MRSA-screening enligt Halmstadmodellen - Versionshistorik

Magnus Thore den 26 juni 2012 kl. 12.27

2012-06-26T12:27:16Z

Magnus Thore: /* Introduktion */

2012-06-26T12:08:02Z

Introduktion

Magnus Thore: /* Kvantitativ nuc-PCR */

2012-04-22T14:07:52Z

Kvantitativ nuc-PCR

Magnus Thore: /* Introduktion */

2012-04-22T14:06:58Z

Introduktion

Magnus Thore: /* Introduktion */

2012-04-22T14:06:24Z

Introduktion

Magnus Thore den 3 april 2012 kl. 10.35

2012-04-03T10:35:56Z

Magnus Thore: /* REFERENSER */

2012-04-03T10:35:34Z

REFERENSER

Magnus Thore: /* Kvantitativ nuc-PCR */

2012-04-03T10:32:40Z

Kvantitativ nuc-PCR

Magnus Thore: /* Kvantitativ nuc-PCR */

2012-04-03T10:32:13Z

Kvantitativ nuc-PCR

Magnus Thore den 3 april 2012 kl. 09.02

2012-04-03T09:02:03Z

@@ Rad 4: / Rad 4: @@
 ----
 == MRSA-screening enligt ”Halmstadmodellen” ==
 === Introduktion ===
 Metoden gör det möjligt att utesluta förekomst av MRSA i 80-90 % av negativa prover inom ett dygn. Övriga prover odlas ytterligare ett eller två dygn innan de kan slutsvaras. För att åstadkomma detta odlas provet i en selektiv buljong (4 mg/L cefoxitin) över natt. Antalet ''S. aureus'' celler i buljongen bestäms sedan med en kvantitativ realtids-PCR baserad på nuc-genen enligt Brakstad et al,<math>^1</math> modifierad av Nilsson et al.<math>^2</math> Principen bygger på att MRSA anrikas till påvisbara nivåer över cutoff, medan känsliga stammar gör detta i mycket mindre utsträckning. Specificiteten i PCR-steget är 80-90 %. De prover som innehåller ''S. aureus''-antal under en definierad cutoff svaras ut som negativa. Övriga odlas ut på fasta substrat för MRSA-identifiering.
@@ Rad 21: / Rad 18: @@
 Provpinnen eller 50 µL urin inokuleras i 3-5 mL FOX-buljong.
-Inkubera också tunt inokulat av MRSA-kontrollstam CCUG35600 i ett rör som positiv preparationskontroll. Inkubera 37 °C i skakinkubator (110 rpm) minst 16 timmar. Efter inkubering vortexas odlingen och 100 µL förs över till sterilt 1,5 mL eppendorfrör. Om prover skall ”poolas” tag 100 µL av varje (högst 3 prover per pool) till ett rör. Centrifugera röret 14 000 rpm 3 minuter och avlägsna genast överfasen. Resuspendera pellet i halva ursprungsvolymen StafLys (20 mM Tris-HCl pH 7,6 (Sigma), 0,5 % Tween20 (Sigma), 0,5 % Igepal CA-630 (Sigma) och 60 µg/mL ProteinasK (Roche Diagnostics)). Inkubera sedan röret 56 °C 60 minuter följt av 5 minuter 95-99 °C. Centrifugera provet 10 000 rpm 1 minut inför PCR-analys.
+*'''Recept: FOX-buljong'''
 === Mängdstandard ===
-Mängdstandard bereds i korthet från en övernattsodlad BHI-kultur av MRSA CCUG 35600. Med ”viable counts” bestäms CFU/mL för suspensionen varefter celler lyseras på samma sätt som proverna. Lysatet späds sedan i StaffLys utan proteinasK till lämpliga koncentrationer utifrån ”viable count”-resultat (t.ex.<math>10^8</math>, <math>10^6</math>, <math>10^5</math>, <math>10^4</math> CFU/mL).
+Mängdstandard bereds i korthet från en övernattsodlad BHI-kultur av MRSA CCUG 35600. Med ”viable counts” bestäms CFU/mL för suspensionen varefter celler lyseras på samma sätt som proverna. Lysatet späds sedan i StafLys utan proteinase K till lämpliga koncentrationer utifrån ”viable count”-resultat (t.ex.<math>10^8</math>, <math>10^6</math>, <math>10^5</math>, <math>10^4</math> CFU/mL).
 Alternativt kan en mängdstandard beredas från isolerat och koncentrationsbestämt kromosomalt DNA från en ''S. aureus'' kontrollstam.
 === Kvantitativ nuc-PCR ===
-Genom att analysera fyrapunkters mängdstandard parallellt med proverna kan antalet ''S. aureus''-celler/mL i buljongerna bestämmas. Buljonger som innehåller färre än <math>10^4</math> CFU/mL svaras ut som negativa, 10 µL av övriga buljonger odlas ut på substrat lämpliga för identifiering av ''S. aureus''.
+Genom att analysera fyrapunkters mängdstandard parallellt med proverna kan antalet ''S. aureus''-celler/mL i buljongerna bestämmas. Buljonger som innehåller färre än <math>10^4</math> CFU/mL svaras ut som negativa, 10 µL av övriga buljonger odlas ut på fast substrat lämpliga för identifiering av ''S. aureus''.
-Reaktionsvolymen är 25 µL, använd 5 µL templat. Mastermixen skall innehålla 1 x Quanta Perfecta qPCR Fast mix (WWR), 0,9 uM vardera av primrar NUC4 och NUC5 samt 0, 25 uM av TacqMan-prob NUC-RQ.
+Reaktionsvolymen är 25 µL, använd 5 µL templat. Mastermixen innehåller 1 x Quanta Perfecta qPCR Fast mix (WWR), 0,9 μM vardera av primrar NUC4 och NUC5 samt 0, 25 μM av TaqMan-prob NUC-RQ.
-*Primer-och probsekvenser (4)
+Primer-och probsekvenser (4)
 **NUC4 5´- TCA AGT CTA AGT AGC TCA GCA AAT GC –3´
 **NUC5 5´- GAA GTT GCA CTA TAT ACT GTT GGA TCT TC –3´
 **NUC-RQ 5´-FAM-TCA CAA ACA GAT AAC GGC GTA AAT AGA AGT GGT TCT - TAMRA -3
 *Temperaturprofil i RotorGene Q/6000
 **Enzymaktivering- 95 °C 3 minuter.
 **Amplifiering och detektion- 95 °C 3 sekunder. 65 °C 20 sekunder.
 **Fluorescensmätning ''Green channel'' 40 cykler.

@@ Rad 12: / Rad 12: @@
 === Introduktion ===
-Metoden gör det möjligt att utesluta förekomst av MRSA i 80-90 % av negativa prover inom ett dygn. Övriga prover odlas ytterligare ett eller två dygn innan de kan slutsvaras. För att åstadkomma detta odlas provet i en selektiv buljong (4 mg/L cefoxitin) över natt. Antalet ''S. aureus'' celler i buljongen bestäms sedan med en kvantitativ realtids-PCR baserad på nuc-genen(1). De prover som innehåller ''S. aureus''-antal under en definierad cutoff svaras ut som negativa. Övriga odlas ut på fasta substrat för MRSA-identifiering. Principen bygger på att MRSA anrikas till nivåer över cutoff, känsliga stammar gör detta i mycket mindre utsträckning. Specificiteten i PCR-steget är 80-90 %. Prover svaras därför ut positiva för MRSA endast efter odlingsfynd.
+Metoden gör det möjligt att utesluta förekomst av MRSA i 80-90 % av negativa prover inom ett dygn. Övriga prover odlas ytterligare ett eller två dygn innan de kan slutsvaras. För att åstadkomma detta odlas provet i en selektiv buljong (4 mg/L cefoxitin) över natt. Antalet ''S. aureus'' celler i buljongen bestäms sedan med en kvantitativ realtids-PCR baserad på nuc-genen enligt Brakstad et al,<math>^1</math> modifierad av Nilsson et al.<math>^2</math> Principen bygger på att MRSA anrikas till påvisbara nivåer över cutoff, medan känsliga stammar gör detta i mycket mindre utsträckning. Specificiteten i PCR-steget är 80-90 %. De prover som innehåller ''S. aureus''-antal under en definierad cutoff svaras ut som negativa. Övriga odlas ut på fasta substrat för MRSA-identifiering.
 Prover som utfallit positiva med denna metod verifieras i en uppföljande PCR som beskrivs i artikeln [[Genotypisk MRSA-verifiering]].

@@ Rad 56: / Rad 56: @@
 **Amplifiering och detektion- 95 °C 3 sekunder. 65 °C 20 sekunder.
 **Fluorescensmätning ''Green channel'' 40 cykler.
 == REFERENSER ==

@@ Rad 14: / Rad 14: @@
 Metoden gör det möjligt att utesluta förekomst av MRSA i 80-90 % av negativa prover inom ett dygn. Övriga prover odlas ytterligare ett eller två dygn innan de kan slutsvaras. För att åstadkomma detta odlas provet i en selektiv buljong (4 mg/L cefoxitin) över natt. Antalet ''S. aureus'' celler i buljongen bestäms sedan med en kvantitativ realtids-PCR baserad på nuc-genen(1). De prover som innehåller ''S. aureus''-antal under en definierad cutoff svaras ut som negativa. Övriga odlas ut på fasta substrat för MRSA-identifiering. Principen bygger på att MRSA anrikas till nivåer över cutoff, känsliga stammar gör detta i mycket mindre utsträckning. Specificiteten i PCR-steget är 80-90 %. Prover svaras därför ut positiva för MRSA endast efter odlingsfynd.
-Prover som utfallit positiva med denna metod verifieras i en uppföljande PCR som beskrivs i artikeln [[Genotypsk verifiering av MRSA]].
+Prover som utfallit positiva med denna metod verifieras i en uppföljande PCR som beskrivs i artikeln [[Genotypisk MRSA-verifiering]].
 === Anrikning och provpreparation ===

← Äldre version		Versionen från 22 april 2012 kl. 14.06
Rad 13:		Rad 13:

	Metoden gör det möjligt att utesluta förekomst av MRSA i 80-90 % av negativa prover inom ett dygn. Övriga prover odlas ytterligare ett eller två dygn innan de kan slutsvaras. För att åstadkomma detta odlas provet i en selektiv buljong (4 mg/L cefoxitin) över natt. Antalet ''S. aureus'' celler i buljongen bestäms sedan med en kvantitativ realtids-PCR baserad på nuc-genen(1). De prover som innehåller ''S. aureus''-antal under en definierad cutoff svaras ut som negativa. Övriga odlas ut på fasta substrat för MRSA-identifiering. Principen bygger på att MRSA anrikas till nivåer över cutoff, känsliga stammar gör detta i mycket mindre utsträckning. Specificiteten i PCR-steget är 80-90 %. Prover svaras därför ut positiva för MRSA endast efter odlingsfynd.		Metoden gör det möjligt att utesluta förekomst av MRSA i 80-90 % av negativa prover inom ett dygn. Övriga prover odlas ytterligare ett eller två dygn innan de kan slutsvaras. För att åstadkomma detta odlas provet i en selektiv buljong (4 mg/L cefoxitin) över natt. Antalet ''S. aureus'' celler i buljongen bestäms sedan med en kvantitativ realtids-PCR baserad på nuc-genen(1). De prover som innehåller ''S. aureus''-antal under en definierad cutoff svaras ut som negativa. Övriga odlas ut på fasta substrat för MRSA-identifiering. Principen bygger på att MRSA anrikas till nivåer över cutoff, känsliga stammar gör detta i mycket mindre utsträckning. Specificiteten i PCR-steget är 80-90 %. Prover svaras därför ut positiva för MRSA endast efter odlingsfynd.
		+
		+	Prover som utfallit positiva med denna metod verifieras i en uppföljande PCR som beskrivs i artikeln [[Genotypsk verifiering av MRSA]].

	=== Anrikning och provpreparation ===		=== Anrikning och provpreparation ===

@@ Rad 1: / Rad 1: @@
-'''Artikel uppdaterad april2012'''
+'''Artikel uppdaterad april 2012'''
 ----
 Till förgreningssidan [[MRSA]]

@@ Rad 59: / Rad 59: @@
 *1.Brakstad et al. 1992. Detection of ''Staphylococcus aureus'' by polymerase chain reaction amplification of the nuc gene. J Clin Microbiol. 30: 1654-1660.
-*39th Annual Meeting of the Infectious Society of America. 2001. San Fransisco paper n.o. 183: MRSA detection in patients in less than 24 h with a Light Cycler (Roche) real-time PCR-based method. Nilsson, P, & Ripa, T.
+*2.''39th Annual Meeting of the Infectious Society of America. 2001.'' San Fransisco paper n.o. 183: MRSA detection in patients in less than 24 h with a Light Cycler (Roche) real-time PCR-based method. Nilsson, P, & Ripa, T.
-[[Kategori:Laboratoriediagnostik]]
+*3. Nilsson, P., H. Alexandersson, and T. Ripa. 2005. Use of broth enrichment and real-time PCR to exclude the presence of methicillin-resistant ''Staphylococcus aureus'' in clinical samples: a sensitive screening approach. Clin Microbiol Infect. 11:1027-34.

@@ Rad 1: / Rad 1: @@
 Till förgreningssidan [[MRSA]]
@@ Rad 10: / Rad 12: @@
 === Introduktion ===
-Metoden gör det möjligt att utesluta förekomst av MRSA i 80-90 % av negativa prover inom ett dygn. Övriga prover odlas ytterligare ett eller två dygn innan de kan slutsvaras. För att åstadkomma detta odlas provet i en ”semi”-selektiv buljong (2 mg/L meticillin) över natt. Antalet ''S. aureus'' celler i buljongen bestäms sedan med en kvantitativ realtids-PCR baserad på nuc-genen. De prover som innehåller ''S. aureus''-antal under en definierad cutoff svaras ut som negativa. Övriga odlas ut på fasta substrat för MRSA-identifiering. Principen bygger på att MRSA anrikas till nivåer över cutoff, känsliga stammar gör detta i mycket mindre utsträckning. ”Semi”-selektiviteten i buljongen betingas av att många MRSA-stammar inte är höggradigt resistenta och alltså inte skulle växa fram i en högre koncentration. Tyvärr innebär det också att vissa mecA-gen negativa ''S. aureus'' (BORSA) kommer att växa över ”cutoff” och därmed sänka specificiteten i PCR-steget. Prover svaras dock ut positiva för MRSA endast efter odlingsfynd.
+Metoden gör det möjligt att utesluta förekomst av MRSA i 80-90 % av negativa prover inom ett dygn. Övriga prover odlas ytterligare ett eller två dygn innan de kan slutsvaras. För att åstadkomma detta odlas provet i en selektiv buljong (4 mg/L cefoxitin) över natt. Antalet ''S. aureus'' celler i buljongen bestäms sedan med en kvantitativ realtids-PCR baserad på nuc-genen(1). De prover som innehåller ''S. aureus''-antal under en definierad cutoff svaras ut som negativa. Övriga odlas ut på fasta substrat för MRSA-identifiering. Principen bygger på att MRSA anrikas till nivåer över cutoff, känsliga stammar gör detta i mycket mindre utsträckning. Specificiteten i PCR-steget är 80-90 %. Prover svaras därför ut positiva för MRSA endast efter odlingsfynd.
 === Anrikning och provpreparation ===
-Provpinnen eller 50 µL urin inokuleras i 3-5 mL MAMSA-buljong.
+Provpinnen eller 50 µL urin inokuleras i 3-5 mL FOX-buljong.
 Inkubera också tunt inokulat av MRSA-kontrollstam CCUG35600 i ett rör som positiv preparationskontroll. Inkubera 37 °C i skakinkubator (110 rpm) minst 16 timmar. Efter inkubering vortexas odlingen och 100 µL förs över till sterilt 1,5 mL eppendorfrör. Om prover skall ”poolas” tag 100 µL av varje (högst 3 prover per pool) till ett rör. Centrifugera röret 14 000 rpm 3 minuter och avlägsna genast överfasen. Resuspendera pellet i halva ursprungsvolymen StafLys (20 mM Tris-HCl pH 7,6 (Sigma), 0,5 % Tween20 (Sigma), 0,5 % Igepal CA-630 (Sigma) och 60 µg/mL ProteinasK (Roche Diagnostics)). Inkubera sedan röret 56 °C 60 minuter följt av 5 minuter 95-99 °C. Centrifugera provet 10 000 rpm 1 minut inför PCR-analys.
@@ Rad 24: / Rad 26: @@
 Alternativt kan en mängdstandard beredas från isolerat och koncentrationsbestämt kromosomalt DNA från en ''S. aureus'' kontrollstam.
-*Recept: MAMSA-buljong
+*Recept: FOX-buljong
-**	Innehåll	           Gram/L
+**	Innehåll	 Gram/L
 **	proteos peptone (Oxoid L85)	15,0
 **	liver digest (Oxoid L27)	2,5
@@ Rad 32: / Rad 34: @@
 **	mannitol (Scharlov),	10,0
 **	phenyl red (Merck)	16 mg/L
-**	Methicillin (LabM)	2,0 mg
+**       Cefoxitin (Sigma)         4,0 mg
 **	Aztreonam (Bristol-Meyers Squibb)	8 mg
-*	pH  7,0 ± 0,1 vid  25 °C
+*	pH 7,0 ± 0,1 vid 25 °C
 === Kvantitativ nuc-PCR ===
-Genom att analysera fyrapunkters mängdstandard parallellt med proverna kan antalet ''S. aureus''-celler/mL i buljongerna bestämmas. Verifiera PCR-produkten med smältpunktsanalys, nuc-PCR-produkt smälter vid ca 82 °C. Buljonger som innehåller färre än <math>10^4</math> CFU/mL svaras ut som negativa, 10 µL av övriga buljonger odlas ut på substrat lämpliga för identifiering av ''S. aureus''.
+Genom att analysera fyrapunkters mängdstandard parallellt med proverna kan antalet ''S. aureus''-celler/mL i buljongerna bestämmas. Buljonger som innehåller färre än <math>10^4</math> CFU/mL svaras ut som negativa, 10 µL av övriga buljonger odlas ut på substrat lämpliga för identifiering av ''S. aureus''.
-Reaktionsvolymen är 20 µL, använd 2 µL templat. Mastermixen skall innehålla 1 x LC-master, 4 mM MgCl<sub>2</sub>, 0,5 µM av varje primer och 0,04 units/µL FastStart Taq DNA-polymeras.
+Reaktionsvolymen är 25 µL, använd 5 µL templat. Mastermixen skall innehålla 1 x Quanta Perfecta qPCR Fast mix (WWR), 0,9 uM vardera av primrar NUC4 och NUC5 samt 0, 25 uM av TacqMan-prob NUC-RQ.
-LC-master innehåller 2 x FastStart PCR-buffert (Roche Diagnostics), 4 % DMSO (Sigma), 0,4 mM dNTP (Roche Diagnostics, 0,04 % (w/v) BSA (Roche Diagnostics) och 0,6 x SybrGreen I (Molecular Probes).
+*Primer-och probsekvenser (4)
-*Primersekvenser
-**F-primer 5´-GCG ATT GAT GGT GAT ACG GTT –3´
+*Temperaturprofil i RotorGene Q/6000
 **Enzymaktivering- 95 °C 10 minuter. Slope 20 °C/s. 1 cykel.
 **Amplifiering och detektion- 95 °C 15 sekunder. 65 °C 5 sekunder. 72 °C 12 sekunder. 79 °C 5 sekunder med ”aquisition singel”. Slope 20 °C/s på alla segment. 40 cykler.