Skillnad mellan versioner av "Screeningmetodik för ESBL"
| (13 mellanliggande sidversioner av 2 användare visas inte) | |||
| Rad 1: | Rad 1: | ||
| − | '''Artikel under utarbetande mars 2012. | + | '''Artikel under utarbetande mars 2012.''' |
----- | ----- | ||
''Till innehållsförteckningen för [[Referensmetodik:Smittskyddslagens sjukdomar]]'' | ''Till innehållsförteckningen för [[Referensmetodik:Smittskyddslagens sjukdomar]]'' | ||
| Rad 10: | Rad 10: | ||
==Screeningmetoder för ESBL== | ==Screeningmetoder för ESBL== | ||
===Bakgrund=== | ===Bakgrund=== | ||
| − | ESBL indelas i tre huvudgrupper; ESBL<sub>A</sub>, ESBL<sub>M</sub> och ESBL<sub>CARBA</sub>. ESBL<sub>A</sub> är hittills dominerande i Sverige, men ESBL<sub>M</sub>, i första hand av subgrupp CIT förekommer också. Antalet anmälda fall av ESBL(<sub>A</sub>eller<sub>M</sub>) har stadigt ökat från 2008 (år 2007 då anmälningsplikt infördes för laboratorier) till mer än 5000 (år 2011). Beträffande ''Enterobacteriaceae'' med ESBL<sub>CARBA</sub> som sedan 15 mars 2012 är anmälningspliktig för både laboratorium och behandlande läkare, inkluderades denna variant av ESBL i den svenska definitionen för ESBL år 2009 | + | ESBL indelas i tre huvudgrupper; ESBL<sub>A</sub>, ESBL<sub>M</sub> och ESBL<sub>CARBA</sub>. ESBL<sub>A</sub> är hittills dominerande i Sverige, men ESBL<sub>M</sub>, i första hand av subgrupp CIT förekommer också. Antalet anmälda fall av ESBL(<sub>A</sub>eller<sub>M</sub>) har stadigt ökat från 2008 (år 2007 då anmälningsplikt infördes för laboratorier) till mer än 5000 (år 2011). Beträffande ''Enterobacteriaceae'' med ESBL<sub>CARBA</sub> som sedan 15 mars 2012 är anmälningspliktig för både laboratorium och behandlande läkare, inkluderades denna variant av ESBL i den svenska definitionen för ESBL år 2009 . Från 2007 till 2011 fanns 35 fall rapporterade till Smittskyddsinstitutet och av dessa var det stora flertalet smittade utomlands. ''Enterobacteriaceae med '' ESBL<sub>CARBA</sub> är smittspårningspliktiga. Aktuella föreskrifter (SOSFS 2012:1, 2012:2 och 2007:1) finns på Socialstyrelsens webbplats. |
| − | + | ||
| − | Screeningmetoden följer de rekommendationer som anges i SMI:s kunskapsunderlag [ESBL-producerande | + | Screeningmetoden följer de rekommendationer som anges i Folkhälsomyndighetens (SMI:s) kunskapsunderlag [http://www.folkhalsomyndigheten.se/pagefiles/12921/ESBL-producerande%20tarmbakterier.pdf] som publiceras våren 2013. |
| − | + | ||
De flesta laboratorier i landet har etablerat metoder för screening av ESBL-producerande tarmbakterier. Dessa baseras på användningen av kommersiella agarplattor (t ex Oxoid, bioMérieux), egentillverkade agarmedier med antibiotikalappar eller selektiv buljonganrikning. Litteraturstöd saknas i dagsläget för att buljonganrikning skulle ha högre känslighet än övriga metoder. | De flesta laboratorier i landet har etablerat metoder för screening av ESBL-producerande tarmbakterier. Dessa baseras på användningen av kommersiella agarplattor (t ex Oxoid, bioMérieux), egentillverkade agarmedier med antibiotikalappar eller selektiv buljonganrikning. Litteraturstöd saknas i dagsläget för att buljonganrikning skulle ha högre känslighet än övriga metoder. | ||
| − | + | ||
För screeningändamål kan ett cefalosporin som är substrat för samtliga ESBL-varianter användas, exempelvis cefpodoxim. Däremot är metodik som baserar sig på endast en av cefotaxim eller ceftazidim inte tillräcklig, eftersom vissa ESBL-enzymer inte orsakar resistens mot båda dessa cefalosporiner. | För screeningändamål kan ett cefalosporin som är substrat för samtliga ESBL-varianter användas, exempelvis cefpodoxim. Däremot är metodik som baserar sig på endast en av cefotaxim eller ceftazidim inte tillräcklig, eftersom vissa ESBL-enzymer inte orsakar resistens mot båda dessa cefalosporiner. | ||
| Rad 26: | Rad 26: | ||
'''Egentillverkade substrat:''' Två plattor vardera med agarbaserat substrat (exempelvis [[Översikt fasta substrat för bakteriologiska odlingar|MacConkey]]), en innehållande cefotaxim 1 mg/L och en innehållande ceftazidim 1 mg/L. | '''Egentillverkade substrat:''' Två plattor vardera med agarbaserat substrat (exempelvis [[Översikt fasta substrat för bakteriologiska odlingar|MacConkey]]), en innehållande cefotaxim 1 mg/L och en innehållande ceftazidim 1 mg/L. | ||
| − | '''Kommersiella substrat:''' Flera kommersiella screeningagarmedier har jämförts i olika studier, och uppvisar goda prestanda när det gäller detektion av ESBL<sub>A</sub>. Känsligheten för detektion av ESBL<sub>M</sub> är sämre, eftersom man ofta har tillsatt AmpC-hämmare till mediet. Detta görs för att med hög specificitet detektera ESBL<sub>A</sub>, vilket är relevant i många länder utanför Norden. Se också artikel [[Kromogena substrat]]. | + | '''Kommersiella substrat:''' Flera kommersiella screeningagarmedier har jämförts i olika studier, och uppvisar goda prestanda när det gäller detektion av ESBL<sub>A</sub>, men inget av dessa kan dock anges som formellt referenssubstrat. Känsligheten för detektion av ESBL<sub>M</sub> är sämre, eftersom man ofta har tillsatt AmpC-hämmare till mediet. Detta görs för att med hög specificitet detektera ESBL<sub>A</sub>, vilket är relevant i många länder utanför Norden. Se också artikel [[Kromogena substrat]]. |
Karbapenemaser kan med hög känslighet påvisas med de beskrivna substraten, eftersom dessa i de allra flesta fall även orsakar cefalosporinresistens. Undantag är karbapenemasen OXA-48 som ibland kan orsaka låggradig karbapenemresistens utan samtidig cefalosporinresistens. Kommersiella plattor innehållande karbapenemer har hög specificitet, men för låg känslighet för att generellt kunna rekommenderas för detektion av karbapenemas-bildande bakterier. | Karbapenemaser kan med hög känslighet påvisas med de beskrivna substraten, eftersom dessa i de allra flesta fall även orsakar cefalosporinresistens. Undantag är karbapenemasen OXA-48 som ibland kan orsaka låggradig karbapenemresistens utan samtidig cefalosporinresistens. Kommersiella plattor innehållande karbapenemer har hög specificitet, men för låg känslighet för att generellt kunna rekommenderas för detektion av karbapenemas-bildande bakterier. | ||
| Rad 44: | Rad 44: | ||
Fenotypisk verifiering av ESBL enligt algoritmer som anvisas i aktuell [http://www.nordicast.org/file/download/xls/39e93db48c3b15e726d8af3e73192443/130104082123 NordicAST-tabell]. | Fenotypisk verifiering av ESBL enligt algoritmer som anvisas i aktuell [http://www.nordicast.org/file/download/xls/39e93db48c3b15e726d8af3e73192443/130104082123 NordicAST-tabell]. | ||
| − | Beträffande ''E. coli'' och ''Shigella'' spp. med fenotypisk misstanke om ESBL<sub>M</sub> bör [[Bilaga 1: Realtids-PCR för påvisande av plasmidburen AmpC (ESBLM)|verifierande PCR enligt bilaga 1]] utföras för att skilja på förvärvad och kromosomalt medierad AmpC. | + | Beträffande ''E. coli'' och ''Shigella'' spp. med fenotypisk misstanke om ESBL<sub>M</sub> bör [[Bilaga 1: Realtids-PCR för påvisande av plasmidburen AmpC (ESBLM)|verifierande PCR enligt bilaga 1]] utföras för att skilja på förvärvad och kromosomalt medierad AmpC (1, 2). |
''Enterobacteriaceae'' med fenotypisk ESBL<sub>CARBA</sub> bör skickas till SMI för verifiering för att snabbt identifiera en eventuell nationell smittspridning. Genotypisk diagnostik av ESBL<sub>CARBA</sub> bör endast utföras på laboratorier somhar tillräckligt många fall och därmed erfarenhet av dessa metoder. Det finns flera publicerade PCR-protokoll för de flesta av de vanliga karbapenemasvarianterna. | ''Enterobacteriaceae'' med fenotypisk ESBL<sub>CARBA</sub> bör skickas till SMI för verifiering för att snabbt identifiera en eventuell nationell smittspridning. Genotypisk diagnostik av ESBL<sub>CARBA</sub> bör endast utföras på laboratorier somhar tillräckligt många fall och därmed erfarenhet av dessa metoder. Det finns flera publicerade PCR-protokoll för de flesta av de vanliga karbapenemasvarianterna. | ||
==Epidemiologisk typning== | ==Epidemiologisk typning== | ||
| − | Pulsfältsgelelektrofores (PFGE) är standard för epidemiologisk typning av ESBL-producerande bakterier. Alternativa metoder finns tillgängliga, däribland en kommersiell metod, ''[http://www.biomerieux-diagnostics.com/servlet/srt/bio/clinical-diagnostics/dynPage?open=CNL_CLN_PRD&doc=CNL_PRD_CPL_G_PRD_CLN_2&pubparams.sform=6&lang=en | + | Pulsfältsgelelektrofores (PFGE) är standard för epidemiologisk typning av ESBL-producerande bakterier. Alternativa metoder finns tillgängliga, däribland en kommersiell metod, ''[http://www.biomerieux-diagnostics.com/servlet/srt/bio/clinical-diagnostics/dynPage?open=CNL_CLN_PRD&doc=CNL_PRD_CPL_G_PRD_CLN_2&pubparams.sform=6&lang=en DiversiLab System (bioMerieux)]'' (3), som baserar sig på PCR-amplifikation av specifika regioner mellan bakteriella sekvenser. Denna har i en studie genomförd på SMI, visats ha god upplösning bland PFGE-relaterade ESBL-isolat, men inte lika god upplösning som PFGE. En fördel med DiversiLabs system är att det är betydligt snabbare och till stor del automatiserat, inklusive tolkningssteget. En nackdel är att det inte finns någon internationell konsensus om typbeteckningar, vilket försvårar jämförelser och tolkningar på nationell och internationell nivå. |
| − | Bland alternativa metoder för epidemiologisk typning av ESBL kan nämnas MLST och [[MLVA]]. | + | Bland alternativa metoder för epidemiologisk typning av ESBL-producerande ''Enterobacteriaceae'' kan nämnas MLST och [[MLVA]] (4). |
| − | För en detaljerad beskrivning hänvisas till SMI:s kunskapsunderlag [ESBL-producerande | + | För en detaljerad beskrivning hänvisas till Folkhälsomyndighetens (SMI:s) kunskapsunderlag [http://www.folkhalsomyndigheten.se/pagefiles/12921/ESBL-producerande%20tarmbakterier.pdf]. |
==Svarsrutiner== | ==Svarsrutiner== | ||
| Rad 59: | Rad 59: | ||
==Laboratorieanmälan== | ==Laboratorieanmälan== | ||
| − | ESBL-producerande ''Enterobacteriaceae'' enligt gällande falldefinition. | + | ESBL-producerande ''Enterobacteriaceae'' enligt gällande [[ESBL-producerande Enterobacteriaceae|falldefinition]]. |
==Referensfunktioner== | ==Referensfunktioner== | ||
| Rad 65: | Rad 65: | ||
==REFERENSER== | ==REFERENSER== | ||
| − | * Brolund A, Wisell KT, Edquist PJ, Elfstrom L, Walder M, Giske CG. Development of a real-time SYBRGreen PCR assay for rapid detection of acquired AmpC in Enterobacteriaceae. J Microbiol Methods. 2010 Sep;82(3):229-33. | + | * 1. Brolund A, Wisell KT, Edquist PJ, Elfstrom L, Walder M, Giske CG. Development of a real-time SYBRGreen PCR assay for rapid detection of acquired AmpC in Enterobacteriaceae. J Microbiol Methods. 2010 Sep;82(3):229-33. |
| − | * Perez-Perez FJ, Hanson ND. Detection of plasmid-mediated AmpC beta-lactamase genes in clinical isolates by using multiplex PCR. J Clin Microbiol. 2002 Jun;40(6):2153-62. | + | * 2. Perez-Perez FJ, Hanson ND. Detection of plasmid-mediated AmpC beta-lactamase genes in clinical isolates by using multiplex PCR. J Clin Microbiol. 2002 Jun;40(6):2153-62. |
| − | * Brolund A, Haeggman S, Edquist P, Gezelius L, Olsson-Liljequist B, Tegmark Wisell K, Giske C. The DiversiLab system versus pulsed-field gel electrophoresis: Characterisation of extended spectrum beta-lactamase producing Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae. Journal of Microbiological Methods 2010;873:224-230. | + | * 3. Brolund A, Haeggman S, Edquist P, Gezelius L, Olsson-Liljequist B, Tegmark Wisell K, Giske C. The DiversiLab system versus pulsed-field gel electrophoresis: Characterisation of extended spectrum beta-lactamase producing Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae. Journal of Microbiological Methods 2010;873:224-230. |
| − | * Naseer U. | + | * 4. Naseer U, Olsson-Liljequist, B.E, Woodford N, Dhanji H, Cantón R, Sundfjord A, Lindstedt B-A. Multi-Locus variable number of tandem repeat analysis for rapid and accurate typing of virulent multidrug resistant Escherichia coli clones. PloS ONE 7(7):e41232.doi:10.1371/journal.pone.0041232 |
[[Kategori:Smittskyddslagens sjukdomar]] | [[Kategori:Smittskyddslagens sjukdomar]] | ||
Nuvarande version från 8 augusti 2014 kl. 17.13
Artikel under utarbetande mars 2012.
Till innehållsförteckningen för Referensmetodik:Smittskyddslagens sjukdomar
och
falldefinitionen ESBL-producerande Enterobacteriaceae
Screeningmetoder för ESBL[redigera]
Bakgrund[redigera]
ESBL indelas i tre huvudgrupper; ESBLA, ESBLM och ESBLCARBA. ESBLA är hittills dominerande i Sverige, men ESBLM, i första hand av subgrupp CIT förekommer också. Antalet anmälda fall av ESBL(AellerM) har stadigt ökat från 2008 (år 2007 då anmälningsplikt infördes för laboratorier) till mer än 5000 (år 2011). Beträffande Enterobacteriaceae med ESBLCARBA som sedan 15 mars 2012 är anmälningspliktig för både laboratorium och behandlande läkare, inkluderades denna variant av ESBL i den svenska definitionen för ESBL år 2009 . Från 2007 till 2011 fanns 35 fall rapporterade till Smittskyddsinstitutet och av dessa var det stora flertalet smittade utomlands. Enterobacteriaceae med ESBLCARBA är smittspårningspliktiga. Aktuella föreskrifter (SOSFS 2012:1, 2012:2 och 2007:1) finns på Socialstyrelsens webbplats.
Screeningmetoden följer de rekommendationer som anges i Folkhälsomyndighetens (SMI:s) kunskapsunderlag [1] som publiceras våren 2013.
De flesta laboratorier i landet har etablerat metoder för screening av ESBL-producerande tarmbakterier. Dessa baseras på användningen av kommersiella agarplattor (t ex Oxoid, bioMérieux), egentillverkade agarmedier med antibiotikalappar eller selektiv buljonganrikning. Litteraturstöd saknas i dagsläget för att buljonganrikning skulle ha högre känslighet än övriga metoder.
För screeningändamål kan ett cefalosporin som är substrat för samtliga ESBL-varianter användas, exempelvis cefpodoxim. Däremot är metodik som baserar sig på endast en av cefotaxim eller ceftazidim inte tillräcklig, eftersom vissa ESBL-enzymer inte orsakar resistens mot båda dessa cefalosporiner.
Referensmetodik[redigera]
Provmaterial[redigera]
Till följd av brist på data som stödjer att buljonganrikning skulle ge högre känslighet anses bruket av screening-agarplattor (feces, rektumprov på pinne) vara referensmetodik för primärisolering av ESBL från kliniskt screeningprov.
Substrat[redigera]
Egentillverkade substrat: Två plattor vardera med agarbaserat substrat (exempelvis MacConkey), en innehållande cefotaxim 1 mg/L och en innehållande ceftazidim 1 mg/L.
Kommersiella substrat: Flera kommersiella screeningagarmedier har jämförts i olika studier, och uppvisar goda prestanda när det gäller detektion av ESBLA, men inget av dessa kan dock anges som formellt referenssubstrat. Känsligheten för detektion av ESBLM är sämre, eftersom man ofta har tillsatt AmpC-hämmare till mediet. Detta görs för att med hög specificitet detektera ESBLA, vilket är relevant i många länder utanför Norden. Se också artikel Kromogena substrat.
Karbapenemaser kan med hög känslighet påvisas med de beskrivna substraten, eftersom dessa i de allra flesta fall även orsakar cefalosporinresistens. Undantag är karbapenemasen OXA-48 som ibland kan orsaka låggradig karbapenemresistens utan samtidig cefalosporinresistens. Kommersiella plattor innehållande karbapenemer har hög specificitet, men för låg känslighet för att generellt kunna rekommenderas för detektion av karbapenemas-bildande bakterier.
För detektion av OXA-48 kan kommersiella screeningplattor för karbapenemaser (innehåller oftast ertapenem) eller egentillverkade substrat med tillsats av ertapenem eller meropenem (0, 25 mg/L) användas. Alternativ kan vara MacConkey med meropenemlapp i första stryket.
Provsättning och inkubering[redigera]
Proven stryks på plattorna enligt gängse odlingsprinciper.
Plattor inkuberas över natt i luft (36 °C).
Isolering och verifiering[redigera]
Kolonier som efter inkubering över natt växer på något av de använda substraten skall misstänkas vara ESBL-producerande.
Artbestämning görs enligt gängse principer.
Fenotypisk verifiering av ESBL enligt algoritmer som anvisas i aktuell NordicAST-tabell.
Beträffande E. coli och Shigella spp. med fenotypisk misstanke om ESBLM bör verifierande PCR enligt bilaga 1 utföras för att skilja på förvärvad och kromosomalt medierad AmpC (1, 2).
Enterobacteriaceae med fenotypisk ESBLCARBA bör skickas till SMI för verifiering för att snabbt identifiera en eventuell nationell smittspridning. Genotypisk diagnostik av ESBLCARBA bör endast utföras på laboratorier somhar tillräckligt många fall och därmed erfarenhet av dessa metoder. Det finns flera publicerade PCR-protokoll för de flesta av de vanliga karbapenemasvarianterna.
Epidemiologisk typning[redigera]
Pulsfältsgelelektrofores (PFGE) är standard för epidemiologisk typning av ESBL-producerande bakterier. Alternativa metoder finns tillgängliga, däribland en kommersiell metod, DiversiLab System (bioMerieux) (3), som baserar sig på PCR-amplifikation av specifika regioner mellan bakteriella sekvenser. Denna har i en studie genomförd på SMI, visats ha god upplösning bland PFGE-relaterade ESBL-isolat, men inte lika god upplösning som PFGE. En fördel med DiversiLabs system är att det är betydligt snabbare och till stor del automatiserat, inklusive tolkningssteget. En nackdel är att det inte finns någon internationell konsensus om typbeteckningar, vilket försvårar jämförelser och tolkningar på nationell och internationell nivå.
Bland alternativa metoder för epidemiologisk typning av ESBL-producerande Enterobacteriaceae kan nämnas MLST och MLVA (4).
För en detaljerad beskrivning hänvisas till Folkhälsomyndighetens (SMI:s) kunskapsunderlag [2].
Svarsrutiner[redigera]
Bakterier med ESBLA eller ESBLM svaras ut med art och resistenstabell enligt laboratoriets vanliga rutiner, följt av upplysningen att bakterien är ESBL-producerande. ESBLCARBA-producerande Enterobacteriaceae svaras ut med angivande av art och resistenstabell enligt laboratoriets vanliga rutiner, följt av upplysningen att bakterien producerar ESBLCARBA.
Laboratorieanmälan[redigera]
ESBL-producerande Enterobacteriaceae enligt gällande falldefinition.
Referensfunktioner[redigera]
Ej beslutade
REFERENSER[redigera]
- 1. Brolund A, Wisell KT, Edquist PJ, Elfstrom L, Walder M, Giske CG. Development of a real-time SYBRGreen PCR assay for rapid detection of acquired AmpC in Enterobacteriaceae. J Microbiol Methods. 2010 Sep;82(3):229-33.
- 2. Perez-Perez FJ, Hanson ND. Detection of plasmid-mediated AmpC beta-lactamase genes in clinical isolates by using multiplex PCR. J Clin Microbiol. 2002 Jun;40(6):2153-62.
- 3. Brolund A, Haeggman S, Edquist P, Gezelius L, Olsson-Liljequist B, Tegmark Wisell K, Giske C. The DiversiLab system versus pulsed-field gel electrophoresis: Characterisation of extended spectrum beta-lactamase producing Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae. Journal of Microbiological Methods 2010;873:224-230.
- 4. Naseer U, Olsson-Liljequist, B.E, Woodford N, Dhanji H, Cantón R, Sundfjord A, Lindstedt B-A. Multi-Locus variable number of tandem repeat analysis for rapid and accurate typing of virulent multidrug resistant Escherichia coli clones. PloS ONE 7(7):e41232.doi:10.1371/journal.pone.0041232