Bilaga 2. Bakteriologiska referensmaterial - Versionshistorik

Magnus Thore: /* Referensstammar */

2013-03-19T13:41:20Z

Referensstammar

Magnus Thore: /* Bakteriologiska referensmaterial */

2013-01-24T12:56:23Z

Bakteriologiska referensmaterial

Magnus Thore den 25 maj 2012 kl. 10.42

2012-05-25T10:42:46Z

Magnus Thore den 17 januari 2010 kl. 09.13

2010-01-17T09:13:21Z

Magnus Thore: /* Referensstammar */

2010-01-17T09:06:07Z

Referensstammar

Magnus Thore den 16 december 2009 kl. 15.12

2009-12-16T15:12:22Z

Magnus Thore den 16 december 2009 kl. 15.08

2009-12-16T15:08:18Z

Magnus Thore: /* Panel */

2009-12-16T15:02:06Z

Panel

Magnus Thore den 16 december 2009 kl. 15.01

2009-12-16T15:01:43Z

Magnus Thore: /* Bakteriologiska referensmaterial */

2009-12-13T16:57:59Z

Bakteriologiska referensmaterial

← Äldre version		Versionen från 19 mars 2013 kl. 13.41
Rad 66:		Rad 66:
	'''''Clostridium difficile'''''		'''''Clostridium difficile'''''

−	''C. difficile'' ~~ATCC 9689~~ används för kontroll av CCFA-plattor, som jämförelse vid luppmikroskopi, som kontroll på den anaeroba miljön och som kontrollstam vid eventuell resistensbestämning	+	''C. difficile'' CCUG 4938T används för kontroll av CCFA-plattor, som jämförelse vid luppmikroskopi, som kontroll på den anaeroba miljön och som kontrollstam vid eventuell resistensbestämning

@@ Rad 56: / Rad 56: @@
 *''Aeromonas hydrophila'' 	CCUG 217
 *''Plesiomonas shigelloides'' 	CCUG 27761
-*''Vibrio parahaemolyticus'' 	CCUG 27761
+*''Vibrio parahaemolyticus'' 	CCUG 51447

← Äldre version		Versionen från 25 maj 2012 kl. 10.42
Rad 5:		Rad 5:
	== Bakteriologiska referensmaterial ==		== Bakteriologiska referensmaterial ==

−	[[Fil:Fecestabell27a3.jpg\|thumb\|900px\|\|\|]]	+	[[Fil:Fecestabell27a3.jpg\|thumb\|900px\|center\|\|]]

@@ Rad 103: / Rad 103: @@
 *EHEC
 **''Escherichia coli'' O-157	(Denka Seiken)
 [[Kategori:Laboratoriediagnostik-Infektioner i mage och tarm ]]

@@ Rad 43: / Rad 43: @@
 Målgener för PCR-screening
-Negativ kontroll för samtliga PCR, E. coli ATCC 11775
+Negativ kontroll för samtliga PCR, ''E. coli'' ATCC 11775
@@ Rad 78: / Rad 78: @@
 *''Clostridium perfringens''	CCUG 1795
 *''Staphylococcus aureus	''CCUG 17 621
 === Referenssera ===

@@ Rad 150: / Rad 150: @@
 Materialets storlek tillåter inte påvisandet av eventuella skillnader mel-lan olika buljonger eller inkuberingstemperaturer. Vi förordar dock Rappaport-Vassiliadis (RVS)-buljong som inkuberas i 41,5 °C +- 0,5 ºC i 24 timmar. Om man höjer temperaturen till 43 ºC eller använder högre magnesiumkoncentration än den angivna rekommenderas 48 timmar inkubering.
-Lämpliga gränsvärden (kalibreringsnivåer) som varje laboratorium bör klara med panelens två referensstammar kan anges till ca 10e4 bakterier/mL för ''S.'' Senftenberg och ca 10 bakterier/mL för ''S.'' Montevideo.
+Lämpliga gränsvärden (kalibreringsnivåer) som varje laboratorium bör klara med panelens två referensstammar kan anges till ca <math>10^4</math> bakterier/mL för ''S.'' Senftenberg och ca 10 bakterier/mL för ''S.'' Montevideo.
 === Primärdiagnostik ''Salmonella'' (Tabell 30) ===

@@ Rad 137: / Rad 137: @@
 ==== Primärodling på fast medium ====
-Det framgår av tabell 29 att de två serierna innehöll stigande koncentrationer av respektive målbakterie. Beträffande ''S.'' Senftenberg lyckades 21 av de 29 laboratorierna isolera denna redan från någon av primärplattorna i något eller flera av proven. De flesta (15 lab) hittade den därvid första gången i prov 4, d.v.s. vid koncentrationen 4,4x10e4 bakterier/mL och tre lab hittade den redan i prov 3, motsvarande 6,0x10e3 bakterier/mL. Detta innebär kumulativt att 18 av de 21 laboratorierna som påvisade bakterien på någon av primärplattorna hade gjort detta vid konc 4,4x10e4 bakterier/mL.
+Det framgår av tabell 29 att de två serierna innehöll stigande koncentrationer av respektive målbakterie. Beträffande ''S.'' Senftenberg lyckades 21 av de 29 laboratorierna isolera denna redan från någon av primärplattorna i något eller flera av proven. De flesta (15 lab) hittade den därvid första gången i prov 4, d.v.s. vid koncentrationen 4,4x<math>10^4</math> bakterier/mL och tre lab hittade den redan i prov 3, motsvarande 6,0x<math>10^3</math> bakterier/mL. Detta innebär kumulativt att 18 av de 21 laboratorierna som påvisade bakterien på någon av primärplattorna hade gjort detta vid konc 4,4x<math>10^4</math> bakterier/mL.
-''S.'' Montevideo var uppenbarligen lättare att isolera från primärplattorna. Alla lab klarade detta. Sex isolerade bakterien redan i någon av de lägsta koncentrationerna (<1-<math>10^1</math> bakterier/mL) vilket måste betecknas som mycket bra. Vid koncentrationerna 2,7x10e2 (prov 8) och 2,6x10e3 (prov 9) bakterier/mL hittade 12 och 9 lab bakterien första gången, kumulativt resultat framgår av tabellen. Dessa nivåer befinner sig i området för den teoretiska nedre gränsen för vad som är möjligt att påvisa med nuvarande metodik (d.v.s. ca 10e3 ''Salmonella''/gram feces). Vi konstaterar alltså att mot den identiska bakgrundsfloran kunde ”normal” H<sub>2</sub>S-bildande ''Salmonella'' identifieras på primärplattorna i koncentrationer som låg drygt två tiopotenser lägre än för svårodlad H<sub>2</sub>S-negativ ''Salmonella''.
+''S.'' Montevideo var uppenbarligen lättare att isolera från primärplattorna. Alla lab klarade detta. Sex isolerade bakterien redan i någon av de lägsta koncentrationerna (<1-<math>10^1</math> bakterier/mL) vilket måste betecknas som mycket bra. Vid koncentrationerna 2,7x<math>10^2</math> (prov 8) och 2,6x<math>10^3</math> (prov 9) bakterier/mL hittade 12 och 9 lab bakterien första gången, kumulativt resultat framgår av tabellen. Dessa nivåer befinner sig i området för den teoretiska nedre gränsen för vad som är möjligt att påvisa med nuvarande metodik (d.v.s. ca <math>10^3</math> ''Salmonella''/gram feces). Vi konstaterar alltså att mot den identiska bakgrundsfloran kunde ”normal” H<sub>2</sub>S-bildande ''Salmonella'' identifieras på primärplattorna i koncentrationer som låg drygt två tiopotenser lägre än för svårodlad H<sub>2</sub>S-negativ ''Salmonella''.
 Panelens utformning tillåter inga slutsatser beträffande effektiviteten hos olika agarkombinationer. Där hänvisar vi till resultat av tidigare ''Salmonella/Shigella''-utskick som talar för kombination av XLD och DC.

@@ Rad 117: / Rad 117: @@
 Panelen bestod av 10 prov i blandkulturer med varierande koncentrationer av målbakterierna och fasta koncentrationer av kontaminanter. Målbakterierna utgjordes av två stammar av ''Salmonella''-bakterier. Den ena av dessa,'' S.'' Montevideo CCUG 21239, är att betrakta som ”normalvariant” i så motto att den är relativt lättpåvisad på selektiva agarmedier och har en normal biokemi. Den andra, ''S.'' Senftenberg CCUG 37886, växer betydligt sämre än den första stammen och döljer sig lätt i den kontaminerande bakgrundsfloran eftersom den är H<sub>2</sub>S-negativ, men poly-O, fag- och MUCAP-positiv. Dessa grundkarakteristika för målbakterierna med tillägget att växt inte kunde förväntas från alla prov beskrevs i följebrevet.
-Samtliga prov innehöll dessutom samma mängd, totalt 10e6 CFU/mL, av ''E. coli'' CCUG 30600, ''Citrobacter braakii'' CCUG 41766, ''Proteus mirabilis'' CCUG 26767 och ''Enterococcus hirae'' CCUG 1332. På grund av panelens höga svårighetsgrad rekommenderades att utstryket skulle ske enligt föreslagen referensmetodik med primär-, sekundär- och tertiärstryk för att öka chansen att erhålla fria kolonier.
+Samtliga prov innehöll dessutom samma mängd, totalt <math>10^6</math> CFU/mL, av ''E. coli'' CCUG 30600, ''Citrobacter braakii'' CCUG 41766, ''Proteus mirabilis'' CCUG 26767 och ''Enterococcus hirae'' CCUG 1332. På grund av panelens höga svårighetsgrad rekommenderades att utstryket skulle ske enligt föreslagen referensmetodik med primär-, sekundär- och tertiärstryk för att öka chansen att erhålla fria kolonier.
 === Resultat och diskussion ===

@@ Rad 139: / Rad 139: @@
 Det framgår av tabell 29 att de två serierna innehöll stigande koncentrationer av respektive målbakterie. Beträffande ''S.'' Senftenberg lyckades 21 av de 29 laboratorierna isolera denna redan från någon av primärplattorna i något eller flera av proven. De flesta (15 lab) hittade den därvid första gången i prov 4, d.v.s. vid koncentrationen 4,4x10e4 bakterier/mL och tre lab hittade den redan i prov 3, motsvarande 6,0x10e3 bakterier/mL. Detta innebär kumulativt att 18 av de 21 laboratorierna som påvisade bakterien på någon av primärplattorna hade gjort detta vid konc 4,4x10e4 bakterier/mL.
-''S.'' Montevideo var uppenbarligen lättare att isolera från primärplattorna. Alla lab klarade detta. Sex isolerade bakterien redan i någon av de lägsta koncentrationerna (<1-10e1 bakterier/mL) vilket måste betecknas som mycket bra. Vid koncentrationerna 2,7x10e2 (prov 8) och 2,6x10e3 (prov 9) bakterier/mL hittade 12 och 9 lab bakterien första gången, kumulativt resultat framgår av tabellen. Dessa nivåer befinner sig i området för den teoretiska nedre gränsen för vad som är möjligt att påvisa med nuvarande metodik (d.v.s. ca 10e3 ''Salmonella''/gram feces). Vi konstaterar alltså att mot den identiska bakgrundsfloran kunde ”normal” H<sub>2</sub>S-bildande ''Salmonella'' identifieras på primärplattorna i koncentrationer som låg drygt två tiopotenser lägre än för svårodlad H<sub>2</sub>S-negativ ''Salmonella''.
+''S.'' Montevideo var uppenbarligen lättare att isolera från primärplattorna. Alla lab klarade detta. Sex isolerade bakterien redan i någon av de lägsta koncentrationerna (<1-<math>10^1</math> bakterier/mL) vilket måste betecknas som mycket bra. Vid koncentrationerna 2,7x10e2 (prov 8) och 2,6x10e3 (prov 9) bakterier/mL hittade 12 och 9 lab bakterien första gången, kumulativt resultat framgår av tabellen. Dessa nivåer befinner sig i området för den teoretiska nedre gränsen för vad som är möjligt att påvisa med nuvarande metodik (d.v.s. ca 10e3 ''Salmonella''/gram feces). Vi konstaterar alltså att mot den identiska bakgrundsfloran kunde ”normal” H<sub>2</sub>S-bildande ''Salmonella'' identifieras på primärplattorna i koncentrationer som låg drygt två tiopotenser lägre än för svårodlad H<sub>2</sub>S-negativ ''Salmonella''.
 Panelens utformning tillåter inga slutsatser beträffande effektiviteten hos olika agarkombinationer. Där hänvisar vi till resultat av tidigare ''Salmonella/Shigella''-utskick som talar för kombination av XLD och DC.
@@ Rad 146: / Rad 146: @@
 ==== Anrikning ====
-Betydelsen av men också begränsningarna med anrikningsförfarande illustrerades tydligt av den aktuella panelen. Antalet lab som isolerade ''S.'' Senftenberg ökade från 21 till 27 efter anrikning. Sex lab isolerade bakterierna i en koncentration som var lägre än den som redan blivit positiv på någon av primärplattorna. Detta är en statistisk signifikant (p<0,007) sänkning av detektionsnivån för dessa lab jämfört med primärodlingen. Tio lab kunde dock inte isolera denna bakterie efter anrikning. Detta talar för att ''S.'' Senftenberg anrikas dåligt eller inte alls (vilket också visats på Västeråslaboratoriet inför utskicket). Den ökade totala isoleringsfrekvensen efter anrikningsförfarande beror troligen på inhibition av kontaminanterna så att målbakterien lättare kunnat identifieras. Det kumulativa resultat av anrikningsförfarandet framgår av tabell 29. Tjugotvå lab kunde isolera ''S.'' Montevideo efter anrikning vid koncentrationer <1-10e1 bakterier/mL. Sänkningen jämfört med detektionsnivån för primärplattorna är höggradigt signifikant (p<0,001). Vi ser alltså att känsligheten ökar med mer än en tiopotens efter anrikning ner till enstaka bakterier/mL.
+Betydelsen av men också begränsningarna med anrikningsförfarande illustrerades tydligt av den aktuella panelen. Antalet lab som isolerade ''S.'' Senftenberg ökade från 21 till 27 efter anrikning. Sex lab isolerade bakterierna i en koncentration som var lägre än den som redan blivit positiv på någon av primärplattorna. Detta är en statistisk signifikant (p<0,007) sänkning av detektionsnivån för dessa lab jämfört med primärodlingen. Tio lab kunde dock inte isolera denna bakterie efter anrikning. Detta talar för att ''S.'' Senftenberg anrikas dåligt eller inte alls (vilket också visats på Västeråslaboratoriet inför utskicket). Den ökade totala isoleringsfrekvensen efter anrikningsförfarande beror troligen på inhibition av kontaminanterna så att målbakterien lättare kunnat identifieras. Det kumulativa resultat av anrikningsförfarandet framgår av tabell 29. Tjugotvå lab kunde isolera ''S.'' Montevideo efter anrikning vid koncentrationer <1-<math>10^1</math> bakterier/mL. Sänkningen jämfört med detektionsnivån för primärplattorna är höggradigt signifikant (p<0,001). Vi ser alltså att känsligheten ökar med mer än en tiopotens efter anrikning ner till enstaka bakterier/mL.
 Materialets storlek tillåter inte påvisandet av eventuella skillnader mel-lan olika buljonger eller inkuberingstemperaturer. Vi förordar dock Rappaport-Vassiliadis (RVS)-buljong som inkuberas i 41,5 °C +- 0,5 ºC i 24 timmar. Om man höjer temperaturen till 43 ºC eller använder högre magnesiumkoncentration än den angivna rekommenderas 48 timmar inkubering.
@@ Rad 154: / Rad 154: @@
 === Primärdiagnostik ''Salmonella'' (Tabell 30) ===
 I tabell 30 listas den angivna metodiken för verifiering av ''Salmonella''-isolat vid våra laboratorier. Tjugotvå lab angav därmed föreslagen referensmetodik och 19 angav dessutom andra ej kommersiella tester. Det rör sig därvid oftast om OD- och rörlighetstest vilket ju är relevant dels för diagnostiken av ''S.'' Typhi (OD-negativ) men också för ''Shigella'' (''S. sonnei'' OD-positiv) vilka alla är orörliga. De flesta (25 lab) verifierade rutinmässigt fynd av ''Salmonella'' med agglutination i polyvalent O-antiserum.
 Enligt den nu aktuella referensmetodiken räcker biokemisk diagnostik i normalfallet medan poly O bör användas som verifiering vid atypiska biokemiska utfall. Många (19 lab) använde också agglutination med poly H och serotypade dessutom sina fynd. Användandet av ''Salmonella''-fag (i referensmetodiken angivet som alternativ till agglutination i poly O) var utbrett liksom bruket av API i oklara situationer. Slutligen använde fem lab MUCAP-test, en test med hög känslighet och specificitet vi påvisandet av ''Salmonella'' som vi gärna vill rekommendera, särskilt för att utesluta ''Salmonella'' vid atypisk biokemi.

← Äldre version		Versionen från 13 december 2009 kl. 16.57
Rad 5:		Rad 5:
	== Bakteriologiska referensmaterial ==		== Bakteriologiska referensmaterial ==

−	[[Fil:~~Fecestabell27a2~~.jpg\|thumb\|900px\|\|\|]]	+	[[Fil:Fecestabell27a3.jpg\|thumb\|900px\|\|\|]]