Streptococcus pneumoniae-NLV
Huvudartikel
Till innehållsförteckningen för Referensmetodik: Nedre luftvägsinfektioner, 2:a upplagan 2005
Luftvägsinfektioner orsakade av Streptococcus pneumoniae
Smittämnen
Streptococcus pneumoniae är en grampositiv fakultativt anaerob diplokock, som även kan växa i korta kedjor. Den är alfahemolytisk på blodagar och kliniska isolat av pneumokocker bär oftast på en polysackaridkapsel. Beroende på skillnader i kapselns struktur kan pneumokockerna indelas i åtminstone 90 olika serotyper. Pneumokockernas cellvägg innehåller en C-polysackarid som är gemensam för samtliga serotyper. Pneumokockerna är humanpatogena, men de kan även orsaka infektioner hos bland andra möss och hästar.
Patogenes och patofysiologi
Den främsta virulensfaktorn hos pneumokocker är kapseln. Virulensen förefaller till stor del vara associerad med kapselserotyp. Pneumokocker som bär på kapselserotyp 1 eller 3 är exempelvis mer virulenta än pneumokocker med typ 37. Kapsel¬lösa pneumokocker anses i princip avirulenta, men enstaka infektioner kan orsakas av även ej typbara pneumokocker.
Andra viktiga faktorer av betydelse för patogenes är cellväggen som består bl.a. av teikonsyra, lipoteikonsyra samt peptidoglykan vilka bidrar till induktion av det medfödda immunsvaret, inflammation. Pneumolysin är ett cytotoxin som produceras av bakterierna och som frisläpps då bakterierna spricker (lyserar) och dör. Pneumolysin förstör epitelceller och aktiverar komplementsystemet. Autolysin, LytA, är ett amidas som är av betydelse för att bakterierna lyserar i stationär fas samt när de exponeras för antibiotika som penicillin. När bakterierna lyserar frigörs cellväggsfragment som kan inducera inflammation. Flera ytproteiner som t.ex. kolin-bindande proteiner, har beskrivits vara viktiga för hur bakterierna adhererar till celler såsom epitelceller.
Symtom och klinisk bild
Pneumokockerna inhaleras via aerosol och koloniserar nasofarynx, varifrån de ofta isoleras. Från nasofarynx kan de sedan gå vidare till andra delar av luftvägarna och orsaka inflammation i mellanörat (otit), i bihålorna (sinuit), eller i lungorna (pneumoni). Vid pneumoni påträffas även bakterierna i blodet (sepsis) i 20-30 % av fallen och ibland även i cerebrospinalvätskan (meningit).
Trots att pneumokocker orsakar allvarliga luftvägsinfektioner med ibland dödlig utgång isoleras de i hög frekvens hos friska bärare i samhället. Små barn som vistas på daghem beräknas bära pneumokocker i näsan i uppemot 50-60 %. Varför de ibland orsakar infektion och ibland endast bärarskap är inte känt.
Provtagning och transport
- Provtagning från nasofarynx med icke kolad rayon (spunnen cellulosa)-försedd provtagningspinne (Copan, Brescia, Italien). *Transport i transportrör med transportmedium.
Laboratoriediagnostik
Referensmetodik
Odling är referensmetodik. Se också laboratoriemetodik allmän odling
- Referenssubstrat
- Blodagar och hematinagar.
Isolering
Pneumokocker växer bra i syrereducerad atmosfär som också ger bättre kapselbildning. Anaerob inkubering av blodplatta rekommenderas därför. Pneumokocker växer även bättre i CO2-rik miljö. En selektiv platta med gentamicin som hämmar överväxt av gramnegativa bakterier ger ett ökat utbyte enligt litteraturen.
Primärutstryk görs med provtagningspinnen på blodagar och hematinagar som inkuberas i 5 % CO2 vid 36 C. Plattorna avläses efter 1 och 2 dygn.
Anrikning
Anrikning kan göras genom att odla i DS-buljong (Dextrosbuljong) vid 36 C.
Identifiering och minimikriterier
Se Laboratoriemetodik – diagnostiska minimikriterier.
Alternativa diagnostiska metoder
PCR och realtids-PCR
Någon standardmetod för PCR finns inte beskriven. Primrar baserade på olika gener i pneumokockgenomet har använts, exempelvis generna för pneumolysin, PBP2B, och DNA-polymeras I. Olika synpunkter på användbarheten av denna metodik finns i litteraturen. Fler studier är nödvändiga.
Serologi
Antikroppssvar mot C-polysackarid, mot typspecifik kapselpolysackarid samt mot pneumolysin i akut- och konvalescentsera liksom mätning av cirkulerande immunkomplex (IC), har använts och används för att studera etiologi vid luftvägsinfektioner såsom pneumonier.
För att studera vaccinationseffekt och antikroppar mot specifika typer finns standardiserad metod uppsatt på Statens Seruminstitut i Köpenhamn.
Antigendetektion i urin, cerebrospinal vätska, nasofarynx eller serum
Ett antal studier finns publicerade där man evaluerat snabbtester som baseras på detektion av antigen hos patienter med invasiv pneumokocksjukdom eller pneumoni men även med akut mediaotit. Flera av studierna visar på att antigendetektion kan vara ett användbart sätt att påvisa förekomst av pneumokockinfektion. I denna utgåva beskrivs en metod för påvisande av pneumokockantigen i urin (bilaga 4.6) som har hög känslighet för detektion av pneumokockinfektion i lungorna.
Resistensutveckling och resistensbestämning
För resistensutveckling se allmän del. Metoder för resistensbestämning se [1]
Epidemiologisk typning
För att studera spridning av pneumokockinfektion kan epidemiologisk typning med serotypning utföras. Även molekylär typning för att studera klonalitet på genetisk nivå är möjligt. Serotypning utförs genom agglutination med antisera och idag finns åtminstone 90 olika serotyper beskrivna. Flera molekylära metoder finns tillgängliga såsom PFGE (puls-fält-gel-elektrofores) varvid det kromososmala DNAt klyvs med ett restriktionsenzym och stora fragment erhålls vid elektrofores (se nukleinsyra-metodik).
En sekvensbaserad metod är MLST (multi locus sequence typing) där 7 olika så kallade ”house keeping” genes sekvenseras och jämförs i en databas för att studera släktskap. Den sistnämnda metoden är bra att använda vid internationella jämförelser.
Kvalitetskontroll
- Referensstammar
- S. pneumoniae CCUG 28588 (motsvarar NCTC 7465 och ATCC 33400).
- Kontroller för gallöslighetstest
- Positiv: S. pneumoniae CCUG 28588.
- Negativ: E. faecalis ATCC 29212 eller S. mitis ATCC 903.
Svarsrutiner
Stammar som uppfyller minimikriterierna enligt ovan utsvaras: Växt av Streptococcus pneumoniae.
Laboratorierapportering
Pneumokocker med PcG MIC 0,5 mg/L är anmälningspliktiga och klassas som allmänfarliga.
REFERENSER
Tomasz A, eds. 2000. Streptococcus pneumoniae - Molecular biology and mechanisms of disease. Mary Ann Liebert, Inc. Publishers.
Farhat SE, Thibault M, Devlin R. 2001. Efficacy of a swab transport system in maintaining viability of Neisseria gonorrhoeae and Streptococcus pneumoniae. J Clin Microbiol 39:2958-2960.
Hudspeth MK, Citron DM, Goldstein EJC. 1992. Evaluation of a novel specimen transport system (Venturi transystem) for anaerobic bacteria. Clin Infect Dis 25 (suppl 2):S132-3.
Dudley S, Ashe K, Winther B, Hendley JO. 2001. Bacterial pathogens of otitis media and sinusitis. Detection in the nasopharynx with selective media. J Lab Clin Med; vol 138 (5): 338-342.
Peled N, Yagupsky P. 1999. Improved detection of Streptococcus pneumoniae in middle-ear fluid cultures by use of a gentamicin-containing medium. J Clin Microbiol 37:3415-3416.
Vasallo FJ, López-Miragaya I, Rodríguez A, Torres J. 2001. Rapid identification of Streptococcus pneumoniae in blood cultures using a latex agglutination assay. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 20:594-595.