Bakteriell systematik-nomenklatur

Hoppa till: navigering, sök

Till innehÄllsförteckningen för Referensmetodik: Bakteriologisk diagnostik av infektioner i hud, mjukdelar, skelett och inre organ


Systematik – Nomenklatur

AllmÀnt

Det finns flera tusen olika bakterier, parasiter och svampar som alla har sina namn. Endast nÄgra hundra av dessa har emellertid kliniskt intresse och identifieras i diagnostiken vid de mikrobiologiska laboratorierna.

Vissa mikroorganismer Àr dock sÄ ovanliga att man inte kan förvÀnta sig att de Àr allmÀnt kÀnda av lÀkare och sköterskor i vÄrden. Följande avsnitt Àr tÀnkt som hjÀlp för att underlÀtta förstÄelsen av kommentarerna till de olika bakterierna, ovanligare laboratoriesvar Àr lÀmpliga att anvÀnda som stÄende svarskommentar (frasminne). Uppgifter om antibiotikakÀnslighet har ej inkluderats dÄ resistenslÀget ofta kan variera och kommentarer, för att vara heltÀckande, skulle bli alltför omfattande. IstÀllet hÀnvisas till RAFs hemsida.

NedanstÄende förteckning upptar bakterier som kan ha kliniskt intresse. För varje organism Àr namnet angivet tillsammans med eventuell synonym. Vidare anges om bakterien Àr grampositiv eller gramnegativ, dess naturliga förekomst samt sjukdomar den kan orsaka. För fullstÀndighetens skull har Àven allmÀnt kÀnda bakterier t.ex. Escherichia coli och Staphylococcus aureus, inkluderats.


Namnens uppbyggnad

Mikroorganismers namn Àr uppbyggda pÄ samma sÀtt som vÀxters d.v.s. har ursprung i Linnés botaniska system frÄn 1700-talet. En maskros heter t.ex. pÄ latin Taraxacum vulgare. I slutet av 1800-talet började man systematisera bakterienamn pÄ ett likartat sÀtt. För nÄgra vanliga bakterier finns bÄde svensk och latinsk benÀmning t.ex. pneumokocker vars korrekt vetenskapliga namn Àr Streptococcus pneumoniae. Majoriteten av bakterier har dock enbart latinsk benÀmning. Det Àr lÀmpligt att hÄlla sig till eller succesivt övergÄ till, de taxonomiskt korrekta namnen i sÄ stor omfattning som möjligt för att undvika oklarheter eller missförstÄnd.

Korrekta bakterienamn Àr binominala d.v.s. bestÄr av tvÄ ord. De Àr pÄ latin eller latiniserade och skrivs i vetenskapliga sammanhang med kursiverad stil (eller understruket i manuskript). I journaler kan man skriva med vanligt typsnitt. Vanligen har bakterienamnen sitt ursprung frÄn latinet eller grekiskan, men Àven egennamn förekommer.

Det första namnet, stor begynnelsebokstav, betecknar genus och Àr ett substantiv eller substantiverat adjektiv t.ex. Streptococcus. Förkortning till en bokstav t.ex. S. kan anvÀndas om ej oklarhet uppstÄr. Det andra namnet, liten begynnelsebokstav, Àr ett specificerande adjektiv t.ex. S. pneumoniae. Om inte "efternamnet" Àr kÀnt kan benÀmningen species (förkortat sp i singularis och spp i pluralis) anvÀndas t.ex. Streptococcus species. Ibland förekommer ett tredje namn (trinomial form) för att beteckna subspecies eller biotyp, liten begynnelsebokstav t.ex. Staphylococcus cohnii subspecies urealyticum. DÀremot kursiveras inte exempelvis serotyp eller andra biovarianter som inte Àr subspecies.

Ett speciellt problem Àr att vissa mikroorganismer ibland byter namn. Detta sammanhÀnger med taxonomiska förÀndringar (= förÀndringar i klassifikation) dÀr frÀmst nya molekylÀrbiologiska och genetiska studier har visat pÄ andra slÀktskap jÀmfört med vad man funnit med ursprungliga taxonomiska metoder.

IT-kommunikation

För att kunna kommunicera över sprÄkliga, professionella och kulturella grÀnser krÀvs att de begrepp som anvÀnds Àr definierade i en tillrÀcklig detaljnivÄ och att begreppen sÄ lÄngt som möjligt Àr entydiga. IT-kommunikation ökar detta krav och genom att nyttja ISO standard 7826-1 kan kodvÀrden (motsvarande "element" i C-NPU kodverkets syntax, se Forsum et al 2000) ÄsÀttas alla de begrepp som behövs för att beskriva bakterietaxonomi i maskinlÀsbar form utan att begreppen förvrÀngs.


Elementkoder, motsvarande för klinisk bakteriologi vÀsentlig bakterietaxonomi, har inkluderats i beskrivningen av bakterier nedan men kan ocksÄ Äterfinnas i den Svenska versionen av C-NPU kodverket URL:http://www.lio.se/enheter/us/lab/mikrobiologen/index.asp och i sin generiska, engelsksprÄkliga, form, under URL:http://www.ifcc.org/ifcc-scientific-division/sd-committees/c-npu/

Elementkoderna motsvarar alltsĂ„ den definition som ges i ursprungskodverket. Detta innebĂ€r att de motsvarar begreppet typart i samma mening som begreppet typart anvĂ€nds i ”Approved list of bacterial names, ASM 1989, Skerman V.B.D. et al.”. Typart, och dess elementkod, skall sĂ„ledes uppfattas som en av bakteriologer vĂ€rlden över överenskommen typisk representant för en viss art. Om man önskar beskriva begrepp som bygger pĂ„ ytterligare egenskaper (subtyper, delmĂ€ngder mm) bör alltsĂ„ ny elementkod skapas. I de fall som en professionellt godtagbar definition inte finns i dessa ursprungskodverk har elementkoder inom QU-serien Ă„satts elementet av  C-NPU. I nedanstĂ„ende förteckning av medicinskt relevanta bakterier finns sĂ„ledes dels elementkoder och dels en förklarande, pedagogisk text som kan brukas i laboratoriers kommunikation med anvĂ€ndare.

REFERENSER

  • Forsum U, Olesen H, Frederiksen W, Persson B. Properties and units in the clinical laboratory sciences. VIII. Properties and units in clinical microbiology. Pure and Applied Chemistry 2000; 72: 555-745.