Maldi-Tof - Versionshistorik

Magnus Thore: /* Nonfermentativa gramnegativa stavar och HACEK-gruppen */

2012-10-04T12:05:14Z

Nonfermentativa gramnegativa stavar och HACEK-gruppen

Magnus Thore: /* Enterokocker och streptokocker */

2012-10-04T12:03:36Z

Enterokocker och streptokocker

Magnus Thore: /* Gramnegativa kocker */

2012-07-03T12:26:37Z

Gramnegativa kocker

Magnus Thore: /* Enterobacteriaceae */

2012-05-20T16:46:12Z

Enterobacteriaceae

Magnus Thore: /* Klass 3-organismer */

2012-05-17T12:03:31Z

Klass 3-organismer

Magnus Thore: /* Taxonomi och typningsmetoder */

2012-05-17T12:02:51Z

Taxonomi och typningsmetoder

Magnus Thore: /* Anaeroba bakterier */

2012-05-17T11:49:52Z

Anaeroba bakterier

Magnus Thore: /* Maldi-Tof */

2012-05-17T09:55:36Z

Maldi-Tof

Magnus Thore: /* Maldi-Tof */

2012-05-17T09:24:50Z

Maldi-Tof

Magnus Thore: Skapade sidan med ''''Artikel publicerad maj 2012''' ---- ''Till innehållsförteckningen för Referensmetodik: Bakteriologisk diagnostik av infektioner i hud, mjukdelar, skelett och inre organ...'

2012-05-17T09:20:51Z

Skapade sidan med ''''Artikel publicerad maj 2012''' ---- ''Till innehållsförteckningen för Referensmetodik: Bakteriologisk diagnostik av infektioner i hud, mjukdelar, skelett och inre organ...'

Ny sida

'''Artikel publicerad maj 2012'''
----
''Till innehållsförteckningen för [[Referensmetodik: Bakteriologisk diagnostik av infektioner i hud, mjukdelar, skelett och inre organ]]''

och

artiklarna [[Identifiering av bakterier i rutindiagnostik]] och [[minimikriterier]]
----
==Taxonomi och typningsmetoder==
Med ''taxonomi'' avses den systematiska indelningen av mikroorganismer som baseras på klassifikation (inbördes likhet i grupper), nomenklatur (benämning/etikettering) och identifikation (diagnostisk process där egenskaper hos den okända mikroben jämförs med för viss art/genus accepterade kriterier).

Tyngdpunkten i tidiga klassificeringssystem har förutom beskrivning av växtsätt legat på morfologiska kriterier. Genom att sedan följa ett biokemiskt testschema i en speciell ordning med ''dikotomiskt utfall'' i positivt respektive negativt resultat kan en uppdelning ske ned på artnivå. Detta ligger till grund för det vi i vanligt tal anger som [[minimikriterier]]. Med detta system når man en hög grad av specificitet.

Problem uppstår då en okänd mikroorganism inte faller ut i ett sådant schema. Genom att skapa databaser för biokemisk artidentifiering baserad på ett stort antal fenotypiska reaktioner och testat på ett mycket stort antal stammar, t.ex. API, har man småningom löst problemet att kvantifiera sannolikheten för att ett isolat tillhör en viss art/genus/grupp. Förutsättningen för korrekt diagnos är att isolatets morfologi (mikro- respektive makroskopiskt) och växtsätt är förenligt med databasens förslag.

Ytterligare ett stort steg i taxonomins utveckling togs i slutet av 1980-talet då man säkrat metoder för att fastställa art genom sekvensbestämning av hela genomet (DNA-DNA hybridisering). Denna fylogenetiska inriktning syftar till att fastställa släktskap och evolutionsmässigt avstånd mellan liknande mikroorganismer.

Eftersom det ändå kan finnas en mycket hög grad av likhet mellan olika arter vid t.ex. DNA-DNA hybridisering, har man pragmatiskt konstaterat att genotypiska och fenotypiska drag skall vägas samman (''polyfasisk taxonomi'').

De senaste årens snabba metodutveckling inom nukleinsyrabaserade metoder, bland annat ''[[Diagnostik vid nedre luftvägsinfektioner orsakade av bakterier#16S och 23S rRNA|16 sRNA-sekvensering (PCR med sekvensering av den bakteriella genen för 16s rRNA.)]]'', och ''Maldi-Tof'' (Matrix-assisted-laser-desorption-ionisation Time-of-flight) har radikalt förändrat möjligheterna till säkrare diagnostik på artnivå. Genom att rutinmässigt använda dessa typningssystem på kliniskt mikrobiologiska laboratorier ökar också möjligheten att snabbare identifiera ovanligare agens och korrelera dessa till kliniken.

===Maldi-Tof===
Redan idag har säkerheten för Maldi-Tof på rena kolonier nått en nivå som medger att tekniken kan användas rutinmässigt i den vardagliga artbestämningen. Med denna nya typningsmetod som möjliggör högre grad av upplösning på artnivå än äldre system ställs nya krav på laboratoriet. Förutom test av kända typstammar, dvs. de referensstammar som laboratoriet använder, bör jämförelser av typningsutfallet med den nya metoden och rutinmetoden utföras på rutinprov, förslagsvis 400-500 prov med olika provtyper representerade. Vid diskrepans bör testning med ytterligare metod utföras som säkerställer identitet på artnivå.

För Maldi-Tof metodik är den laborerande individens färdighet vid provpreparation den enskilt viktigaste faktorn för att uppnå en hög ''score''. De begränsningar i systemen som finns idag avseende risk för felnavigering är väl kända och redovisas av leverantörerna. Även om det är ovanligt med felidentifiering förekommer det att systemet inte anger något alternativ, sannolikt p.g.a. att liknande stammar saknas i databasen. Vid låga score-resultat kan ytterligare försök göras med Maldi-Tof efter extraktionsförfarande.

Inga signifikanta prestandaskillnader finns mellan idag tillgängliga system. Marginella diskrepanser ses för vissa bakteriegrupper beroende på databasernas utformning. I takt med att databaserna successivt utvidgas kommer ytterligare species att identifieras säkert, framför allt avseende anaeroba bakterier och ovanliga mikroorganismer.

Vid validering av resultatet ingår att den föreslagna utsagan är förenlig med provtyp och basala observationer, dvs. växtsätt, koloniutseende och ev. lukt. Vid osäkerhet kontrolleras i första hand morfologin med gramfärgat preparat och ev. katalas- resp. oxidastest.

Nedan redovisas de idag kända begränsningarna med Maldi-Tof. Då det anges ''kan identifieras till artnivå'', ''fungerar väl'' förutsätts att Maldi-Tof-algoritmen har uppnått score-kriterier för ''sannolik art''.
[[Kategori:Diagnostiska minimikriterier]]

@@ Rad 63: / Rad 63: @@
 ====Nonfermentativa gramnegativa stavar och HACEK-gruppen====
-*Goda  möjligheter till korrekt genus identifikation inom hela  gruppen.    Viss osäkerhet finns för ''Stenotrophomonas'' (kan bero på  taxonomisk    oklarhet visavi vissa ''Pseudomonas'' sp.).
+*Goda möjligheter till korrekt genus identifikation inom hela gruppen. Viss osäkerhet finns för ''Stenotrophomonas'' (kan bero på taxonomisk oklarhet visavi vissa ''Pseudomonas'' sp.).
-*Inom genus   ''Pseudomonas, Aeromonas, Haemophilus, Pasteurella,  Campylobacter,   Vibrio,  Legionella, Francisella och Bartonella''  erhålls species nivå i   flertalet  fall och med ett fåtal  felidentifieringar.
+*Inom genus ''Pseudomonas, Aeromonas, Haemophilus, Pasteurella, Campylobacter, Vibrio, Legionella, Francisella och Bartonella'' erhålls species nivå i flertalet fall och med ett fåtal felidentifieringar.
-*Inom   ''Acinetobacter'' erhålls  speciesnivå med hög säkerhet för ''A.    baumanii, A. lwoffi, A. ursingii,  A. radioresistens'' och Ac. Gen.   Sp.3,  dock saknas Ac. gen.sp. 13 TU i   databasen.
+*Inom ''Acinetobacter'' erhålls speciesnivå med hög säkerhet för ''A. baumanii, A. lwoffi, A. ursingii, A. radioresistens'' och Ac. Gen. Sp.3, dock saknas Ac. gen.sp. 13 TU i databasen.
-*HACEK-gruppen  (''Haemophilus  parainfluenzae, Aggregatibacter  aphrophilus,   Aggregatibacter  actinomycetemcomitans, Cardiobacterium  hominis,   Eikenella corrodens''  och ''Kingella kingae'') kan identifieras på   genusnivå  och i flertalet  fall på artnivå efter  extraktion.
+*HACEK-gruppen (''Haemophilus parainfluenzae, Aggregatibacter aphrophilus, Aggregatibacter actinomycetemcomitans, Cardiobacterium hominis, Eikenella corrodens'' och ''Kingella kingae'') kan identifieras på genusnivå och i flertalet fall på artnivå efter extraktion.
-*Maldi-Tof  tycks kunna erbjuda  god hjälp för typning inom    ''Burkholderia''-komplexet och andra  mikroorganismer hos CF-patienter   men  ytterligare studier krävs.
+*Maldi-Tof tycks kunna erbjuda god hjälp för typning inom ''Burkholderia''-komplexet och andra mikroorganismer hos CF-patienter men ytterligare studier krävs.
 ====Anaeroba bakterier====

@@ Rad 33: / Rad 33: @@
 ====Enterokocker och streptokocker====
 *Enterokocker kan identifieras till artnivå
-*Betahämolyserande  streptokocker tillhörande  Lancefield-grupper A, B, C   och G kan  identifieras till artnivå.  Beroende på laboratoriets   svarsrutin kan  agglutination vara aktuell för  Grupp C och G.
+*Betahämolyserande streptokocker tillhörande Lancefield-grupper A, B, C och G kan identifieras till artnivå. Beroende på laboratoriets svarsrutin kan agglutination vara aktuell för Grupp C och G.
-*Pneumokocker benämns oftast korrekt men måste kontrolleras med   fenotypiska test (se  nedan)
+*Pneumokocker benämns oftast korrekt men måste kontrolleras med fenotypiska test (se nedan)
 *''S.mitis''-gruppen anges ofta felaktigt som pneumokocker.
-*Artdiagnostik  inom ''Streptococcus anginosus''-gruppen är möjlig för ''S. anginosus''  och ''S. constellatus'', dock ej för ''Streptococcus intermedius''.
+*Artdiagnostik inom ''Streptococcus anginosus''-gruppen är möjlig för ''S. anginosus'' och ''S. constellatus'', dock ej för ''Streptococcus intermedius''.
-*Övriga  alfastreptokocker  kan typas på gruppnivå. För artnivå krävs    sekvensanalys (t.ex. ''sodA'').  Speciellt viktigt inom  ''S.bovis''-gruppen   (Grupp D) för isolat från  blododling p.g.a. olika  species’ association   till koloncancer,  gallvägs- och pankreascancer  samt  kolangit.
+*Övriga alfastreptokocker kan typas på gruppnivå. För artnivå krävs sekvensanalys (t.ex. ''sodA''). Speciellt viktigt inom ''S.bovis''-gruppen (Grupp D) för isolat från blododling p.g.a. olika species’ association till koloncancer, gallvägs- och pankreascancer samt kolangit.
 ====Stafylokocker====

@@ Rad 44: / Rad 44: @@
 ====Gramnegativa kocker====
-*''N.gonorrhoeae'' och  ''N.meningitidis'' kan typas till art  nivå.
+*''N.gonorrhoeae'' och  ''N.meningitidis'' kan typas till artnivå.
 *För  övriga ''Neisseriaceae'' spp är Maldi-Tof  ännu inte  optimalt.
 *''Moraxella  catarrhalis'' kan typas till artnivå

@@ Rad 53: / Rad 53: @@
 ====''Enterobacteriaceae''====
-*Genus-  och speciesbestämning fungerar för  ''Enterobacteriaceae'' med  få   undantag inom släktena ''Serratia, Raoultella,  Serratia'' och    ''Citrobacter''.
+*Genus-  och speciesbestämning fungerar för  ''Enterobacteriaceae'' med  få   undantag inom släktena ''Serratia, Raoultella,  Pantoea'' och    ''Citrobacter''.
 *Den viktigaste begränsningen är att  ''Shigella'' inte  kan skiljas från  '' E.coli''. Biokemisk verifikation  och agglutination  måste utföras på   ''Shigella''- misstänkta isolat.
 *''Salmonella:''  Inga problem att nå  genusnivå. Maldi-Tof tekniken  har  potential att  klara bestämning av såväl ''Salmonella'' species som  subspecies. Till  och med finns det goda möjligheter att screena  för  epidemiologiskt  frekventa serovarer. De kommersiellt tillgängliga    databaserna är dock  inte utbyggda för detta.

@@ Rad 74: / Rad 74: @@
 För dessa organismer finns sparsamt med publicerad information avseende Maldi-Tof prestanda.
 Leverantören anger råd för inaktivering och preparation, dock ej specifikt för dessa organismer. Det finns obunden utvärdering publicerad men konsensus saknas kring detta. I nedanstående tabell framgår vilka agens som finns representerade (15 maj, 2012) i respektive databas.
 {| class="wikitable"

@@ Rad 8: / Rad 8: @@
 ----
 ==Taxonomi och typningsmetoder==
-Med ''taxonomi'' avses den systematiska indelningen av mikroorganismer som baseras på klassifikation (inbördes likhet i grupper), nomenklatur (benämning/etikettering) och identifikation (diagnostisk process där egenskaper hos den okända mikroben jämförs med för viss art/genus accepterade kriterier).
+Med ''taxonomi'' avses den systematiska indelningen av mikroorganismer som baseras på ''klassifikation'' (inbördes likhet i grupper), ''nomenklatur'' (benämning/etikettering) och ''identifikation'' (diagnostisk process där egenskaper hos den okända mikroben jämförs med för viss art/genus accepterade kriterier).
 Tyngdpunkten i tidiga klassificeringssystem har förutom beskrivning av växtsätt legat på morfologiska kriterier. Genom att sedan följa ett biokemiskt testschema i en speciell ordning med ''dikotomiskt utfall'' i positivt respektive negativt resultat kan en uppdelning ske ned på artnivå. Detta ligger till grund för det vi i vanligt tal anger som [[minimikriterier]]. Med detta system når man en hög grad av specificitet.
@@ Rad 55: / Rad 55: @@
 *Genus-  och speciesbestämning fungerar för  ''Enterobacteriaceae'' med  få   undantag inom släktena ''Serratia, Raoultella,  Serratia'' och    ''Citrobacter''.
 *Den viktigaste begränsningen är att  ''Shigella'' inte  kan skiljas från  '' E.coli''. Biokemisk verifikation  och agglutination  måste utföras på   ''Shigella''- misstänkta isolat.
-*''Salmonella:''  Inga problem att nå  genusnivå. Maldi-Tof tekniken  har  potential att  klara såväl ''Salmonella'' species som  subspecies   bestämning. Till  och med finns det goda möjligheter att screena  för   epidemiologiskt  frekventa serovarer. De kommersiellt tillgängliga    databaserna är dock  inte utbyggda för detta.
+*''Salmonella:''  Inga problem att nå  genusnivå. Maldi-Tof tekniken  har  potential att  klara bestämning av såväl ''Salmonella'' species som  subspecies. Till  och med finns det goda möjligheter att screena  för  epidemiologiskt  frekventa serovarer. De kommersiellt tillgängliga    databaserna är dock  inte utbyggda för detta.
-*För ''Salmonella'' och ''Yersinia''  bör agglutination  göras.  *Vid invasiv  sjukdom med växt av  ''Salmonella'', exempelvis i  blododling bör  dessutom  biokemisk analys  utföras. ''Salmonella'' Typhi  och'' Salmonella''  Paratyphi kan   sannolikt identifieras med  Maldi-Tof, dock saknas större  material med   obunden publicerad  information.
+*För ''Salmonella'' och ''Yersinia''  bör agglutination  göras.
 ====Nonfermentativa gramnegativa stavar och HACEK-gruppen====
@@ Rad 71: / Rad 72: @@
 ====Klass 3-organismer====
-För dessa organismer finns sparsamt med publicerad information avseende Maldi-Tof prestanda.                                                                                                                      Leverantören anger råd för inaktivering och preparation, dock ej specifikt för dessa organismer. Det finns obunden utvärdering publicerad men konsensus saknas kring detta. I nedanstående tabell framgår vilka agens som finns representerade (15 maj, 2012) i respektive databas.
+För dessa organismer finns sparsamt med publicerad information avseende Maldi-Tof prestanda.
 {| class="wikitable"

@@ Rad 68: / Rad 68: @@
 *Identifiering på genusnivå fungerar väl.
 *För  ''Bacteroides, Prevotella'' och ''Clostridium'' sp. samt  anaeroba    grampositiva kocker fungerar Maldi-Tof i regel för   artbestämning.
 *På artnivå saknas delvis  databasunderlag för ''Fusobacterium,  Actinomyces'' och vissa  ''Propionibacterium'' sp.
 [[Kategori:Diagnostiska minimikriterier]]

← Äldre version		Versionen från 17 maj 2012 kl. 09.55
Rad 30:		Rad 30:

	Nedan redovisas de idag kända begränsningarna med Maldi-Tof. Då det anges ''kan identifieras till artnivå'', ''fungerar väl'' förutsätts att Maldi-Tof-algoritmen har uppnått score-kriterier för ''sannolik art''.		Nedan redovisas de idag kända begränsningarna med Maldi-Tof. Då det anges ''kan identifieras till artnivå'', ''fungerar väl'' förutsätts att Maldi-Tof-algoritmen har uppnått score-kriterier för ''sannolik art''.
		+
		+	====Enterokocker och streptokocker====
		+	*Enterokocker kan identifieras till artnivå
		+	*Betahämolyserande streptokocker tillhörande Lancefield-grupper A, B, C och G kan identifieras till artnivå. Beroende på laboratoriets svarsrutin kan agglutination vara aktuell för Grupp C och G.
		+	*Pneumokocker benämns oftast korrekt men måste kontrolleras med fenotypiska test (se nedan)
		+	*''S.mitis''-gruppen anges ofta felaktigt som pneumokocker.
		+	*Artdiagnostik inom ''Streptococcus anginosus''-gruppen är möjlig för ''S. anginosus'' och ''S. constellatus'', dock ej för ''Streptococcus intermedius''.
		+	*Övriga alfastreptokocker kan typas på gruppnivå. För artnivå krävs sekvensanalys (t.ex. ''sodA''). Speciellt viktigt inom ''S.bovis''-gruppen (Grupp D) för isolat från blododling p.g.a. olika species’ association till koloncancer, gallvägs- och pankreascancer samt kolangit.
		+
		+	====Stafylokocker====
		+	*De kliniskt viktigaste arterna ''S.aureus, S.epidermidis, S.lugdunensis, S.hominis, S. haemolyticus'' och ''S.simulans'' identifieras med hög säkerhet till art liksom ''S.saprophyticus'', den senare dock med något lägre score-värden.
		+	*För ''S.intermedius/pseudintermedius'' och ''S.pettenkoferi'' saknas obunden publicerad information.
		+
		+	====Gramnegativa kocker====
		+	*''N.gonorrhoeae'' och ''N.meningitidis'' kan typas till art nivå.
		+	*För övriga ''Neisseriaceae'' spp är Maldi-Tof ännu inte optimalt.
		+	*''Moraxella catarrhalis'' kan typas till artnivå
		+
		+	====Aeroba grampositiva stavar====
		+	*Artbestämning av ''Corynebacterium'' spp., inkl. ''C.diphtheriae'' fungerar väl. Detsamma gäller för ''Listeria, Rhodococcus, Arcanobacterium'' och ''Nocardia'' spp.
		+	*Oberoende redovisningar för artbestämning av ''Bacillus'' spp. saknas.
		+
		+	====''Enterobacteriaceae''====
		+	*Genus- och speciesbestämning fungerar för ''Enterobacteriaceae'' med få undantag inom släktena ''Serratia, Raoultella, Serratia'' och ''Citrobacter''.
		+	*Den viktigaste begränsningen är att ''Shigella'' inte kan skiljas från '' E.coli''. Biokemisk verifikation och agglutination måste utföras på ''Shigella''- misstänkta isolat.
		+	*''Salmonella:'' Inga problem att nå genusnivå. Maldi-Tof tekniken har potential att klara såväl ''Salmonella'' species som subspecies bestämning. Till och med finns det goda möjligheter att screena för epidemiologiskt frekventa serovarer. De kommersiellt tillgängliga databaserna är dock inte utbyggda för detta.
		+	För ''Salmonella'' och ''Yersinia'' bör agglutination göras. Vid invasiv sjukdom med växt av ''Salmonella'', exempelvis i blododling bör dessutom biokemisk analys utföras. ''Salmonella'' Typhi och'' Salmonella'' Paratyphi kan sannolikt identifieras med Maldi-Tof, dock saknas större material med obunden publicerad information.
		+
		+	====Nonfermentativa gramnegativa stavar och HACEK-gruppen====
		+	*Goda möjligheter till korrekt genus identifikation inom hela gruppen. Viss osäkerhet finns för ''Stenotrophomonas'' (kan bero på taxonomisk oklarhet visavi vissa ''Pseudomonas'' sp.).
		+	*Inom genus ''Pseudomonas, Aeromonas, Haemophilus, Pasteurella, Campylobacter, Vibrio, Legionella, Francisella och Bartonella'' erhålls species nivå i flertalet fall och med ett fåtal felidentifieringar.
		+	*Inom ''Acinetobacter'' erhålls speciesnivå med hög säkerhet för ''A. baumanii, A. lwoffi, A. ursingii, A. radioresistens'' och Ac. Gen. Sp.3, dock saknas Ac. gen.sp. 13 TU i databasen.
		+	*HACEK-gruppen (''Haemophilus parainfluenzae, Aggregatibacter aphrophilus, Aggregatibacter actinomycetemcomitans, Cardiobacterium hominis, Eikenella corrodens'' och ''Kingella kingae'') kan identifieras på genusnivå och i flertalet fall på artnivå efter extraktion.
		+	*Maldi-Tof tycks kunna erbjuda god hjälp för typning inom ''Burkholderia''-komplexet och andra mikroorganismer hos CF-patienter men ytterligare studier krävs.
		+
		+	====Anaeroba bakterier====
		+	*Identifiering på genusnivå fungerar väl.
		+	*För ''Bacteroides, Prevotella'' och ''Clostridium'' sp. samt anaeroba grampositiva kocker fungerar Maldi-Tof i regel för artbestämning.
		+	*På artnivå saknas delvis databasunderlag för ''Fusobacterium, Actinomyces'' och vissa ''Propionibacterium'' sp.
		+	[[Kategori:Diagnostiska minimikriterier]]

← Äldre version		Versionen från 17 maj 2012 kl. 09.24
Rad 30:		Rad 30:

	Nedan redovisas de idag kända begränsningarna med Maldi-Tof. Då det anges ''kan identifieras till artnivå'', ''fungerar väl'' förutsätts att Maldi-Tof-algoritmen har uppnått score-kriterier för ''sannolik art''.		Nedan redovisas de idag kända begränsningarna med Maldi-Tof. Då det anges ''kan identifieras till artnivå'', ''fungerar väl'' förutsätts att Maldi-Tof-algoritmen har uppnått score-kriterier för ''sannolik art''.
−	~~[[Kategori:Diagnostiska minimikriterier]]~~