Salmonella-Laboratoriediagnostik - Versionshistorik

Öjar Melefors: /* Epidemiologisk typning */

2014-01-09T12:56:26Z

Epidemiologisk typning

Öjar Melefors: /* Svarsrutiner */

2014-01-09T12:55:48Z

Svarsrutiner

Öjar Melefors: /* Epidemiologisk typning */

2014-01-09T12:55:12Z

Epidemiologisk typning

Öjar Melefors: /* Epidemiologisk typning */

2014-01-09T12:52:21Z

Epidemiologisk typning

Öjar Melefors: /* Slutlig diagnos */

2014-01-09T12:51:47Z

Slutlig diagnos

Magnus Thore: /* Epidemiologisk typning */

2012-04-28T16:11:19Z

Epidemiologisk typning

Magnus Thore: /* Alternativ diagnostik */

2012-04-28T16:10:23Z

Alternativ diagnostik

Magnus Thore: /* Slutlig diagnos */

2012-04-23T16:09:47Z

Slutlig diagnos

Magnus Thore: /* Substrat */

2009-12-13T18:52:12Z

Substrat

Magnus Thore: /* Presumtiv diagnos */

2009-12-13T18:51:41Z

Presumtiv diagnos

@@ Rad 68: / Rad 68: @@
 == Epidemiologisk typning ==
-Stam som av insändaren identifierats som ''Salmonella'' species sänds till SMI för epidemiologisk typning i de fall smittan identifierats som inhemsk och vid utlandssmitta endast om särskilda omständigheter föreligger. Vid klara utbrott eller epidemier sänds endast ett representativt urval av stammar.  Hos känd smittbärare skall ej konsekutiva isolat sändas för typning. Avsikten med typning är att följa smittspridning, främst inom landet. I de fall laboratoriet känner till smittort är det av epidemiologiska skäl därför mycket viktigt att detta anges då det påskyndar den epidemiologiska handläggningen, speciellt vid utbrott.
+Stam som av insändaren identifierats som ''Salmonella'' species sänds till Folkhälsomyndigheten för epidemiologisk typning i de fall smittan identifierats som inhemsk och vid utlandssmitta endast om särskilda omständigheter föreligger. Vid klara utbrott eller epidemier sänds endast ett representativt urval av stammar.  Hos känd smittbärare skall ej konsekutiva isolat sändas för typning. Avsikten med typning är att följa smittspridning, främst inom landet. I de fall laboratoriet känner till smittort är det av epidemiologiska skäl därför mycket viktigt att detta anges då det påskyndar den epidemiologiska handläggningen, speciellt vid utbrott.
 Typning görs idag primärt med serologisk teknik. Fullständig typning görs vid Folkhälsomyndigheten och för veterinära isolat vid Statens Veterinärmedicinska Anstalt (SVA).

@@ Rad 85: / Rad 85: @@
 == Svarsrutiner ==
-Svar formuleras enligt laboratoriets traditioner. Följande bör därvid iakttas: Vid premiärisolering anges fynd av ''Salmonella'' species och att isolatet sänds till SMI för epidemiologisk typning vid inhemsk smitta (se nedan). Efter erhållet typningssvar meddelas detta till inremitterande med angivelse av serotypnamn. Ev. fagtyp behöver däremot inte anges. Vid utlandssmitta eller senare positiva kontrollodlingar räcker det att svara växt av ''Salmonella''-bakterier (utan angivande av serotypnamn). Resistensmönster anges endast på begäran från kliniken.
+Svar formuleras enligt laboratoriets traditioner. Följande bör därvid iakttas: Vid premiärisolering anges fynd av ''Salmonella'' species och att isolatet sänds till Folkhälsomyndigheten för epidemiologisk typning vid inhemsk smitta (se nedan). Efter erhållet typningssvar meddelas detta till inremitterande med angivelse av serotypnamn. Ev. fagtyp behöver däremot inte anges. Vid utlandssmitta eller senare positiva kontrollodlingar räcker det att svara växt av ''Salmonella''-bakterier (utan angivande av serotypnamn). Resistensmönster anges endast på begäran från kliniken.
 [[Kategori:Laboratoriediagnostik-Infektioner i mage och tarm]]

@@ Rad 72: / Rad 72: @@
 Typning görs idag primärt med serologisk teknik. Fullständig typning görs vid Folkhälsomyndigheten och för veterinära isolat vid Statens Veterinärmedicinska Anstalt (SVA).
-Motiverar smittspårningsarbetet ytterligare differentiering kan fagtypning och molekylärgenetisk metodik användas. Fagtypning av ''S''. Typhimurium och ''S''. Enteritidis utförs vid SMI. Fagtypningen kan framöver komma att ersättas av [[MLVA]]. Även resistensmönstret är ofta till hjälp vid uppföljning av utbrott.
+Motiverar smittspårningsarbetet ytterligare differentiering kan fagtypning och molekylärgenetisk metodik användas. Fagtypning av ''S''. Enteritidis utförs vid Folkhälsomyndigheten. Fagtypningen kan framöver komma att ersättas av [[MLVA]]. Även resistensmönstret är ofta till hjälp vid uppföljning av utbrott.
 == Kvalitetskontroll ==

@@ Rad 70: / Rad 70: @@
 Stam som av insändaren identifierats som ''Salmonella'' species sänds till SMI för epidemiologisk typning i de fall smittan identifierats som inhemsk och vid utlandssmitta endast om särskilda omständigheter föreligger. Vid klara utbrott eller epidemier sänds endast ett representativt urval av stammar.  Hos känd smittbärare skall ej konsekutiva isolat sändas för typning. Avsikten med typning är att följa smittspridning, främst inom landet. I de fall laboratoriet känner till smittort är det av epidemiologiska skäl därför mycket viktigt att detta anges då det påskyndar den epidemiologiska handläggningen, speciellt vid utbrott.
-Typning görs idag primärt med serologisk teknik. Fullständig typning görs vid Smittskyddsinstitutet (SMI) och för veterinära isolat vid Statens Veterinärmedicinska Anstalt (SVA).
+Typning görs idag primärt med serologisk teknik. Fullständig typning görs vid Folkhälsomyndigheten och för veterinära isolat vid Statens Veterinärmedicinska Anstalt (SVA).
 Motiverar smittspårningsarbetet ytterligare differentiering kan fagtypning och molekylärgenetisk metodik användas. Fagtypning av ''S''. Typhimurium och ''S''. Enteritidis utförs vid SMI. Fagtypningen kan framöver komma att ersättas av [[MLVA]]. Även resistensmönstret är ofta till hjälp vid uppföljning av utbrott.

← Äldre version		Versionen från 9 januari 2014 kl. 12.51
Rad 44:		Rad 44:


−	Om kompletteringstestet utfaller negativt eller om biokemin inte är konklusiv görs komplettering med kommersiell analysbricka, t.ex. API 20E (Bio Merieux, Frankrike). Kvarstår misstanke om ''Salmonella'' species skickas isolatet till ~~SMI~~ för verifiering.	+	Om kompletteringstestet utfaller negativt eller om biokemin inte är konklusiv görs komplettering med kommersiell analysbricka, t.ex. API 20E (Bio Merieux, Frankrike). Kvarstår misstanke om ''Salmonella'' species skickas isolatet till Folkhälsomyndigheten för verifiering.

	=== Avvikelser från referensmetodiken ===		=== Avvikelser från referensmetodiken ===

@@ Rad 61: / Rad 61: @@
 *MUCAP-test (Svenska Labfab AB). ''Salmonella'' tycks vara unik inom ''[[Enterobacteriaceae]]'' genom att ha ett C8-esteras som hydrolyserar metylumbelliferylkaprilat. Fritt metylumbelliferyl fluorescerar i UV-ljus. Testen genomförs så att en droppe av reagensen appliceras på bakterierna på en utvuxen agarkultur, t.ex. MacConkey. Fluorescens avläses i relativt mörker inom fem minuter. Som UV-källa kan ofta användas en UV-lampa av sådan typ som används för kontroll av sedlar (referensfrekvens Woods light = 366 nm). När detta reagens testades på 750 isolat av ''Salmonella'' var 749 positiva i testen. Av 130 andra enterobakterier var endast en stam av ''Hafnia alvei'' positiv. Många oxidaspositiva bakterier som ''Pseudomonas'' species och liknande bakterier kan ge positivt testresultat, medan negativt test kan förekomma hos laktospositiva ''Salmonella''-isolat.
-== Alternativ diagnostik ==
+== Övrig diagnostik ==
 Ingen kommersiell snabbdiagnostik finns idag tillgänglig för humana fecesprov. På veterinär- och livsmedelssidan förekommer de dock.
 === Serologi ===
 Vissa laboratorier påvisar förekomst av IgG och IgM antikroppar med en LPS-ELISA som detekterar antikroppar mot faktorerna O4 och O9. Denna serologi kan i vissa fall användas för diagnostik av ''Salmonella''-infektion. Den klassiska Widal testen, påvisande av antikroppar mot ''Salmonella'' Typhi med avdödade bakterier som antigen, torde inte fylla någon plats i modern infektionsdiagnostik.
 == Epidemiologisk typning ==

@@ Rad 39: / Rad 39: @@
 ==== Slutlig diagnos ====
-Misstänkta kolonier plockas och karakteriseras med testbatteri (enligt ''Tabell 8'') som inkuberas över natten i 35 °C – 37  °C . Om biokemin är typisk enligt rad 1 är ingen ytterligare diagnostik nödvändig. Isolatet anses identifierat som ''Salmonella'' species.  Vid biokemiskt utfall enligt rad 2 - 4 måste kompletterande test med agglutination i polyvalent O-serum utföras. Ungefär 95 % av kliniska isolat agglutinerar i poly O. Korsreaktivitet med andra species inom ''Enterobacteriaceae'' t.ex. ''E. coli'' kan förekomma. Kompletteringstestet skall vara positivt. Tillsammans med något av de biokemiska utfallen i Tabell 8 rad 2 -  4 anses isolatet identifierat som ''Salmonella'' species.
+Misstänkta kolonier plockas och karakteriseras med testbatteri (enligt ''Tabell 8'') som inkuberas över natten i 35 °C – 37  °C . För beskrivning av de ingående substraten se artikel [[Biokemiska referenssubstrat för identifiering av Salmonella, Shigella och Yersinia i rutindiagnostiken]]. Om biokemin är typisk enligt rad 1 är ingen ytterligare diagnostik nödvändig. Isolatet anses identifierat som ''Salmonella'' species.  Vid biokemiskt utfall enligt rad 2 - 4 måste kompletterande test med agglutination i polyvalent O-serum utföras. Ungefär 95 % av kliniska isolat agglutinerar i poly O. Korsreaktivitet med andra species inom ''Enterobacteriaceae'' t.ex. ''E. coli'' kan förekomma. Kompletteringstestet skall vara positivt. Tillsammans med något av de biokemiska utfallen i Tabell 8 rad 2 -  4 anses isolatet identifierat som ''Salmonella'' species.
 [[bild:Salmonelltabell8.jpg|thumb|center|650px|]]

@@ Rad 50: / Rad 50: @@
 Referensmetodiken anger en miniminivå för diagnostiken. Vissa avvikelser kan dock vara acceptabla.
 ==== Substrat ====
-Vid primärisolering kan ett av de selektiva referensagarmedierna ersättas av ytterligare en anrikningsbuljong (Rappaport i kombination med Selenit).Selenit-buljong [[[Bilaga 1]].1.4] (laktosbaserad) är lämpad för anrikning av alla typer av ''Salmonella'' species direkt i fecesprov vid en inkuberingstemperatur av 35 °C (ibland anges 42 °C som lämplig inkuberingstemperatur även för Selenit-buljong).
+Vid primärisolering kan ett av de selektiva referensagarmedierna ersättas av ytterligare en anrikningsbuljong (Rappaport i kombination med Selenit).Selenit-buljong [[Bilaga 1. Bakteriologiska referenssubstrat]] (laktosbaserad) är lämpad för anrikning av alla typer av ''Salmonella'' species direkt i fecesprov vid en inkuberingstemperatur av 35 °C (ibland anges 42 °C som lämplig inkuberingstemperatur även för Selenit-buljong).
-XLD-agar kan bytas mot t.ex. Hektoen-agar (Bilaga 1). SSI-Enteric medium (Bilaga) kan också vara ett alternativ men svenska erfarenheter är begränsade.
+XLD-agar kan bytas mot t.ex. Hektoen-agar (Bilaga 1). SSI-Enteric medium (Bilaga 1) kan också vara ett alternativ men svenska erfarenheter är begränsade.
 ==== Kompletterande test ====

@@ Rad 36: / Rad 36: @@
 ==== Presumtiv diagnos====
-På [[XLD-agar]] är kolonierna semiopaka, släta, blanka och färglösa (framstår röda mot mediets grundfärg). Kolonierna är ofta stora med diameter >2 mm och ett distinkt svart centrum. Observera att atypiska LD-nega¬tiva och/eller laktosjäsande ''Salmonella'', i likhet med andra koliforma bakterier, kan växa med gulfärgade, opaka kolonier. Observera att ''S.'' Typhi sällan blir H<sub>2</sub>S-positiv på XLD. Inkuberas i 35 °C - 37 °C och avläses efter ett dygn.  På DC-agar är kolonierna semiopaka, blanka, färglösa, och i mer än hälften av fallen med grått eller svart centrum. De flesta stammar växer ut redan inom ett dygn. Kolonidiametern är ofta mindre än motsvarande på XLD. Inkuberas i 35 °C – 37 °C och avläses efter ett och två dygn.
+På [[XLD-agar]] är kolonierna semiopaka, släta, blanka och färglösa (framstår röda mot mediets grundfärg). Kolonierna är ofta stora med diameter >2 mm och ett distinkt svart centrum. Observera att atypiska LD-negativa och/eller laktosjäsande ''Salmonella'', i likhet med andra koliforma bakterier, kan växa med gulfärgade, opaka kolonier. Observera att ''S.'' Typhi sällan blir H<sub>2</sub>S-positiv på XLD. Inkuberas i 35 °C - 37 °C och avläses efter ett dygn.  På DC-agar är kolonierna semiopaka, blanka, färglösa, och i mer än hälften av fallen med grått eller svart centrum. De flesta stammar växer ut redan inom ett dygn. Kolonidiametern är ofta mindre än motsvarande på XLD. Inkuberas i 35 °C – 37 °C och avläses efter ett och två dygn.
 ==== Slutlig diagnos ====