  !!Växt på CIN
+!  Bakterie!!CCUG  !!ATCC  !!Karakteristika !!Växt på XLD<math>^1</math>  !!Växt på DC-Hynes<math>^1</math>  !!Växt på CIN<math>^1</math>
 |-
 | ''E. coli'' || 17 620 || 25 922 || negativ kontroll || <0,1 || <0,1 || <0,1
@@ Rad 93: / Rad 93: @@
 | ''Enterococcus hirae'' || 1332 || 8043 || negativ kontroll || <0,1 || <0,1 || <0,1
 |}
-) Avser relative growth index (uttryckt i procent)  med pipetteringsteknik, d.v.s. antal CFU testagar x100/antal CFU kontrollagar (CLED eller MacConkey)
+<math>^1</math> Avser relative growth index (uttryckt i procent)  med pipetteringsteknik, d.v.s. antal CFU testagar x100/antal CFU kontrollagar (CLED eller MacConkey)
-−
 ===Kommentar till referensmetodiken för testning av fasta substrat===
 Referensmetodiken anger  nivå för  substratkontroll med syftet att bibehålla en hög och jämn kvalitet på  de substrat som används vid fecesdiagnostiken. Lotjämförelse vid årlig upphandling skall  utföras och dokumenteras. Om flera laboratorier går samman för gemensamt uppköp av ett substrat, är det tillräckligt att ett av laboratorierna utför denna lotjämförelse. Fortlöpande tillverkningskontroll på det enskilda laboratoriet skall utföras och dokumenteras. Ett acceptabelt alternativ till Mossells ecometriska metod är att rensprida renkulturer uppslammade i PBS av ett antal målbakterier och kontaminanter. En metod som också är användbar för MacConkey-agar. Härvid skall  differentierande koloniparametrar jämföras mot pågående serier varför det är viktigt att fria kolonier erhålles. Observera att ingen eller ringa uppfattning därvid erhålles om substratets selektiva egenskaper.

@@ Rad 99: / Rad 99: @@
 ===Testförfarandet vid den fortlöpande tillverkningen av anrikningsbuljonger (Rappaport och Selenit)===
-Vid den fortlöpande tillverkningen (kan också gälla lottestning inför uppköp) av anrikningsbuljonger för ''Salmonella''-bakterier rekommenderas nedanstående metoder avsedda att testa och dokumentera substratens selektiva egenskaper och förmåga att anrika ''Salmonella''. Observera att metoderna ej standardiserats i tillräcklig omfattning och därför inte utgör referensmetodik. Principen är att utmana substratets egenskaper med metodologi som liknar den kliniska situationen. Därvid kan de inhibitoriska egenskaperna prövas genom att tillsätta ca 106 ''E. coli''-bakterier (lämplig stam CCUG 30600) med krav på nära nog fullständig inhibition, samtidigt som den anrikande förmågan prövas genom att tillsätta ca 10 ''S.'' Typhimurium (lämplig stam CCUG 31969) eller ca 102 ''S.'' Senftenberg (CCUG 37886) med krav på anrikning. Alternativt kan negativ feces på bomullspinne (ca 0,02 g) tillsättas tillsammans med respektive ''Salmonella''-stammar.
+Vid den fortlöpande tillverkningen (kan också gälla lottestning inför uppköp) av anrikningsbuljonger för ''Salmonella''-bakterier rekommenderas nedanstående metoder avsedda att testa och dokumentera substratens selektiva egenskaper och förmåga att anrika ''Salmonella''. Observera att metoderna ej standardiserats i tillräcklig omfattning och därför inte utgör referensmetodik. Principen är att utmana substratets egenskaper med metodologi som liknar den kliniska situationen. Därvid kan de inhibitoriska egenskaperna prövas genom att tillsätta ca <math>10^6</math> ''E. coli''-bakterier (lämplig stam CCUG 30600) med krav på nära nog fullständig inhibition, samtidigt som den anrikande förmågan prövas genom att tillsätta ca 10 ''S.'' Typhimurium (lämplig stam CCUG 31969) eller ca <math>10^2</math> ''S.'' Senftenberg (CCUG 37886) med krav på anrikning. Alternativt kan negativ feces på bomullspinne (ca 0,02 g) tillsättas tillsammans med respektive ''Salmonella''-stammar.
 '''Utförande:'''
-*1.         Mixa omsorgsfullt i 5 mL PBS kolonier av E. coli från en agaryta (t.ex. blod) eller från en tvättad övernattkultur i buljong till McFarland 1,0 (motsvarar ca >5x107 bakterier/mL).
+*1.         Mixa omsorgsfullt i 5 mL PBS kolonier av E. coli från en agaryta (t.ex. blod) eller från en tvättad övernattkultur i buljong till McFarland 1,0 (motsvarar ca >5x<math>10^7</math> bakterier/mL).
 *2.         Tillsätt till önskat antal rör av testbuljongen vardera 30 µL (pipett eller 3x10 µL ögla) av ''E. coli''-suspensionen (motsvarar drygt 106 bakterier).
-*3.         Förfar på samma sätt med ''Salmonella''-stammarna men späd dessa till McFarland 0,5 och därefter ytterligare till lämplig koncentration (ca 1,5x103 bakterier/mL av S. Typhimurium och 1,5x104 bakt/mL av ''S.'' Senftenberg).
+*3.         Förfar på samma sätt med ''Salmonella''-stammarna men späd dessa till McFarland 0,5 och därefter ytterligare till lämplig koncentration (cirka 1,5x<math>10^3</math> bakterier/mL av ''S''. Typhimurium och 1,5x<math>10^4</math> bakt/mL av ''S.'' Senftenberg).
 *4.         Tillsätt 10 µL (pipett eller 10 µL ögla) av vardera ''Salmonella''-suspension till de rör där ''E. coli'' inokulerats.
 *5.         Observera att det är lämpligt att från varje suspension göra viable count i detta skede.
@@ Rad 112: / Rad 112: @@
 '''Förväntat resultat:'''
 ''Salmonella'' anrikas och ger därvid riklig utväxt på XLD (Hektoen); säkrast resultat med Rappaport vid 41,5 °C ± 0,5 °C inkuberingstemperatur. Enstaka växt av ''E. coli'' kan förekomma. MacConkey- och CLED-plattor används som stödjande kontrollplattor, och förväntas ge mer uttalad växt av ''E. coli''.
-−
 ==REFERENSER==
 *Taylor, W.I. Isolation of Shigellae. Xylose, Lysine Agars; New media for the isolation of enteric pathogens. Am J Clin Path 1965;44:471-475.

@@ Rad 7: / Rad 7: @@
 Inför upphandling av selektiva fecessubstrat (beskrivningen avser i första hand DC-Hynes, XLD, Hektoen och CIN-agarmedier) skall jämförelse göras mellan pågående lot och prov från nya loter från en eller flera leverantörer. Loterna jämförs med avseende på selektiv och differentierande förmåga. En av loterna väljs därefter.
-Den ''selektiva'' förmågan bedöms genom att studera växt av målbakterier och inhibition av normalflorans bakterier i jämförelse med växt på icke inhiberande kontrollsubstrat (uttrycks för vardera bakterieart  som relative ''growth index'', se definition nedan). Lämpligt koloniantal för målbakterier är ca 102, vilket motsvarar ett bakterietal som är vanligt i den diagnostiska situationen (motsvarar ca 104-105 bakterier/g feces). Koloniantalet är också lämpligt för att minimera de statistiska följderna av tekniska variationer. Den ''differentierande'' förmågan studeras genom att bedöma parametrarna kolonidiameter, allmänt koloniutseende (opak, semiopak eller genomskinlig, slät eller rå, konvex eller platt, blank eller matt) och kolonifärg (färglös, d.v.s. lika substratet, rosa/röd, gul/vit, svart, grått eller rött kolonicentrum och ev. omslag i mediet samt andra ev. notabla karakteristika).
+Den ''selektiva'' förmågan bedöms genom att studera växt av målbakterier och inhibition av normalflorans bakterier i jämförelse med växt på icke inhiberande kontrollsubstrat (uttrycks för vardera bakterieart  som relative ''growth index'', se definition nedan). Lämpligt koloniantal för målbakterier är ca <math>10^2</math>, vilket motsvarar ett bakterietal som är vanligt i den diagnostiska situationen (motsvarar ca <math>10^4</math>-<math>10^5</math> bakterier/g feces). Koloniantalet är också lämpligt för att minimera de statistiska följderna av tekniska variationer. Den ''differentierande'' förmågan studeras genom att bedöma parametrarna kolonidiameter, allmänt koloniutseende (opak, semiopak eller genomskinlig, slät eller rå, konvex eller platt, blank eller matt) och kolonifärg (färglös, d.v.s. lika substratet, rosa/röd, gul/vit, svart, grått eller rött kolonicentrum och ev. omslag i mediet samt andra ev. notabla karakteristika).
 Beträffande val av stammar för testningen är minimikravet att ur referensstamspanelerna (se under respektive patogen för målbakterier och nedan för kontaminantstammar för val och förväntat resultat) testa minst två ''Salmonella-, Shigella''- och ''Yersinia''-stammar samt ''E. coli'' CCUG 17 620 och ''E. coli'' CCUG 30 600 (gäller XLD, Hektoen och DC-Hynes) eller två ''Yersinia''-stammar, ''E. coli'' enlig ovan och ''Citrobacter braakii'' CCUG 41760 (gäller CIN-agar). Principen är att utmana substraten med renkulturer av  ”normala” stamtyper men också sådana målbakterier som växer dåligt och sådana kontaminanter som ofta förmår växa på selektiva substrat.
@@ Rad 14: / Rad 14: @@
 *1.         Slamma kolonier av utväxta bakterier från en agaryta (t.ex. blod) i 5 mL peptonbuljong med  1 % hästserum. Inkubera övernatt i  35 °C-37 °C.
 *2.         Tvätta lagfaskulturerna x2 i PBS.
-*3.         Späd bakteriekulturer i PBS till Mc Farland Standard 1 och sedan ned till motsvarande ca 102 CFU/50 µL. Kontaminantkulturer späds ned till motsvarande ca 2x103 CFU/50 µL för att uppnå högre bakterietal på kontrollagarplattorna. Observera dock att vissa kontaminanter kräver samma spädning som målbakteriena.
+*3.         Späd bakteriekulturer i PBS till Mc Farland Standard 1 och sedan ned till motsvarande ca <math>10^2</math> CFU/50 µL. Kontaminantkulturer späds ned till motsvarande ca 2x<math>10^3</math> CFU/50 µL för att uppnå högre bakterietal på kontrollagarplattorna. Observera dock att vissa kontaminanter kräver samma spädning som målbakteriena.
 *4.         Inokulera plattorna (testagar och kontrollagarplattor, som kontrollagar används CLED eller MacConkey) med vardera 50 µL i duplikat (eller triplikat) och sprid jämt över agarytan med rackla eller sterila glaskulor.
 *5.         Inkubera övernatt i 35 °C - 37 °C (CIN-agar i 28 °C - 30 °C).
-*6.         Räkna antalet kolonier. Vid ingen eller mycket svag växt inkuberas plattorna ytterligare ett dygn (gäller i första hand DC-Hynes). Koloniantalet bör vara ca 102 för målbakterierna. För kontaminantstammar skall bakterietalet i fall av kraftig inhibition ligga på ca 1,5-2x103 på kontrollagarplattan.
+*6.         Räkna antalet kolonier. Vid ingen eller mycket svag växt inkuberas plattorna ytterligare ett dygn (gäller i första hand DC-Hynes). Koloniantalet bör vara ca <math>10^2</math> för målbakterierna. För kontaminantstammar skall bakterietalet i fall av kraftig inhibition ligga på ca 1,5-2x<math>10^3</math> på kontrollagarplattan.
 *7.         Beräkna relative Growth index* (RGI) (se definition nedan).
 *8.         Bedöm och notera kolonidiameter, koloniutseende och kolonifärg samt eventuella andra karakteristika.
@@ Rad 25: / Rad 25: @@
 Det är fördelaktigt (hör ej till referensmetodiken)  att också inokulera ''blandkulturer'' av referensstammarna bestående av  en (eller ett par) typer av  målbakterier i kombination med två eller helst tre olika kontaminanter. Man kan därvid jämföra substratens egenskaper i en situation som i någon mån simulerar ett kliniskt prov. Avsikten är i första hand att bedöma substratens differentierande egenskaper, d.v.s. kolonikarakteristika skall vara framträdande och enskilda arter identifierbara. Det skall observeras att growth index för en viss bakterieart som bestämts för renkultur  kan ändras när samma bakterieart inokuleras tillsammans med andra bakteriearter. Förfarandet har ej standardiserats, men reproducerbara resultat kan nås med flera kombinationer (Thore, Lindman SMI-tryck 127-1999. ej i Wikiformat).
-−
 ===Testförfarande vid den fortlöpande tillverkningen av fasta substrat, referensmetod===
 För fortlöpande tillverkningskontroll av selektiva substrat (i första hand DC-Hynes, XLD, Hektoen och CIN-agarmedier) utgör ''Mossel´s ecometriska metod'' referensmetod. Denna metod är enkel att utföra och ger uppfattning om selektiv kapacitet hos substratet.  Principen är att inokulera bakterier i logfas enligt ett visst mönster på agarytan (Figur 16) och med hjälp av växt-endpoint beräkna absolut growth index (AGI, för definition se Tabell 25) och relative growth index (RGI, för definition se nedan) efter jämförelse mot växt på kontrollagar. Det är tillräckligt att testa en referensstam vardera av ''Salmonella'', ''Shigella'' och ''Yersinia'' samt ''E. coli'' CCUG 17620.

Bilaga 1b. Substratkontroll - Versionshistorik

Magnus Thore: /* Testförfarande inför upphandling av fasta substrat, referensmetod */

Magnus Thore: /* Testförfarande vid den fortlöpande tillverkningen av fasta substrat, refe­rensmetod */

Magnus Thore: /* Testförfarande vid den fortlöpande tillverkningen av fasta substrat, refe­rensmetod */

Magnus Thore den 18 december 2011 kl. 15.59

Magnus Thore: /* Testförfarande vid den fortlöpande tillverkningen av fasta substrat, refe­rensmetod */

Magnus Thore: /* Testförfarande vid den fortlöpande tillverkningen av fasta substrat, refe­rensmetod */

Magnus Thore: /* Testförfarande vid den fortlöpande tillverkningen av fasta substrat, refe­rensmetod */

Magnus Thore: /* Testförfarandet vid den fortlöpande tillverkningen av anrikningsbuljonger (Rappaport och Selenit) */

Magnus Thore: /* Testförfarande inför upphandling av fasta substrat, referensmetod */

Magnus Thore den 18 december 2011 kl. 15.43

Magnus Thore: /* Testförfarande vid den fortlöpande tillverkningen av fasta substrat, referensmetod */

Magnus Thore: /* Testförfarande vid den fortlöpande tillverkningen av fasta substrat, referensmetod */

Magnus Thore: /* Testförfarande vid den fortlöpande tillverkningen av fasta substrat, referensmetod */

Magnus Thore: /* Testförfarande vid den fortlöpande tillverkningen av fasta substrat, referensmetod */

Magnus Thore: /* Testförfarande vid den fortlöpande tillverkningen av fasta substrat, referensmetod */