Calicivirus-Laboratoriediagnostik
Till huvudartikeln Calicivirus
Se också bilagan
Laboratoriediagnostik av calicivirus
Allmänt
Calicivirus diagnostiseras rutinmässigt med molekylärbiologiska metoder (PCR). Elektronmikroskopi används fortfarande vid Folkhälsomyndigheten för att påvisa medlemmar i calicivirusfamiljen som med den tekniken kan särskiljas morfologiskt. För epidemiologiska utredningar används PCR och sekvensering.
Referensmetodik
PCR för påvisande av calicivirus används rutinmässigt vid de flesta svenska mikrobiologiska laboratorier ( Bilaga 4.2 ). Primers som identifierar norovirus tillhörande genogrupp I och II används. PCR för sapovirus finns också etablerad och används av flera av de större laboratorierna. Primers är riktade mot konserverade delar av polymerasgenen. Känsligheten för PCR är högre än elektronmikroskopi som var den tidigare referensmetodiken, men den genetiska variationen inom calicivirusfamiljen resulterar i att alla calicivirusisolat inte för närvarande kan påvisas med PCR.
Utsvaras: Norovirus (eller sapovirus) påvisade/ej påvisade med PCR.
Alternativ laboratoriediagnostik
Antigen-tester
Metoder för påvisande av norovirus finns etablerade men används sparsamt i Sverige. Försök utomlands har visat på stora immunologiska skillnader hos olika norovirus vilket försvårat etablering av en ELISA-test. Ett flertal antigenpåvisningsmetoder är under utprövning och kan komma att utgöra ett värdefullt komplement till PCR.
Serologi
Rekombinant framställda calicivirusproteiner finns kommersiellt tillgängliga för användning i serologiska test för påvisande av antikroppar. I Sverige utförs ingen serologi för närvarande.
Elektronmikroskopi
EM-metodens känslighet är cirka viruspartiklar/mL fecessuspension. Metoden utförs vid Folkhälsomyndigheten och är ett komplement till PCR-diagnostik. Används huvudsakligen för att identifiera nya typer av virus som kan ha undgått detektion med annan metodik.
Kvalitetskontroll
Kvalitetskontroll sker med nationella och internationella laboratoriejämförelser. Externa kvalitetspanaler finns via EQUALIS och QCMD.
Laboratorierapportering
Calicivirusinfektioner är ej anmälningspliktiga enligt smittskyddslagen. Frivillig veckorapportering till Folkhälsomyndigheten.