Influensa A, B-laboratoriediagnostik - Versionshistorik

Öjar Melefors: /* Kvalitetskontroll */

2014-01-13T09:46:58Z

Kvalitetskontroll

Öjar Melefors: /* Stamkarakterisering */

2014-01-13T09:46:43Z

Stamkarakterisering

Öjar Melefors den 4 maj 2012 kl. 10.12

2012-05-04T10:12:11Z

Öjar Melefors den 4 maj 2012 kl. 10.11

2012-05-04T10:11:05Z

Magnus Thore: /* Stamkarakterisering */

2010-01-28T13:56:02Z

Stamkarakterisering

Magnus Thore: /* b) Antigendetektion */

2010-01-28T13:55:05Z

b) Antigendetektion

Magnus Thore: /* b) Antigendetektion */

2010-01-28T13:54:37Z

b) Antigendetektion

Magnus Thore: /* a) Nukleinsyrapåvisning */

2010-01-28T13:53:30Z

a) Nukleinsyrapåvisning

Magnus Thore den 26 januari 2010 kl. 14.54

2010-01-26T14:54:54Z

Magnus Thore den 26 januari 2010 kl. 14.52

2010-01-26T14:52:46Z

@@ Rad 50: / Rad 50: @@
 === Kvalitetskontroll ===
-EQUALIS tillhandahåller paneler för genamplifikation. UKNEQAS har en luftvägspanel för virusodling, i vilken influensa kan ingå. Europeiska nationella influensacentra deltar i kontroll av virusodling genom EISS (Europena Influenza Surveillance System).
+EQUALIS tillhandahåller paneler för genamplifikation. UKNEQAS har en luftvägspanel för virusodling, i vilken influensa kan ingå. Europeiska nationella influensacentra deltar i kontroll av virusodling genom EISS (European Influenza Surveillance System).
 [[Kategori:Laboratoriediagnostik-Nedre luftvägsinfektioner]]. QCMD gör PCR-paneler för influensa A och B samt subtypningsspecifika analyser.

@@ Rad 41: / Rad 41: @@
 För att ta reda på om det uppstått ett nytt virus, eller om virus förändrats så att ett vaccin blivit ineffektivt, använder man fortfarande mycket traditionella, serologiska tester. Man immuniserar ett djur, numera mest iller, med ett influensavirus. Serum från dessa innehåller antikroppar som bara reagerar med H som mycket liknar H på det virus man immuniserat med. H från influensa klumpar ihop, agglutinerar, röda blodkroppar från exempelvis kycklingar. Om det finns skyddande antikroppar förhindrar dessa att blodkropparna klumpas ihop. Detta kallas hemagglutinationsinhibition (HAI). HAI är fortfarande den vanligaste metoden för att undersöka släktskap mellan olika influensastammar, och om personer har skyddande antikroppar mot en viss influensastam. Fullständig karakterisering med HAI kräver tillgång till en stor mängd olika illersera, och sker vid WHO:s referenslaboratorier.
-−
-Begränsad typning och genetisk analys sker vid nationella influensacentra. På SMI brukar cirka 40 stammar/år brukar analyseras, med fokus på prover mycket tidigt och mycket sent under säsongen samt vid speciella utbrott. Vid SMI görs så snart som möjligt analys av subtyp och H och N sekvenseras - dessa genanalyser sammanställs i fylogenetiska träd. Vid ett par tillfälles skickas isolat till WHO:s regionala influensalaboratorium i Europa vid Mill Hill i London, där HAI mot ett flertal serum görs. Om något isolat verkar avvika från de för säsongen förekommande vid den screeningsundersökning som görs vid SMI skickas det omgående till England.
+Begränsad typning och genetisk analys sker vid nationella influensacentra. På Folkhälsomyndigheten brukar cirka 40 stammar/år brukar analyseras, med fokus på prover mycket tidigt och mycket sent under säsongen samt vid speciella utbrott. Vid Folkhälsomyndigheten görs så snart som möjligt analys av subtyp och H och N sekvenseras - dessa genanalyser sammanställs i fylogenetiska träd. Vid ett par tillfälles skickas isolat till WHO:s regionala influensalaboratorium i Europa vid Mill Hill i London, där HAI mot ett flertal serum görs. Om något isolat verkar avvika från de för säsongen förekommande vid den screeningsundersökning som görs vid Folkhälsomyndigheten skickas det omgående till England.
 === Resistensbestämning och resistensutveckling ===

@@ Rad 3: / Rad 3: @@
 ----
 '''Artiklen är uppdaterad januari 2010'''
-== Laboratoriediagnostik av influensa B och B==
+== Laboratoriediagnostik av influensa A och B==
 === Allmänt ===

← Äldre version		Versionen från 4 maj 2012 kl. 10.11
Rad 17:		Rad 17:
	Virusodling anses fortfarande vara referensmetod för detektion, och vid optimal metodik kan den nästan uppnå samma känslighet som PCR. Som alla isoleringsmetoder kräver den extremt noggrann kvalitetskontroll, inte minst monitorering av cellernas känslighet. I samband med provsättning krävs också byte till cellmedium med tryspin för att klyva H. Om inte detta sker kan inte virusgenomet frigöras i cellen. Trypsin av hög kvalitet kan ibland vara svårt att få tag på.		Virusodling anses fortfarande vara referensmetod för detektion, och vid optimal metodik kan den nästan uppnå samma känslighet som PCR. Som alla isoleringsmetoder kräver den extremt noggrann kvalitetskontroll, inte minst monitorering av cellernas känslighet. I samband med provsättning krävs också byte till cellmedium med tryspin för att klyva H. Om inte detta sker kan inte virusgenomet frigöras i cellen. Trypsin av hög kvalitet kan ibland vara svårt att få tag på.

−	=== ~~Alternativ~~ diagnostik ===	+	=== Övrig diagnostik ===

@@ Rad 40: / Rad 40: @@
 === Stamkarakterisering ===
-För att ta reda på om det uppstått ett nytt virus, eller om virus förändrats så att ett vaccin blivit ineffektivt, använder man fortfarande mycket traditionella, serologiska tester. Man immuniserar ett djur, numera mest iller, med ett influensavirus. Serum från dessa innehåller antikroppar som bara reagerar med H som mycket liknar H på det virus man immuniserat med. H från influensa klumpar ihop, agglutinerar, röda blodkroppar från exempelvis kycklingar. Om det finns skyddande antikroppar förhindrar dessa att blodkropparna klumpas ihop. Detta kallas hemagglutinations¬inhibition (HAI). HAI är fortfarande den vanligaste metoden för att undersöka släktskap mellan olika influensastammar, och om personer har skyddande antikroppar mot en viss influensastam. Fullständig karakterisering med HAI kräver tillgång till en stor mängd olika illersera, och sker vid WHO:s referenslaboratorier.
+För att ta reda på om det uppstått ett nytt virus, eller om virus förändrats så att ett vaccin blivit ineffektivt, använder man fortfarande mycket traditionella, serologiska tester. Man immuniserar ett djur, numera mest iller, med ett influensavirus. Serum från dessa innehåller antikroppar som bara reagerar med H som mycket liknar H på det virus man immuniserat med. H från influensa klumpar ihop, agglutinerar, röda blodkroppar från exempelvis kycklingar. Om det finns skyddande antikroppar förhindrar dessa att blodkropparna klumpas ihop. Detta kallas hemagglutinationsinhibition (HAI). HAI är fortfarande den vanligaste metoden för att undersöka släktskap mellan olika influensastammar, och om personer har skyddande antikroppar mot en viss influensastam. Fullständig karakterisering med HAI kräver tillgång till en stor mängd olika illersera, och sker vid WHO:s referenslaboratorier.
 Begränsad typning och genetisk analys sker vid nationella influensacentra. På SMI brukar cirka 40 stammar/år brukar analyseras, med fokus på prover mycket tidigt och mycket sent under säsongen samt vid speciella utbrott. Vid SMI görs så snart som möjligt analys av subtyp och H och N sekvenseras - dessa genanalyser sammanställs i fylogenetiska träd. Vid ett par tillfälles skickas isolat till WHO:s regionala influensalaboratorium i Europa vid Mill Hill i London, där HAI mot ett flertal serum görs. Om något isolat verkar avvika från de för säsongen förekommande vid den screeningsundersökning som görs vid SMI skickas det omgående till England.
 === Resistensbestämning och resistensutveckling ===

@@ Rad 32: / Rad 32: @@
 Det finns ett flertal kommersiella tester för antigendetektion baserade på EIA-teknik avsedda för såväl laborartoriebruk som patientnära analys. De i Sverige förekommande bygger på antigen/antikroppsreaktioner. De flesta kommersiella testerna innehåller antikroppar som riktas mot nukleokapsiden, och är typspecifika för influensa A eller B. Några påvisar både influensa A och B. Prövningar av testen i stor skala med patientnära analyser har inte gjorts i Sverige, men enligt rapporter från andra länder blir resultaten sämre när testerna utförs av personer utan laboratorievana.
-Vid tidiagre panelutskick (EQUALIS) och vid pandemin 2009 visar de då använda snabbtesterna dålig känslighet jämfört med andra metoder. Prover som blivit negativa vid analys med snabbtest bör analyseras med annan metod med högre känslighet innan det svaras ut.
+Vid tidigare panelutskick (EQUALIS) och vid pandemin 2009 visar de då använda snabbtesterna dålig känslighet jämfört med andra metoder. Prover som blivit negativa vid analys med snabbtest bör analyseras med annan metod med högre känslighet innan det svaras ut.
 ==== c) Serologi ====

@@ Rad 22: / Rad 22: @@
 ==== a) Nukleinsyrapåvisning ====
-Såväl ute i världen som i Sverige börjar genomaplifikation, ofta med realtids-teknik, att ersätta andra metoder för influensapåvisning. I samband med pandemin 2009 visade sig att det var extra stort behov av påvisning med mycket hög känslighet. Detta då den nya influensan har en högre tendens att orsaka viral lunginflammation. Vissa patienter kunde då ha låga viruskoncentrationer i NPH initialt trots svår sjukdom. I samband med denna pandemi gick merparten av alla svenska laboratorier över till PCR diagnostik. Matrix-genen och H-genen används ofta som målgener för primers. SYBR-green för detektion ger en relativt god känslighet, och gör testet mera okänsligt för sekvensvariationer än en specifik probe. Dock kan SYBR-greenanalyser upplevas som svåravlästa och ospecifika.
+Såväl ute i världen som i Sverige börjar genomamplifikation, ofta med realtids-teknik, att ersätta andra metoder för influensapåvisning. I samband med pandemin 2009 visade sig att det var extra stort behov av påvisning med mycket hög känslighet. Detta då den nya influensan har en högre tendens att orsaka viral lunginflammation. Vissa patienter kunde då ha låga viruskoncentrationer i NPH initialt trots svår sjukdom. I samband med denna pandemi gick merparten av alla svenska laboratorier över till PCR diagnostik. Matrix-genen och H-genen används ofta som målgener för primers. SYBR-green för detektion ger en relativt god känslighet, och gör testet mera okänsligt för sekvensvariationer än en specifik probe. Dock kan SYBR-greenanalyser upplevas som svåravlästa och ospecifika.
 ==== b) Antigendetektion ====

@@ Rad 4: / Rad 4: @@
 == Laboratoriediagnostik av influensa B och B==
 === Allmänt ===
-De viktigaste metoderna för influensadiagnostik är agenspåvisning genom antigendetektion, odling eller genamplifikation. IgM-svaret vid influensainfektion är varierande, och analys av specifikt IgM har låg diagnostisk signifikans.
+De viktigaste metoderna för influensadiagnostik är agenspåvisning genom antigendetektion, odling eller PCR. IgM-svaret vid influensainfektion är varierande, och analys av specifikt IgM har låg diagnostisk signifikans.
 === Referensmetodik ===
@@ Rad 14: / Rad 13: @@
 === Virusodling ===
-Influensavirus odlas vid de flesta laboratorier i en cellinje från hundnjure, Madin-Darby Canine Kidney (MDCK)-celler. Olika typer av patientmaterial från luftvägarna kan användas. Odling är ofta ett komplement till antigendetektion, och i Sverige används numera nasofarynxaspirat för båda undersökningarna. Virus finns i svalg och näsa, och utomlands används ofta material från svalgpinne eller näsprov i virusmedium för virusodling. Virusodling anses fortfarande vara referensmetod för detektion, och vid optimal metodik är den sannolikt nästan lika känslig som PCR. Som alla isoleringsmetoder kräver den extremt noggrann kvalitetskontroll, inte minst monitorering av cellernas känslighet. I samband med provsättning krävs också byte till cellmedium med tryspin för att klyva H. Om inte detta sker kan inte virusgenomet frigöras i cellen. Trypsin av hög kvalitet kan ibland vara svårt att få tag på.
+Influensavirus odlas vid enstaka laboratorier, främst i en cellinje från hundnjure, Madin-Darby Canine Kidney (MDCK)-celler. Olika typer av patientmaterial från luftvägarna kan användas. Odling är ofta ett komplement till PCR eller antigendetektion, och i Sverige används oftast nasofarynxaspirat för undersökningarna. Virus finns i svalg och näsa, och utomlands används ofta material från svalgpinne eller näsprov i virusmedium för virusodling.
 === Alternativ diagnostik ===
-==== a) Antigendetektion ====
+==== a) Nukleinsyrapåvisning ====
-Det finns ett flertal kommersiella tester för antigendetektion baserade på EIA-teknik avsedda för såväl laborartoriebruk som patientnära analys. De i Sverige före¬kommande bygger på antigen/antikroppsreaktioner. De flesta kommersiella testerna innehåller antikroppar som riktas mot nukleokapsiden, och är typspecifika för influensa A eller B. Några påvisar både influensa A och B. En del är jämförbara med IF avseende specificitet och sensitivitet när de används vid laboratorier. Prövningar av testen i stor skala med patientnära analyser har inte gjorts i Sverige, men enligt rapporter från andra länder blir resultaten sämre när testerna utförs av personer utan laboratorievana.
+==== b) Antigendetektion ====
-==== b) Nukleinsyrapåvisning ====
+I Sverige används vid flera laboratorier IF på cellpreparat från nasofarynx-aspirat eller nasofarynxpinne för antigendetektion. Metoden är snabb om bara ett fåtal prover skall analyseras. Kommersiella antikroppar används, och såväl direktmärkta som omärkta monoklonala antikroppar finns att tillgå. Testets känslighet jämfört med virusodling ligger på mellan 60 och 90 %, i medeltal sannolikt ca 80 %. Utstryk från pinne ger något lägre känslighet än utstryk av nasofarynxaspirat, men den exakta skillnaden är inte undersökt – få patienter går med på två nasofarynxprovtagningar! Specificiteten brukar vara ca 95 %. Testerna är ofta något sämre för influensa B än influensa A. Direktmärkta antikroppar ger något lägre känslighet än indirekta tester, men dessa tar kortare tid och kan ge mer ospecifik bakgrund.
-Såväl ute i världen som i Sverige börjar genomaplifikation, ofta med realtids-teknik, att ersätta andra metoder för influensapåvisning. Matrix-genen och H-genen används ofta som målgener för primers. Cybr-green för detektion ger en relativt god känslighet, och gör testet mera okänsligt för sekvensvariationer än en specifik probe. Nestade test bör användas om detektion sker i gel. Känsligheten hos PCR vid undersökning av kliniska material har varierat i olika rapporter, men är mellan 90-150 % av känsligheten vid virusisolering. Skillnaderna i känslighet kan bero på PCR-teknikerna, men kvaliteten på referensmetoden spelar också stor roll. Kommersiella tester finns, men används ännu inte i någon stor omfattning. En del är multiplexa, med reagenser för många luftvägsvirus. Ännu finns inte någon storskalig utvärdering som tillåter presentation av en referensmetod för genom-amplifikation avseende influensa.
+Det finns ett flertal kommersiella tester för antigendetektion baserade på EIA-teknik avsedda för såväl laborartoriebruk som patientnära analys. De i Sverige före¬kommande bygger på antigen/antikroppsreaktioner. De flesta kommersiella testerna innehåller antikroppar som riktas mot nukleokapsiden, och är typspecifika för influensa A eller B. Några påvisar både influensa A och B. Prövningar av testen i stor skala med patientnära analyser har inte gjorts i Sverige, men enligt rapporter från andra länder blir resultaten sämre när testerna utförs av personer utan laboratorievana.
 ==== c) Serologi ====
@@ Rad 38: / Rad 43: @@
 För att ta reda på om det uppstått ett nytt virus, eller om virus förändrats så att ett vaccin blivit ineffektivt, använder man fortfarande mycket traditionella, serologiska tester. Man immuniserar ett djur, numera mest iller, med ett influensavirus. Serum från dessa innehåller antikroppar som bara reagerar med H som mycket liknar H på det virus man immuniserat med. H från influensa klumpar ihop, agglutinerar, röda blodkroppar från exempelvis kycklingar. Om det finns skyddande antikroppar förhindrar dessa att blodkropparna klumpas ihop. Detta kallas hemagglutinations¬inhibition (HAI). HAI är fortfarande den vanligaste metoden för att undersöka släktskap mellan olika influensastammar, och om personer har skyddande antikroppar mot en viss influensastam. Fullständig karakterisering med HAI kräver tillgång till en stor mängd olika illersera, och sker vid WHO:s referenslaboratorier.
-Begränsad typning och genetisk analys sker vid nationella influensacentra. Vid sex laboratorier i Sverige isoleras influensa. Dessa laboratorier skickar influensastammar till SMI för fortsatt karakterisering. Ca 40 stammar/år brukar analyseras, med fokus på isolat som gjorts mycket tidigt och mycket sent under säsongen. Vid SMI görs så snart som möjligt analys av subtyp och karakterisering av HA med illersera som är representativa för säsongen. H och N sekvenseras, och dessa genanalyser sammanställs i fylogenetiska träd. Vid ett par tillfälles skickas isolat till WHO:s regionala influensalaboratorium i Europa vid Mill Hill i London, där HAI mot ett flertal serum görs. Om något isolat verkar avvika från de för säsongen förekommande vid den screeningsundersökning som görs vid SMI skickas det omgående till England. Sedan de nya antivirala medlen kom bör bedömning avseende resistens mot dessa göras fortlöpande. Detta görs dels genom NA-sekvenseringen, då vissa resistensmutationer för NA är kända. För somliga isolat görs också konventionell resistensbestämning mot Zanamivir och Oseltamivir.
+Begränsad typning och genetisk analys sker vid nationella influensacentra. På SMI brukar cirka 40 stammar/år brukar analyseras, med fokus på prover mycket tidigt och mycket sent under säsongen samt vid speciella utbrott. Vid SMI görs så snart som möjligt analys av subtyp och H och N sekvenseras - dessa genanalyser sammanställs i fylogenetiska träd. Vid ett par tillfälles skickas isolat till WHO:s regionala influensalaboratorium i Europa vid Mill Hill i London, där HAI mot ett flertal serum görs. Om något isolat verkar avvika från de för säsongen förekommande vid den screeningsundersökning som görs vid SMI skickas det omgående till England.
 === Resistensbestämning och resistensutveckling ===
-Sedan de nya antivirala medlen kom bör bedömning avseende resistens mot dessa göras fortlöpande. Detta görs genom NA-sekvenseringen, då vissa resistensmutationer för NA är kända. För somliga isolat görs också fenotypisk resistensbestämning mot zanamivir och oseltamivir.
+Sedan de nya antivirala medlen kom bör bedömning avseende resistens mot dessa göras fortlöpande. Detta görs genom NA-sekvenseringen, då vissa resistensmutationer för N är kända. För somliga isolat görs också konventionell (fenotypisk) resistensbestämning mot zanamivir och oseltamivir.
 === Kvalitetskontroll ===
-EQUALIS tillhandahåller paneler för virusodling, antigendetektion och genamplifikation. UKNEQAS har en luftvägspanel för virusodling, i vilken influensa kan ingå. Europeiska nationella influensacentra deltar i kontroll av virusodling genom EISS (Europena Influenza Surveillance System).
+EQUALIS tillhandahåller paneler för genamplifikation. UKNEQAS har en luftvägspanel för virusodling, i vilken influensa kan ingå. Europeiska nationella influensacentra deltar i kontroll av virusodling genom EISS (Europena Influenza Surveillance System).
-[[Kategori:Laboratoriediagnostik-Nedre luftvägsinfektioner]]
+[[Kategori:Laboratoriediagnostik-Nedre luftvägsinfektioner]]. QCMD gör PCR-paneler för influensa A och B samt subtypningsspecifika analyser.