PCR-påvisning av Mycoplasma genitalium-bilaga3 - Versionshistorik

Magnus Thore: /* REFERENSER */

2010-01-24T10:43:56Z

REFERENSER

Magnus Thore den 17 december 2009 kl. 20.58

2009-12-17T20:58:13Z

Magnus Thore den 6 december 2009 kl. 21.17

2009-12-06T21:17:04Z

MagnusT den 23 juli 2009 kl. 08.06

2009-07-23T08:06:03Z

MagnusT: /* REFERENSER */

2009-07-23T07:54:22Z

REFERENSER

Magnus Thore: /* Provberedning */

2009-06-10T11:11:32Z

Provberedning

Magnus Thore: /* Provberedning */

2009-06-10T11:09:10Z

Provberedning

Magnus Thore: Skapade sidan med '''Huvudartikel: Mycoplasma genitalium'' ''Huvudartikel: Mycoplasma genitalium-laboratoriediagnostik'' ---- == Nukleinsyrapåvisning av ''Mycoplasma genitalium'' (ej ...'

2009-06-10T11:04:36Z

Skapade sidan med '''Huvudartikel: Mycoplasma genitalium'' ''Huvudartikel: Mycoplasma genitalium-laboratoriediagnostik'' ---- == Nukleinsyrapåvisning av ''Mycoplasma genitalium'' (ej ...'

Ny sida

''Huvudartikel: [[Mycoplasma genitalium]]''

''Huvudartikel: [[Mycoplasma genitalium-laboratoriediagnostik]]''

----

== Nukleinsyrapåvisning av ''Mycoplasma genitalium'' (ej referensmetod) ==

=== Analysprincip ===

Metoden beskriver analysförfarandet vid nukleinsyrapåvisning med realtids-PCR utförd i LightCycler 1.5 (samma prestanda uppnås i LightCycler 480) (Roche Molecular Biochemicals) och detektion med TaqMan MGB (minor grove binder) probe. Mål-DNA är sekvens på 78 bp inom konserverad del av adhesionsgenen MgPa.

=== Reagenser ===

*Probe TaqMan MgPa-380 probe (FAM-ACT TTG CAA TCA GAA GGT-MGB) (Applied Biosystems)

*Primer MgPa-355Forward (5´-GAG AAA TAC CTT GAT GGT CAG CAA-3´)
*Primer MgPa-432Reverse (5´-GTT AAT ATC ATA TAA AGC TCT ACC GTT GTT ATC-3´)

LightCycler Fast Start DNA Master Hybridization Probes eller LightCycler TaqMan Master eller (Roche)

UNG (Uracil-DNA Glycosylase) (Roche)

LightCycler Capillaries 20 L (Roche)

Vid extraktion i MagnaPure:
DNA Isolation Kit (Roche)

Vid manuell extraktion:
Chelex 100 (Bio-Rad Lab. AB), spädd till 5 % (w/v) i destillerat vatten

=== Analysprocedur ===

==== Intern kontroll ====

*Positiv 1. Extraktionskontroll: Poolade positiva urinprover spädda 1/10 med negativa urinprover. Prepareras och analyserassom patientprover. Notera aktuell ”crossingpoint” vid LC-PCR-körning.
*Positiv 2. Renat DNA isolerat från ''Mycoplasma genitalium'' ATCC 33530D, konc 1 ng/L, spädd till 10-5. Alternativt kan kontroll erhållas från SSI eller genom Kliniskt Forskningscenter US Örebro. Det är en DNA-preparation från ''M. genitalium'' spädd 10-5 innehållande 106 genom/mL. Denna späs till att motsvara cirka 5 genom/5 L.
*Negativ: PCR-rent vatten
Inhibitionskontroll: 4 L av provtemplat och 1 L av positiv kontroll sätts till separat kapillär med mastermix.

==== Provberedning ====

*Prov utgörs av 5-10 mL förstaportions urin, för kvinnor kompletterad med prov från cervix/vagina. Pinnprov från cervix/vagina sätts i samma rör som urinprovet. Förvara prov i kyl men frys ej. Kan förvaras i kyl i minst 7 dygn.

*Urinprov och cervix/vagina i urin: Skaka prov på vortex och överför därefter 2 mL urin till ett kryorör.
Centrifugera 20 000 g i 10 minuter.

Vid extraktion i extraktionsrobot: Sug av supernatanten av men lämna ca 300 L av urinen kvar i röret. Slamma upp pelleten i kvarvarande urin och hantera sedan enligt anvisning.
Vid manuell preparering: Sug av hela supernatanten och slamma pelleten i Chelex 100-lösning enligt nedan

*Cervix/vagina/uretra prov i 2 SP:
Vid extraktion med robot: extrahera provet efter att det skakats på vortex utan centrifugering enligt anvisning.
Vid manuell preparering: Skaka provet på vortex och överför därefter 100 L till 1,0 mL 0,85 % NaCl i kryorör och centrifugera som urinprov. Sug av supernatanten och resuspendera pelleten i 300 L Chelex 100-lösning och skaka på vortex 60 sekunder. Inkubera i värmeblock 95-99 0C i 10 minuter. Centrifugera 5 min i 11 000 rpm.

Master mix
Per prov L (LightCycler Fast Start DNA Master Hybridization Probes):
H2O 7,15
MgCl2 25mM 3,2
UNG 0,25
Primer MgPa-355F 20 M 1
Primer MgPa-432R 20 M 1
Probe MgPa-380 10 M 0,4
Master från kit 2
Tot 15

Provsättning:
Sätt kapillärer i kylblock och pipettera 15 L mastermix och 5 L extraherat prov enligt protokoll

Realtids-PCR:
Temperatur °C Tid
UNG 40 10 min
Preinkubering 95 10 min
Amplifiering,
50 cykler 95 5 s
60 15 s
72 (detektion) 5 s
Nedkylning 40 30 s

Jämförelser
Denna realtids-PCR har jämförts genom provutbyte om 55 kliniska prover mellan laboratorierna i Västerås och Falun med jämförbart resultat (22 positiva i Västerås mot 21 positiva i Falun). Metoden används på flera laboratorier i landet och är ursprungligen utvecklad på Örebrolaboratoriet och jämförd mot konventionell PCR på Statens Seruminstitut (SSI) i Köpenhamn.

REFERENSER
1. Jensen JS, Björnelius E, Dohn B et al. Use of Taqman 5´ nuclease real-time PCR for quantitative detection of Mycoplasma genitalium DNA in males with and without urethritis who were attendees at a sexually transmitted disease clinic. J Clin Microbiol 2004;42:683-692
2. Edberg A, Jurstrand M, Johansson E, et al. A comparative study of three different PCR assays for detection of Mycoplasma genitalium in urogenital specimens from men and women. J Med Microbiol 2008 Mar; 57(Pt 3):304-9.

@@ Rad 76: / Rad 76: @@
 == REFERENSER ==
-.	Jensen JS, Björnelius E, Dohn B et al. Use of Taqman 5´ nuclease real-time PCR for quantitative detection of ''Mycoplasma genitalium'' DNA in males with and without urethritis who were attendees at a sexually transmitted disease clinic. J Clin Microbiol 2004;42:683-692
+*1.	Jensen JS, Björnelius E, Dohn B et al. Use of Taqman 5´ nuclease real-time PCR for quantitative detection of ''Mycoplasma genitalium'' DNA in males with and without urethritis who were attendees at a sexually transmitted disease clinic. J Clin Microbiol 2004;42:683-692
-.	Edberg A, Jurstrand M, Johansson E, et al. A comparative study of three different PCR assays for detection of ''Mycoplasma genitalium'' in urogenital specimens from men and women. J Med Microbiol 2008 Mar; 57(Pt 3):304-9.
+*2.	Edberg A, Jurstrand M, Johansson E, et al. A comparative study of three different PCR assays for detection of ''Mycoplasma genitalium'' in urogenital specimens from men and women. J Med Microbiol 2008 Mar; 57(Pt 3):304-9.
 [[Kategori:Laboratoriediagnostik-STI]]

@@ Rad 45: / Rad 45: @@
 *Positiv 1. Extraktionskontroll: Poolade positiva urinprover spädda 1/10 med negativa urinprover. Prepareras och analyserassom patientprover. Notera aktuell ”crossingpoint” vid LC-PCR-körning.
-*Positiv 2. Renat DNA isolerat från ''Mycoplasma genitalium'' ATCC 33530D, konc 1 ng/μL, spädd till 10-5. Alternativt kan kontroll erhållas från SSI eller genom Kliniskt Forskningscenter US Örebro. Det är en DNA-preparation från ''M. genitalium'' spädd 10-5 innehållande 106 genom/mL. Denna späs till att motsvara cirka 5 genom/5 μL.
+*Positiv 2. Renat DNA isolerat från ''Mycoplasma genitalium'' ATCC 33530D, konc 1 ng/μL, spädd till 10-5. Alternativt kan kontroll erhållas från SSI eller genom Kliniskt Forskningscenter US Örebro. Det är en DNA-preparation från ''M. genitalium'' spädd 10-5 innehållande <math>10^6</math> genom/mL. Denna späs till att motsvara cirka 5 genom/5 μL.
 *Negativ: PCR-rent vatten
 Inhibitionskontroll: 4 μL av provtemplat och 1 μL av positiv kontroll sätts till separat kapillär med mastermix.

← Äldre version		Versionen från 23 juli 2009 kl. 07.54
Rad 79:		Rad 79:

	2. Edberg A, Jurstrand M, Johansson E, et al. A comparative study of three different PCR assays for detection of ''Mycoplasma genitalium'' in urogenital specimens from men and women. J Med Microbiol 2008 Mar; 57(Pt 3):304-9.		2. Edberg A, Jurstrand M, Johansson E, et al. A comparative study of three different PCR assays for detection of ''Mycoplasma genitalium'' in urogenital specimens from men and women. J Med Microbiol 2008 Mar; 57(Pt 3):304-9.
		+	[[Kategori:Laboratoriediagnostik-STI]]

@@ Rad 28: / Rad 28: @@
 UNG (Uracil-DNA Glycosylase) (Roche)
-LightCycler Capillaries 20 L (Roche)
+LightCycler Capillaries 20 μL (Roche)
 Vid extraktion i MagnaPure:
@@ Rad 45: / Rad 45: @@
 *Positiv 1. Extraktionskontroll: Poolade positiva urinprover spädda 1/10 med negativa urinprover. Prepareras och analyserassom patientprover. Notera aktuell ”crossingpoint” vid LC-PCR-körning.
-*Positiv 2. Renat DNA isolerat från ''Mycoplasma genitalium'' ATCC 33530D, konc 1 ng/L, spädd till 10-5. Alternativt kan kontroll erhållas från SSI eller genom Kliniskt Forskningscenter US Örebro. Det är en DNA-preparation från ''M. genitalium'' spädd 10-5 innehållande 106 genom/mL. Denna späs till att motsvara cirka 5 genom/5 L.
+*Positiv 2. Renat DNA isolerat från ''Mycoplasma genitalium'' ATCC 33530D, konc 1 ng/μL, spädd till 10-5. Alternativt kan kontroll erhållas från SSI eller genom Kliniskt Forskningscenter US Örebro. Det är en DNA-preparation från ''M. genitalium'' spädd 10-5 innehållande 106 genom/mL. Denna späs till att motsvara cirka 5 genom/5 μL.
 *Negativ: PCR-rent vatten
-Inhibitionskontroll: 4 L av provtemplat och 1 L av positiv kontroll sätts till separat kapillär med mastermix.
+Inhibitionskontroll: 4 μL av provtemplat och 1 μL av positiv kontroll sätts till separat kapillär med mastermix.
@@ Rad 57: / Rad 57: @@
 Centrifugera 20 000 g i 10 minuter.
-Vid extraktion i extraktionsrobot: Sug av supernatanten av men lämna ca 300 L av urinen kvar i röret. Slamma upp pelleten i kvarvarande urin och hantera sedan enligt anvisning.
+Vid extraktion i extraktionsrobot: Sug av supernatanten av men lämna ca 300 μL av urinen kvar i röret. Slamma upp pelleten i kvarvarande urin och hantera sedan enligt anvisning.
 Vid manuell preparering: Sug av hela supernatanten och slamma pelleten i Chelex 100-lösning enligt nedan
 *Cervix/vagina/uretra prov i 2 SP:
 Vid extraktion med robot: extrahera provet efter att det skakats på vortex utan centrifugering enligt anvisning.
-Vid manuell preparering: Skaka provet på vortex och överför därefter 100 L till 1,0 mL 0,85 % NaCl i kryorör och centrifugera som urinprov. Sug av supernatanten och resuspendera pelleten i 300 L Chelex 100-lösning och skaka på vortex 60 sekunder. Inkubera i värmeblock 95-99 0C i 10 minuter. Centrifugera 5 min i 11 000 rpm.
+Vid manuell preparering: Skaka provet på vortex och överför därefter 100 μL till 1,0 mL 0,85 % NaCl i kryorör och centrifugera som urinprov. Sug av supernatanten och resuspendera pelleten i 300 μL Chelex 100-lösning och skaka på vortex 60 sekunder. Inkubera i värmeblock 95-99 0C i 10 minuter. Centrifugera 5 min i 11 000 rpm.
 [[Fil:Mgentilmastermix.jpg|center]]
 *Provsättning:
-Sätt kapillärer i kylblock och pipettera 15 L mastermix och 5 L extraherat prov enligt protokoll
+Sätt kapillärer i kylblock och pipettera 15 μL mastermix och 5 μL extraherat prov enligt protokoll
 [[Fil:Mgenitpcr.jpg| center]]

@@ Rad 1: / Rad 1: @@
 ''Huvudartikel: [[Mycoplasma genitalium]]''
-''Huvudartikel: [[Mycoplasma genitalium-laboratoriediagnostik]]''
+''Sekundärartikel till: [[Mycoplasma genitalium-laboratoriediagnostik]]''
 ----

@@ Rad 68: / Rad 68: @@
 Sätt kapillärer i kylblock och pipettera 15 L mastermix och 5 L extraherat prov enligt protokoll
-Realtids-PCR:
+Jämförelser
-	Temperatur °C	Tid
+Denna realtids-PCR har jämförts genom provutbyte om 55 kliniska prover mellan laboratorierna i Västerås och Falun med jämförbart resultat (22 positiva i Västerås mot 21 positiva i Falun). Metoden används på flera laboratorier i landet och är ursprungligen utvecklad på Örebrolaboratoriet och jämförd mot konventionell PCR på Statens Seruminstitut (SSI) i Köpenhamn.
-Jämförelser
+== REFERENSER ==
-Denna realtids-PCR har jämförts genom provutbyte om 55 kliniska prover mellan laboratorierna i Västerås och Falun med jämförbart resultat (22 positiva i Västerås mot 21 positiva i Falun). Metoden används på flera laboratorier i landet och är ursprungligen utvecklad på Örebrolaboratoriet och jämförd mot konventionell PCR på Statens Seruminstitut (SSI) i Köpenhamn.
-REFERENSER
+.	Edberg A, Jurstrand M, Johansson E, et al. A comparative study of three different PCR assays for detection of ''Mycoplasma genitalium'' in urogenital specimens from men and women. J Med Microbiol 2008 Mar; 57(Pt 3):304-9.