Diarréframkallande Escherichia coli-laboratoriediagnostik - Versionshistorik

Öjar Melefors: /* Epidemiologisk typning */

2014-01-13T10:10:48Z

Epidemiologisk typning

Öjar Melefors: /* PCR-screening */

2014-01-13T10:10:15Z

PCR-screening

Magnus Thore den 16 december 2009 kl. 15.06

2009-12-16T15:06:40Z

Magnus Thore: /* PCR-screening */

2009-12-13T10:37:22Z

PCR-screening

Magnus Thore: /* Referenssubstrat */

2009-12-13T10:36:37Z

Referenssubstrat

Magnus Thore: /* Referenssubstrat */

2009-12-13T10:35:48Z

Referenssubstrat

Magnus Thore den 6 december 2009 kl. 20.33

2009-12-06T20:33:22Z

Magnus Thore den 20 november 2009 kl. 11.29

2009-11-20T11:29:52Z

Magnus Thore: /* Kvalitetskontroll */

2009-11-01T17:36:09Z

Kvalitetskontroll

Magnus Thore: /* Kvalitetskontroll */

2009-11-01T17:35:50Z

Kvalitetskontroll

@@ Rad 62: / Rad 62: @@
 === Epidemiologisk typning ===
-SMI utför vid utbrott epidemiologisk typning av tarmpatogena ''E. coli'' med PFGE och serotypning.
+Folkhälsomyndigheten utför vid utbrott epidemiologisk typning av tarmpatogena ''E. coli'' med PFGE och serotypning.
 === Kvalitetskontroll ===

@@ Rad 28: / Rad 28: @@
 ==== PCR-screening ====
-−
-Målgener enligt tabell 17 påvisas med PCR på primärkultur eller enskilda kolonier. Metodbeskrivning ”Diarréframkallande ''Escherichia coli'' och shigatoxigena ''Enterobacteriaceae'' - påvisning med PCR”, som tillämpas vid SMI bifogas som exempel ([[Bilaga 3. PCR-diagnostik av diarréframkallande E coli och EHEC]]).
+Målgener enligt tabell 17 påvisas med PCR på primärkultur eller enskilda kolonier. Metodbeskrivning ”Diarréframkallande ''Escherichia coli'' och shigatoxigena ''Enterobacteriaceae'' - påvisning med PCR”, som tillämpas vid Folkhälsomyndigheten bifogas som exempel ([[Bilaga 3. PCR-diagnostik av diarréframkallande E coli och EHEC]]).
 ==== Isolering från PCR-positiva prov ====

@@ Rad 8: / Rad 8: @@
 === Allmänt ===
-Då selektiva medier för patogena  ''E. coli'' saknas och andelen av den totala floran i ett fecesprov ofta är mycket låg ställs speciella krav på diagnostiken, vilken bör innehålla tre steg: 1) screening med en känslighet av en bakterie mot en bakgrund av minst 10e3 andra bakterier; 2) isolering och 3) verifiering. Ett alternativ till screening är att för varje prov testa minst 10 kolonier från primärodlingen vilket dock medför en högre detektionsgräns. Diagnostik av patogena ''E. coli'' baseras lämpligast på identifiering av virulensfaktorer eller andra egenskaper specifika för respektive kategori och ej med serologisk O-typning som tidigare var mycket vanlig. O-typning är att betrakta som en epidemiologisk metod men kan ibland komplettera övriga analysresultat som en klonal markör då kunskap om ytterligare virulensegenskaper saknas. Dock kan O-antikroppar bundna till magnetiska kulor användas vid anriknings- och/eller isoleringssteg.
+Då selektiva medier för patogena  ''E. coli'' saknas och andelen av den totala floran i ett fecesprov ofta är mycket låg ställs speciella krav på diagnostiken, vilken bör innehålla tre steg: 1) screening med en känslighet av en bakterie mot en bakgrund av minst <math>10^3</math> andra bakterier; 2) isolering och 3) verifiering. Ett alternativ till screening är att för varje prov testa minst 10 kolonier från primärodlingen vilket dock medför en högre detektionsgräns. Diagnostik av patogena ''E. coli'' baseras lämpligast på identifiering av virulensfaktorer eller andra egenskaper specifika för respektive kategori och ej med serologisk O-typning som tidigare var mycket vanlig. O-typning är att betrakta som en epidemiologisk metod men kan ibland komplettera övriga analysresultat som en klonal markör då kunskap om ytterligare virulensegenskaper saknas. Dock kan O-antikroppar bundna till magnetiska kulor användas vid anriknings- och/eller isoleringssteg.
 Undersökning av EAggEC är idag att betrakta som specialdiagnostik för FoU. Därför anges ingen referensmetod i detta avsnitt.

@@ Rad 29: / Rad 29: @@
 ==== PCR-screening ====
-Målgener enligt tabell 17 påvisas med PCR på primärkultur eller enskilda kolonier. Metodbeskrivning ”Diarréframkallande ''Escherichia coli'' och shigatoxigena ''Enterobacteriaceae'' - påvisning med PCR”, som tillämpas vid SMI bifogas som exempel ([[Bilaga 3]]).
+Målgener enligt tabell 17 påvisas med PCR på primärkultur eller enskilda kolonier. Metodbeskrivning ”Diarréframkallande ''Escherichia coli'' och shigatoxigena ''Enterobacteriaceae'' - påvisning med PCR”, som tillämpas vid SMI bifogas som exempel ([[Bilaga 3. PCR-diagnostik av diarréframkallande E coli och EHEC]]).
 ==== Isolering från PCR-positiva prov ====

@@ Rad 18: / Rad 18: @@
 ==== Referenssubstrat ====
-*MacConkey-agar (MAC, se kapitel 1.1.15), rekommenderas för primärodling av fecesprov. Om analysen omfattar samtliga diarréframkallande ''E. coli'', inklusive EHEC rekommenderas i stället användning av sorbitol-MacConkey (SMAC, se [[Bilaga 1.1]].11), dock ej CT-SMAC.
+*MacConkey-agar (MAC, se kapitel 1.1.15), rekommenderas för primärodling av fecesprov. Om analysen omfattar samtliga diarréframkallande ''E. coli'', inklusive EHEC rekommenderas i stället användning av sorbitol-MacConkey (SMAC, se [[Bilaga 1. Bakteriologiska referenssubstrat]]), dock ej CT-SMAC.
 *Buffrat peptonvatten (BPV) används vid preanrikning. [[Bilaga 1. Bakteriologiska referenssubstrat]].

@@ Rad 19: / Rad 19: @@
 *MacConkey-agar (MAC, se kapitel 1.1.15), rekommenderas för primärodling av fecesprov. Om analysen omfattar samtliga diarréframkallande ''E. coli'', inklusive EHEC rekommenderas i stället användning av sorbitol-MacConkey (SMAC, se [[Bilaga 1.1]].11), dock ej CT-SMAC.
-*Buffrat peptonvatten (BPV) används vid preanrikning. [[[Bilaga 1.1]].12]
+*Buffrat peptonvatten (BPV) används vid preanrikning. [[Bilaga 1. Bakteriologiska referenssubstrat]].
 ==== Primär utodling ====

@@ Rad 24: / Rad 24: @@
 ==== Primär utodling ====
-Provet stryks på MacConkey-agar (MAC) eller sorbitol-Mac¬Conkey (SMAC) agar. Sekundär- och tertiärstryk görs med ögla. Plattan inkuberas över natt vid 36 °C - 38 °C och sparas därefter i kyl. Vid mycket små provmängder eller dålig växt på primärplatta odlas provet i BPV vid 42 oC i 24 tim. Detta material används direkt för PCR-screening, respektive utodling på MAC/SMAC.
+Provet stryks på MacConkey-agar (MAC) eller sorbitol-Mac¬Conkey (SMAC) agar. Sekundär- och tertiärstryk görs med ögla. Plattan inkuberas över natt vid 36 °C - 38 °C och sparas därefter i kyl. Vid mycket små provmängder eller dålig växt på primärplatta odlas provet i BPV vid 42 °C i 24 tim. Detta material används direkt för PCR-screening, respektive utodling på MAC/SMAC.
@@ Rad 39: / Rad 39: @@
 === Identifiering och minimikriterier ===
-PCR-positiva isolat karakteriseras med API 20E. Om biokemin är typisk för ''E. coli'' anses isolatet identifierat som ETEC (eltB/estA) eller EPEC (eae/bfpA). EPEC kan också utgöras av eae-positiva, bfpA-negativa ''E. coli'' om dessa   begränsas till vissa serotyper (se '''tabell 18'''). Om ial-positivt isolat ej jäser som ''Shigella'', kan EIEC misstänkas.
+PCR-positiva isolat karakteriseras med API 20E. Om biokemin är typisk för ''E. coli'' anses isolatet identifierat som ETEC (''eltB''/''estA'') eller EPEC (''eae''/''bfpA''). EPEC kan också utgöras av ''eae''-positiva, ''bfpA''-negativa ''E. coli'' om dessa   begränsas till vissa serotyper (se '''tabell 18'''). Om ''ial''-positivt isolat ej jäser som ''Shigella'', kan EIEC misstänkas.

@@ Rad 68: / Rad 68: @@
 === Kvalitetskontroll ===
-Referensstammar se tabell 17.
+Referensstammar se '''tabell 17'''.
 [[Kategori:Laboratoriediagnostik-Infektioner i mage och tarm]]