Vankomycinresistenta enterokocker (VRE), referensmetodik - Versionshistorik

Öjar Melefors: /* Påvisning av enterokocker med nedsatt känslighet för vankomycin */

2014-01-13T09:17:57Z

Påvisning av enterokocker med nedsatt känslighet för vankomycin

Magnus Thore: /* Påvisning av enterokocker i mikrobiologisk rutindiagnostik */

2012-07-19T10:24:03Z

Påvisning av enterokocker i mikrobiologisk rutindiagnostik

Magnus Thore: /* Artbestämning av VRE med PCR för ddlE. */

2012-03-27T08:05:11Z

Artbestämning av VRE med PCR för ddlE.

Magnus Thore: /* Artbestämning av VRE med PCR för ddlE. */

2012-03-27T08:04:17Z

Artbestämning av VRE med PCR för ddlE.

Magnus Thore: /* Detektion med realtids-PCR för vanA och vanB */

2012-03-27T08:02:35Z

Detektion med realtids-PCR för vanA och vanB

Magnus Thore: /* Detektion med realtids-PCR för vanA och vanB */

2012-03-27T07:59:09Z

Detektion med realtids-PCR för vanA och vanB

Magnus Thore: /* Påvisning av enterokocker i mikrobiologisk rutindiagnostik */

2012-02-27T10:28:31Z

Påvisning av enterokocker i mikrobiologisk rutindiagnostik

Magnus Thore den 26 februari 2012 kl. 09.50

2012-02-26T09:50:31Z

Magnus Thore: /* REFERENSER */

2012-02-26T09:46:08Z

REFERENSER

Magnus Thore: /* Verifiering av VRE med molekylärbiologisk metod (PCR) */

2012-02-26T09:44:52Z

Verifiering av VRE med molekylärbiologisk metod (PCR)

@@ Rad 17: / Rad 17: @@
 ===Påvisning av enterokocker med nedsatt känslighet för vankomycin===
-Referensgruppen för antibiotikafrågor – metodgruppen (RAF-M, från 2011 Nordicast ([[Ref]])) rekommenderar lappdiffusionsmetoden för att upptäcka vankomycinresistens (för zonbrytpunkter och detaljerad metod se www.srga.org.). Vid minskad hämningszon och/eller oskarp zonkant med gradvis avtagande växt runt vankomycinlappen ska isolatet karakteriseras vidare genom molekylärbiologisk påvisning av resistensgen (se nedan).
+Referensgruppen för antibiotikafrågor – metodgruppen (RAF-M, från 2011 Nordicast rekommenderar lappdiffusionsmetoden för att upptäcka vankomycinresistens (för zonbrytpunkter och detaljerad metod se www.srga.org.). Vid minskad hämningszon och/eller oskarp zonkant med gradvis avtagande växt runt vankomycinlappen ska isolatet karakteriseras vidare genom molekylärbiologisk påvisning av resistensgen (se nedan).
 Lappdiffusionsmetoden är beroende av korrekt inokulat samt av att avläsaren är uppmärksam på zonkantens kvalitet. Om förhållandena inte är optimala kan enstaka VRE-isolat missas i denna test varför kvalitetssäkring av diagnostiken genom att delta i externa kvalitetskontrollprogram är av stor vikt.

@@ Rad 5: / Rad 5: @@
 ==Vankomycinresistenta enterokocker (VRE), referensmetodik==
-===Påvisning av enterokocker i mikrobiologisk rutindiagnostik===
+===Påvisande av enterokocker i mikrobiologisk rutindiagnostik===
 Primär diagnostik av VRE förutsätter fenotypisk artdiagnostik av ''[[Enterococcus faecalis]]'' och ''[[Enterococcus faecium]]'', och att man säkert kan skilja dessa arter från övriga enterokocker och från andra naturligt vankomycinresistenta grampositiva bakterier som [[Kort beskrivning av kliniskt intressanta bakterier:L-Y|''Lactobacillus, Leuconostoc'']] och [[Kort beskrivning av kliniskt intressanta bakterier:L-Y|''Pediococcus'' spp]].
-Minimikriterier för att artbestämma enterokocker är: typisk kolonimorfologi samt positiva tester för pyrrolydonylarylamidas (PYR) och galla- eskulin (1). Utöver detta är enterokocker positiva i agglutinationstest för Lancefields grupp-D-antigen (observera att även grupp-D-streptokocker är positiva i galla-eskulin, men negativa i PYR).
+Diagnostiska minimikriterier för primär artdiagnostik av enterokocker, se [[Bilagor till VRE-diagnostiken#Bilaga 1|'''bilaga 1''']].
-För att skilja de olika enterokockarterna från varandra används jäsning av arabinos (''E. faecalis'' är negativ medan övriga enterokocker är positiva) alternativt tellurit (''E. faecalis'' är positiv och ''E. faecium'' är negativ), rörlighet (både ''E. faecalis'' och ''E. faecium'' är orörliga) samt känslighet för penicillin och cefadroxil. ''E. faecalis'' och ''E. faecium'' har högre grad av resistens mot dessa betalaktamer än ''E. casseliflavus'' och ''E. gallinarum''. De två sistnämnda arterna isoleras dock sällan från kliniska prover, men de utgör ett problem i samband med screening av feces- eller perianalprover på förekomst av glykopeptidresistenta enterokocker.Om man använder screeningmetoder med medier som innehåller selekterande och differentierande substanser, inklusive vankomycin, medför det att även andra bakterier (''Lactobacillus, Lactococcus'' och ''Pediococcus'' spp)) som alltid är resistenta mot vankomycin och/eller teikoplanin fastnar i screenodlingen. Genom att först göra gramfärgning och PYR-test kan icke relevanta arter sorteras bort.
+Observera att enterokocker är positiva i agglutinationstest för Lancefields grupp-D-antigen (observera att även grupp-D-streptokocker är positiva i galla-eskulin, men negativa i PYR).
-Diagnostiska minimikriterier för primär artdiagnostik av enterokocker, se [[Bilagor till VRE-diagnostiken#Bilaga 1|bilaga 1]].
+I '''bilaga 1''' anges att för att skilja olika enterokockarterna från varandra används jäsning av arabinos (''E. faecalis'' är negativ medan övriga enterokocker är positiva) alternativt tellurit (''E. faecalis'' är positiv och ''E. faecium'' är negativ), rörlighet (både ''E. faecalis'' och ''E. faecium'' är orörliga) samt känslighet för penicillin och cefadroxil. ''E. faecalis'' och ''E. faecium'' har högre grad av resistens mot dessa betalaktamer än ''E. casseliflavus'' och ''E. gallinarum''. De två sistnämnda arterna isoleras dock sällan från kliniska prover, men de utgör ett problem i samband med screening av feces- eller perianalprover på förekomst av glykopeptidresistenta enterokocker.Om man använder screeningmetoder med medier som innehåller selekterande och differentierande substanser, inklusive vankomycin, medför det att även andra bakterier (''Lactobacillus, Leuconostoc'' och ''Pediococcus'' spp)) som alltid är resistenta mot vankomycin och/eller teikoplanin fastnar i screenodlingen. Genom att först göra gramfärgning och PYR-test kan icke relevanta arter sorteras bort.
 ===Påvisning av enterokocker med nedsatt känslighet för vankomycin===

@@ Rad 53: / Rad 53: @@
 ===Artbestämning av VRE med PCR för ''ddlE''.===
-Som komplement till artbestämningen med biokemiska metoder kan en PCR för artspecifika ligas-gener (''ddlE'') användas. PCR-metoden skiljer på ''E. faecalis'' och ''E. faecium''. Kommersiella eller egenutvecklade metoder kan användas för detta. I litteraturen beskrivs metoder för detta som block-PCR med detektion på gel (5). Samma protokoll har även utvecklats för realtidsplattform, se bilaga 3.
+Som komplement till artbestämningen med biokemiska metoder kan en PCR för artspecifika ligas-gener (''ddlE'') användas. PCR-metoden skiljer på ''E. faecalis'' och ''E. faecium''. Kommersiella eller egenutvecklade metoder kan användas för detta. I litteraturen beskrivs metoder för detta som block-PCR med detektion på gel (5). Samma protokoll har även utvecklats för realtidsplattform, se [[Bilagor till VRE-diagnostiken#Bilaga 3|bilaga 3]].
 ==Sammanfattning av avsnitt 3==

@@ Rad 53: / Rad 53: @@
 ===Artbestämning av VRE med PCR för ''ddlE''.===
-Som komplement till artbestämningen med biokemiska metoder kan en PCR för artspecifika ligas-gener (''ddlE'') användas. PCR-metoden skiljer på ''E. faecalis'' och ''E. faecium''. Kommersiella eller egenutvecklade metoder kan användas för detta. I litteraturen beskrivs metoder för detta som block-PCR med detektion på gel (5). Samma protokoll har även utvecklats för realtidsplattform, se bilaga 4.
+Som komplement till artbestämningen med biokemiska metoder kan en PCR för artspecifika ligas-gener (''ddlE'') användas. PCR-metoden skiljer på ''E. faecalis'' och ''E. faecium''. Kommersiella eller egenutvecklade metoder kan användas för detta. I litteraturen beskrivs metoder för detta som block-PCR med detektion på gel (5). Samma protokoll har även utvecklats för realtidsplattform, se bilaga 3.
 ==Sammanfattning av avsnitt 3==

@@ Rad 45: / Rad 45: @@
  Extraktion av DNA från buljongkulturerna utförs bäst i något av de automatiserade system som finns på marknaden.PCR-metoden som beskrivs i [[Bilagor till VRE-diagnostiken#Bilaga 3|bilaga 3]] är en modifierad duplex in-house-PCR (8) som har utvecklats vid Klinisk Mikrobiologi i Halmstad. Den är utvärderad för [[Realtids-PCR|FRET-hybridiseringsprober]] i LightCycler (Roche) och [[Realtids-PCR|TaqMan-prober]] i Rotor- Gene 6000. Sekvenserna för ''vanA'' och ''vanB'' ligger i konserverade regioner och detekterar varianterna ''vanB1, vanB2'' och ''vanB3'' (7,8,9) (primers, prober och temperaturprofil, se [[Bilagor till VRE-diagnostiken#Bilaga 3|bilaga 3]]). Alternativa egenutvecklade eller kommersiella metoder för att genetiskt verifiera vanA och vanB med validerade prestanda kan ersätta den här beskrivna PCR-metoden.
-Vid positivt PCR-resultat odlas buljongen ut, och misstänkta enterokocker verifieras med art- och resistensbestämning enligt ovan. Observera att ''van''-generna kan förekomma även hos bakterier i den normala tarmfloran, till exempel är klostridier och alla positiva PCR-fynd måste verifieras som VRE.
+Vid positivt PCR-resultat odlas buljongen ut, och misstänkta enterokocker verifieras med art- och resistensbestämning enligt ovan. Observera att ''van''-generna kan förekomma även hos bakterier i den normala tarmfloran som exempelvis hos  klostridier. Alla positiva PCR-fynd måste därför verifieras.
 ===Detektion med utodling===

@@ Rad 43: / Rad 43: @@
 ===Detektion med realtids-PCR för ''vanA'' och ''vanB''===
- Extraktion av DNA från buljongkulturerna utförs bäst i något av de automatiseradesystem som finns på marknaden.PCR-metoden som beskrivs i [[Bilagor till VRE-diagnostiken#Bilaga 3|bilaga 3]] är en modifierad duplex in-house-PCR (8) som har utvecklats vid Klinisk Mikrobiologi i Halmstad. Den är utvärderad för [[Realtids-PCR|FRET-hybridiseringsprober]] i LightCycler (Roche) och [[Realtids-PCR|TaqMan-prober]] i Rotor- Gene 6000. Sekvenserna för ''vanA'' och ''vanB'' ligger i konserverade regioner och detekterar varianterna ''vanB1, vanB2'' och ''vanB3'' (7,8,9) (primers, prober och temperaturprofil, se [[Bilagor till VRE-diagnostiken#Bilaga 3|bilaga 3]]). Alternativa egenutvecklade eller kommersiella metoder för att genetiskt verifiera vanA och vanB med validerade prestanda kan ersätta den här beskrivna PCR-metoden.
+ Extraktion av DNA från buljongkulturerna utförs bäst i något av de automatiserade system som finns på marknaden.PCR-metoden som beskrivs i [[Bilagor till VRE-diagnostiken#Bilaga 3|bilaga 3]] är en modifierad duplex in-house-PCR (8) som har utvecklats vid Klinisk Mikrobiologi i Halmstad. Den är utvärderad för [[Realtids-PCR|FRET-hybridiseringsprober]] i LightCycler (Roche) och [[Realtids-PCR|TaqMan-prober]] i Rotor- Gene 6000. Sekvenserna för ''vanA'' och ''vanB'' ligger i konserverade regioner och detekterar varianterna ''vanB1, vanB2'' och ''vanB3'' (7,8,9) (primers, prober och temperaturprofil, se [[Bilagor till VRE-diagnostiken#Bilaga 3|bilaga 3]]). Alternativa egenutvecklade eller kommersiella metoder för att genetiskt verifiera vanA och vanB med validerade prestanda kan ersätta den här beskrivna PCR-metoden.
 Vid positivt PCR-resultat odlas buljongen ut, och misstänkta enterokocker verifieras med art- och resistensbestämning enligt ovan. Observera att ''van''-generna kan förekomma även hos bakterier i den normala tarmfloran, till exempel är klostridier och alla positiva PCR-fynd måste verifieras som VRE.

@@ Rad 1: / Rad 1: @@
-''Till innehållsförteckningen för''
+''Till Socialstyrelsens falldefinition [[Vancomycinresistenta enterokocker (VRE)]]''
-<br />
+---------------
+'''Artikel publicerad februari 2012. Texten är preliminär, ännu ej beslutad genom konsensusförfarande'''
 ==Vankomycinresistenta enterokocker (VRE), referensmetodik==

← Äldre version		Versionen från 26 februari 2012 kl. 09.46
Rad 98:		Rad 98:
	*8. Dahl KH, Simonsen GS, OlsvikO, Sundsfjord, A. Heterogeneity in the vanB gene cluster of genomically diverse clinical strains of vancomycin-resistant enterococci. Antimicrob Agents Chemother. 1999 May; 43(5):1105-10.		*8. Dahl KH, Simonsen GS, OlsvikO, Sundsfjord, A. Heterogeneity in the vanB gene cluster of genomically diverse clinical strains of vancomycin-resistant enterococci. Antimicrob Agents Chemother. 1999 May; 43(5):1105-10.
	*9. Depardieu F, Perichon B, Courvalin P. (2004). Detection of the van alphabet and identification of enterococci and staphylococci at the species level by multiplex PCR. J Clin Microbiol. 2004 Dec; 42(12): 5857-5860.		*9. Depardieu F, Perichon B, Courvalin P. (2004). Detection of the van alphabet and identification of enterococci and staphylococci at the species level by multiplex PCR. J Clin Microbiol. 2004 Dec; 42(12): 5857-5860.
		+
		+	[[Kategori:Laboratoriediagnostik]]
		+	[[Kategori:Referensmetodik]]

@@ Rad 26: / Rad 26: @@
 Isolat som har identifierats som VRE med fenotypiska metoder bör verifieras med molekylärbiologisk metod, [[PCR-baserade metoder, översikt|PCR]] (Polymerase chain reaction), där ligas-generna som medierar vankomycinresistens (i första hand ''vanA'' och ''vanB'') påvisas. Flera metoder för detta med konventionell PCR eller realtids-PCR, har publicerats och är kommersiellt tillgängliga.
-Metod för genetisk verifiering av art kan utföras med PCR för artspecifika ligas- gener (''ddl-E. faecium/faecalis/casseliflavus/gallinarum''). För referenser samt beskrivning av en PCR-metod för att verifiera VRE, se bilaga 4 och rapportens nästa avsnitt.
+Metod för genetisk verifiering av art kan utföras med PCR för artspecifika ligas- gener (''ddl-E. faecium/faecalis/casseliflavus/gallinarum''). För referenser samt beskrivning av en PCR-metod för att verifiera VRE, se bilaga 3.
 ==Sammanfattning av avsnitt 1==