På gång
Artikel under utarbetande. Innehållet får i detta skede inte betraktas som referensmetodik
Diagnostik av anaeroba grampositiva ej sporbildande stavar
Smittämnen
Till denna grupp räknas ett flertal bakteriearter inom klasserna Actinobacteria och Firmicutes av vilka flera är aerotoleranta och kan växa även vid inkubering i CO2 på fasta substrat.
- Actinobacteria
- Actinomyces (flera arter),
- Actinobaculum (A. massiliense, A. schaalii, A. urinale),
- Mobiluncus (med två strikt anaeroba arter; M. curtisii, M. mulieris). Bakterierna är associerade med bakteriell vaginos, och också med infektioner i samband med förtida födsel.
- Varibaculum, den senare närstående Mobiluncus, associerad med infektioner i munhåla, hjärna, ögon och intrauterina infektioner i samband med spiral
- Propionibacterium med fem aerotoleranta arter som har associerats med humana infektioner (P. acnes, P. avidum, P. granulosum, P. propionicum och P. acidifaciens)
- Humanpatogen är också bakterier inom arten Propionimicrobium lymphophilum
- Propioniferax innocua hör till human hudflora
- Bifidobacterium med 32 arter av vilka ett drygt 10-tal har associerats med humana infektioner
- Alloscardovia, Parascardovia, Scardovia, strikt anaeroba
- Atopobium (associerad med bakteriell vaginos, genitala infektioner som abscesser och pelvic inflammatory disease (PID)), Olsenella (associerad med infektioner i munhåla och tänder, har isolerats från blodbanan), Eggerthella och Paraeggerthella (de två senare associerade med intraabdominella abscesser, peritonit, bakteriemier och infektioner efter humana bett)
- Collinsella, Slackia, Cryptobacterium, Adlercreutzia och Gordonibacter.
- Firmicutes
- Lactobacillus
- Mogibacterium
- Eubacterium (flera arter är närstående Clostridia trots att de är ej sporbildande)
- Anaerofustis stercorihominis, Pseudoramibacter alactolyticus, Bulleidia extructa, Holdemania filiformis, Solobacterium moorei och Turicibacter sanguinis, Filifactor, Marvinbryantia formatexigens, Oribacterium sinus, Lachnospira, Anaerostipes, Coprococcus och Catabacter.
Klinik
De flesta bakterier som beskrivs i detta avsnitt hör till normal human-eller djurflora på hud och slemhinnor inklusive de inom uro-genitalorganen. Detta medför att de mer sällan orsakar infektioner, när de gör det är de att betrakta som opportunistiska infektioner som oftast utgår från slemhinnor. Bakterierna återfinns då vanligen som del i en polymikrobiell flora. Det är möjligt att förekomst av septisk spridning i blodbanan underdiagnosticeras eftersom bakterierna i gruppen är långsamväxande.
Beträffande infektioner orsakade av de olika genera inom gruppen, se text och länkar ovan för information.
Provtagning och transport
Prov lämpade för diagnostik av bakterier ur denna grupp innefattar blod, vävnadsbiopsier och aspirat (även från rotkanaler). Pinnprov från slemhinna i munhåla eller genitalia är inte lämpade.
Provtagning och transport bör ske efter anaeroba principer. För bakteriell vaginos, se Bakteriell vaginos-provtagning.
Laboratorierdiagnostik
Bakterierna inom gruppen identifieras genom odling, men efterföljande fenotypisk karakterisering är ofta svår och minimikriterier för diagnos kan inte anges. Vid riktad frågeställning mot bakterier i gruppen rekommenderas förlängd odling upp till minst 7 dygn. Enkla biokemiska tester och kommersiella brickor kan i flera fall, särskilt om resultaten kombineras med resultat från gaskromatografi, ge diagnos, i första hand till genusnivå (Tabell 1). Svårigheter att diagnostiscera bakterierna till artnivå med dessa metoder föreligger framförallt med aktinomyceter men också laktobaciller. Databaserna för Maldi-Tof är också i vissa fall otillräckliga för diagnostik till artnivå. Säker diagnos kräver i flera fall 16S rRNA-sekvensering. Identifiering av bakterier i gruppen till genus-(eller art)nivå är relevant vid fynd i renkultur i pus/sårodling eller vid fynd i normalt sterila områden.
Odling
- För diagnostik av Actinomyces är odling referensmetodik. Lämpat för presumptiv diagnos av sådana infektioner är direktmikroskopi av prov från vävnad (se länk).
- Ett antal av bakterierna inom gruppen är aerotoleranta och identifieras enligt beskrivning i Diagnostik av aeroba/aerotoleranta grampositiva katalasnegativa ej sporbildande stavar
- Övriga bakterier i gruppen växer i CO2 eller anaerobt och diagnosticeras genom odling på anaerob FAA-agar och med fenotypiska/molekylärbiologiska metoder enligt ovan.
Tabell 1: Översikt av ett antal fenotypiska karakteristika för anaeroba grampositiva ej sporbildande stavar.
| Bakteriegenus | Växtsätt | Gramfärgning | Nitratreduktion | Eskulin | Ureas | Katalas | Indol | Gaskromatografi (slutprodukt vid glukosfermentation) |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Actinomyces | CO2/anaerobt | grampositiva stavar med varierande utseende, ofta förgrenade | v | v | v | oftast negativ | succininsyra och mjölksyra | |
| Actinobaculum | CO2/anaerobt | grampositiva stavar, raka eller böjda, förgrenade | negativ | negativ | negativ | negativ | ättiksyra | |
| Mobiluncus | anaerobt | gramvariabla, rörliga kurvade stavar med avsmalnande ändar | succininsyra, mjölksyra, ättiksyra | |||||
| Varibaculum | CO2/anaerobt | grampositiva korta difteroida stavar | positiv | negativ | negativ | negativ | mjölksyra, succininsyra | |
| Propionibacterium | CO2/anaerobt | grampositiva stavar, variabelt utseende | oftast positiv | oftast negativ | positiv | P. acnes positiv, övriga negativa | propionsyra | |
| Propioniferax | CO2/anaerobt | grampositiva stavar, variabelt utseende, ofta i kluster | v | positiv | negativ | propionsyra | ||
| Propionimicrobium | anaerobt | grampositiva stavar, ofta koryneforma | v | v | negativ | propionsyra, ättiksyra och succininsyra | ||
| Bifidobacterium | huvudsakligen anaerobt | grampositiva stavar av varierande utseende | ättiksyra och mjölksyra | |||||
| Atopobium | huvudsakligen anaerobt | grampositiva korta stavar, ofta korta kedjor | v | negativ | negativ | mjölksyra | ||
| Lactobacillus | CO2/anaerobt | ofta långa smala grampositiva stavar | mjölksyra | |||||
| Eubacterium | anaerobt | gramvariabla pleomorfa stavar | negativ | negativ | negativ | negativ | smörsyra, ättiksyra och mjölksyra | |
| Olsenella | anaerobt | grampositiva korta stavar, ofta i par eller kedkjor | negativ | positiv | negativ | negativ | mjölksyra och ättiksyra | |
| Egerthella | anaerobt | grampositiva kockobaciller | oftast positiv | negativ | positiv | negativ | ättiksyra, mjölksyra och succininsyra |
Se också Maldi-Tof.
Bakteriell vaginos
- Diagnostik av bakteriell vaginos beskrivs under angiven länk.
Serologi
Antikroppsdiagnostik spelar ingen roll för diagnostik av infektioner orsakade av bakterier inom gruppen.
Svarsrutiner
Bakterierna hör till den normala floran i hud och slemhinnor, vilket gör att eventuella fynd ska tolkas med försiktighet. Alla isolat från normalt sterila lokaler ska identifieras till genusnivå (om möjligt till artnivå) och rapporteras. Resistensbestämning utförs utförs och rapporteras enligt rekommendationer.
Aktinomykos (Actinomyces species) rapporteras i förekommande fall med fynd vid direktmikroskopi med eventuell närvaro av sulfurgranulae.