Bakteriella nedre luftvägsinfektioner-provtagning

Bakteriologisk diagnostik- indikation, provtagning, bedöm¬¬ning och svarsrutiner

Allmänt Som framgått av tidigare avsnitt är diagnostiken vid nedre luftvägsinfektioner mångfacetterad med flera olika typer av provtagningsalternativ och tekniska för-faranden involverade. Olika provtagningsstationer och möjliga målbakterier beskrivs. Under rubriken ”Indikation och bakgrund” presenteras möjlig¬heter och begränsningar samt i förekommande fall tolkningsproblem. Därefter ges konkreta provtagnings¬anvisningar och under laboratoriediagnostik hänvisningar till separata tekniska avsnitt. Ett sådant är ”Allmän odling” som är aktuell i många fall. För riktad diagnostik hänvisas till motsvarande avsnitt under resp. mikro¬organism. Slutligen diskuteras specifik bedömningsproblematik. Beträffande transportlådor lämnar arbetsgruppen inga generella rekommendationer. Iövrigt hänvisas till Packa provet rätt. www.smittskyddsinstitutet.se

B 1 Svalg Allmän (B.1.1) eller riktad odling (B.1.2) från svalg är inte aktuell vid NLI.

B1.3 Nukleinsyrabaserad diagnostik

Målbakterier Mycoplasma pneumoniae Chlamydophila pneumoniae Indikation och bakgrund Prov kan tas från svalg för påvisande av svårodlade bakterier med PCR-teknik. För mer detaljerad information, se under respektive mikroorganism. Provtagning Provtagningsmateriel. Transportkärl Icke kolad rayon (spunnen cellulosa)-försedd provtagningspinne (Copan, Brescia, Italien). PCR-buffert (TRIS-buffert, 0,01 M, pH 7,0  0,05). Provtagningsförfarande Skrapa bakre svalgväggen så att celler från slemhinnan kommer med. Stoppa ner pinnen i särskild PCR-buffert. Observera att störst känslighet erhålls med prov från bakre svalgväggen. För optimal analyskänslighet kan nasofarynx- och svalgprovspinnar nedföras i samma rör med PCR-buffert (TRIS-buffert, 0,01 M, pH 7,0  0,05). Förvaring/ Transport Förvaras och transporteras kylt, 2-8 C. Provet får ej frysas. Laboratoriediagnostik Nukleinsyrapåvisning, se vidare under aktuellt agens. Bedömning och svarsrutiner Se under respektive mikroorganism.

B 2. Nasofarynx

B 2.1 Allmän odling

Målbakterier S. pneumoniae H. influenzae M. catarrhalis S. pyogenes Grupp C, G streptokocker

Hos patienter med särskild frågeställning, se Bedömning och svarsrutiner, även fynd av nedanstående bakterier vid allmän odling: Staphylococcus aureus Pseudomonas aueruginosa Enterobacteriaceae Neisseria meningitidis Indikation och bakgrund Alternativt prov vid diagnostik av samhällsförvärvad pneumoni hos vuxna. Relativa indikationer för nasofarynxprov är långvarig kikhosteliknande hosta hos barn som komplement vid diagnostik av pertussis samt vid exacerbationer av kronisk bronkit. Nasofarynx utgör en egen ekologisk nisch med specifik mikroflora. Friska barn upp till sju års ålder är i 80-100 % (den högre siffran gäller dagisbarn) koloniserade i nasofarynx med potentiella luftvägspatogener, d.v.s. S. pneumoniae, H. influenzae, M. catarrhalis, S. pyogenes eller mer sällan meningokocker och stafylokocker. Därför är allmän odling från nasofarynx knappast meningsfull vid diagnostik av nedre luftvägsinfektioner hos barn i dessa åldrar. Däremot är friska vuxna mer sällan koloniserade, hos endast ca 5 % återfinns sådana bakterier i nasofarynx. Vid pneumokockpneumoni hos vuxna har nasofarynxodling därför mycket hög specificitet (80-97 %) men sensitiviteten är relativt låg, ca 30 %. Provet är ändå indicerat eftersom det är både enkelt och billigt. För andra bakteriespecies, t.ex. H. influenzae och M. catarrhalis, är relevansen av fynd vid nasofarynxodling oklar. Fynd av luftvägspatogener i nasofarynx hos patienter med akut exacerbation av KOL kan ge vägledning vid eventuell antibiotikaterapi, även om data saknas beträffande sensitivitet/specificitet. Nasofarynxprov kan tas vid långvarig kikhosteliknande hosta hos barn med frågeställningen förekomst av M. catarrhalis. Av samma skäl är det lämpligt att komplettera pertussisodling med allmän odling av nasofarynxsekret. Provtagning Provtagningsmateriel. Transportkärl Provtagningsset med kolat transportmedium (fabrikat Copan, Brescia, Italien referenssubstrat). Provtagningsförfarande Patientens huvud skall vara något bakåtlutat, vilket lättast åstadkoms genom att provtagaren håller sin hand bakom patientens nacke. För försiktigt provtagningspinnen längs med botten på ena näsgången till bakre svalgväggen. Låt pinnen om möjligt vara kvar 15 sekunder för att suga upp sekret. Stoppa ner pinnen i transportmediet. Förvaring/ Transport Förvaras och transporteras kylt, 2- 8 C. Provet får ej frysas. Laboratoriediagnostik Aerob odling. Val av medier, atmosfär, temperatur och inkubationstid, se tabell 4. Bedömning och svarsrutiner Se ”Bedömning av odlingsfynd – allmän odling”. Fynd av målbakterier rapporteras alltid, oavsett om dessa isolerats som renkulturer eller i blandflora. Staphylococcus aureus svaras ej rutinmässigt, endast vid särskild klinisk frågeställning såsom sinuit eller om provet kommer från en patient med cystisk fibros. Pseudomonas aeruginosa rapporteras vid fynd hos patienter med cystisk fibros. Prediktiviteten är dock ej så hög för nedre luftvägsinfektion eftersom olika stammar kan kolonisera de övre respektive nedre luftvägarna. Riklig växt av Enterobacteriaceae kan rapporteras, exempelvis med kommentaren ”Antibiotikaeffekt?”. Då Neissera meningitidis förekommer i den normala floran rapporteras fynd endast vid renkultur eller dominerande växt i blandfloror. Fynd rapporteras också om epidemiologiska uppgifter (prov från militärförläggning eller liknande, meningit, smittspårning) föreligger på remissen. Fynd som rapporteras kan kommenteras med ”Neisseria meningitidis kan vara orsak till luftvägsinfektion”.

B 2.2 Riktad odling

Målbakterier Bordetella pertussis Bordetella parapertussis Indikation och bakgrund Klinisk misstanke på kikhosta. Smittspårning. Vid pertussis kan Bordetella pertussis (eventuellt B. parapertussis) påvisas i nasofarynxsekret. Ju tidigare i sjukdomsförloppet provet tas, desto större är chansen att påvisa bakterierna. Specificiteten är därvid mycket hög medan sensitiviteten knappast överstiger 50 % och är lägre hos immuniserade. Nasofarynxaspirat tolereras väl så bra som pinnprov och har högre sensitivitet än dessa. Aspirat anges därför som referensmetod. (Hallander et al, 1993, se avsnitt om Bordetella pertussis och parapertussis under bakterier associerade med specifika tillstånd). För optimal sensitivitet kan upprepade nasofarynxprov tas. Provtagning Provtagningsmateriel. Transportkärl Aspirat Babyfeedingkateter storlek 8/sugkateter (Mülly). Handvakuumpump (Nalgene Company, Rochester, N.Y.); alternativt 5 mL injektionsspruta. Set för nasofarynxaspirat (trakealsugset, Nunc, Roskilde, Danmark). Ca 1 mL fysiologisk koksaltlösning. Sterilt rör för provtransport.

Pinnprov Nasofarynxpinne, Copan CP 184 c. 2,5 mL Charcoal-medium. (Regan and Lowes transport-och anrikningsmedium, bilaga 1.2.3, i sterila provrör). Provtagningsförfarande Aspirat: För in sugkatetern genom ena näsborren längs näshålans botten mot bakre svalgväggen. Applicera sug  2 och dra ut katetern. Flusha katetern med 1,0 mL steril PBS (eller 0,9 % NaCl). Uppsamlad vätska transporteras till lab. Pinnprov: För försiktigt provtagningspinnen längs med botten på ena näsgången till bakre svalgväggen. Låt pinnen om möjligt vara kvar 15 sekunder för att suga upp sekret. Stoppa ner pinnen i charcoal¬transport-medium. Förvaring/ Transport Förvaras och transporteras i rumstemperatur. Provet får ej frysas. Laboratoriediagnostik Aspirat i sterilt rör/kärl. Homogenisera innehållet genom att vortexa minst 30 s. eller vända det förslutna röret några gånger. Öppna röret och ta material med engångsplastpipett, 100 L till varje platta. Förslut röret. Inokulera och inkubera medier. Val av medier, atmosfär, temperatur och inkubationstid, se tabell 5 och under Bordetella pertussis. Sekret pinnprov i transportrör Öppna transportröret och ta ut provtagningspinnen. Inokulera och inkubera medier. Val av medier, atmosfär, temperatur och inkubationstid, se tabell 5 och under Bordetella pertussis. Bedömning och svarsrutiner Se under Bordetella pertussis.

B 2.3 Nukleinsyrabaserad diagnostik

Målbakterier Mycoplasma pneumoniae Chlamydophila pneumoniae Bordetella pertussis

Indikation och bakgrund Prov kan tas från nasofarynx/svalg för påvisande av svårodlade bakterier med PCR-teknik. För mer detaljerad information, se under respektive mikroorganism. Provtagning Provtagningsmateriel. Transportkärl Nasofarynxpinne(Copan, CP184 c, Brescia, Italien). PCR-buffert (TRIS-buffert, 0,01 M, pH 7,0  0,05). Provtagningsförfarande Patientens huvud skall vara något bakåtlutat, vilket lättast åstadkoms genom att provtagaren håller sin hand bakom patientens nacke. För försiktigt provtagningspinnen längs med botten på ena näsgången till bakre svalgväggen. Låt pinnen om möjligt vara kvar 15 sekunder för att suga upp sekret. Stoppa ner pinnen i särskild PCR-buffert. Förvaring/ Transport Förvaras och transporteras kylt, 2- 8 C. Provet får ej frysas. Laboratoriediagnostik Se under respektive mikroorganism. Bedömning och svarsrutiner Se under respektive mikroorganism Observera att störst känslighet erhålles med prov från bakre svalgväggen. För optimal analyskänslighet kan nasofarynx- och svalgprovspinnar nedföras i samma rör med PCR-buffert (TRIS-buffert, 0,01 M, pH 7,0  0,05).

B 3 Sputum

B 3.1 Allmän odling

Målbakterier Streptococcus pneumoniae Haemophilus influenzae Moraxella catarrhalis Streptococcus pyogenes Neisseria meningitidis

Hos patienter med särskild frågeställning, vid cystisk fibros, immun-supprimerade patienter, alkoholister och/eller då nosokomial smitta kan misstänkas, även fynd av nedanstående bakterier vid allmän odling. Se även riktad odling. Grupp C, G streptokocker Streptococcus agalactiae Nocardia asteroides Actinomyces israelii Acinetobacter spp Staphylococcus aureus Pseudomonas aeruginosa Stenotrophomonas maltophilia Burkholderia cepacia Enterobacteriaceae Pasteurella multocida Rhodococcus equi Jästsvamp Indikation och bakgrund Undersökning av sputum med representativitetsbedömning och kvantitativ odling är grundläggande för mikrobiologisk diagnostik av nedre luftvägs-infektioner, i första hand vid samhällsförvärvad pneumoni som kräver sjukhusvård. Prov kan också tas för bedömning av mikrobiell kolonisering vid exempelvis cystisk fibros. Det skall observeras att bara drygt hälften av patienter med pneumoni kan producera representativa sputa, vilket begränsar metodens användbarhet. I vissa fall när patienten inte kan producera sputum kan så kallat “inducerat” sputum taget med hjälp av sjukgymnast försökas. Ofta föredras dock bronkoskopisk provtagning i dessa situationer. Vissa patienter producerar enbart icke-purulenta sputa. Detta förekommer framförallt hos immunsupprimerade patienter med lågt antal vita blodceller men även vid fall av pneumkockpneumoni, varför det är tillrådligt inom denna patientgrupp att inte tvätta men alltid odla även sådana prov som makroskopiskt och vid granskning av direktpreparatet bedömts som icke-purulenta. Svalgfloran i orofarynx innehåller ca 106 CFU/mL och sputumprover blir alltid mer eller mindre kontaminerade med bakterier från denna. Mängden kontaminanter är därvid av samma storleksordning som den av sjukdomsframkallande bakterier i infektionshärden (ca 105 – 108 CFU/mL). Grad av kontamination avgörs indirekt genom mikroskopisk granskning av gramfärgat direktpreparat av sputum. Proportionen epitelceller från orofarynx och inflammatoriska celler från infektionshärden är avgörande. Om provet är purulent enligt granskning av preparatet, i kombination med kvantitativ odling med en cutoff-nivå för luftvägspatogener på 108 CFU/L (105 CFU/mL) anses analysen ha en specificitet på ca 90 % och en sensitivitet på 60–85 %. Tvättning av sputum sägs reducera mängden kontaminerande flora > 99 %. Direktpreparat och odlingar från patienter med purulent excacerbation av kronisk bronkit är svårtolkade eftersom floran ofta är polymikrobiell. Även vid fall av nosokomial pneumoni föreligger tolkningssvårigheter på grund av att de sjukdomsframkallande bakterierna ofta är identiska med de som förekommer i svalgfloran. I sådana fall rekommenderas invasiva diagnostiska metoder. Det är oftast inte meningsfullt att odla sputa från patienter som står på antibiotika, såvida inte terapisvikt föreligger. Däremot kan sådana prover användas för antigendetektion avseende t.ex. pneumokocker eller hemofilus. Vid undersökning av 95 konsekutiva sputumodlingar vid Västeråslaboratoriet bedömdes 47 (49,5 %) av dessa vara representativa för nedre luftvägarna och ytterligare 15 (15,8 %) tveksamt representativa. Vanligaste bakteriefynd var H. influenzae (n=18) följt av P. aeruginosa och S. pneumoniae (n=7 isolat vardera). Av alla sputumprover i serien var 61 tagna i sluten vård, varav 32 (52,5 %) representativa. Av resterande 34 prov tagna på sjukhusens mottagningar eller i öppen vård var 15 (44 %) representativa, p>0,1. Provtagning Provtagningsmateriel. Transportkärl Sputum uppsamlas i steril plastburk utan tillsats och placeras i ytterburk/hylsa. Provtagningsförfarande Upphostat sputumprov bör om möjligt tas innan antibiotikabehandling inleds. Patienten instrueras att försöka hosta upp ett prov från djupa luftvägarna. Representativt material erhålles lättast på morgonen direkt när patienten vaknar. Tillblandning av material från övre luftvägarna kan minimeras om patienten före provtagningen sköljer munnen med vatten efter det att eventuell protes tagits ut. Om patienten har svårt att hosta upp material, bör provet tas med hjälp av sjukgymnast. Inducerat sputumprov erhålles bäst under och efter 10-20 min inandning av nebuliserad 3 % koksaltlösning. Nebulisator bör nebulisera minst 2 mL vätska/min och ge en partikelstorlek av 1-10 m. Noggrann munhygien är viktig före provtagning! Förvaring/ Transport Förvaras och transporteras kylt, 2-8 C. Provet får ej frysas. Laboratoriediagnostik Direktmikroskopi och allmän kvantitativ odling av representativa sputa är referensmetod. Prov bedöms avseende purulens. Tvättning med kranvatten av purulenta sputa ingår i referensmetoden. Oavsett makroskopisk purulens skall samtliga sputumprov representativitetsbedömas genom mikroskopi av gramfärgat preparat. Representativitetsbedömning Mikroskopi För att bakteriologisk odling av sputumprov skall vara meningsfull, måste provet vara representativt för de djupa luftvägarna. Huruvida detta är fallet, konstateras genom mikroskopering. Bedömning och svarsrutiner Fynd av signifikanta mängder av målbakterier (108 CFU/L sputum) anges med mängd. Svaret kompletteras med bedömning av mikroskopi. Fynd av målbakterier i lägre koncentration svaras efter särskild medicinsk bedömning.

B 3.2 Riktad odling

B 3.2.1 Legionella spp

Målbakterier Legionella spp. Indikation och bakgrund Legionella-pneumoni bör misstänkas hos patienter med samhällsförvärvad allvarlig pneumoni, särskilt efter resa, vid terapisvikt med beta-laktamantibiotika, vid samtidiga gastrointestinala symtom, myalgier, immun¬suppression eller alkoholmissbruk. Legionella bör uteslutas vid nosokomial pneumoni. Bara drygt 40 % av patienterna med Legionella-pneumoni producerar sputa, varför invasiva diagnostiska metoder ofta blir aktuella. Provtagning Provtagningsmaterial. Transportkärl Se allmän odling 3.1. Provtagningsförfarande Se allmän odling 3.1. Vid Legionella-infektioner kan BAL-material vara att föredra. Förvaring/ Transport Se allmän odling 3.1.

Laboratoriediagnostik 

Se tabell 5 under Legionella. Bedömning och svarsrutiner Se under Legionella.

B 3.2.2 Frågeställning vid cystisk fibros

Målbakterier Haemophilus influenzae Staphylococcus aureus Pseudomonas aeruginosa, mukoid fenotyp Stenotrophomonas maltophilia Burkholderia cepacia-komplexet Achromobacter xylosoxidans Indikation och bakgrund Odlingen är indicerad hos patienter med cystisk fibros eller annan defekt i immunsystemet som drabbar luftvägarna. Provtagning Provtagningsmateriel. Transportkärl Se allmän odling 3.1. Provtagningsförfarande Se allmän odling 3.1. Förvaring/ Transport Se allmän odling 3.1. Laboratoriediagnostik Se Tabell 5 under respektive målbakterie. Bedömning och svarsrutiner Se under respektive målbakterie.

B 3.2.3 Nocardia asteroides, Actinomyces israelii m.fl. hos immun-supprimerade patienter

Målbakterier Nocardia asteroides Actinomyces israelii m.fl. Indikation och bakgrund Odlingen är indicerad hos immunsupprimerade patienter, eller vid särskild frågeställning. Vid immunbristtillstånd kan även andra organismer som Rhodococcus equi, Cryptococcus m.fl.vara aktuella. Provtagning Provtagningsmaterial. Transportkärl Se allmän odling 3.1. Provtagningsförfarande Se allmän odling 3.1. Förvaring/ Transport Se allmän odling 3.1. Laboratoriediagnostik se tabell 5 under resp. organism. Bedömning och svarsrutiner Se under resp. organism.

B 3.2.4 Mykobakterier Se under mykobakterier, Speciell del.

B 3.3 Nukleinsyrabaserad diagnostik

Målbakterier Mycoplasma pneumoniae Chlamydophila pneumoniae Legionella pneumophila (ej referensmetodik) Bordetella pertussis (ej referensmetodik) Mykobakterier (ej referensmetodik) Indikation och bakgrund Prov kan tas från sputum för påvisande av svårodlade bakterier med teknik för nukleinsyrapåvisning. För mer detaljerad information, se under respektive mikroorganism.

Provtagning Provtagningsmaterial. Transportkärl Se allmän odling 3.1. Provtagningsförfarande Se allmän odling 3.1. För Mycoplasma pneumoniae, Chlamydophila pneumoniae rekommenderas prov från svalg för Bordetella pertussis nasofarynxsekret. Förvaring/ Transport Se allmän odling 3.1. Laboratoriediagnostik Nukleinsyrapåvisning, se under resp mikroorganism. Bedömning och svarsrutiner Se under respektive mikroorganism.

B 4 Prov via bronkoskop

Allmänt Provmaterialet kommer vanligen till laboratoriet antingen som sekret på skyddad borste eller som sköljvätska – bronkoalveolärt lavage (BAL). Det senare kan fördelas på flera olika typer av undersökningar. En jämförelse mellan dessa tillvägagångssätt avseende bakteriologisk odling visar något bättre siffror för BAL (tabell 3). Provmaterial kan också komma som transbronkial biopsi (se nedan) eller som bronksköljvätska och bronksekret.

Table 3. Sensitivity*, specificity and positive and negative predictive value of protected specimen brush (PSB) and bronchoalveolar lavage (BAL)

Threshold (cfu/mL) Studies (n) Total number of patients with pneumonia Total number of patients without pneumonia Sensitivity Specificity Postitive predictive value Negative predictive value PSB 103 17 472 563 79 91 88 84 BAL 104 8 96 194 87 94 88 95

• Värdena är relaterade till klinisk pneumonidiagnos. (Kalin M, Grandien M and Petrini B, Modified after Baselski & Wunderink 1994 Ur Infectious diseases of the respiratory tract, ed. Ellis M. 1998. Cambridge University Press)

Direktmikroskopi av BAL-sekret och skyddad borste kan utföras, men metoden är inte standardiserad och kan därför inte ingå i en referensmetodik. Vissa författare anger cutoff nivå för skivepitelceller på < 1 % relativt inflammatoriska celler för acceptabel kontaminationsnivå. Förekomst av intracellulära bakterier i minst 2 –25 % av polymorfkärniga leukocyter i giemsafärgat preparat har också föreslagits som indikativt för korrekt taget prov med positivt fynd. Fördelen med direktmikroskopisk undersökning av gram- eller giemsafärgat direktsmear av skyddad borste och cytocentrifugerat BAL är möjligheten till snabb definitiv eller presumptiv diagnos.

B 4.1 Skyddad borste

B 4.1.1Allmän odling

Målbakterier

Streptococcus pneumoniae Haemophilus influenzae Moraxella catarrhalis Streptococcus pyogenes Grupp C, G streptokocker Streptococcus agalactiae Staphylococcus aureus Enterobacteriaceae spp Pseudomonas spp

Burkholderia cepacia Burkholderia gladioli Stenotrophomonas maltophilia Achromobacter xylosoxidans Acinetobacter spp Anaeroba bakterier Rhodococcus equi Pasteurella multocida Actinobacillus

Indikation och bakgrund Svår samhällsförvärvad pneumoni inkluderande fall av terapisvikt, i vissa situationer när patienten inte kan producera sputum, nosokomial pneumoni, särskilt ventilatorassocierad (VAP) samt pneumoni hos immunsupprimerad patient. Vid provtagning nedförs bronkoskopet ofta genom näsan via svalget. Därvid är det ofrånkomligt att det kontamineras av orofaryngeal flora. Visserligen är tekniken vid provtagningen sådan att risken för kontamination av själva provet minskar, men det är avgörande för specificiteten att odlingen utförs kvantitativt. Det bör observeras att koncentrationen av sjukdomsframkallande bakterier i afficierade områden kan variera mellan 108 - 1011 CFU/L (105 -108 CFU/mL). Prov tas med skyddad borste via dubbellumenkateter som är ”pluggad” under ned¬förandet i bronkträdet, vilket minskar omfattningen av kontamination. Borsten samlar ca 0,001–0,01 mL sekret, vilket innebär att ca 103 bakterier på borsten motsvarar 108 -109 CFU/L (105 - 106 CFU/mL) luftvägssekret. Denna cutoff nivå ger en specificitet på över 90 % och en sensitivitet på ca 80 % (Tabell 3). Provtagning Provtagningsmateriel. Transportkärl Endoskopisk cytologiborste. Sterilt rör med 1 mL 0,9 % NaCl. Provtagningsförfarande För bakterieodling sker provtagningen via flexibelt bronkoskop med en endoskopisk cytologiborste. Borsten skyddas av en ytterkateter till dess borsten skjuts ut. Prov tas genom att borsten riktas mot/ut i en segmentbronk. Efter provtagning förs borsten åter in i katetern, som dras ut ur bronkoskopet. När katetern tagits ur bronkoskopet måste borsten skyddas för uttorkning. Tvätta kateterspetsen med sterilt vatten. Skjut ut borsten och klipp med steril sax ned denna i ett sterilt rör med 1 mL 0,9 % NaCl. Förvaring/ Transport Förvaras kylt 2-8 C till dess transport kan ske. Laboratoriediagnostik Referensmetodik för allmän bakteriologisk odling av material från skyddad borste är aerob och anaerob kvantitativ odling. Se vidare under laboratorie-metodik. Bedömning och svarsrutiner Se ”tekniskt avsnitt”. Endast undantagsvis är diagnostik av Mycoplasma och Chlamydophila aktuell med PCR-baserad diagnostik.

B 4.1.2 Riktad odling

Målbakterier Legionella spp Nocardia asteroides Actinomyces israelii m.fl. hos immunsupprimerade Mykobakterier Svamp Indikation och bakgrund Se under respektive agens. Provtagning Provtagningsmaterial. Transportkärl Se under allmän odling 4.1.1. Provtagningsförfarande Se under allmän odling 4.1.1. Förvaring/transport Se under allmän odling 4.1.1. Laboratoriediagnostik Se under respektive agens. Bedömning och svarsrutiner Se under respektive agens.

B 4.1.3 Nukleinsyrabaserad diagnostik

Målbakterier Mycoplasma pneumoniae Chlamydophila pneumoniae Legionella pneumophila (ej referensmetodik) Bordetella pertussis (ej referensmetodik) Mykobakterier Indikation och bakgrund Prov kan tas med skyddad borste för påvisande av svårodlade bakterier med nukleinsyrabaserad teknik. För mer detaljerad information, se under respektive mikroorganism. Endast undantagsvis är diagnostik av Mycoplasma och Chlamydophila aktuell med PCR-baserad diagnostik på borstprov. Bronkoskopiska prov är lämpliga för PCR-baserad diagnostik av Legionella pneumophila. Provtagning Provtagningsmateriel. Transportkärl Se allmän odling 4.1.1.

Provtagningsförfarande Se allmän odling 4.1.1. Förvaring/ Transport Se allmän odling. 4.1.1 Laboratoriediagnostik Nukleinsyrapåvisning, se under resp mikroorganism. Bedömning och svarsrutiner Se under resp mikroorganism.

B 4.2 Bronkoalveolärt lavage (BAL)

B 4.2.1Allmän odling Vad som gäller prov på skyddad borste gäller också BAL med de skillnader som anges nedan. Indikation och bakgrund Vid proceduren förs bronkoskopet ner så långt som möjligt i bronkträdet mot afficierat område, så att lumen helt ockluderas. Detta minskar betydligt risken för kontamination liksom utspädningseffekten av lavage-vätskan. Vid provtagningen späds också luftvägssekretet ut med en faktor 10-100. Provtagning Provtagningsmateriel. Transportkärl Sterila plaströr. Provtagningsförfarande Kan utföras på flera sätt. Oftast kilas bronkoskopspetsen fast i en segmentbronk i den afficierade lungdelen, varefter sköljning sker med 3 4x50 mL kroppsvarm 0,9 % NaCl. Så mycket som möjligt, i regel ca 100 mL, reaspireras och analyseras. Laboratoriediagnostik Referensmetodik för allmän bakteriologisk odling av BAL är aerob och anaerob kvantitativ odling. Bedömning och svarsrutiner Se ”Bedömning av odlingsfynd”-tekniska avsnittet.

B 4.2.2 Riktad odling Se skyddad borste B 4.1.2 och sputum B 3.2.

B 4.2.3 Nukleinsyrabaserad diagnostik Se skyddad borste B 4.1.3.

B 4.3 Bronksekret samt bronksköljvätska (ej referensmaterial)

B 4.3.1 Allmän odling Målbakterier Se under B 4.1.1, skyddad borste. Indikation och bakgrund Vid proceduren förs bronkoskopet ner i bronkträdet mot afficierat område. Används ibland för diagnostik vid vanliga nedre luftvägsinfektioner. Bronksköljvätska ger ej skörd från lungvävnad såsom sker vid BAL. Provtagning Provtagningsmateriel. Transportkärl Sterila plaströr utan tillsats. Provtagningsförfarande Kan utföras på flera sätt. Prov tas i bronkträdet nedom trakea utan att bronkoskop¬spetsen kilas fast i en segmentbronk, varefter sköljning sker med 10-20 mL kroppsvarm 0,9 % NaCl. Bronksekret aspireras direkt utan sköljning. Förvaring/ Transport Förvaras och transporteras kylt, 2-8 C. Får ej frysas. Laboratoriediagnostik Referensmetodik för allmän bakteriologisk odling av bronksköljvätska är aerob och anaerob odling. Kvantifiering utförs ej. Bedömning och svarsrutiner Se ”Bedömning av odlingsfynd”-tekniska avsnittet. Fynd av målbakterier rapporteras alltid, oavsett om dessa isolerats som renkultur eller i blandflora.

B 4.4 Transbronkial biopsi (TBB) (ej referensmaterial)

Målbakterier Se under B 4.1; Skyddad borste.

Indikation och bakgrund Metoden används endast sparsamt på grund av risken för komplikationer vid provtagningen, främst blödning och pneumothorax. Det har dock visats vid pneumoni hos immunsupprimerade patienter att TBB taget tillsammans med BAL ökar den diagnostiska sensitiviteten med ca en tredjedel. Särskilt ökar sensitiviteten för etiologisk diagnos av invasiva svampinfektioner och herpesinfektioner. TBB används också för tidig upptäckt av komplikationer efter lungtransplantation. Provtagningsmateriel. Transportkärl Steril burk med lock eventuellt fuktad med små mängder steril 0,9 % NaCl. Provtagning För mikrobiologisk diagnos bör vävnad om minst 0,1 g tas. Förvaring/ Transport Förvaras och transporteras kylt, 2-8 C. Får ej frysas. Laboratoriediagnostik Allmän aerob och anaerob bakteriologisk odling efter ”mortling” av vävnadsbitar (se I 11 och under herpesvirus och Pneumocystis jiroveci). Bedömning och svarsrutiner Alla fynd svaras ut.

B 5 Trakealsekret (ej referensmaterial)

Målbakterier Enterobacteriaceae Pseudomonas S. aureus Indikation och bakgrund Icke bronkoskopiska metoder för att via sugkateter erhålla prov från nedre luftvägarna erbjuder vissa fördelar framför bronkoskopiska metoder. Risken för provtagningskomplikationer minskar, metoderna är billigare och framför allt mer lättillgängliga. Nackdelen är att man inte vet lokalisationen från vilket provet är taget. Trots detta används de frekvent vid diagnostik av framförallt ventilatorassocierad pneumoni på IVA-avdelningar. Prov tas oftast genom kateter med trakealsugset. I vissa studier har kvantitativ odling av trakealsekret med cutoff nivå på 109 CFU/L sekret gett sensitivitet och specificitetsnivåer i paritet med skyddad borste. Andra studier anger dock betydligt sämre värden. Av insända icke bronkoskopiska prover från nedre luftvägarna, d.v.s. trakeala sugsekret från patienter på vuxen IVA i Västerås, bedömdes 32 av 42 (76,2 %) utvärderingsbara prover mikroskopiskt som purulenta. Endast 5 av de 42 (11,9 %) proverna innehöll enbart epitel. Dominerande fynd i purulenta prov var Enterobacteriaceae (n=13), Candida species (n=8) och Stenotrophomonas maltophilia (n=6). I åtta av proverna kunde inga viabla mikroorganismer påvisas. Provtagning Provtagningsmateriel. Transportkärl Trakeal-sugset; Sugkateter nr 12. Sterilt rör. Provtagningsförfarande Kateterspetsen förs blint ned via kopplingsstycket mellan trakealtub och respirator (i förekommande fall) utan sugkraft. Nedförs försiktigt tills det tar stopp. Dra den sedan långsamt uppåt med roterande rörelser med sugkraft på. Uppsamlat bronksekret skickas till laboratoriet. Vid litet utbyte kan katetern sköljas ur i steril 0,9 % NaCl. Förvaring/Transport Förvaras kylt, 2-8 C inför transport. Laboratoriediagnostik Kvantitativ aerob odling (odlas som otvättat sputumprov). Eventuellt kan direktmikroskopi utföras för bedömning av purulens och eventuella mikroorganismer. Bedömning och svarsrutiner Fynd av målbakterier och mängd besvaras.

B 6 Transtrakeal aspiration (TTA) och öppen perkutan lungbiopsi (ej referensmaterial)

Målbakterier Se under B 4.1; Skyddad borste. Indikation och bakgrund Prov taget via bronkoskop föredras i dag på grund av mindre risk för provtagningskomplikationer. Ändå kan andra invasiva metoder vara aktuella i vissa situationer. De karakteriseras särskilt av sin höga specificitet, eftersom kontamination med svalgflora praktiskt taget helt undviks. Vid vissa avdelningar används TTA som, rätt utförd, har en mycket hög sensitivitet (nära 99 %) och specificitet (93 –100 %) vid cutoff-gränsen 108 CFU/L. TTA kan kompliceras av blödning och pneumothorax. Öppen lungbiopsi medger histologisk vävnadsdiagnos och är särskilt användbar vid CMV-diagnostik hos immunsupprimerade patienter. Används också i sådana fall där bronkoskopiska metoder ej givit definitiv diagnos. Perkutan lungaspiration har tidigare använts i någon omfattning för diagnostik av pneumoni hos barn, men står nu tillbaka för fiberbronkoskopiska provtagnings¬metoder. Aspiration av insprutad fysiologisk NaCl via perkutan lungpunktion ökade etiologiomfånget vid samhällsförvärvad pneumoni till 83 % från 50 % med konventionella metoder (blododling, sputumodling, serologi, nukleinsyra-påvisning). Metoden är ej lämpad för rutinbruk p.g.a. viss risk för pneumo-thorax. Provtagning Provtagningsmateriel. Transportkärl Sterilt rör. Provtagningsförfarande TTA Utförs endast när andra metoder som bronkoskopi inte är möjliga. Grov nål sticks i lokalanestesi genom krikoid-membranet i trakea. Sugkateter förs genom nålen ner i trakeo-bronkiolträdet. Sug appliceras. Eventuellt nedförs små mängder sterilt 0,9 % NaCl för att lösa upp material. Perkutan lungaspiration/biopsi. Utförs säkrast på respiratorvårdad patient. Förvaring/ Transport Förvaras kylt, 2-8 C inför transport. Laboratoriediagnostik TTA. Allmän aerob och anaerob odling kan utföras kvantitativt och med representativitets¬bedömning genom mikroskopi som för sputum. Nära samarbete mellan kliniker och lab förutsätts för optimering av metodologi. Perkutan lungaspiration/biopsi. Biopsimaterial hanteras som beskrivs för transbronkial biopsi. Bedömning och svarsrutiner TTA besvaras enligt samma rutiner som för sputum. Perkutan lungaspiration/biopsi besvaras med samtliga fynd.

B 7 Pleurapunktat Indikation och bakgrund Provet lämpligt vid misstänkt empyem. Empyem kan ses som en direkt följd av pneumoni. Om bakterier kan isoleras från pleruavätska föreligger ett starkt stöd för att dessa är orsak till den bakomliggande pneumonin. Provtagning Provtagningsmateriel. Transportkärl Punktionsspruta. Sterilt rör, ev. blododlingsflaskor. Provtagningsförfarande Pleuravätska aspireras via en perkutan punktion, under sterila betingelser. Transport Bäst är att några mL av materialet sprutas ner i sterilt rör som omgående sänds till laboratoriet. Om transporten fördröjs rekommenderas att provet sprutas ned i blododlingsflaskor. Laboratoriediagnostik: Allmän aerob och anaerob odling och direktmikroskopi. Bedömning och svarsrutiner Fynd vid mikroskopi och allmän odling rapporteras.

B 8 Blod

B 8.1 Blododling Hos en patient med nedre luftvägsinfektion är fynd av bakterier i blododling ett mycket starkt stöd för att dessa bakterier är orsak till infektionen. Ca 10-15 % av alla patienter med pneumoni, som kräver sjukhusvård, har positiva blododlingar och för dem som har pneumokockpneumoni är motsvarande siffra 20-25 %. Eftersom blododling är tekniskt okomplicerad, och ett positivt fynd är av stort värde, skall undersökningen utföras vid alla fall av nedre luftvägsinfektion där sjukhusvård blir aktuell. Blod för odling bör tas även från afebrila/hypoterma patienter, då det inte är ovanligt att äldre och/eller svårt sjuka patienter inte alls, eller sent i förloppet, reagerar med feber på infektionstimulus. Provtagning Provtagningsmateriel. Transportkärl Aerob och anaerob blododlingsflaska.

Provtagningsförfarande Prov tas i perifer ven. Fördela minst 20 mL blod i aerob och anaerob flaska. Från barn erhålles ofta mindre volymer. Speciella kommersiella flaskor för barn kan användas även om nyttan med dessa framför vuxenflaskor har ifrågasatts. Förvaring/Transport Efter provtagningen förvaras flaskor i rumstemperatur inför transport. Laboratoriediagnostik Blododling enligt I.4. Bedömning och svarsrutiner Enligt I 4.

B 8.2 Blod, antikroppsdetektion Många mikrobiella agens som orsakar luftvägsinfektioner kan indirekt diagnostiseras genom påvisande av förändrade antikroppskoncentrationer i serum. Ofta krävs två prov, s.k. akut- och konvalescentserum, med minst 3-4 veckors mellanrum. Den kliniska nyttan av serologisk analys i akutskedet är begränsad, eftersom höga antikroppsnivåer i enstaka serumprov lätt kan felbedömas då förhöjda mätvärden kvarstår lång tid. Däremot bidrar parad serologi kombinerad med påvisning av mikroorganismen till ökad diagnostisk sensitivitet. Provtagning Provtagningsmateriel. Transportkärl Vacutainerrör utan tillsats eller microtainerrör. Provtagningsförfarande Helblod (5-7 mL) via venpunktion tas i vacutainerrör. Alternativt tas prov i microtainerrör. Förvaring/Transport Prov sänds omgående till laboratoriet, förvaras eljest i 2-8 C i avvaktan på transport. Prov är hållbara i kyl upp till 14 dagar. Laboratoriediagnostik Se resp. mikroorganism. Bedömning och svarsrutiner Se resp. mikroorganism.

B 9 Urin Antigenpåvisning Indikation Vid infektioner orsakade av S. pneumoniae eller L. pneumophila sg 1 (referensmetod) kan bakteriens kapselpolysackaridantigen ibland påvisas i urinen med olika metoder. Det finns dock idag ingen tillräckligt känslig metod att rekommendera för analys av urin från alla patienter med pneumoni. Om det är mycket angeläget att fastställa en etiologisk diagnos kan, särskilt vid upprepad testning ytterligare patienter diagnostiseras genom påvisande av antigen i urinen. Detta är aktuellt särskilt vid nosokomial pneumoni eller hos antibiotikabehandlade patienter. Provtagning Provtagningsmateriel. Transportkärl Sterilt plaströr, eventuellt vacutainerrör för urin (Obs! Ej borsyra i röret!). Provtagningsförfarande Överför 5-10 mL urin till provtagningsröret. Förvaring/Transport Prov förvaras kylt i avvaktan på transport. Laboratoriediagnostik Se avsnitt om Legionella och pneumokocker. Bedömning och svarsrutiner Se avsnitt om Legionella och pneumokocker.

B 10 Obduktionsmaterial Provtagning Provtagningsmateriel. Transportkärl Låga alkohol absolut sterila instrument: knivar, saxar, pincetter, hakar engångssprutor+kanyler sputumburk blododlingsflaskor (aerob och anaerob) sterila sprutproppar objektglas transportrör med provtagningspinnar

Provtagningsförfarande Provtagning skall företas som första moment vid obduktionen. Med hänsyn till kontaminationsrisk från tarmflora tas prov i ordningen: blod, lunga, mjälte njure. Huden på platsen för medellinjesnittet avtvättas med sprit och flamberas. Öppna med sterila instrument. Blod: Hjärtat frilägges in situ, och efter flambering av ytan aspireras blod genom punktion med steril spruta och sprutas till aerob och anaerob blododlingsflaska alternativt till sterilt rör. Organdelar Inspektera respektive organ och flambera på ytan. Cirka hasselnöts¬stora vävnadsstycken utskäres och ytsteriliseras genom att doppas i 96 % sprit, som därefter antändes (flambering). Varje vävnadsstycke läggs för sig i sputumburk med ytterhylsa. OBS! Ingen formalintillsats! Material från exempelvis trakea, hjärnventrikel o.s.v. kan tas med prov-tagnings¬¬pinne och transporteras i transportsubstrat. Material från slutna abscesser aspireras i spruta och transporteras i sprutan med påskruvad steril propp till laboratoriet. Om detta ej är praktiskt möjligt kontakta laboratoriet för vidare instruktioner. Förvaring/Transport I avvaktan på transport förvaras samtliga prover i kylskåp. Laboratoriediagnostik Allmän eller riktad odling beroende på aktuell frågeställning. Bedömning och svarsrutiner Fynd av bakterier i obduktionsmaterial måste alltid tolkas med försiktighet. Postmortal utsvämning av bakterier, även till blodbana förekommer. Fynd av luftvägspatogener i lungvävnad tillmäts dock högt diagnostiskt värde. Fynd besvaras efter särskild medicinsk bedömning.