Skillnad mellan versioner av "Bilaga 1: Realtids-PCR för påvisande av plasmidburen AmpC (ESBLM)"

Från Referensmetodik för laboratoriediagnostik
Hoppa till navigering Hoppa till sök
(Skapade sidan med ' ==Bilaga 1: Realtids-PCR för påvisande av plasmidburen AmpC (ESBLM) med LightCycler (ej referensmetodik)== Den aktuella metoden är en modifierad variant av en multiplex P...')
 
Rad 1: Rad 1:
 
    
 
    
−
==Bilaga 1: Realtids-PCR för påvisande av plasmidburen AmpC (ESBLM) med LightCycler (ej referensmetodik)==
+
==Bilaga 1: Realtids-PCR för påvisande av plasmidburen AmpC (ESBL<SUB>M</SUB>) med LightCycler (ej referensmetodik)==
 +
===Inledning===
 +
Den aktuella metoden är enl modifierad variant av en multiplex PCR som i orginautförande beskrevs av Perez-Perez (Ref), senare modifierad av Brolund et al (REf). Den ursprungliga metoden beskrev påvisandet av sex subgrupper (CIT, MOX, FOX, DHA, ACC och EBC) av plasmidmedierad AmpC (pAmpC, ESBL<SUB>M</SUB>), men eftersom hittills två subgrupper (CIT och enstaka DHA) dominerar i Sverige, beskrivs nedan metod för påvisande av dessa. Metod för påvisande av övriga subgrupper  kan erhållas från Smittskyddsinstitutet.
 +
 
 +
===PCR-metoden===
 +
*Provmaterial: Utväxta kolonier av bakterier tillhörande ''Enterobacteriaceae'' med fenotypisk misstanke om ESBL<SUB>M</SUB> kan användas som utgångsmaterial.
 +
 
 +
*Instrument: LightCycler 2.1 Roche
 +
*Reagens: LightCycler Fast start DNA MasterPLUS SYBR Green 1 och H<SUB>2</SUB>O PCR-grade (båda Roche Diagnostics Scandinavia AB).
 +
*Primerpar:
 +
**CIT: amplimer har storleken 462 bp
 +
**DHA: amplimer har storleken 218 bp                                           
 +
 
 +
*Primers 10 μM:                                                       
 +
**CIT-F 5'-TGG CCA GAA CTG ACA GGC AAA-3'                                                       
 +
**CIT-R 5’-TTT CTC CTG AAC GTG GCT GGC-3’                                                         
 +
**DHA-F 5’-AAC TTT CAC AGG TGT GCT GGG T-3’
 +
**DHA-R 5’-GCT GCC ACT GCT GAT AGA A-3’
 +
*Referensstammar:
 +
**''E. coli'' CCUG 58543 (CIT)
 +
**''Klebsiella pneumoniae'' CCUG 58545 (DHA)
 +
====Metod-kontroll====
 +
Vid varje analystillfälle testas förutom patientprov även (positiva kontroller) kontrollstammar CCUG 58543 (CIT), CCUG 58545 (DHA) och (negativa kontroller) som blankprov H<SUB>2</SUB>O PCR-grade (''PCR-rent vatten'' samt NTC (PCR-mix utan templat).
 
   
 
   
−
Den aktuella metoden är en modifierad variant av en multiplex PCR som i orginalutförande beskrevs av Perez-Perez (Ref). Den ursprungliga metoden beskrev påvisande av sex subgrupper av plasmidmedierad AmpC (pAmpC), men eftersom hittills två subgrupper (CIT och enstaka DHA) dominerar i Sverige, beskrivs nedan metod för påvisande av dessa. Metod för påvisande av övriga subgrupper  kan erhållas från SMI.
+
====Utförande====
−
Provmaterial: Utväxta kolonier av bakterier tillhörande ’’Enterobacteriaceae’’ med fenotypisk misstanke om ESBLM kan användas som utgångsmaterial. 
+
Moment 1 (DNA-preparation):
−
1. Instrument: LightCycler 2.1 Roche
 
−
2. Reagens: LightCycler Fast start DNA MasterPLUS SYBR Green 1 och H2O PCR-grade (båda Roche Diagnostics Scandinavia AB).
 
−
3. Primerpar:
 
−
CIT: amplimer har storleken 462 bp
 
−
DHA: amplimer har storleken 218 bp                                           
 
−
Primers 10 μM:                                                       
 
−
CIT-F 5'-TGG CCA GAA CTG ACA GGC AAA-3'                                                       
 
−
CIT-R 5’-TTT CTC CTG AAC GTG GCT GGC-3’                                                         
 
−
DHA-F 5’-AAC TTT CAC AGG TGT GCT GGG T-3’
 
−
DHA-R 5’-GCT GCC ACT GCT GAT AGA A-3’
 
−
4. Referensstammar:
 
−
Art CCUG 58543 (CIT)
 
−
Art CCUG 58545 (DHA)
 
−
Metod- kontroll
 
−
Vid varje analystillfälle testas förutom patientprov även (positiva kontroller) kontrollstammar CCUG 58543 (CIT, E Coli), CCUG 58545 (DHA, Klebsiella pneumoniae) och (negativa kontroller) som blankprov H2O PCR-grade (”PCR-rent vatten”) samt NTC (non template control, dvs PCR-mix utan templat).
 
 
   
 
   
−
Utförande
+
*Märk upp sterila Eppendorfrör 1,5 mL. Ett rör för varje misstänkt isolat, ett för var kontrollstam och ett för vatten. Tillsätt 100 mL H<SUB>2</SUB>O PCR-grade till varje rör.
−
Moment 1 (DNA-preparation, på PCR-lab):
 
 
   
 
   
−
1.   Anteckna proverna och kontrollerna på ”Arbetsprotokoll för påvisande av ESBLm”. Skriv in för båda mixarna CIT och DHA. Räkna ut PCR-mix-blandningen (antal reaktioner +1). Använd Exel-bladet MIX-ESBLm som finns på skrivbordet i datorn skrivrummet.
+
*Lös upp 1 CFU i röret. Inkubera proven, 98ºC, 15 minuter i värmeblock.
 
   
 
   
−
2.   Märk upp sterila Eppendorfrör 1,5mL. Ett rör för varje misstänkt isolat, ett för var kontrollstam och ett för vatten. Tillsätt 100 mL H2O PCR-grade till varje rör.
+
*Centrifugera 13 000 rpm i 5 minuter. Supernatanten används som templat.
 
   
 
   
−
3.    Lös upp 1 CFU i röret. Inkubera proven, 98ºC ,15 minuter i värmeblock.
+
 
 
   
 
   
−
4.    Centrifugera 13 000 rpm i 5 minuter. Supernatanten är nu färdig att användas som templat. Förvara i kyl.
+
Moment 2 (Tillverkning av PCR-mix):
 
   
 
   
 +
*Master Mix SYBR green 1: Beredning enligt gängse metod.
 
   
 
   
−
+
*PCR-mix: Blanda en mix per komponent: antal rör + en NTC + en extra.  
−
+
 
−
Moment 2 (Tillverkning av PCR-mix, på PCR-mixlab):
 
−
 
−
1.    Master Mix SYBR green 1: För beredning se ”Preparation av Mastermix (LightCycler MRSA-screening)”. Den finns uppsatt på skåpdörren i mixrummet.
 
−
 
−
2.    PCR-mix: Blanda en mix per komponent: antal rör + en NTC + en extra. Se arbetsprotokollet för den tänkta körningen.
 
 
   
 
   
 
         CIT        DHA            Komponent        Volym  per reaktion        Komponent        Volym  per reaktion            PCR-grade vatten        10  mL        PCR-grade vatten        10  mL            Primer CIT-F        0,5 mL            Primer DHA-F        0,5 mL                Primer CIT-R        0,5 mL            Primer DHA-R        0,5 mL                Mix SYBR green        4,0 mL        Mix SYBR green        4,0 mL            Totalt:        15 mL        Totalt        15 mL       
 
         CIT        DHA            Komponent        Volym  per reaktion        Komponent        Volym  per reaktion            PCR-grade vatten        10  mL        PCR-grade vatten        10  mL            Primer CIT-F        0,5 mL            Primer DHA-F        0,5 mL                Primer CIT-R        0,5 mL            Primer DHA-R        0,5 mL                Mix SYBR green        4,0 mL        Mix SYBR green        4,0 mL            Totalt:        15 mL        Totalt        15 mL       

Versionen från 29 mars 2012 kl. 17.35

Bilaga 1: Realtids-PCR för påvisande av plasmidburen AmpC (ESBLM) med LightCycler (ej referensmetodik)

Inledning

Den aktuella metoden är enl modifierad variant av en multiplex PCR som i orginautförande beskrevs av Perez-Perez (Ref), senare modifierad av Brolund et al (REf). Den ursprungliga metoden beskrev påvisandet av sex subgrupper (CIT, MOX, FOX, DHA, ACC och EBC) av plasmidmedierad AmpC (pAmpC, ESBLM), men eftersom hittills två subgrupper (CIT och enstaka DHA) dominerar i Sverige, beskrivs nedan metod för påvisande av dessa. Metod för påvisande av övriga subgrupper kan erhållas från Smittskyddsinstitutet.

PCR-metoden

  • Provmaterial: Utväxta kolonier av bakterier tillhörande Enterobacteriaceae med fenotypisk misstanke om ESBLM kan användas som utgångsmaterial.
  • Instrument: LightCycler 2.1 Roche
  • Reagens: LightCycler Fast start DNA MasterPLUS SYBR Green 1 och H2O PCR-grade (båda Roche Diagnostics Scandinavia AB).
  • Primerpar:
    • CIT: amplimer har storleken 462 bp
    • DHA: amplimer har storleken 218 bp
  • Primers 10 μM:
    • CIT-F 5'-TGG CCA GAA CTG ACA GGC AAA-3'
    • CIT-R 5’-TTT CTC CTG AAC GTG GCT GGC-3’
    • DHA-F 5’-AAC TTT CAC AGG TGT GCT GGG T-3’
    • DHA-R 5’-GCT GCC ACT GCT GAT AGA A-3’
  • Referensstammar:
    • E. coli CCUG 58543 (CIT)
    • Klebsiella pneumoniae CCUG 58545 (DHA)

Metod-kontroll

Vid varje analystillfälle testas förutom patientprov även (positiva kontroller) kontrollstammar CCUG 58543 (CIT), CCUG 58545 (DHA) och (negativa kontroller) som blankprov H2O PCR-grade (PCR-rent vatten samt NTC (PCR-mix utan templat).

Utförande

Moment 1 (DNA-preparation):

  • Märk upp sterila Eppendorfrör 1,5 mL. Ett rör för varje misstänkt isolat, ett för var kontrollstam och ett för vatten. Tillsätt 100 mL H2O PCR-grade till varje rör.
  • Lös upp 1 CFU i röret. Inkubera proven, 98ºC, 15 minuter i värmeblock.
  • Centrifugera 13 000 rpm i 5 minuter. Supernatanten används som templat.


Moment 2 (Tillverkning av PCR-mix):

  • Master Mix SYBR green 1: Beredning enligt gängse metod.
  • PCR-mix: Blanda en mix per komponent: antal rör + en NTC + en extra.


       CIT         DHA             Komponent         Volym   per reaktion         Komponent         Volym   per reaktion             PCR-grade vatten         10   mL         PCR-grade vatten         10   mL             Primer CIT-F         0,5 mL            Primer DHA-F         0,5 mL                Primer CIT-R         0,5 mL            Primer DHA-R         0,5 mL                Mix SYBR green         4,0 mL         Mix SYBR green         4,0 mL             Totalt:         15 mL         Totalt         15 mL

För övrigt se ”Uppspädning av primers och prober från SGS DNA” i Centuri.

Moment 3 (Provsättning och start av LightCycler):

Förberedelser: se metod ”Handhavandebeskrivning LightCycler 1.5”

1. Ta en transportburk ur frysen, i den transporteras PCR-mixen till rum 16. Använd LAF-bänken för sättning av templat till mix.

2. Hämta kylblocket i kylen rum 19. Placera kapillärer i hållarna. Pipettera 15 µL PCR-mix i varje kapillär-rör (enligt protokoll).

3. Tillsätt 5 µL templat (enligt protokoll) till kapillär-rören. Sätt lock på röret så fort templatet är pipetterat. NTC korkas utan tillsats.

4. Flytta kapillärerna till karusellen och centrifugera i karusellcentrifugen. Kontrollera nivån i kapillärerna genom att titta underifrån efter centrifugeringen, som kontroll på att det är rätt pipeterat.

5. Sätt karusellen i Lightcycler.

6. Välj program ESBLm och skriv in provnumren enligt protokoll.


7. Tryck Start Run och namnge körningen: ESBLm ÅÅMMDD/sign. Spara i experiments/ ESBLm ÅÅ. Klicka på SAVE.

PCR-program: 

          Program         Target         Hold (mm:ss)         Ramp rate (ºC/s)         Acquisition Mode             Fast start         95º         10:00         20                       Amplification         95º         00:15         20         none                       57º         00:01         20         none           x 25                       72º         00:45         5         singel             Tm calling         95º         00:15         20         none                       60º         00:60         20         none                       95º         00:00         0,2         continuous             Cooling         40º         00:30         20         none

Avläsning och bedömning Läs av amplifierings- och smältpunkts-kurvorna och skriv ut bilderna. Se metod ”Handhavandebeskrivning LightCycler 1.5”

Bedömning: 1. Kontrollera att kontrollerna slår som förväntat; CCUG 58543 (CIT) pos i CIT-mix och CCUG 58545 (DHA) positiv i DHA-mix.

2. Tm CIT bör ligga 90 +/- 1ºC, Tm DHA bör ligga 91 +/- 1ºC.

3. Tm kontroll-Tm prov ska vara +/- 1,00ºC för att säkerställa specificitet av PCR-produkt.

För verifierad genotypisk ESBLm krävs alltså:

A) Fenotypiska karaktäristika B) Tm +/- 1,00ºC från positiva kontrollen

Negativt utfall vid smältpunktsanalys tolkas som kromosomalt medierad ESBLm.

Positivt utfall vid smältpunktanalys tolkas som uttryck av CIT eller DHA. 1. Brolund A, Wisell KT, Edquist PJ, Elfstrom L, Walder M, Giske CG. Development of a real-time SYBRGreen PCR assay for rapid detection of acquired AmpC in Enterobacteriaceae. J Microbiol Methods. 2010 Sep;82(3):229-33. 2. Perez-Perez FJ, Hanson ND. Detection of plasmid-mediated AmpC beta-lactamase genes in clinical isolates by using multiplex PCR. J Clin Microbiol. 2002 Jun;40(6):2153-62. 3. Prövningsrapport Klinisk Mikrobiologi. [KML XIII:30 2011] pAmpC (ESBLm)

Hämtad från "http://referensmetodik.folkhalsomyndigheten.se/index.php?title=Bilaga_1:_Realtids-PCR_för_påvisande_av_plasmidburen_AmpC_(ESBLM)&oldid=8902"