Kvalitetssäkring-diagnostik mage, tarm - Versionshistorik

Magnus Thore: /* EQAS */

2010-02-10T07:05:55Z

EQAS

Magnus Thore: /* Koncentrationen av målbakterier i feces */

2010-02-10T07:04:16Z

Koncentrationen av målbakterier i feces

Magnus Thore: /* Koncentrationen av målbakterier i feces */

2010-02-10T07:03:58Z

Koncentrationen av målbakterier i feces

Magnus Thore den 16 december 2009 kl. 17.58

2009-12-16T17:58:19Z

Magnus Thore den 16 december 2009 kl. 15.09

2009-12-16T15:09:24Z

Magnus Thore: /* Koncentrationen av målbakterier i feces */

2009-12-16T14:33:19Z

Koncentrationen av målbakterier i feces

Magnus Thore: /* Koncentrationen av målbakterier i feces */

2009-12-16T14:32:44Z

Koncentrationen av målbakterier i feces

Magnus Thore den 16 december 2009 kl. 14.32

2009-12-16T14:32:28Z

Magnus Thore: /* Metodkalibrering */

2009-12-13T16:49:15Z

Metodkalibrering

Magnus Thore: /* Metodkalibrering */

2009-12-13T16:49:04Z

Metodkalibrering

@@ Rad 35: / Rad 35: @@
 *1. Bakterier: För att beskriva aktuella prestanda för fecesodling har externa provpaneler sänts ut från SMI till de kliniskt bakteriologiska laboratorierna i landet. Målbakterier av olika typ och i flera koncentrationer blandades med en konstant mängd kontaminerande flora bestående av ''Citrobacter braakii, E. coli, Proteus mirabilis'' och ''Enterococcus hirae'' sammanlagt motsvarande ca <math>10^5</math> CFU/mL i suspenderat frystorkat material. De flesta laboratorier klarade ca <math>10^4</math> CFU/mL av lättodlad ''Salmonella'' vid primärodling (se [[Bilaga 2. Bakteriologiska referensmaterial|Bilaga 2.3]]).
-Vid två olika utskick från SMI med ''Shigella sonnei'' och ''Shigella flexneri'' kunde 18 av 23 resp. 20 av 29 laboratorier hitta ''Shigella'' i koncentrationen 2x10e3 bakterier per mL.
+Vid två olika utskick från SMI med ''Shigella sonnei'' och ''Shigella flexneri'' kunde 18 av 23 resp. 20 av 29 laboratorier hitta ''Shigella'' i koncentrationen 2x10<math>^3</math> bakterier per mL.
 *2. Virala agens: Externa provpaneler preparerade vid SMI avseende diagnostik av rotavirus har regelbundet sedan 1998 sänts ut genom EQUALIS till de mikrobiologiska laboratorier som erbjuder [[rotavirus]]-diagnostik. Provpanelerna har före utskick analyserats med elektronmikroskopi, in-house ELISA för antigendetektion samt gruppspecifik PCR. Provpanelerna har består av provmaterial innehållande rikligt och sparsamt med rotavirus. Samtliga prover har dock innehållit minst <math>10^6</math> viruspartiklar/mL fecessuspension som är detektionsgränsen för elektronmikroskopi. Provpanelresultaten har inneburit  att vissa kommersiella tester under åren bytts ut. Vid konsensusmöte för virala agens framkom önskemål om paneler för övriga virus som [[adenovirus]], [[astrovirus]] och [[calicivirus]] som orsakar diarré för att underlätta kvalitetssäkringsarbetet vid de enskilda laboratorierna.

@@ Rad 17: / Rad 17: @@
 Vid akut enterit är exempelvis koncentrationen av ''Salmonella'' species mellan <math>10^5</math>-<math>10^1</math><math>^0</math> bakterier per gram feces. I konvalescentstadiet sjunker koncentrationen till ca <math>10^4</math> bakterier per gram. Klarar aktuell föreslagen referensmetodik att påvisa denna lägre bakteriekoncentration?
-Studier vid Centrallasarettet i Västerås avseende teoretisk nedre känslighetsgräns ger vid handen att pinnstryk enligt referensmetoden ger möjlighet att analysera ca 2 mg feces och anrikning i Rappaportbuljong ca 30 mg feces. Om koncentrationen vid bärarskap är <math>10^4</math> målbakterier/gram feces innebär det att man med referensmetoden stryker ut ca 20 av dessa på plattan. I bästa fall växer 10 av dem ut om growth index (GI) är 50 %. Samtidigt anrikas teoretiskt 250-300 bakterier i buljongen vilket är tillräckligt för att klara även svårodlade stammar som ''S.'' Senftenberg (se [[# Bilaga 2. Bakteriologiska referensmaterial ]]).
+Studier vid Centrallasarettet i Västerås avseende teoretisk nedre känslighetsgräns ger vid handen att pinnstryk enligt referensmetoden ger möjlighet att analysera ca 2 mg feces och anrikning i Rappaportbuljong ca 30 mg feces. Om koncentrationen vid bärarskap är <math>10^4</math> målbakterier/gram feces innebär det att man med referensmetoden stryker ut ca 20 av dessa på plattan. I bästa fall växer 10 av dem ut om growth index (GI) är 50 %. Samtidigt anrikas teoretiskt 250-300 bakterier i buljongen vilket är tillräckligt för att klara även svårodlade stammar som ''S.'' Senftenberg (se [[Bilaga 2. Bakteriologiska referensmaterial ]]).
 Den teoretiskt lägsta känslighetsgränsen vid primärodling för ''Shigella'' species kan på samma sätt uppskattas till <math>10^3</math> bakterier/gram feces vid användning av föreslagen referensmetodik. Liknande nedre detektionsnivåer beräknar man för ''[[Campylobacter]]'' species, '' [[Yersinia]] '' species och sannolikt även för [[EHEC]].

@@ Rad 17: / Rad 17: @@
 Vid akut enterit är exempelvis koncentrationen av ''Salmonella'' species mellan <math>10^5</math>-<math>10^1</math><math>^0</math> bakterier per gram feces. I konvalescentstadiet sjunker koncentrationen till ca <math>10^4</math> bakterier per gram. Klarar aktuell föreslagen referensmetodik att påvisa denna lägre bakteriekoncentration?
-Studier vid Centrallasarettet i Västerås avseende teoretisk nedre känslighetsgräns ger vid handen att pinnstryk enligt referensmetoden ger möjlighet att analysera ca 2 mg feces och anrikning i Rappaportbuljong ca 30 mg feces. Om koncentrationen vid bärarskap är <math>10^4</math> målbakterier/gram feces innebär det att man med referensmetoden stryker ut ca 20 av dessa på plattan. I bästa fall växer 10 av dem ut om growth index (GI) är 50 %. Samtidigt anrikas teoretiskt 250-300 bakterier i buljongen vilket är tillräckligt för att klara även svårodlade stammar som ''S.'' Senftenberg (se bilaga 2.3).
+Studier vid Centrallasarettet i Västerås avseende teoretisk nedre känslighetsgräns ger vid handen att pinnstryk enligt referensmetoden ger möjlighet att analysera ca 2 mg feces och anrikning i Rappaportbuljong ca 30 mg feces. Om koncentrationen vid bärarskap är <math>10^4</math> målbakterier/gram feces innebär det att man med referensmetoden stryker ut ca 20 av dessa på plattan. I bästa fall växer 10 av dem ut om growth index (GI) är 50 %. Samtidigt anrikas teoretiskt 250-300 bakterier i buljongen vilket är tillräckligt för att klara även svårodlade stammar som ''S.'' Senftenberg (se [[# Bilaga 2. Bakteriologiska referensmaterial ]]).
 Den teoretiskt lägsta känslighetsgränsen vid primärodling för ''Shigella'' species kan på samma sätt uppskattas till <math>10^3</math> bakterier/gram feces vid användning av föreslagen referensmetodik. Liknande nedre detektionsnivåer beräknar man för ''[[Campylobacter]]'' species, '' [[Yersinia]] '' species och sannolikt även för [[EHEC]].

@@ Rad 37: / Rad 37: @@
 Vid två olika utskick från SMI med ''Shigella sonnei'' och ''Shigella flexneri'' kunde 18 av 23 resp. 20 av 29 laboratorier hitta ''Shigella'' i koncentrationen 2x10e3 bakterier per mL.
-*2. Virala agens: Externa provpaneler preparerade vid SMI avseende diagnostik av rotavirus har regelbundet sedan 1998 sänts ut genom EQUALIS till de mikrobiologiska laboratorier som erbjuder [[rotavirus]]-diagnostik. Provpanelerna har före utskick analyserats med elektronmikroskopi, in-house ELISA för antigendetektion samt gruppspecifik PCR. Provpanelerna har består av provmaterial innehållande rikligt och sparsamt med rotavirus. Samtliga prover har dock innehållit minst 10e6 viruspartiklar/mL fecessuspension som är detektionsgränsen för elektronmikroskopi. Provpanelresultaten har inneburit  att vissa kommersiella tester under åren bytts ut. Vid konsensusmöte för virala agens framkom önskemål om paneler för övriga virus som [[adenovirus]], [[astrovirus]] och [[calicivirus]] som orsakar diarré för att underlätta kvalitetssäkringsarbetet vid de enskilda laboratorierna.
+*2. Virala agens: Externa provpaneler preparerade vid SMI avseende diagnostik av rotavirus har regelbundet sedan 1998 sänts ut genom EQUALIS till de mikrobiologiska laboratorier som erbjuder [[rotavirus]]-diagnostik. Provpanelerna har före utskick analyserats med elektronmikroskopi, in-house ELISA för antigendetektion samt gruppspecifik PCR. Provpanelerna har består av provmaterial innehållande rikligt och sparsamt med rotavirus. Samtliga prover har dock innehållit minst <math>10^6</math> viruspartiklar/mL fecessuspension som är detektionsgränsen för elektronmikroskopi. Provpanelresultaten har inneburit  att vissa kommersiella tester under åren bytts ut. Vid konsensusmöte för virala agens framkom önskemål om paneler för övriga virus som [[adenovirus]], [[astrovirus]] och [[calicivirus]] som orsakar diarré för att underlätta kvalitetssäkringsarbetet vid de enskilda laboratorierna.
 === Analytiska kvalitetsmål ===

@@ Rad 33: / Rad 33: @@
 === EQAS ===
-*1. Bakterier: För att beskriva aktuella prestanda för fecesodling har externa provpaneler sänts ut från SMI till de kliniskt bakteriologiska laboratorierna i landet. Målbakterier av olika typ och i flera koncentrationer blandades med en konstant mängd kontaminerande flora bestående av ''Citrobacter braakii, E. coli, Proteus mirabilis'' och ''Enterococcus hirae'' sammanlagt motsvarande ca <math>10^5</math> CFU/mL i suspenderat frystorkat material. De flesta laboratorier klarade ca 10e4 CFU/mL av lättodlad ''Salmonella'' vid primärodling (se [[Bilaga 2. Bakteriologiska referensmaterial|Bilaga 2.3]]).
+*1. Bakterier: För att beskriva aktuella prestanda för fecesodling har externa provpaneler sänts ut från SMI till de kliniskt bakteriologiska laboratorierna i landet. Målbakterier av olika typ och i flera koncentrationer blandades med en konstant mängd kontaminerande flora bestående av ''Citrobacter braakii, E. coli, Proteus mirabilis'' och ''Enterococcus hirae'' sammanlagt motsvarande ca <math>10^5</math> CFU/mL i suspenderat frystorkat material. De flesta laboratorier klarade ca <math>10^4</math> CFU/mL av lättodlad ''Salmonella'' vid primärodling (se [[Bilaga 2. Bakteriologiska referensmaterial|Bilaga 2.3]]).
 Vid två olika utskick från SMI med ''Shigella sonnei'' och ''Shigella flexneri'' kunde 18 av 23 resp. 20 av 29 laboratorier hitta ''Shigella'' i koncentrationen 2x10e3 bakterier per mL.

@@ Rad 19: / Rad 19: @@
 Studier vid Centrallasarettet i Västerås avseende teoretisk nedre känslighetsgräns ger vid handen att pinnstryk enligt referensmetoden ger möjlighet att analysera ca 2 mg feces och anrikning i Rappaportbuljong ca 30 mg feces. Om koncentrationen vid bärarskap är <math>10^4</math> målbakterier/gram feces innebär det att man med referensmetoden stryker ut ca 20 av dessa på plattan. I bästa fall växer 10 av dem ut om growth index (GI) är 50 %. Samtidigt anrikas teoretiskt 250-300 bakterier i buljongen vilket är tillräckligt för att klara även svårodlade stammar som ''S.'' Senftenberg (se bilaga 2.3).
-Den teoretiskt lägsta känslighetsgränsen vid primärodling för ''Shigella'' species kan på samma sätt uppskattas till 10e3 bakterier/gram feces vid användning av föreslagen referensmetodik. Liknande nedre detektionsnivåer beräknar man för ''[[Campylobacter]]'' species, '' [[Yersinia]] '' species och sannolikt även för [[EHEC]].
+Den teoretiskt lägsta känslighetsgränsen vid primärodling för ''Shigella'' species kan på samma sätt uppskattas till <math>10^3</math> bakterier/gram feces vid användning av föreslagen referensmetodik. Liknande nedre detektionsnivåer beräknar man för ''[[Campylobacter]]'' species, '' [[Yersinia]] '' species och sannolikt även för [[EHEC]].
 === Substratens beskaffenhet ===

@@ Rad 15: / Rad 15: @@
 === Koncentrationen av målbakterier i feces ===
-Vid akut enterit är exempelvis koncentrationen av ''Salmonella'' species mellan <math>10^5</math>-<math>10^2</math><math>^0</math> bakterier per gram feces. I konvalescentstadiet sjunker koncentrationen till ca <math>10^4</math> bakterier per gram. Klarar aktuell föreslagen referensmetodik att påvisa denna lägre bakteriekoncentration?
+Vid akut enterit är exempelvis koncentrationen av ''Salmonella'' species mellan <math>10^5</math>-<math>10^1</math><math>^0</math> bakterier per gram feces. I konvalescentstadiet sjunker koncentrationen till ca <math>10^4</math> bakterier per gram. Klarar aktuell föreslagen referensmetodik att påvisa denna lägre bakteriekoncentration?
 Studier vid Centrallasarettet i Västerås avseende teoretisk nedre känslighetsgräns ger vid handen att pinnstryk enligt referensmetoden ger möjlighet att analysera ca 2 mg feces och anrikning i Rappaportbuljong ca 30 mg feces. Om koncentrationen vid bärarskap är <math>10^4</math> målbakterier/gram feces innebär det att man med referensmetoden stryker ut ca 20 av dessa på plattan. I bästa fall växer 10 av dem ut om growth index (GI) är 50 %. Samtidigt anrikas teoretiskt 250-300 bakterier i buljongen vilket är tillräckligt för att klara även svårodlade stammar som ''S.'' Senftenberg (se bilaga 2.3).

@@ Rad 58: / Rad 58: @@
 Det är inte möjligt att ange en känslighetsgräns (detektionsgräns) som är giltig för alla typer av ''Salmonella'' species (och  andra typer av tarmpatogener) och som samtidigt är biologiskt relevant i olika medicinska situationer. Däremot går det att ange ett gränsvärde relaterat till ett spårbart och definierat kontrollmaterial avsett för nationell diagnostisk harmonisering och metodkalibrering. Särskilt värde skulle ett sådant kontrollmaterial ha vid utprövning eller kvalitetskontroll av odlingsmedier.
-Med utgångspunkt från teoretiska beräkningar och erfarenheter från hittills utsända paneler antog konsensusmötet att försöksvis definiera gemensamma gränsvärden för kalibrering av salmonellaodling genom ett suspenderat frystorkat kontrollmaterial. Med ökad erfarenhet av reproducerbarhet och acceptans kunde kontrollmaterialet etableras som ett referensmaterial. Laboratoriet för klinisk mikrobiologi vid Centrallasarettet i Västerås har åtagit sig att tills vidare tillhandahålla kontrollmaterial för ''Salmonella'' species. Samma nivå borde kunna användas för ''Salmonella'' species, ''Shigella'' species, ''Yersinia'' species och ''Campylobacter'' species med avsikt att framöver, när resurserna så tillåter, utvidga materialet till att omfatta flera tarmpatogener. Arbetsgruppen har för ändamålet försökt anvisa ett adekvat urval av referensstammar och referenssera för intern kontroll (Bilaga 2. Bakteriologiska referensmaterial).
+Med utgångspunkt från teoretiska beräkningar och erfarenheter från hittills utsända paneler antog konsensusmötet att försöksvis definiera gemensamma gränsvärden för kalibrering av salmonellaodling genom ett suspenderat frystorkat kontrollmaterial. Med ökad erfarenhet av reproducerbarhet och acceptans kunde kontrollmaterialet etableras som ett referensmaterial. Laboratoriet för klinisk mikrobiologi vid Centrallasarettet i Västerås har åtagit sig att tills vidare tillhandahålla kontrollmaterial för ''Salmonella'' species. Samma nivå borde kunna användas för ''Salmonella'' species, ''Shigella'' species, ''Yersinia'' species och ''Campylobacter'' species med avsikt att framöver, när resurserna så tillåter, utvidga materialet till att omfatta flera tarmpatogener. Arbetsgruppen har för ändamålet försökt anvisa ett adekvat urval av referensstammar och referenssera för intern kontroll ([[Bilaga 2. Bakteriologiska referensmaterial]]).
 [[Kategori:Infektioner i mage och tarm]]