Sekvensering - Versionshistorik

Magnus Thore den 12 april 2011 kl. 06.40

2011-04-12T06:40:39Z

2011-04-12T06:35:01Z

Andra sekvenseringsmetoder

2010-09-05T10:32:49Z

SOLiD

2010-09-04T15:57:04Z

Massiv parallellsekvensering

2010-09-04T15:56:37Z

Solexa

2010-09-04T15:56:13Z

SOLiD

2010-09-04T15:53:03Z

Solexa

2010-09-04T15:50:55Z

Solexa

2010-09-04T15:44:29Z

Solexa

2010-09-04T15:43:29Z

GS FLX Titanium - 454 teknologi

← Äldre version		Versionen från 12 april 2011 kl. 06.40
Rad 32:		Rad 32:
	== Andra sekvenseringsmetoder ==		== Andra sekvenseringsmetoder ==

−	Det pågår en ständig utveckling av andra sekvenseringstekniker än de som nämnts ovan. Reversibel termineringssekvensering samt ligasbaserad sekvensering beskrivs under ''Solexa'' respektive ''SOLiD''-teknikerna. En alternativ sekvenseringsmetod är att använda diskriminerande prober vid [[realtids-PCR]], ~~med~~ denna teknik ~~studeras~~ endast en nukleotidposition per gång~~, så kallad~~ SNP (''single nucleotide polymorphisms'' ~~eller "snippar"~~)-analys. Ytterligare metoder finns och beskrivs i följande referenser (4-9).	+	Det pågår en ständig utveckling av andra sekvenseringstekniker än de som nämnts ovan. Reversibel termineringssekvensering samt ligasbaserad sekvensering beskrivs under ''Solexa'' respektive ''SOLiD''-teknikerna. En alternativ sekvenseringsmetod är att använda diskriminerande prober vid [[realtids-PCR]], vid denna teknik kan endast en nukleotidposition per gång studeras sk SNP (''single nucleotide polymorphisms'') - analys. Ytterligare metoder finns och beskrivs i följande referenser (4-9).

← Äldre version		Versionen från 12 april 2011 kl. 06.35
Rad 32:		Rad 32:
	== Andra sekvenseringsmetoder ==		== Andra sekvenseringsmetoder ==

−	Det pågår en ständig utveckling av andra sekvenseringstekniker än de som nämnts ovan. Reversibel termineringssekvensering samt ligasbaserad sekvensering beskrivs under ''Solexa'' respektive ''SOLiD''-teknikerna. En alternativ sekvenseringsmetod är att använda diskriminerande prober vid [[realtids-PCR]], ~~vid~~ denna teknik ~~kan~~ endast en nukleotidposition per gång ~~studeras sk~~ SNP (''single nucleotide polymorphisms'') - analys. Ytterligare metoder finns och beskrivs i följande referenser (4-9).	+	Det pågår en ständig utveckling av andra sekvenseringstekniker än de som nämnts ovan. Reversibel termineringssekvensering samt ligasbaserad sekvensering beskrivs under ''Solexa'' respektive ''SOLiD''-teknikerna. En alternativ sekvenseringsmetod är att använda diskriminerande prober vid [[realtids-PCR]], med denna teknik studeras endast en nukleotidposition per gång, så kallad SNP (''single nucleotide polymorphisms'' eller "snippar")-analys. Ytterligare metoder finns och beskrivs i följande referenser (4-9).

@@ Rad 109: / Rad 109: @@
 [[Fil:Cms 053243.jpg|thumb|center|900px|||'''Figur 24. '''. Sekvensering enligt SOLiD-teknik. Texten i figuren beskriver de olika stegen. ''Bild: Applied Biosystems en del av Life Technologies Group'', publicerad med företagets godkännande.
-'''FÖR LÄSBAR BILD, KLICKA PÅ BILDEN, DU KOMMER DÅ TILL FILSIDAN DÄR DU ÅTER KAN KLICKA PÅ BILDEN TILL LÄSBARHET''']]
+'''FÖR LÄSBAR BILD, KLICKA PÅ BILDEN, DU KOMMER DÅ TILL FILSIDAN DÄR DU ÅTER KAN KLICKA PÅ BILDEN TILL LÄSBAR FÖRSTORINGSGRAD''']]
 == REFERENSER ==

@@ Rad 45: / Rad 45: @@
 Genom att kombinera shotgun-tekniken och olika sekvenseringstekniker i stor skala har det idag blivit möjligt att sekvensera hela genom på kort tid. I dagsläget finns det flera olika system för massiv parallellsekvensering (''ref 5, 7-9)''. I detta kapitel beskrivs de tre som har kommit längst (år 2009) i sin utveckling. Dessa tekniker kallas ibland för ”''next generation sequencing''”
-----
 === GS FLX Titanium - 454 teknologi ===

← Äldre version		Versionen från 4 september 2010 kl. 15.56
Rad 73:		Rad 73:

	[[Fil:molekyl22D.jpg\|thumb\|600px\|center\|\|\|]]		[[Fil:molekyl22D.jpg\|thumb\|600px\|center\|\|\|]]
		+
		+	----

	=== Solexa ===		=== Solexa ===

← Äldre version		Versionen från 4 september 2010 kl. 15.56
Rad 86:		Rad 86:

	[[Fil:molekylfig23c.jpg\|thumb\|center\|600px\|\| '''Figur 23.''' Sekvensering enligt solexatekniken. Bild: Illumina, publicerad med företagets godkännade.]]		[[Fil:molekylfig23c.jpg\|thumb\|center\|600px\|\| '''Figur 23.''' Sekvensering enligt solexatekniken. Bild: Illumina, publicerad med företagets godkännade.]]
		+
		+	----

	=== SOLiD ===		=== SOLiD ===

← Äldre version		Versionen från 4 september 2010 kl. 15.53
Rad 85:		Rad 85:


−	[[Fil:~~molekylfig23b~~.jpg\|thumb\|center\|600px\|\| '''Figur 23.''' Sekvensering enligt solexatekniken. Bild: Illumina, publicerad med företagets godkännade.]]	+	[[Fil:molekylfig23c.jpg\|thumb\|center\|600px\|\| '''Figur 23.''' Sekvensering enligt solexatekniken. Bild: Illumina, publicerad med företagets godkännade.]]

	=== SOLiD ===		=== SOLiD ===

@@ Rad 84: / Rad 84: @@
 *7.	Sevensering sker sedan med reversibel termineringssekvensering. Genom att tillsätta en mix av DNA-polymeras och de fyra nukleotiderna (alla med specifik fluorofor) kan sekvenseringen börja. Nukleotiderna har en stoppmolekyl vilket gör att endast en nukleotid kan inkorporeras per cykel. Med hjälp av laserkamera avläses vilken nukleotid (beroende på färg) samt i vilken region i kammaren som reaktion sker. Detta gör det möjligt att avläsa sekvensdata från flera olika templat på samma gång. Genom att ta bort stoppmolekylen och upprepa sekvenseringscykeln kan nästa nukleotid avläsas. Med denna teknik kan cirka 40*10<math>^6</math> sekvenser a’ 30-50 baser avläsas vilket innebär 1.6*10<math>^6</math> baser vid en sekvenseringsomgång. En hel analysomgång (exklusive databearbetningen) tar cirka tre dagar.
 '''Figur 23.''' Sekvensering enligt solexatekniken. Bild: Illumina, publicerad med företagets godkännade.
 === SOLiD ===

@@ Rad 66: / Rad 66: @@
 '''Figur 22.''' Sekvensering med 454-tekniken ''Bild: Roche, publicerad med företagets godkännande''
-[[Fil:molekylfig22A.jpg|thumb|600px|center|||]]
+[[Fil:molekyl22A.jpg|thumb|600px|center|||]]
-[[Fil:molekylfig22B.jpg|thumb|600px|center|||]]
+[[Fil:molekyl22B.jpg|thumb|600px|center|||]]
-[[Fil:molekylfig22C.jpg|thumb|600px|center|||]]
+[[Fil:molekyl22C.jpg|thumb|600px|center|]]
-[[Fil:molekylfig22D.jpg|thumb|600px|center|||]]
+[[Fil:molekyl22D.jpg|thumb|600px|center|||]]
 === Solexa ===