Screeningmetodik för ESBL
Artikel under utarbetande mars 2012. Innehållet är preliminärt i avvaktan på konsensusbeslut
Till innehållsförteckningen för Referensmetodik:Smittskyddslagens sjukdomar
och
falldefinitionen ESBL-producerande Enterobacteriaceae
Screeningmetoder för ESBL
Bakgrund
ESBL indelas i tre huvudgrupper; ESBLA, ESBLM och ESBLCARBA. ESBLA är hittills dominerande i Sverige, men ESBLM, i första hand av subgrupp CIT förekommer också. Antalet anmälda fall av ESBL(AellerM) har stadigt ökat från 2098 (år 2007 då anmälningsplikt infördes för laboratorier) till 5667 (år 2011). Beträffande ESBLCARBA (karbapenemasproducerande E. coli, Klebsiella pneumoniae eller annan Enterobacteriaceae), som sedan 15 mars 2012 är anmälningspliktig för både laboratorium och behandlande läkare, inkluderades denna variant av ESBL i den svenska definitionen för ESBL år 2009 (ref: [1]). Fram till 2011 fanns 35 fall rapporterade till Smittskyddsinstitutet och av dessa är det stora flertalet smittade utomlands. ESBLCARBA är smittspårningspliktig. Aktuella föreskrifter (SOSFS 2012:1, 2012:2 och 2007:1) finns på Socialstyrelsens webbplats.
Screeningmetoden följer de rekommendationer som anges i SMI:s kunskapsunderlag [ESBL-producerande tarmbakterier] som uppdateras våren 2012.
De flesta laboratorier i landet har etablerat metoder för screening av ESBL-producerande tarmbakterier. Dessa baseras på användningen av kommersiella agarplattor (t ex Oxoid, bioMérieux), egentillverkade agarmedier med antibiotikalappar eller selektiv buljonganrikning. Litteraturstöd saknas i dagsläget för att buljonganrikning skulle ha högre känslighet än övriga metoder.
För screeningändamål kan ett cefalosporin som är substrat för samtliga ESBL-varianter användas, exempelvis cefpodoxim. Däremot är metodik som baserar sig på endast en av cefotaxim eller ceftazidim inte tillräcklig, eftersom vissa ESBL-enzymer inte orsakar resistens mot båda dessa cefalosporiner.
Referensmetodik
Till följd av brist på data som stödjer att buljonganrikning skulle ge högre känslighet anses bruket av screening-agarplattor per prov (feces, rektumprov på pinne) vara referensmetodik för primärisolering av ESBL.
Referenssubstrat
Egentillverkade substrat: Två plattor vardera med agarbaserat substrat (exempelvis MacConkey), en innehållande cefotaxim 1 mg/L och en innehållande ceftazidim 1 mg/L.
Kommersiella substrat: Flera kommersiella screeningagarmedier har jämförts i olika studier, och uppvisar goda prestanda när det gäller detektion av ESBLA. Känsligheten för detektion av ESBLM är sämre, eftersom man ofta har tillsatt AmpC-hämmare till mediet. Detta görs för att med hög specificitet detektera ESBLA, vilket är relevant i många länder utanför Norden. Se också artikel Kromogena substrat.
Karbapenemaser kan med hög känslighet påvisas med de beskrivna substraten, eftersom dessa i de allra flesta fall även orsakar cefalosporinresistens. Undantag är karbapenemasen OXA-48 som ibland kan orsaka låggradig karbapenemresistens utan samtidig cefalosporinresistens. Kommersiella plattor innehållande karbapenemer har hög specificitet, men för låg känslighet för att generellt kunna rekommenderas för detektion av karbapenemas-bildande bakterier.
För detektion av OXA-48 kan kommersiella screeningplattor för karbapenemaser (innehåller oftast ertapenem) eller egentillverkade substrat med tillsats av ertapenem eller meropenem (0, 25 mg/L). Alternativ kan vara MacConkey med meropenemlapp i första stryket.
Provsättning och inkubering
Proven stryks på plattorna enligt gängse odlingsprinciper.
Plattor inkuberas över natt i luft (36 °C).
Isolering och verifiering
Kolonier som efter inkubering över natt växer på något av de använda substraten skall misstänkas vara ESBL.
Artbestämning görs enligt gängse principer.
Fenotypisk verifiering av ESBL enligt algoritmer som anvisas i NordicAST 2012-01-01 med lappdiffusionsmetodik enligt RAF-RAFM.
Beträffande E. coli och Shigella sp. med fenotypisk misstanke om ESBLM bör verifierande PCR enligt bilaga 1 utföras för att skilja på förvärvad-och kromosomalt medierad AmpC.
Enterobacteriaceae med fenotypisk ESBLCARBA bör skickas till SMI för verifiering. För att snabbt identifiera en eventuell nationell smittspridning är det viktigt att alla Genotypisk diagnostik av ESBLCARBA bör endast utföras på laboratorier som har tillräckligt många fall och därmed erfarenhet av dessa metoder. Det finns flera publicerade PCR-protokoll för de flesta av de vanliga karbapenemasvarianterna. Det är viktigt att alla nya isolat skickas till SMI för typning, oavsett om verifiering utförts på eget eller annat laboratorium, för att snabbt kunna identifiera en nationall smittspridning.
Epidemiologisk typning
Pulsfältsgelelektrofores (PFGE) är standard för epidemiologisk typning av ESBL-producerande bakterier. Alternativa metoder finns tillgängliga, däribland en kommersiell metod, rep-PCR, DiversiLab, som baserar sig på PCR amplifikation of specifika regioner mellan bakteriella sekvenser. Denna har i en studie genomförd på SMI, visats ha god upplösning bland PFGE-relaterade ESBL-isolat, men inte lika god upplösning som PFGE. En fördel med DiversiLab är att metoden är betydligt snabbare och till stor del automatiserad, inklusive tolkningssteget. En nackdel är att det inte finns någon internationell konsensus om typbeteckningar, vilket försvårar jämförelser och tolkningar på nationell och internationell nivå.
Bland alternativa metoder för epidemiologisk typning av ESBL kan nämnas MLST och MLVA.
För en detaljerad beskrivning hänvisas till SMI:s kunskapsunderlag [ESBL-producerande tarmbakterier]. ESBL-producerande tarmbakterierKunskapsunderlag
Svarsrutiner
Bakterier med ESBLA eller ESBLM svaras ut med art följt av ESBL. ESBLCARBA-producerande Enterobacteriaceae svaras ut med angivande av art och ESBL-typ.
Laboratorieanmälan
ESBL-producerande Enterobacteriaceae (ESBLA och ESBLM )är anmälningspliktiga från laboratoriet enligt smittskyddslagen. Anmäles med angivande av art och ESBL-typ. Karbapenemas-producerande bakterier (ESBLCARBA) skall anmälas av både laboratoriet och behandlande läkare. Smittspårningsplikt föreligger för Enterobacteriaceae med ESBLCARBA.
Referensfunktioner
REFERENSER
- ESBL-kunskapsunderlag
- EUCAST (algoritmer)
- Metodbeskrivning