Visa källa för Odling och nukleinsyrapåvisning vid misstanke om riskklass 3-bakterier i prov

'''Artikel publicerad april 2012.'''
----
''Till innehållsförteckningen för [[Referensmetodik:Smittskyddslagens sjukdomar]]''
----  
==Odling och nukleinsyrapåvisning vid misstanke om riskklass 3-bakterier i prov ==
[[Bakterier riskklasser|Riskklass 3-bakterier]], i första hand ''[[Mycobacterium tuberculosis]]'', kan diagnosticeras i särskilt utrustade laboratorier. I Sverige finns sådana tillgängliga vid Folkhälsomyndigheten, universitetssjukhusen och ett fåtal övriga länslasarett. Dessa laboratorieenheter har särskilt tillstånd för diagnostik med exempelvis odling och påvisande av nukleinsyra för någon eller några av organismerna. Rutinerna och vilka organismer som hanteras varierar mellan laboratorierna. 

Nedan följer en beskrivning över den diagnostik av riskklass 3-bakterier (utom ''[[Mycobacterium tuberculosis]]'' där diagnostiken i landet beskrivs i separata artiklar) som erbjuds vid Folkhälsomyndigheten.  

===Bakgrund===
Inom ramen för ett samarbete mellan SMI, SVA, FOI och Livsmedelsverket lades år 2007 grunden för nätverket [[Forum för beredskapsdiagnostik]] (FBD).  Det långsiktiga målet med nätverket är att skapa och förbättra förutsättningar för ett effektivt utnyttjande av landets kapacitet och kompetens för kvalitetssäkrad och uthållig diagnostik av riskgrupp 3-agens i första hand vid utbrottssituationer, men också vid frågeställningar rörande enskilda sjukdomsfall. Detta nås med utvecklandet av harmoniserade och kvalitetssäkrade myndighetsgemensamma detektionsmetoder enligt särskild lista som grundar sig på nationella och internationella risk- och sårbarhetsanalyser. Fram till 2011 har man bland annat gemensamt utvärderat av automatiserad utrustning för extraktion av DNA i BSL3-laboratorium och utvecklat molekylärbiologisk diagnostik av ''[[Bacillus anthracis]], [[Francisella tularensis]], [[Yersinia pestis]], [[Burkholderia mallei och pseudomallei]]'' och ''[[Coxiella]]''. 
Man har även harmoniserat odlingsmetodik för ovannämnda agens. 

Folkhälsomyndigheten utför i dag diagnostik på [[Särskild laboratoriekapacitet på SMI|säkerhetslaboratoriet]] med realtids PCR av dessa bakterier och ''[[Brucella]]'' species i humana prov . Arbete pågår med att utöka den diagnostiska verksamheten inom ramen för samarbetet.

===Indikation===
Diagnostik i säkerhetslaboratoriet vid Folkhälsomyndigheten av riskgrupp 3-bakterier (''Bacillus anthracis, Francisella tularensis, Yersinia pestis, Burkholderia mallei och pseudomallei'', ''Brucella'' species och ''Coxiella'').

Kliniska prover med sådana frågeställningar bör skickas till Folkhälsomyndigheten för hantering (blod, benmärg, sårsekret, annat). I de fall det rör sig om blododlingar (ofta ''Brucella'' eller ''Francisella'') kan de inkuberas på det lokala laboratoriet, och, utan att den först öppnas, skickas till Folkhälsomyndigheten om indikation på växt föreligger. Det förekommer inte sällan att riskgrupp 3-bakterier inte primärt misstänkts, varvid positiva blododlingar redan hanterats på laboratoriet för framställning av grampreparat, utodling på agarplattor etcetera. Så snart misstanke då uppstår skall positiva flaskor och eventuellt utväxta plattor (se nedan under provmaterial) skickas till Folkhälsomyndigheten för diagnostik. Se också artikel [[Omhändertagande av kliniska prov samt framodlade mikroorganismer med särskild hänsyn till förekomst av riskklass 3 och 4 patogener]].

Diagnostik av riskgrupp 3-bakterier kan även utföras vid Folkhälsomyndigheten vid misstanke om avsiktlig spridning av smittämne (exempelvis vid bioterrorism).

===Provmaterial===
Blod eller benmärg i aerob blododlingsflaska. Koagulerad benmärg eller blod är inte lämpliga för diagnostik, eftersom de måste mortlas före hantering med risk för kontamination. De kan ändå tas emot. Andra typer av prov är aspirat från abscess, lymfkörtel eller pinnprov. Plattor med utväxta kolonier kan också skickas. Det senare bör om möjligt undvikas, men det är bättre att skicka plattan än att sticka om.

===Provtransport===
Provmaterial förpackas enligt Packa provet rätt som biologiskt ämne kategori B.

Gällande transportföreskrifter, se [http://www.folkhalsomyndigheten.se/pagefiles/12867/packa-provet-ratt.pdf Packa Provet Rätt].

===Provhantering på Folkhälsomyndigheten===
All provhantering sker i säkerhetslaboratoriet. Observera att endast efterfrågad organism primärt diagnosticeras. Enligt önskemål från avsändare kan ytterligare diagnostik utföras (direkt-PCR på annan P3-organism, artbestämning med sekvensering av 16s rDNA, i begränsad omfattning fenotypisk diagnostik av stafylokocker). Den diagnostiska kapaciteten har nu utvidgats till att omfatta även [[Maldi-Tof]] masspektrometri. 

====Blododlingsflaska====
*Vid ankomst: Några droppar av innehållet appliceras och sprids på blodagar och hematinagar. Plattorna inkuberas i 36+-1 °C i luft eller CO<sub>2</sub> och avläses efter 1, 2, 3 och 7 dagar beroende på vilket/vilka agens som efterfrågas.  

Realtids-PCR från flaskinnehåll görs direkt vid ankomsten enligt särskild rutin mot efterfrågad organism.

Preliminärt provsvar (telefonsvar) lämnas till avsändare om provet blir positivt i direkt realtids-PCR.  

Om direkt realtids-PCR blir negativ görs om avsändaren så önskar på samma templat direkt realtids-PCR för annan P3-organism eller artbestämning genom sekvensering av 16s rDNA.
*Blododlingsflaskan inkuberas upp till 4 veckor (gäller ''Brucella'') i 36+-1 °C varefter realtids-PCR körs från flaskan om diagnos inte tidigare ställts.  

Provet slutsvaras därefter.

====Flytande prover (CSF, aspirat, och dylikt)====
*Vid ankomst: Om möjligt odlas provet på blodagar och hematinagar.
Direkt realtids-PCR enligt rutiner för blododlingsflaska.
*Hanteras och slutsvaras vidare som ovan för blododlingsflaska.
====Pinnprover====
*Vid ankomst: Provet odlas på blodagar och hematinagar. Övrig hantering enligt nedan under Kolonier på agarplatta.

====Kolonier på agarplatta====
*Vid växt av blandkultur  görs omstrykning på blodagar och hematinagar. 
*Vid växt av renkultur görs [[gramfärgning]] och direkt realtids-PCR med ledning av primärt fynd. 
====Prover som mortlas (körtlar, benmärg, koagulerat blod)====
*Vid ankomst: Vid behov sönderdelas provet med skalpell före mortling och mortlas i lämplig mängd PBS. Det mortlade materialet utodlas på blodagar och hematinagar och direkt realtids-PCR, varefter resterande material tillsätts en aerob blododlingsflaska.

===Svarsrutiner===
Preliminärsvar från PCR-analys direkt från exempelvis blododlingsflaska svaras normalt sett ut inom ett par timmar efter att provet mottagits vid Folkhälsomyndigheten. Om ingen växt noterats under observationstiden besvaras provet: Ingen växt av efterfrågad organism. Om växt besvaras provet med växt av efterfrågad organism samt resultat av direkt realtids-PCR, eventuell resistensbestämning om det är begärt.
[[Kategori:Smittskyddslagens sjukdomar]]

== Addendum (Realtids-PCR-påvisning av P3-bakterier)==

Folkhälsomyndighetens realtids PCR mot P3-organismerna utförs på DNA som extraheras enligt särskilda rutiner på säkerhetslaboratoriet.     

Med PCR-teknik amplifieras specifika nukleinsyrafragment (DNA-fragment) i närvaro av en fluorescerande [[Realtids-PCR|''TaqMan''-probe]] som är specifik för respektive målsekvens. Extraherat templat i det okända provet identifieras genom påvisande av PCR-produkten i form av ett ct-värde. Inför PCR-analysen extraheras DNA från de kliniska provmaterialen. Sälherpes (PhHV-1) tillsätts varje patientprov (spikning), som extraktions-och inhibitionskontroll. För varje PCR körs alltid en positiv och en negativ kontroll.     

*''Brucella'' identifieras genom påvisande av en genusspecifik insertionssekvens ''IS711'' som förekommer i varierande antal, men alltid i samma antal inom varje species. Den på Folkhälsomyndigheten använda PCR-metoden påvisar ''Brucella'' till genusnivå. Diagnostiken kompletteras med samtidig identifiering av ''B. abortus'' med påvisande av BruAB2_0168  och 16S rDNA (den senare för rutinpåvisande av bakteriellt DNA). 
*''Francisella tularensis'' påvisas med amplifiering av insertionssekvensen ''ISFtu2''. Målsekvenser som tillåter särskiljandet av typ A och B används också (''Ftt0524'' kodar för ett speciesspecifikt protein med okänd funktion. ''F. tularensis'' typ B kan specifikt påvisas med amplifiering av ''junction ISFtu2-3´reg''). Genusspecifika ''tul4'' är en gen som kodar för yttre membranproteiner.       
* ''Bacillus anthracis'' påvisas med amplifiering av en för organismen specifik beta-subenhet på RNA-polymerasgenen (''rpoB''), tillsammans med en kromosomal markör (BA5345) och de två virulensplasmiderna pX01-pag A (svarar bland annat för toxinproduktion) och pX02-capD (kapselprotein). För diagnosen krävs att båda virulensplasmiderna påvisas. Bakterierna attenueras om en av plasmiderna saknas.
*''Yersinia pestis'' påvisas genom amplifiering av pPCP1-PLA och den för arten specifika pMT1-caf1 som uttrycks i två virulensplasmider med endast delvis klarlagda funktioner. ''Inv''-genen är praktiskt taget identisk med motsvarande gen hos ''Y. pseudotuberculosis''. YPO1091 kodar för ett profagprotein hos ''Y. pestis''.
*''Burkholderia mallei'' och ''pseudomallei'' påvisas genom amplifiering av en genusspecifik region inom ''FliC''-genen som kodar för flagellin. En för ''B. mallei'' specifik genregion ''FliP-IS407A'' och en för ''B. pseudomallei'' specifik gen för ett metalloproteas (''mprA'') amplifieras för att skilja de två arterna.
*''Coxiella burnetii'' påvisas genom amplifiering av artspecifik insertionssekvens ''IS1111a''.

Uppgifter om primer-och probesekvenser kan på särskild begäran tillhandahållas av Folkhälsomyndigheten.

==REFERENSER==
[[Kategori:Smittskyddslagens sjukdomar]]