Screeningmetodik för ESBL - Versionshistorik

Magnus Thore den 8 augusti 2014 kl. 16.13

2014-08-08T16:13:13Z

Öjar Melefors: /* Bakgrund */

2014-01-15T15:10:46Z

Bakgrund

Öjar Melefors: /* Epidemiologisk typning */

2014-01-13T13:07:26Z

Epidemiologisk typning

Öjar Melefors: /* Bakgrund */

2014-01-13T13:06:40Z

Bakgrund

Öjar Melefors: /* Bakgrund */

2014-01-13T13:06:10Z

Bakgrund

Öjar Melefors: /* Bakgrund */

2014-01-13T13:05:26Z

Bakgrund

Magnus Thore: /* Isolering och verifiering */

2013-01-31T14:14:55Z

Isolering och verifiering

Magnus Thore: /* Substrat */

2013-01-31T14:13:32Z

Substrat

Magnus Thore: /* REFERENSER */

2013-01-31T14:11:33Z

REFERENSER

Magnus Thore: /* Epidemiologisk typning */

2013-01-31T14:02:07Z

Epidemiologisk typning

@@ Rad 1: / Rad 1: @@
-'''Artikel under utarbetande mars 2012. Innehållet är preliminärt i avvaktan på konsensusbeslut'''
+'''Artikel under utarbetande mars 2012.'''
 -----
 ''Till innehållsförteckningen för [[Referensmetodik:Smittskyddslagens sjukdomar]]''

@@ Rad 10: / Rad 10: @@
 ==Screeningmetoder för ESBL==
 ===Bakgrund===
-ESBL indelas i tre huvudgrupper; ESBL<sub>A</sub>, ESBL<sub>M</sub> och ESBL<sub>CARBA</sub>. ESBL<sub>A</sub> är hittills dominerande i Sverige, men ESBL<sub>M</sub>, i första hand av subgrupp CIT förekommer också. Antalet anmälda fall av ESBL(<sub>A</sub>eller<sub>M</sub>) har stadigt ökat från 2008 (år 2007 då anmälningsplikt infördes för laboratorier) till mer än 5000 (år 2011). Beträffande ''Enterobacteriaceae'' med ESBL<sub>CARBA</sub> som sedan 15 mars 2012 är anmälningspliktig för både laboratorium och behandlande läkare, inkluderades denna variant av ESBL i den svenska definitionen för ESBL år 2009 (ref: [http://www.smittskyddsinstitutet.se/upload/Publikationer/antibiotika-och-vardhygien/implementering-av-en-ny-ESBL%20definition.pdf ]). Från 2007 till 2011 fanns 35 fall rapporterade till Smittskyddsinstitutet och av dessa var det stora flertalet smittade utomlands. ''Enterobacteriaceae med '' ESBL<sub>CARBA</sub> är smittspårningspliktiga. Aktuella föreskrifter (SOSFS 2012:1, 2012:2 och 2007:1) finns på Socialstyrelsens webbplats.
+ESBL indelas i tre huvudgrupper; ESBL<sub>A</sub>, ESBL<sub>M</sub> och ESBL<sub>CARBA</sub>. ESBL<sub>A</sub> är hittills dominerande i Sverige, men ESBL<sub>M</sub>, i första hand av subgrupp CIT förekommer också. Antalet anmälda fall av ESBL(<sub>A</sub>eller<sub>M</sub>) har stadigt ökat från 2008 (år 2007 då anmälningsplikt infördes för laboratorier) till mer än 5000 (år 2011). Beträffande ''Enterobacteriaceae'' med ESBL<sub>CARBA</sub> som sedan 15 mars 2012 är anmälningspliktig för både laboratorium och behandlande läkare, inkluderades denna variant av ESBL i den svenska definitionen för ESBL år 2009 . Från 2007 till 2011 fanns 35 fall rapporterade till Smittskyddsinstitutet och av dessa var det stora flertalet smittade utomlands. ''Enterobacteriaceae med '' ESBL<sub>CARBA</sub> är smittspårningspliktiga. Aktuella föreskrifter (SOSFS 2012:1, 2012:2 och 2007:1) finns på Socialstyrelsens webbplats.
 Screeningmetoden följer de rekommendationer som anges i Folkhälsomyndighetens (SMI:s) kunskapsunderlag [http://www.folkhalsomyndigheten.se/pagefiles/12921/ESBL-producerande%20tarmbakterier.pdf] som publiceras våren 2013.

@@ Rad 53: / Rad 53: @@
 Bland alternativa metoder för epidemiologisk typning av ESBL-producerande ''Enterobacteriaceae'' kan nämnas MLST och [[MLVA]] (4).
-För en detaljerad beskrivning hänvisas till SMI:s kunskapsunderlag [ESBL-producerande tarmbakterier].
+För en detaljerad beskrivning hänvisas till Folkhälsomyndighetens (SMI:s) kunskapsunderlag [http://www.folkhalsomyndigheten.se/pagefiles/12921/ESBL-producerande%20tarmbakterier.pdf].
 ==Svarsrutiner==

← Äldre version		Versionen från 13 januari 2014 kl. 13.06
Rad 12:		Rad 12:
	ESBL indelas i tre huvudgrupper; ESBL<sub>A</sub>, ESBL<sub>M</sub> och ESBL<sub>CARBA</sub>. ESBL<sub>A</sub> är hittills dominerande i Sverige, men ESBL<sub>M</sub>, i första hand av subgrupp CIT förekommer också. Antalet anmälda fall av ESBL(<sub>A</sub>eller<sub>M</sub>) har stadigt ökat från 2008 (år 2007 då anmälningsplikt infördes för laboratorier) till mer än 5000 (år 2011). Beträffande ''Enterobacteriaceae'' med ESBL<sub>CARBA</sub> som sedan 15 mars 2012 är anmälningspliktig för både laboratorium och behandlande läkare, inkluderades denna variant av ESBL i den svenska definitionen för ESBL år 2009 (ref: [http://www.smittskyddsinstitutet.se/upload/Publikationer/antibiotika-och-vardhygien/implementering-av-en-ny-ESBL%20definition.pdf ]). Från 2007 till 2011 fanns 35 fall rapporterade till Smittskyddsinstitutet och av dessa var det stora flertalet smittade utomlands. ''Enterobacteriaceae med '' ESBL<sub>CARBA</sub> är smittspårningspliktiga. Aktuella föreskrifter (SOSFS 2012:1, 2012:2 och 2007:1) finns på Socialstyrelsens webbplats.		ESBL indelas i tre huvudgrupper; ESBL<sub>A</sub>, ESBL<sub>M</sub> och ESBL<sub>CARBA</sub>. ESBL<sub>A</sub> är hittills dominerande i Sverige, men ESBL<sub>M</sub>, i första hand av subgrupp CIT förekommer också. Antalet anmälda fall av ESBL(<sub>A</sub>eller<sub>M</sub>) har stadigt ökat från 2008 (år 2007 då anmälningsplikt infördes för laboratorier) till mer än 5000 (år 2011). Beträffande ''Enterobacteriaceae'' med ESBL<sub>CARBA</sub> som sedan 15 mars 2012 är anmälningspliktig för både laboratorium och behandlande läkare, inkluderades denna variant av ESBL i den svenska definitionen för ESBL år 2009 (ref: [http://www.smittskyddsinstitutet.se/upload/Publikationer/antibiotika-och-vardhygien/implementering-av-en-ny-ESBL%20definition.pdf ]). Från 2007 till 2011 fanns 35 fall rapporterade till Smittskyddsinstitutet och av dessa var det stora flertalet smittade utomlands. ''Enterobacteriaceae med '' ESBL<sub>CARBA</sub> är smittspårningspliktiga. Aktuella föreskrifter (SOSFS 2012:1, 2012:2 och 2007:1) finns på Socialstyrelsens webbplats.

−	Screeningmetoden följer de rekommendationer som anges i Folkhälsomyndighetens kunskapsunderlag [http://www.folkhalsomyndigheten.se/pagefiles/12921/ESBL-producerande%20tarmbakterier.pdf] som publiceras våren 2013.	+	Screeningmetoden följer de rekommendationer som anges i Folkhälsomyndighetens (SMI:s) kunskapsunderlag [http://www.folkhalsomyndigheten.se/pagefiles/12921/ESBL-producerande%20tarmbakterier.pdf] som publiceras våren 2013.

← Äldre version		Versionen från 13 januari 2014 kl. 13.06
Rad 12:		Rad 12:
	ESBL indelas i tre huvudgrupper; ESBL<sub>A</sub>, ESBL<sub>M</sub> och ESBL<sub>CARBA</sub>. ESBL<sub>A</sub> är hittills dominerande i Sverige, men ESBL<sub>M</sub>, i första hand av subgrupp CIT förekommer också. Antalet anmälda fall av ESBL(<sub>A</sub>eller<sub>M</sub>) har stadigt ökat från 2008 (år 2007 då anmälningsplikt infördes för laboratorier) till mer än 5000 (år 2011). Beträffande ''Enterobacteriaceae'' med ESBL<sub>CARBA</sub> som sedan 15 mars 2012 är anmälningspliktig för både laboratorium och behandlande läkare, inkluderades denna variant av ESBL i den svenska definitionen för ESBL år 2009 (ref: [http://www.smittskyddsinstitutet.se/upload/Publikationer/antibiotika-och-vardhygien/implementering-av-en-ny-ESBL%20definition.pdf ]). Från 2007 till 2011 fanns 35 fall rapporterade till Smittskyddsinstitutet och av dessa var det stora flertalet smittade utomlands. ''Enterobacteriaceae med '' ESBL<sub>CARBA</sub> är smittspårningspliktiga. Aktuella föreskrifter (SOSFS 2012:1, 2012:2 och 2007:1) finns på Socialstyrelsens webbplats.		ESBL indelas i tre huvudgrupper; ESBL<sub>A</sub>, ESBL<sub>M</sub> och ESBL<sub>CARBA</sub>. ESBL<sub>A</sub> är hittills dominerande i Sverige, men ESBL<sub>M</sub>, i första hand av subgrupp CIT förekommer också. Antalet anmälda fall av ESBL(<sub>A</sub>eller<sub>M</sub>) har stadigt ökat från 2008 (år 2007 då anmälningsplikt infördes för laboratorier) till mer än 5000 (år 2011). Beträffande ''Enterobacteriaceae'' med ESBL<sub>CARBA</sub> som sedan 15 mars 2012 är anmälningspliktig för både laboratorium och behandlande läkare, inkluderades denna variant av ESBL i den svenska definitionen för ESBL år 2009 (ref: [http://www.smittskyddsinstitutet.se/upload/Publikationer/antibiotika-och-vardhygien/implementering-av-en-ny-ESBL%20definition.pdf ]). Från 2007 till 2011 fanns 35 fall rapporterade till Smittskyddsinstitutet och av dessa var det stora flertalet smittade utomlands. ''Enterobacteriaceae med '' ESBL<sub>CARBA</sub> är smittspårningspliktiga. Aktuella föreskrifter (SOSFS 2012:1, 2012:2 och 2007:1) finns på Socialstyrelsens webbplats.

−	Screeningmetoden följer de rekommendationer som anges i Folkhälsomyndighetens kunskapsunderlag [ESBL-producerande ~~tarmbakterier~~] som publiceras våren 2013.	+	Screeningmetoden följer de rekommendationer som anges i Folkhälsomyndighetens kunskapsunderlag [http://www.folkhalsomyndigheten.se/pagefiles/12921/ESBL-producerande%20tarmbakterier.pdf] som publiceras våren 2013.

@@ Rad 11: / Rad 11: @@
 ===Bakgrund===
 ESBL indelas i tre huvudgrupper; ESBL<sub>A</sub>, ESBL<sub>M</sub> och ESBL<sub>CARBA</sub>. ESBL<sub>A</sub> är hittills dominerande i Sverige, men ESBL<sub>M</sub>, i första hand av subgrupp CIT förekommer också. Antalet anmälda fall av ESBL(<sub>A</sub>eller<sub>M</sub>) har stadigt ökat från 2008 (år 2007 då anmälningsplikt infördes för laboratorier) till mer än 5000 (år 2011). Beträffande ''Enterobacteriaceae'' med ESBL<sub>CARBA</sub> som sedan 15 mars 2012 är anmälningspliktig för både laboratorium och behandlande läkare, inkluderades denna variant av ESBL i den svenska definitionen för ESBL år 2009 (ref: [http://www.smittskyddsinstitutet.se/upload/Publikationer/antibiotika-och-vardhygien/implementering-av-en-ny-ESBL%20definition.pdf ]). Från 2007 till 2011 fanns 35 fall rapporterade till Smittskyddsinstitutet och av dessa var det stora flertalet smittade utomlands. ''Enterobacteriaceae med '' ESBL<sub>CARBA</sub> är smittspårningspliktiga. Aktuella föreskrifter (SOSFS 2012:1, 2012:2 och 2007:1) finns på Socialstyrelsens webbplats.
-−
-Screeningmetoden följer de rekommendationer som anges i SMI:s kunskapsunderlag [ESBL-producerande tarmbakterier] som publiceras våren 2013.
+Screeningmetoden följer de rekommendationer som anges i Folkhälsomyndighetens kunskapsunderlag [ESBL-producerande tarmbakterier] som publiceras våren 2013.
-−
 De flesta laboratorier i landet har etablerat metoder för screening av ESBL-producerande tarmbakterier. Dessa baseras på användningen av kommersiella agarplattor (t ex Oxoid, bioMérieux), egentillverkade agarmedier med antibiotikalappar eller selektiv buljonganrikning. Litteraturstöd saknas i dagsläget för att buljonganrikning skulle ha högre känslighet än övriga metoder.
-−
 För screeningändamål kan ett cefalosporin som är substrat för samtliga ESBL-varianter användas, exempelvis cefpodoxim. Däremot är metodik som baserar sig på endast en av cefotaxim eller ceftazidim inte tillräcklig, eftersom vissa ESBL-enzymer inte orsakar resistens mot båda dessa cefalosporiner.

@@ Rad 44: / Rad 44: @@
 Fenotypisk verifiering av ESBL enligt algoritmer som anvisas i aktuell [http://www.nordicast.org/file/download/xls/39e93db48c3b15e726d8af3e73192443/130104082123 NordicAST-tabell].
-Beträffande ''E. coli'' och ''Shigella'' spp. med fenotypisk misstanke om ESBL<sub>M</sub> bör [[Bilaga 1: Realtids-PCR för påvisande av plasmidburen AmpC (ESBLM)|verifierande PCR enligt bilaga 1]] utföras för att skilja på förvärvad och kromosomalt medierad AmpC.
+Beträffande ''E. coli'' och ''Shigella'' spp. med fenotypisk misstanke om ESBL<sub>M</sub> bör [[Bilaga 1: Realtids-PCR för påvisande av plasmidburen AmpC (ESBLM)|verifierande PCR enligt bilaga 1]] utföras för att skilja på förvärvad och kromosomalt medierad AmpC (1, 2).
 ''Enterobacteriaceae'' med fenotypisk ESBL<sub>CARBA</sub> bör skickas till SMI för verifiering för att snabbt identifiera en eventuell nationell smittspridning. Genotypisk diagnostik av ESBL<sub>CARBA</sub> bör endast utföras på laboratorier somhar tillräckligt många fall och därmed erfarenhet av dessa metoder. Det finns flera publicerade PCR-protokoll för de flesta av de vanliga karbapenemasvarianterna.

@@ Rad 26: / Rad 26: @@
 '''Egentillverkade substrat:''' Två plattor vardera med agarbaserat substrat (exempelvis [[Översikt fasta substrat för bakteriologiska odlingar|MacConkey]]), en innehållande cefotaxim 1 mg/L och en innehållande ceftazidim 1 mg/L.
-'''Kommersiella substrat:''' Flera kommersiella screeningagarmedier har jämförts i olika studier, och uppvisar goda prestanda när det gäller detektion av ESBL<sub>A</sub>. Känsligheten för detektion av ESBL<sub>M</sub>  är sämre, eftersom man ofta har tillsatt AmpC-hämmare till mediet. Detta görs för att med hög specificitet detektera ESBL<sub>A</sub>, vilket är relevant i många länder utanför Norden.  Se också artikel [[Kromogena substrat]].
+'''Kommersiella substrat:''' Flera kommersiella screeningagarmedier har jämförts i olika studier, och uppvisar goda prestanda när det gäller detektion av ESBL<sub>A</sub>, men inget av dessa kan dock anges som formellt referenssubstrat. Känsligheten för detektion av ESBL<sub>M</sub>  är sämre, eftersom man ofta har tillsatt AmpC-hämmare till mediet. Detta görs för att med hög specificitet detektera ESBL<sub>A</sub>, vilket är relevant i många länder utanför Norden.  Se också artikel [[Kromogena substrat]].
 Karbapenemaser kan med hög känslighet påvisas med de beskrivna substraten, eftersom dessa i de allra flesta fall även orsakar cefalosporinresistens. Undantag är karbapenemasen OXA-48 som ibland kan orsaka låggradig karbapenemresistens utan samtidig cefalosporinresistens. Kommersiella plattor innehållande karbapenemer har hög specificitet, men för låg känslighet för att generellt kunna rekommenderas för detektion av karbapenemas-bildande bakterier.

@@ Rad 68: / Rad 68: @@
 * 2. Perez-Perez  FJ, Hanson ND. Detection of plasmid-mediated AmpC beta-lactamase genes  in clinical isolates by using multiplex PCR. J Clin Microbiol. 2002  Jun;40(6):2153-62.
 * 3. Brolund A, Haeggman S, Edquist P, Gezelius L, Olsson-Liljequist B, Tegmark Wisell K, Giske C. The DiversiLab system versus pulsed-field gel electrophoresis: Characterisation of extended spectrum beta-lactamase producing Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae. Journal of Microbiological Methods 2010;873:224-230.
-* 4. Naseer U.
+* 4. Naseer U, Olsson-Liljequist, B.E, Woodford N, Dhanji H, Cantón R, Sundfjord A, Lindstedt B-A. Multi-Locus variable number of tandem repeat analysis for rapid and accurate typing of virulent multidrug resistant Escherichia coli clones. PloS ONE 7(7):e41232.doi:10.1371/journal.pone.0041232
 [[Kategori:Smittskyddslagens sjukdomar]]

@@ Rad 49: / Rad 49: @@
 ==Epidemiologisk typning==
-Pulsfältsgelelektrofores (PFGE) är standard för epidemiologisk typning av ESBL-producerande bakterier. Alternativa metoder finns tillgängliga, däribland en kommersiell metod, ''[http://www.biomerieux-diagnostics.com/servlet/srt/bio/clinical-diagnostics/dynPage?open=CNL_CLN_PRD&doc=CNL_PRD_CPL_G_PRD_CLN_2&pubparams.sform=6&lang=en DiversiLab System (bioMerieux)]'', som baserar sig på PCR-amplifikation av specifika regioner mellan bakteriella sekvenser. Denna har i en studie genomförd på SMI, visats ha god upplösning bland PFGE-relaterade ESBL-isolat, men inte lika god upplösning som PFGE. En fördel med DiversiLabs system är att det är betydligt snabbare och till stor del automatiserat, inklusive tolkningssteget. En nackdel är att det inte finns någon internationell konsensus om typbeteckningar, vilket försvårar jämförelser och tolkningar på nationell och internationell nivå.
+Pulsfältsgelelektrofores (PFGE) är standard för epidemiologisk typning av ESBL-producerande bakterier. Alternativa metoder finns tillgängliga, däribland en kommersiell metod, ''[http://www.biomerieux-diagnostics.com/servlet/srt/bio/clinical-diagnostics/dynPage?open=CNL_CLN_PRD&doc=CNL_PRD_CPL_G_PRD_CLN_2&pubparams.sform=6&lang=en DiversiLab System (bioMerieux)]'' (3), som baserar sig på PCR-amplifikation av specifika regioner mellan bakteriella sekvenser. Denna har i en studie genomförd på SMI, visats ha god upplösning bland PFGE-relaterade ESBL-isolat, men inte lika god upplösning som PFGE. En fördel med DiversiLabs system är att det är betydligt snabbare och till stor del automatiserat, inklusive tolkningssteget. En nackdel är att det inte finns någon internationell konsensus om typbeteckningar, vilket försvårar jämförelser och tolkningar på nationell och internationell nivå.
 Bland alternativa metoder för epidemiologisk typning av ESBL-producerande ''Enterobacteriaceae'' kan nämnas MLST och [[MLVA]] (4).