Skillnad mellan versioner av "Calicivirus-Laboratoriediagnostik"

Nuvarande version från 13 januari 2014 kl. 13.02

Till huvudartikeln Calicivirus

Se också bilagan

RT-PCR för detektion av Norwalk-liknande humant calicivirus

Laboratoriediagnostik av calicivirus[redigera]

Allmänt[redigera]

Calicivirus diagnostiseras rutinmässigt med molekylärbiologiska metoder (PCR). Elektronmikroskopi används fortfarande vid Folkhälsomyndigheten för att påvisa medlemmar i calicivirusfamiljen som med den tekniken kan särskiljas morfologiskt. För epidemiologiska utredningar används PCR och sekvensering.

Referensmetodik[redigera]

PCR för påvisande av calicivirus används rutinmässigt vid de flesta svenska mikrobiologiska laboratorier ( Bilaga 4.2 ). Primers som identifierar norovirus tillhörande genogrupp I och II används. PCR för sapovirus finns också etablerad och används av flera av de större laboratorierna. Primers är riktade mot konserverade delar av polymerasgenen. Känsligheten för PCR är högre än elektronmikroskopi som var den tidigare referensmetodiken, men den genetiska variationen inom calicivirusfamiljen resulterar i att alla calicivirusisolat inte för närvarande kan påvisas med PCR.

Utsvaras: Norovirus (eller sapovirus) påvisade/ej påvisade med PCR.

Alternativ laboratoriediagnostik[redigera]

Antigen-tester[redigera]

Metoder för påvisande av norovirus finns etablerade men används sparsamt i Sverige. Försök utomlands har visat på stora immunologiska skillnader hos olika norovirus vilket försvårat etablering av en ELISA-test. Ett flertal antigenpåvisningsmetoder är under utprövning och kan komma att utgöra ett värdefullt komplement till PCR.

Serologi[redigera]

Rekombinant framställda calicivirusproteiner finns kommersiellt tillgängliga för användning i serologiska test för påvisande av antikroppar. I Sverige utförs ingen serologi för närvarande.

Elektronmikroskopi[redigera]

EM-metodens känslighet är cirka $10^{6}$ viruspartiklar/mL fecessuspension. Metoden utförs vid Folkhälsomyndigheten och är ett komplement till PCR-diagnostik. Används huvudsakligen för att identifiera nya typer av virus som kan ha undgått detektion med annan metodik.

Kvalitetskontroll[redigera]

Kvalitetskontroll sker med nationella och internationella laboratoriejämförelser. Externa kvalitetspanaler finns via EQUALIS och QCMD.

Laboratorierapportering[redigera]

Calicivirusinfektioner är ej anmälningspliktiga enligt smittskyddslagen. Frivillig veckorapportering till Folkhälsomyndigheten.

@@ Rad 5: / Rad 5: @@
 ----
-== Laboratoriediagnostik av Calicivirus ==
+== Laboratoriediagnostik av calicivirus ==
 === Allmänt ===
-Calicivirus diagnostiseras rutinmässigt med EM eller PCR. Elektronmikroskopi används vid SMI för att påvisa medlemmar i calicivirusfamiljen och Norwalk-liknande och Sapporo-liknande virus kan särskiljas morfologiskt. För epidemiologiska utredningar används PCR och sekvensering.
+Calicivirus diagnostiseras rutinmässigt med molekylärbiologiska metoder (PCR). Elektronmikroskopi används fortfarande vid Folkhälsomyndigheten för att påvisa medlemmar i calicivirusfamiljen som med den tekniken kan särskiljas morfologiskt. För epidemiologiska utredningar används PCR och sekvensering.
 === Referensmetodik ===
-EM är referensmetod. Då calicivirus är genetiskt mycket heterogent kan PCR ej ännu anses ha status som referensmetod. EM-metodens känslighet är cirka 10e6 viruspartiklar /mL fecessuspension. Utsvaras: Med EM påvisas/påvisas ej Norwalk-liknande eller Sapporo-liknande calicivirus.
+PCR för påvisande av calicivirus används rutinmässigt vid de flesta svenska mikrobiologiska laboratorier ( [[RT-PCR för detektion av Norwalk-liknande humant calicivirus|Bilaga 4.2]] ). Primers som identifierar norovirus tillhörande genogrupp I och II används. PCR för sapovirus finns också etablerad och används av flera av de större laboratorierna.  Primers är riktade mot konserverade delar av polymerasgenen. Känsligheten för PCR är högre än elektronmikroskopi som var den tidigare referensmetodiken, men den genetiska variationen inom calicivirusfamiljen resulterar i att alla calicivirusisolat inte för närvarande kan påvisas med PCR.
+Utsvaras: Norovirus (eller sapovirus) påvisade/ej påvisade med PCR.
 == Alternativ laboratoriediagnostik ==
+=== Antigen-tester===
-=== PCR ===
+Metoder för påvisande av norovirus finns etablerade men används sparsamt i Sverige. Försök utomlands har visat på stora immunologiska skillnader hos olika norovirus vilket försvårat etablering av en ELISA-test. Ett flertal antigenpåvisningsmetoder är under utprövning och kan komma att utgöra ett värdefullt komplement till PCR.
-PCR används också rutinmässigt vid flera svenska diagnostiska laboratorier ( [[RT-PCR för detektion av Norwalk-liknande humant calicivirus|Bilaga 4.2]] ). Primers som identifierar Norwalk-liknande calicivirus tillhörande genogrupp 1 och 2 används. PCR för Sapporo-liknande calicivirus finns etablerad men används för närvarande ej i diagnostiska sammanhang. Primers är riktade mot konserverade delar av polymerasgenen. Känsligheten för PCR är högre än EM, men den genetiska variationen inom calicivirusfamiljen resulterar i att alla calicivirusisolat inte för närvarande kan påvisas med PCR.
-Utsvaras: Calicivirus PCR positiv/negativ.
-=== Antigen-ELISA ===
-Metod finns ej etablerad i Sverige. Försök utomlands har visat på stora immunologiska skillnader mellan medlemmarna i calicivirusgruppen vilket försvårat etablering av en ELISA-test för påvisande av flertalet calicivirus. Ett flertal antigen påvisningsmetoder med ELISA är under utprövning och skulle utgöra ett värdefullt komplement till PCR/EM.
 === Serologi ===
-Rekombinant framställda calicivirusproteiner finns producerade i USA för användning i serologiska test. I Sverige utförs ingen serologi  för närvarande.
+Rekombinant framställda calicivirusproteiner finns kommersiellt tillgängliga för användning i serologiska test för påvisande av antikroppar. I Sverige utförs ingen serologi för närvarande.
-=== Kvalitetskontroll ===
-Kvalitetskontroll sker med nationella och internationella laboratoriejämförelser. Externa kvalitetspanaler finns ej att tillgå.
+=== Elektronmikroskopi ===
+EM-metodens känslighet är cirka <math>10^6</math> viruspartiklar/mL fecessuspension. Metoden utförs vid Folkhälsomyndigheten och är ett komplement till PCR-diagnostik. Används huvudsakligen för att identifiera nya typer av virus som kan ha undgått detektion med annan metodik.
-== Svarsrutin ==
+== Kvalitetskontroll ==
-Se ovan.
+Kvalitetskontroll sker med nationella och internationella laboratoriejämförelser. Externa kvalitetspanaler finns via EQUALIS och QCMD.
 == Laboratorierapportering ==
-Calicivirusinfektioner är ej anmälningspliktiga enligt smittskyddslagen.
+Calicivirusinfektioner är ej anmälningspliktiga enligt smittskyddslagen. Frivillig veckorapportering till Folkhälsomyndigheten.
 [[Kategori:Laboratoriediagnostik-Infektioner i mage och tarm]]