Diagnostik av aeroba grampositiva, katalaspositiva stavar

Från Referensmetodik för laboratoriediagnostik
Hoppa till navigering Hoppa till sök

Artikel sammanställd och utvidgad från andra artiklar i serien februari 2013.

Diagnostik av aeroba grampositiva, katalaspositiva stavar (koryneforma (”difteroida”) stavar och aeroba aktinomyceter)

Smittämnen

I det följande beskrivs aeroba/fakultativt anaeroba grampositiva, katalaspositiva stavar som koryneforma (”difteroida”) stavar och aeroba aktinomyceter. Till gruppen grampositiva, katalaspositiva stavar hör också Listeria med tvåhumanpatogena arter ( L. monocytogenes och L. ivanovii). Diagnostiken av de senare beskrivs i artikeln Listeria monocytogenes-hud och mjukdelar/CNS.

Koryneforma (”difteroida”) stavar

Till denna grupp räknas ett antal aeroba grampositiva, oftast katalaspositiva stavar. Gruppen omfattar genus Corynebacterium som i gramfärgade preparat uppvisar typisk kägelform (efter grekiskans coryne för klubba, kägla). Till gruppen räknas också bakterier hörande till cirka 15 andra genera: Turicella, Arthrobacter, Brevibacterium, Dermabacter, Helcobacillus, Rothia, Exinobacterium, Oerskovia, Cellulomonas, Cellulosimicrobium, Microbacterium, Curtobacterium, Leifsonia, Arcanobacterium och Gardnerella. Dessa bakterier uppvisar olika stav- eller kockobacillära/kockoida former i gramfärgade preparat.


Nedan beskrivs kliniken för några av de mest kliniskt relevanta arterna

  • Genus Corynebacterium utgörs av mer än 80 olika bakteriearter, av vilka flera förekommer i hudens normalflora. Artidentifikation är vanligen svår och sällan kliniskt motiverad. De ses ofta som kontamination. Det är nödvändigt med upprepade fynd för att säkerställa relevans. Vissa arter har dock stor klinisk betydelse, och fynden motiverar då att åtgärder vidtas för artidentifikation. Hit räknas
    • Corynebacterium jeikeium (f.d. C. JK) ses oftast vid infektioner hos sjukhusvårdade patienter som under lång tid behandlats med bredspektrumantibiotika. Bakterien är ofta antibiotikaresistent. Den kan ge sårinfektion, endokardit, septikemi och "främmande kroppsinfektioner".
    • Corynebacterium urealyticum (tidigare C. D2). Vid urinvägsinfektion med denna bakterie ses ibland ärtsoppsliknande illaluktande urin. Stenbildning är vanlig p.g.a. bakteriens ureasproduktion. Även sårinfektion, peritonit, och septikemi förekommer. Bakterien är ofta antibiotikaresistent.
    • Corynebacterium diphtheriae: se Corynebacterium diphtheriae/C. ulcerans
    • Corynebacterium psedotuberculosis: se Corynebacterium diphtheriae/C. ulcerans
    • Corynebacterium ulcerans: se Corynebacterium diphtheriae/C. ulcerans
  • Till andra bakterier inom genus Corynebacterium som förekommer i kliniska prover finns ett antal arter som kan komma i fråga för artbestämning. Hit hör C. amycolatum som hör till normal human hudflora. Bakterierna är det vanligaste fyndet av difteroid stav i kliniska prover. De är ofta multiresistenta. Andra vanliga koryneforma bakterier är C. macginley och C. striatum. C. glucuronolyticum hör till mannens uro-genitalflora. Kan ge bakteriemi. C. kroppenstedtii är ett ovaligt fynd, men har isolerats bland annat från sputumprov, i lungbiopsier och bröstabscesser. C. pseudodiphtheriticum hör till normal svalgflora. Väldokumenterad orsak till pneumonier.
  • Bland övriga genus/arter inom gruppen kan särskilt nämnas
    • Leifsonia aquatica (tidigare C. aquaticum) räknas som en vattenorganism. Ett fåtal fall med humana infektioner finns beskrivna och inkluderar bakteriemi, endokardit, meningit, CAPD-peritonit och cellulit efter skada med högtryckstvätt.
    • Rothia dentocariosa är en grampositiv stav nära besläktad med aktinomyceterna. Den förekommer i övre luftvägarna. De har beskrivits vid endokardit, bakteriemi och luftvägsinfektioner. R. mucilaginosa (tidigare Stomatococcus) är ofta kockoid. Den har associerats med fall av bakteriemi, endokardit, endoftalmit, infektioner utgående från CVK, pneumoni, och cervikal nekrotiserande fasciit.
    • Till human hudflora hör också genus Arthrobacter, Brevibacterium, Dermabacter. Till bakterier med okänt ursprung eller som miljöbakterier räknas exempelvis genus Exiguobacterium, Oerskovia, Cellulomonas. De kan förekomma i olika infektioner hos människa i olika organsystem. Microbacterium skiljer sig från övriga bakterier i gruppen genom att de flesta isolaten är gulpigmenterade.
    • Genus Arcanobacterium, se Arcanobacterium haemolyticum. Observera att bakterierna är katalasnegativa
    • Genus Gardnerella, se Bakteriell vaginos. Observera att bakterierna är katalasnegativa.

Aeroba aktinomyceter

Gruppen omfattar 16 olika bakteriegenus som tidigare ansågs närbesläktade med de anaeroba bakterierna inom Actinomyces, men som numera sammanförs i en egen heterogen grupp av aeroba grampositiva och katalaspositiva stavar, många förgrenade. Kolonimorfologin är ofta distinkt och kan uppvisa olika typer av luftmycel. Till gruppen hör genus Actinomadura, Amycolata/Amycolatopsis, Dermatophilus, Dietzia, Gordonia, Nocardia, Nocardiopsis, Pseudonocardia, Rhodococcus, Saccharomonospora, Saccharopolyspora, Segniliparus, Streptomyces, Thermoactinomycetes, Tsukamurella och Williamsia. Flera av dessa genus innefattar ett större eller mindre antal enskilda arter, i många fall är deras etiologiska roll vid humana infektioner oklar. Actinomadura och Streptomyces har identifierats som etiologiska agens vid mycetom.

  • Nedan beskrivs ett antal genus/arter som kan sägas vara särskilt viktiga.
    • Genus Nocardia: Nocardia species är grampositiva, "förgrenade" stavar som finns i jord och vatten. De kan ge opportunistiska infektioner (N. asteroides och N. brasiliensis), särskilt hos individer med nedsatt immunförsvar, vanligen utgående från luftvägarna. Vanligaste orsak till traumarelaterade mycetom. Se också Nocardia.
    • Rhodococcus equi är en grampositiv stav som uppvisar släktskap med både korynebakterier och mykobakterier. Den förekommer i jord och växter. R. equi har låg sjukdomsframkallande förmåga och orsakar infektioner (hudinfektion, pneumoni och septikemi) nästan uteslutande hos individer med nedsatt immunförsvar.


Se också

Provtagning och transport

Provtagningen görs enligt angivna principer för respektive provtyp.

Laboratoriediagnostik

Allmänt

Koryneforma bakterier bör identifieras till artnivå i de fall de isoleras i prov från normalt sterila områden som blod, leder etc. Detta gäller inte om endast en enda flaska av flera blivit positiv, då fynden sannolikt utgör förorening. Bakterierna primäridentifieras i relevanta situationer med typisk kolonimorfologi, utseende i gramfärgning och katalastest. Fenotypiska testbatterier som förtjänar att vara referensmetodik saknas ofta, men kommersiella brickor är ofta tillräckligt bra för artdiagnostik med specificitet upp mot 90 %. De föreslår dessutom ofta additiva tester för ytterligare verifiering. Maldi-Tof är sannolikt användbar i flera fall för artdiagnostik, men tillräcklig erfarenhet saknas ännu för entydig rekommendation av metoden som enda diagnostisk metod. Sekvensering av 16S rRNA är användbar metodik.


Diagnostiken av aeroba aktinomyceter är komplicerad på grund av den utomordentligt stora variationen i koloni- och cellmorfologi både mellan-och inom arter. Artmångfalden är också mycket stor. Nocardia kan som regel fenotypas till genusnivå med tillgänglig fenotypisk metodik, men för säker artdiagnostik krävs ofta molekylärbiologisk sekvensering. Maldi-Tof anses tills vidare erfarenhet nås preliminärt vara tillräckligt specifik för att med säkerhet kunna ange ett antal arter. Molekylärbiologiska metoder är fortfarande enda metoder för definitiv diagnos, vilket gäller såväl Nocardia som Rhodococcus.

Koryneforma bakterier

Difteri

Diagnostiken av C. diphtheriae, C. psedotuberculosis, och C. ulcerans beskrivs i artikeln Corynebacterium diphtheriae/C. ulcerans

Övriga koryneforma bakterier

  • Corynebacterium species växer på fasta standardsubstrat som blod-och hematin-agar med katalaspositiva vita, grå-eller gulaktiga kolonier som ofta är torra. Glansiga eller mukoida kolonityper förekommer också. Vissa kolonier adhererar till agarn. Ofta svag växt på CLED-agar. Bakterierna växer i blododlingsflaskor, men vissa arter, som Corynebacterium jeikeium, växer långsamt och kan ibland producera endast små mängder CO2, vilket gör att de kan undgå upptäckt om inte subkultivering från flaska görs.
  • Gramfärgning av kolonimaterial ger besked om genustillhörighet eftersom Corynebacterium har sin typiska morfologi som saknas bland övriga genus i gruppen. Bakteriecellerna tenderar att i ligga i V-formationer och palissader.
  • C. jeikeium: Växer enbart aerobt med små gråvita kolonier. Diagnosen kan verifieras med API Coryne med tilläggstester eller annan kommersiell metod.
  • C. urealyticum Minimikriterier: långsamväxande, små (pinpoint) glansiga kolonier på blodagar. Korta grampositiva stavar, snabbt ureaspositiv. Oftast multipelt antibiotikaresistent. Diagnosen kan vid tveksamhet verifieras med API Coryne eller annan kommersiell metod.
  • C. amycolatum Diagnosen kan verifieras med API Coryne eller annan kommersiell metod.
  • Leifsonia aquatica: Kolonier blir gulfärgade vid förlängd inkubering 3-4 dagar. Kan vara vankomycinresistent. Diagnosen kan verifieras med API Coryne eller annan kommersiell metod.
  • Rothia dentocariosa: Vita, ibland grå-svarta ”ekerhjul”-formade kolonier. Ofta bättre växt i CO2. Diagnosen kan verifieras med API Coryne eller annan kommersiell metod.

Aeroba aktinomyceter

  • Direktmikroskopi: Kan göras på sputum och aspirat från olika organsystem. I gramfärgade preparat syns grampositiva stavar eller kockoida former med eller utan olika grad av förgreningar. Granula kan förekomma som vid aktinomykos.
  • Aeroba aktinomyceter växer på standardsubstrat som blod-och hematinagar i luft. Om misstanke föreligger vid odlingstillfället (klinisk misstanke eller som följd av fynd vid direktmikroskopi) kan Saboraud-agar utan antibiotika och BCYE-agar också användas. Förlängd inkubering upp till 10 dygn rekommenderas. BCYE inkuberas i 30 och 35 C i luft. Baktierna växer bra i blododling, förlängd inkubering 10 dygn rekommenderas.
  • Primäridentifiering: Kolonimorfologi varierar mellan och inom arter. Vissa producerar gult eller orange pigment och vid förlängd inkubering luftmycel som kan vara puderaktigt eller sammetsliknande.
  • Gramfärgning: Nocardia uppvisar tunna förgrenade filament. Rhodococcus uppvisar kocko-bacillära former.
  • Nocardia (N. asteroides och N. brasiliensis): se Nocardia
  • Streptomyces: Producerar liksom Nocardia luftmycel.


Se också artikeln Maldi-Tof

Referensstammar

  • Corynebacterium jeikeium CCUG 60381
  • Corynebacterium urealyticum CCUG 45302
  • Leifsonia aquatica CCUG 32739
  • Rothia dentocariosa CCUG 50219
  • Gardnerella vaginalis: CCUG 60143 A
  • Rhodococcus equi CCUG 54412

Svarsrutiner

Isolat från normalt sterila lokaler identifieras och svaras ut. Fynd av koryneforma bakterier i enstaka blododlingsflaska av flera anses vara provtagningsförorening. Fynd av toxinbildande Corynebacterium diphtheriae, C. ulcerans eller C. pseudotuberculosis skall alltid svaras ut.

Eftersom dessa bakterier kan återfinnas i normalfloran svaras de i övriga fall ut enbart om de återfinns i renkultur eller som dominerande växt.

Eftersom aeroba aktinomyceter finns i miljön är enstaka odlingsfynd, som ofta är tecken på förorening, svåra eller omöjliga tolka. Isolatens roll som etiologiska agens stärks radikalt om misstänkta aktinomyceter påvisats i direktmikroskopi av patientprovet.


Laboratorieanmälan

Fynd av toxinbildande Corynebacterium diphtheriae, C. ulcerans eller C. pseudotuberculosis anmäls som difteri enligt gällande falldefinitionen. Fynd av andra bakterier i den här beskrivna gruppen är inte anmälningspliktiga.

Referensfunktioner

Ej utsedda

Författare och faktagranskare

  • Magnus Thore, SMI
  • Berndt Claesson, Skövde, faktagranskare

REFERENSER

  • Lowry, T.R., Brennan, J.A. Stomatococcus mucilaginosis infection leading to early cervical necrotizing fasciitis. 2005. Otolaryngol Head Neck Surg. 2005;132:658-660.
  • Stevenson, L., et al. Abstr. 109th Gen Meet Am Soc Microbiol 2009, abstr C-126 (Maldi aktino)
  • Funke, G., och Bernard, K.A. Coryneform gram-positive rods. In Man Clin Microbiol Eds: Versalovic and others, ASM. 2011; Chapter 26
  • Conville, P.S., och Witebsky, F.G. Nocardia, Rhodococcus, Gordonia, Actinomadura, Streptomyces, and other aerobic actinomycetes. In Man Clin Microbiol Eds: Versalovic and others, ASM. 2011; Chapter 27
Hämtad från "http://referensmetodik.folkhalsomyndigheten.se/index.php?title=Diagnostik_av_aeroba_grampositiva,_katalaspositiva_stavar&oldid=12746"