PCR-baserade metoder, översikt
Till innehållsförteckningen för Referensmetodik:Molekylärbiologisk diagnostik
Konventionell PCR
För att påvisa amplifierad nukleinsyra användes inledningsvis agarosgelelektrofores för separation av nukleinsyran och infärgning av densamma med etidiumbromid som syns och kan fotograferas vid belysning med UV-ljus. Detta sätt att detektera nukleinsyran omnämns ofta som konventionell PCR och används visserligen 2010 fortfarande, men realtids-PCRblir allt vanligare.
Reversed transkriptase PCR
RT-PCR står för reversed transkriptase PCR. Tekniken används när templatet är RNA, till exempel när viral arvsmassa, som ofta är RNA, ska detekteras och analyseras. PCR-analysen inleds då med ett enzym som katalyserar polymerisering av fria nukleotider (dNTP) till dubbelsträngat DNA, med templat-RNA som mall. Enzymet är ofta en i E. coli klonad gen som kodar för Moloney Murine Leukemia Virus reverse transkriptase.
Nestad PCR
Nestad PCR är i princip detsamma som en dubbel PCR. Efter en inledande PCR används en del av det amplifierade materialet som mall för ytterligare en PCR. Ett nytt primerpar, som basparar till ett område innanför det område som detekterats av PCR nummer ett, används för denna andra PCR-reaktion. Detta är ett sätt att höja både sensitivitet och specificitet.
Multiplex PCR
Multiplex PCR innebär samtidig detektion av flera olika målsekvenser, dvs flera primerpar som basparar till olika agens eller templat används samtidigt i samma reaktion. Detta innebär alltså en samtidig detektion av flera agens eller målsekvenser i ett rör. Tyvärr sänks ofta sensitiviteten något vid denna typ av analys och höga krav ställs på primrarnas utformning.