På gång - Versionshistorik

Magnus Thore: Tömde sidan

2013-02-21T15:41:09Z

Tömde sidan

Magnus Thore: /* Odling */

2013-02-21T11:33:08Z

Odling

Magnus Thore: /* REFERENSER */

2013-02-21T11:29:40Z

REFERENSER

Magnus Thore: /* REFERENSER */

2013-02-21T11:28:36Z

REFERENSER

Magnus Thore: /* Referensfunktioner */

2013-02-21T11:20:25Z

Referensfunktioner

Magnus Thore: /* Laboratorieanmälan */

2013-02-21T11:20:13Z

Laboratorieanmälan

Magnus Thore: /* Serologi */

2013-02-21T11:19:39Z

Serologi

Magnus Thore: /* Odling */

2013-02-21T11:18:31Z

Odling

Magnus Thore: /* Odling */

2013-02-21T11:06:31Z

Odling

Magnus Thore: /* Odling */

2013-02-21T11:06:10Z

Odling

← Äldre version		Versionen från 21 februari 2013 kl. 15.41
Rad 1:		Rad 1:
−	~~'''Artikel under utarbetande. Innehållet får i detta skede inte betraktas som referensmetodik '''~~
−	~~----~~
−	~~==Diagnostik av anaeroba grampositiva ej sporbildande stavar==~~
−	~~===Smittämnen===~~
−	Till denna grupp räknas ett flertal bakteriearter inom klasserna ''Actinobacteria'' och ''Firmicutes'' av vilka flera är aerotoleranta och kan växa även vid inkubering i CO<sub>2</sub> på fasta substrat. De flesta hör till normal flora i hud och slemhinnor hos människa och också flera djurarter. Infektioner med bakterierna är ovanliga, när det inträffar är de ofta del i en polymikrobiell flora i infektionsfokus. De kan också, exempelvis vid aktinomykos, uppträda som enda sjukdomsframkallande organism.
−	*''Actinobacteria''
−	**''[[Actinomyces]]'' (flera arter),
−	** [[Diagnostik av aeroba/aerotoleranta grampositiva katalasnegativa ej sporbildande stavar\|''Actinobaculum'']] (''A. massiliense, A. schaalii, A. urinale''),
−	** [[Bakteriell vaginos\|''Mobiluncus'']] (med två strikt anaeroba arter; ''M. curtisii, M. mulieris''). Bakterierna är associerade med [[bakteriell vaginos]], och också med infektioner i samband med förtida födsel.
−	** ''Varibaculum'', den senare närstående ''Mobiluncus'', associerad med infektioner i munhåla, hjärna, ögon och intrauterina infektioner i samband med spiral
−	**[[Kort beskrivning av kliniskt intressanta bakterier:L-Y\|''Propionibacterium'']] med fem aerotoleranta arter som har associerats med humana infektioner (''P. acnes, P. avidum, P. granulosum, P. propionicum'' och ''P. acidifaciens'')
−	**Humanpatogen är också bakterier inom arten ''Propionimicrobium lymphophilum''
−	**''Propioniferax innocua'' hör till human hudflora
−	**[[ Diagnostik av aeroba/aerotoleranta grampositiva katalasnegativa ej sporbildande stavar\|''Bifidobacterium'']] med 32 arter av vilka ett drygt 10-tal har associerats med humana infektioner
−	**''Alloscardovia, Parascardovia, Scardovia'', strikt anaeroba
−	** [[Bakteriell vaginos\|''Atopobium'']] (associerad med [[bakteriell vaginos]], genitala infektioner som abscesser och [[pelvic inflammatory disease (PID)]]), ''Olsenella'' (associerad med infektioner i munhåla och tänder, har isolerats från blodbanan), ''Eggerthella'' och ''Paraeggerthella'' (de två senare associerade med intraabdominella abscesser, peritonit, bakteriemier och infektioner efter humana bett)
−	** ''Collinsella, Slackia, Cryptobacterium, Adlercreutzia'' och ''Gordonibacter''.
−	*''Firmicutes''
−	**[[Diagnostik av aeroba/aerotoleranta grampositiva katalasnegativa ej sporbildande stavar\|''Lactobacillus'']]
−	**''Mogibacterium''
−	**[[Kort beskrivning av kliniskt intressanta bakterier:A-K\|''Eubacterium'']] (flera arter är närstående ''Clostridia'' trots att de är ej sporbildande)
−	**''Anaerofustis stercorihominis, Pseudoramibacter alactolyticus, Bulleidia extructa, Holdemania filiformis, Solobacterium moorei'' och ''Turicibacter sanguinis, Filifactor, Marvinbryantia formatexigens, Oribacterium sinus, Lachnospira, Anaerostipes, Coprococcus'' och ''Catabacter''.

−	~~===Klinik===~~
−	De flesta bakterier som beskrivs i detta avsnitt hör till normal flora på hud och slemhinnor, även i uro-genitalorganen. Detta medför att de mer sällan orsakar infektioner, när de gör det är de att betrakta som opportunistiska infektioner som oftast utgår från slemhinnor. Bakterierna återfinns då vanligen som del i en polymikrobiell flora, undantag är exempelvis aktinomykos. Det är möjligt att förekomst av septisk spridning i blodbanan underdiagnosticeras eftersom bakterierna i gruppen är långsamväxande.
−
−	~~Beträffande infektioner orsakade av de olika genera inom gruppen, se text och länkar ovan för information.~~
−
−	~~==Provtagning och transport==~~
−	~~Prov lämpade för diagnostik av bakterier ur denna grupp innefattar blod, vävnadsbiopsier och aspirat (även från rotkanaler). Pinnprov från slemhinna i munhåla eller genitalia är inte lämpade.~~
−
−	~~Provtagning och transport bör ske efter anaeroba principer. För bakteriell vaginos, se [[Bakteriell vaginos-provtagning]].~~
−
−	~~==Laboratorierdiagnostik==~~
−	Bakterierna inom gruppen identifieras genom odling, men efterföljande fenotypisk karakterisering är ofta svår och minimikriterier för diagnos kan inte anges. Vid riktad frågeställning mot bakterier i gruppen rekommenderas förlängd odling upp till minst 7 dygn. Enkla biokemiska tester och kommersiella brickor kan i flera fall, särskilt om resultaten kombineras med resultat från gaskromatografi, ge diagnos, i första hand till genusnivå ('''Tabell 1'''). Svårigheter att diagnostiscera bakterierna till artnivå med dessa metoder föreligger framförallt med aktinomyceter men också laktobaciller. Databaserna för [[Maldi-Tof]] är också i vissa fall otillräckliga för diagnostik till artnivå. Säker diagnos kräver i flera fall 16S rRNA-sekvensering. Identifiering av bakterier i gruppen till genus-(eller art)nivå är relevant vid fynd i renkultur i pus/sårodling eller vid fynd i normalt sterila områden.
−
−	~~===Odling===~~
−	*För diagnostik av [[Actinomyces]] är odling referensmetodik. Lämpat för presumptiv diagnos av sådana infektioner är direktmikroskopi av prov från vävnad (se länk [[Actinomyces]]).
−	*Ett antal av bakterierna inom gruppen är aerotoleranta och identifieras enligt beskrivning i [[Diagnostik av aeroba/aerotoleranta grampositiva katalasnegativa ej sporbildande stavar]], gäller ''Actinobaculum, Bifidobacterium'' och ''Lactobacillus''.
−	*Övriga bakterier i gruppen växer i CO<sub>2</sub> eller anaerobt och diagnosticeras genom odling på [[Översikt fasta substrat för bakteriologiska odlingar\|anaerob FAA-agar]] och med fenotypiska/molekylärbiologiska metoder enligt ovan.
−
−
−
−
−	~~'''Tabell 1:''' Översikt av ett antal fenotypiska karakteristika för några anaeroba grampositiva ej sporbildande stavar.~~
−
−	~~{\| class="wikitable"~~
−
−	\|-
−	~~!Bakteriegenus !! Växtsätt !! Gramfärgning !! Nitratreduktion !! Eskulin !!Ureas !! Katalas !! Indol !! Gaskromatografi (slutprodukt vidglukosfermentation)~~
−	\|-
−	~~\|''Actinobaculum'' \|\| CO<sub>2</sub>/anaerobt \|\| grampositiva stavar, raka eller böjda, förgrenade\|\| negativ \|\| negativ \|\| negativ \|\| negativ\|\| \|\| ättiksyra~~
−	\|-
−	~~\|''Actinomyces''\|\| CO<sub>2</sub>/anaerobt \|\| grampositiva stavar med varierande utseende, ofta förgrenade\|\| variabelt \|\| variabelt \|\| variabelt\|\| oftast negativ \|\| \|\| succininsyra och mjölksyra~~
−	\|-
−	~~\|''Atopobium'' \|\| huvudsakligen anaerobt \|\| grampositiva korta stavar, oftakorta kedjor \|\|variabelt \|\| \|\| \|\| negativ \|\| negativ \|\| mjölksyra~~
−	\|-
−	~~\|''Bifidobacterium'' \|\| huvudsakligen anaerobt \|\| grampositiva stavar av varierande utseende \|\| \|\| \|\| \|\| \|\| \|\| ättiksyra och mjölksyra~~
−	\|-
−	~~\|''Egerthella'' \|\| anaerobt \|\| grampositiva kockobaciller \|\| oftast positiv \|\|negativ \|\| \|\| positiv \|\| negativ \|\| ättiksyra, mjölksyra och succininsyra~~
−	\|-
−	~~\|''Eubacterium'' \|\| anaerobt \|\| gramvariabla pleomorfa stavar \|\| negativ \|\|negativ \|\| \|\| negativ \|\| negativ \|\| smörsyra, ättiksyra och mjölksyra~~
−	\|-
−	~~\|''Lactobacillus'' \|\| CO<sub>2</sub>/anaerobt \|\| ofta långa smalagrampositiva stavar \|\| \|\| \|\| \|\| \|\| \|\| mjölksyra~~
−	\|-
−	~~\|''Mobiluncus'' \|\| anaerobt \|\| gramvariabla, rörliga kurvade stavar med avsmalnande ändar\|\| \|\| \|\| \|\| \|\| \|\| succininsyra, mjölksyra och ättiksyra~~
−	\|-
−	~~\|''Olsenella'' \|\| anaerobt \|\| grampositiva korta stavar, ofta i par eller kedkjor \|\| negativ \|\| positiv \|\| \|\| negativ \|\| negativ \|\| mjölksyra och ättiksyra~~
−	\|-
−	~~\|''Propionibacterium'' \|\| CO<sub>2</sub>/anaerobt\|\| grampositiva stavar, variabelt utseende \|\| oftast positiv \|\| oftast negativ \|\| \|\| positiv \|\|''P. acnes'' positiv, övriga negativa \|\| propionsyra~~
−	\|-
−	~~\|''Propioniferax'' \|\| CO<sub>2</sub>/anaerobt \|\| grampositiva stavar, variabelt utseende, ofta i kluster \|\| variabelt \|\| \|\| \|\| positiv\|\|negativ \|\| propionsyra~~
−	\|-
−	~~\|''Propionimicrobium'' \|\| anaerobt \|\| grampositiva stavar, ofta koryneforma \|\|variabelt \|\| \|\| \|\| variabelt \|\| negativ \|\| propionsyra, ättiksyra och succininsyra~~
−	\|-
−	~~\|''Varibaculum'' \|\| CO<sub>2</sub>/anaerobt \|\| grampositiva korta difteroida stavar \|\| positiv \|\| negativ \|\| negativ \|\| negativ \|\| \|\| mjölksyra och succininsyra~~
−	\|-
−	\|}
−
−	~~Se också [[Maldi-Tof]].~~
−
−	~~===Bakteriell vaginos===~~
−	*Diagnostik av [[bakteriell vaginos]] beskrivs under angiven länk.
−
−	~~===Serologi===~~
−	~~Antikroppsdiagnostik spelar ingen roll för diagnostik av infektioner orsakade av bakterier inom gruppen.~~
−
−	~~===Referensstammar===~~
−	~~Ännu ej definierat urval~~
−
−	~~==Svarsrutiner==~~
−	Bakterierna hör till den normala floran i hud och slemhinnor, vilket gör att eventuella fynd ska tolkas med försiktighet. Alla isolat från normalt sterila lokaler ska identifieras till genusnivå (om möjligt till artnivå) och rapporteras. Resistensbestämning utförs utförs och rapporteras enligt rekommendationer.
−
−
−	~~Aktinomykos (''Actinomyces'' species) rapporteras i förekommande fall med fynd vid direktmikroskopi med eventuell närvaro av sulfurgranulae.~~
−	~~==Laboratorieanmälan==~~
−
−	~~Bakteriefynd inom gruppen är ej anmälningspliktigt enligt smittskyddslagen.~~
−
−	~~==Referensfunktioner==~~
−
−	~~Ej utsedda~~
−
−	~~==REFERENSER==~~
−	*Bernard, K., A.General approaches to the identification of aerobic gram-positive rods. In Man Clin Microbiol Eds: Versalovic and others, ASM. 2011; Chapter 23
−	* Wade, W., G., and Könönen, E. Propionibacterium, Lactobacillus, Actinomyces and other non-spore.forming anaerobic gram-positive rods. In Man Clin Microbiol Eds: Versalovic and others, ASM. 2011; Chapter 49
−	~~[[Kategori:Laboratoriediagnostik]]~~

@@ Rad 50: / Rad 50: @@
 !Bakteriegenus !! Växtsätt !! Gramfärgning !! Nitratreduktion !! Eskulin !!Ureas !! Katalas !! Indol !! Gaskromatografi (slutprodukt vidglukosfermentation)
 |-
-|''Actinobaculum'' || CO<sub>2</sub>/anaerobt || grampositivastavar, raka eller böjda, förgrenade|| negativ || negativ || negativ || negativ|| || ättiksyra
+|''Actinobaculum'' || CO<sub>2</sub>/anaerobt || grampositiva stavar, raka eller böjda, förgrenade|| negativ || negativ || negativ || negativ|| || ättiksyra
 |-
-|''Actinomyces''|| CO<sub>2</sub>/anaerobt || grampositiva stavarmed varierande utseende, ofta förgrenade|| variabelt || variabelt || variabelt|| oftast negativ || || succininsyra och mjölksyra
+|''Actinomyces''|| CO<sub>2</sub>/anaerobt || grampositiva stavar med varierande utseende, ofta förgrenade|| variabelt || variabelt || variabelt|| oftast negativ || || succininsyra och mjölksyra
 |-
 |''Atopobium'' || huvudsakligen anaerobt || grampositiva korta stavar, oftakorta kedjor ||variabelt || || || negativ || negativ || mjölksyra
 |-
-|''Bifidobacterium'' || huvudsakligen anaerobt || grampositiva stavar avvarierande utseende || || || || || || ättiksyra och mjölksyra
+|''Bifidobacterium'' || huvudsakligen anaerobt || grampositiva stavar av varierande utseende || || || || || || ättiksyra och mjölksyra
 |-
 |''Egerthella'' || anaerobt || grampositiva kockobaciller || oftast positiv ||negativ || || positiv || negativ || ättiksyra, mjölksyra och succininsyra
@@ Rad 64: / Rad 64: @@
 |''Lactobacillus'' || CO<sub>2</sub>/anaerobt || ofta långa smalagrampositiva stavar || || || || || || mjölksyra
 |-
-|''Mobiluncus'' || anaerobt || gramvariabla, rörliga kurvade stavar medavsmalnande ändar|| || || || || || succininsyra, mjölksyra, ättiksyra
+|''Mobiluncus'' || anaerobt || gramvariabla, rörliga kurvade stavar med avsmalnande ändar|| || || || || || succininsyra, mjölksyra och ättiksyra
 |-
-|''Olsenella'' || anaerobt || grampositiva korta stavar, ofta i par ellerkedkjor || negativ || positiv || || negativ || negativ || mjölksyra och ättiksyra
+|''Olsenella'' || anaerobt || grampositiva korta stavar, ofta i par eller kedkjor || negativ || positiv || || negativ || negativ || mjölksyra och ättiksyra
 |-
-|''Propionibacterium'' || CO<sub>2</sub>/anaerobt|| grampositivastavar, variabelt utseende || oftast positiv || oftast negativ || || positiv ||''P. acnes'' positiv, övriga negativa || propionsyra
+|''Propionibacterium'' || CO<sub>2</sub>/anaerobt|| grampositiva stavar, variabelt utseende || oftast positiv || oftast negativ || || positiv ||''P. acnes'' positiv, övriga negativa || propionsyra
 |-
-|''Propioniferax'' || CO<sub>2</sub>/anaerobt || grampositivastavar, variabelt utseende, ofta i kluster || variabelt || || || positiv||negativ || propionsyra
+|''Propioniferax'' || CO<sub>2</sub>/anaerobt || grampositiva stavar, variabelt utseende, ofta i kluster || variabelt || || || positiv||negativ || propionsyra
 |-
 |''Propionimicrobium'' || anaerobt || grampositiva stavar, ofta koryneforma ||variabelt || || || variabelt || negativ || propionsyra, ättiksyra och succininsyra
-|-|''Varibaculum'' || CO<sub>2</sub>/anaerobt || grampositiva kortadifteroida stavar || positiv || negativ || negativ || negativ || || mjölksyra,succininsyra
+|-
 |-
 |}

@@ Rad 102: / Rad 102: @@
 ==REFERENSER==
+*Bernard, K., A.General approaches to the identification of aerobic gram-positive rods. In Man Clin Microbiol Eds: Versalovic and others, ASM. 2011; Chapter 23
 [[Kategori:Laboratoriediagnostik]]

@@ Rad 101: / Rad 101: @@
 Ej utsedda
 ==REFERENSER==
 [[Kategori:Laboratoriediagnostik]]

@@ Rad 98: / Rad 98: @@
 ==Referensfunktioner==
 ==REFERENSER==
 [[Kategori:Laboratoriediagnostik]]

@@ Rad 84: / Rad 84: @@
 ===Serologi===
 Antikroppsdiagnostik spelar ingen roll för diagnostik av infektioner orsakade av bakterier inom gruppen.
 ==Svarsrutiner==

@@ Rad 41: / Rad 41: @@
 '''Tabell 1:''' Översikt av ett antal fenotypiska karakteristika för några anaeroba grampositiva ej sporbildande stavar.
 {| class="wikitable"
 |-
-! Bakteriegenus !! Växtsätt !! Gramfärgning !! Nitratreduktion !! Eskulin !! Ureas !! Katalas !! Indol !! Gaskromatografi (slutprodukt vid glukosfermentation)
+!Bakteriegenus !! Växtsätt !! Gramfärgning !! Nitratreduktion !! Eskulin !!Ureas !! Katalas !! Indol !! Gaskromatografi (slutprodukt vidglukosfermentation)
 |-
-| ''Actinobaculum'' || CO<sub>2</sub>/anaerobt || grampositiva stavar, raka eller böjda, förgrenade|| negativ || negativ || negativ || negativ ||  || ättiksyra
+|''Actinobaculum'' || CO<sub>2</sub>/anaerobt || grampositivastavar, raka eller böjda, förgrenade|| negativ || negativ || negativ || negativ|| || ättiksyra
 |-
-| ''Actinomyces''|| CO<sub>2</sub>/anaerobt || grampositiva stavar med varierande utseende, ofta förgrenade|| variabelt || variabelt || variabelt || oftast negativ ||  || succininsyra och mjölksyra
+|''Actinomyces''|| CO<sub>2</sub>/anaerobt || grampositiva stavarmed varierande utseende, ofta förgrenade|| variabelt || variabelt || variabelt|| oftast negativ || || succininsyra och mjölksyra
 |-
-| ''Mobiluncus'' || anaerobt || gramvariabla, rörliga kurvade stavar med avsmalnande ändar||  ||  ||  ||  ||  || succininsyra, mjölksyra, ättiksyra
+|''Atopobium'' || huvudsakligen anaerobt || grampositiva korta stavar, oftakorta kedjor ||variabelt || || || negativ || negativ || mjölksyra
 |-
-| ''Varibaculum'' || CO<sub>2</sub>/anaerobt || grampositiva korta difteroida stavar || positiv || negativ || negativ || negativ || || mjölksyra, succininsyra
+|''Bifidobacterium'' || huvudsakligen anaerobt || grampositiva stavar avvarierande utseende || || || || || || ättiksyra och mjölksyra
 |-
-| ''Propionibacterium'' || CO<sub>2</sub>/anaerobt|| grampositiva stavar, variabelt utseende || oftast positiv || oftast negativ || || positiv || ''P. acnes'' positiv, övriga negativa || propionsyra
+|''Egerthella'' || anaerobt || grampositiva kockobaciller || oftast positiv ||negativ || || positiv || negativ || ättiksyra, mjölksyra och succininsyra
 |-
-| ''Propioniferax'' || CO<sub>2</sub>/anaerobt || grampositiva stavar, variabelt utseende, ofta i kluster || variabelt ||  ||  || positiv ||negativ || propionsyra
+|''Eubacterium'' || anaerobt || gramvariabla pleomorfa stavar || negativ ||negativ || || negativ || negativ || smörsyra, ättiksyra och mjölksyra
 |-
-| ''Propionimicrobium'' || anaerobt || grampositiva stavar, ofta koryneforma || variabelt ||  ||  || variabelt || negativ || propionsyra, ättiksyra och succininsyra
+|''Lactobacillus'' || CO<sub>2</sub>/anaerobt || ofta långa smalagrampositiva stavar || || || || || || mjölksyra
 |-
-| ''Bifidobacterium'' || huvudsakligen anaerobt || grampositiva stavar av varierande utseende ||  || || || || || ättiksyra och mjölksyra
+|''Mobiluncus'' || anaerobt || gramvariabla, rörliga kurvade stavar medavsmalnande ändar|| || || || || || succininsyra, mjölksyra, ättiksyra
 |-
-| ''Atopobium'' || huvudsakligen anaerobt || grampositiva korta stavar, ofta korta kedjor ||variabelt  ||  ||  || negativ || negativ || mjölksyra
+|''Olsenella'' || anaerobt || grampositiva korta stavar, ofta i par ellerkedkjor || negativ || positiv || || negativ || negativ || mjölksyra och ättiksyra
 |-
-| ''Lactobacillus'' || CO<sub>2</sub>/anaerobt || ofta långa smala grampositiva stavar || ||  ||  ||  ||  || mjölksyra
+|''Propionibacterium'' || CO<sub>2</sub>/anaerobt|| grampositivastavar, variabelt utseende || oftast positiv || oftast negativ || || positiv ||''P. acnes'' positiv, övriga negativa || propionsyra
 |-
-| ''Eubacterium'' || anaerobt || gramvariabla pleomorfa stavar || negativ || negativ ||  || negativ || negativ || smörsyra, ättiksyra och mjölksyra
+|''Propioniferax'' || CO<sub>2</sub>/anaerobt || grampositivastavar, variabelt utseende, ofta i kluster || variabelt || || || positiv||negativ || propionsyra
 |-
-| ''Olsenella'' || anaerobt || grampositiva korta stavar, ofta i par eller kedkjor || negativ || positiv ||  || negativ || negativ || mjölksyra och ättiksyra
+|''Propionimicrobium'' || anaerobt || grampositiva stavar, ofta koryneforma ||variabelt || || || variabelt || negativ || propionsyra, ättiksyra och succininsyra
 |-
 |}

@@ Rad 37: / Rad 37: @@
 ===Odling===
 *För diagnostik av [[Actinomyces]] är odling referensmetodik. Lämpat för presumptiv diagnos av sådana infektioner är direktmikroskopi av prov från vävnad (se länk [[Actinomyces]]).
-*Ett antal av bakterierna inom gruppen är aerotoleranta och identifieras enligt beskrivning i [[Diagnostik av aeroba/aerotoleranta grampositiva katalasnegativa ej sporbildande stavar]], gäller
+*Ett antal av bakterierna inom gruppen är aerotoleranta och identifieras enligt beskrivning i [[Diagnostik av aeroba/aerotoleranta grampositiva katalasnegativa ej sporbildande stavar]], gäller ''Actinobaculum, Bifidobacterium'' och ''Lactobacillus''.
 *Övriga bakterier i gruppen växer i CO<sub>2</sub> eller anaerobt och diagnosticeras genom odling på [[Översikt fasta substrat för bakteriologiska odlingar|anaerob FAA-agar]] och med fenotypiska/molekylärbiologiska metoder enligt ovan.