Skillnad mellan versioner av "Mycoplasma genitalium-laboratoriediagnostik"
MagnusT (diskussion | bidrag) |
|||
| Rad 6: | Rad 6: | ||
| − | + | == ''Mycoplasma genitalium'' == | |
| − | Allmänt | + | |
| + | |||
| + | === Allmänt === | ||
| + | |||
Endast nukleinsyrabaserade metoder finns tillgängliga för rutindiagnostiken av ''M. genitalium''. Idag finns inte tillgång till kommersiella kit, varför några väl utprovade molekylärbiologiska metoder redovisas. Odling används enbart för forskningsändamål. Serologiska metoder finns ännu inte allmänt tillgängliga. | Endast nukleinsyrabaserade metoder finns tillgängliga för rutindiagnostiken av ''M. genitalium''. Idag finns inte tillgång till kommersiella kit, varför några väl utprovade molekylärbiologiska metoder redovisas. Odling används enbart för forskningsändamål. Serologiska metoder finns ännu inte allmänt tillgängliga. | ||
| − | Referensmetodik | + | |
| + | === Referensmetodik === | ||
| + | |||
Metodik som är tillräckligt standardiserad för att förtjäna beteckningen referensmetodik finns ännu ej definierad. | Metodik som är tillräckligt standardiserad för att förtjäna beteckningen referensmetodik finns ännu ej definierad. | ||
| − | Alternativa diagnostiska metoder | + | |
| − | Odling | + | === Alternativa diagnostiska metoder === |
| + | |||
| + | |||
| + | ==== Odling ==== | ||
| + | |||
Odling kan utföras med initial odling på veroceller och därefter på fast odlingsmedium men är inte aktuell för rutindiagnostik. Generationstiden är extremt lång vilket innebär att en odling kan ta flera månader. | Odling kan utföras med initial odling på veroceller och därefter på fast odlingsmedium men är inte aktuell för rutindiagnostik. Generationstiden är extremt lång vilket innebär att en odling kan ta flera månader. | ||
| − | Nukleinsyrapåvisning | + | |
| + | ==== Nukleinsyrapåvisning ==== | ||
| + | |||
Den första PCR-metoden för detektion av Mycoplasma genitalium beskrevs 1991. Denna detekterar sekvenser i adhesionsgenen MgPa. Det finns områden i MgPa som är variabla men MgPa1 och MgPa3 som används som primers i denna PCR har visat sig ligga i konserverade sekvenser. Hög känslighet och specificitet har även en 16S-baserad PCR med primers MG16-45F och MG16-447R. Flera realtids-PCR för detektion av Mycoplasma genitalium har publicerats. Den metod som flera laboratorier i Sverige använder är en Taqman PCR med primers och probe för MgPa-genen. Metoden är något känsligare än de traditionella metoderna ovan . | Den första PCR-metoden för detektion av Mycoplasma genitalium beskrevs 1991. Denna detekterar sekvenser i adhesionsgenen MgPa. Det finns områden i MgPa som är variabla men MgPa1 och MgPa3 som används som primers i denna PCR har visat sig ligga i konserverade sekvenser. Hög känslighet och specificitet har även en 16S-baserad PCR med primers MG16-45F och MG16-447R. Flera realtids-PCR för detektion av Mycoplasma genitalium har publicerats. Den metod som flera laboratorier i Sverige använder är en Taqman PCR med primers och probe för MgPa-genen. Metoden är något känsligare än de traditionella metoderna ovan . | ||
Vid Seruminstitutet i Köpenhamn, liksom i Falun fram till 2007 används den 16S-baserade PCR-metoden för en första analys av alla kliniska prover. Positiva prover verifieras sedan med med MgPa1 och MgPa3 | Vid Seruminstitutet i Köpenhamn, liksom i Falun fram till 2007 används den 16S-baserade PCR-metoden för en första analys av alla kliniska prover. Positiva prover verifieras sedan med med MgPa1 och MgPa3 | ||
| Rad 23: | Rad 34: | ||
Som för alla PCR-metoder är DNA-extraktionen en väsentlig del av analysen för att få optimal känslighet. Därför måste urinen koncentreras före extraktion. För extraktion i robot, exempelvis Magna Pure, centrifugeras 2 mL urin. Supernatanten sugs av men ca 300 liter av urinen lämnas kvar i röret. Pelleten slammas upp i kvarvarande urin och provet hanteras sedan enligt anvisning. Urinprover har visat sig känsliga för frysning och PCR-påvisning kan bli falskt negativ efter frysning. För en närmare beskrivning av PCR-metodiken, se Bilaga 3. | Som för alla PCR-metoder är DNA-extraktionen en väsentlig del av analysen för att få optimal känslighet. Därför måste urinen koncentreras före extraktion. För extraktion i robot, exempelvis Magna Pure, centrifugeras 2 mL urin. Supernatanten sugs av men ca 300 liter av urinen lämnas kvar i röret. Pelleten slammas upp i kvarvarande urin och provet hanteras sedan enligt anvisning. Urinprover har visat sig känsliga för frysning och PCR-påvisning kan bli falskt negativ efter frysning. För en närmare beskrivning av PCR-metodiken, se Bilaga 3. | ||
| − | Serologi | + | |
| + | ==== Serologi ==== | ||
| + | |||
Kommersiell serologi finns idag inte tillgänglig. Serologi för Mycoplasma genitalium är svår på grund av korsreaktion med Mycoplasma pneumoniae. Serologi med Triton X-114 extraherat lipidassocierat membranprotein (LAMP) har dock visats inte korsreagera med Mycoplasma pneumoniae. En in-house ELISA med detta antigen har utvecklats i Örebro. | Kommersiell serologi finns idag inte tillgänglig. Serologi för Mycoplasma genitalium är svår på grund av korsreaktion med Mycoplasma pneumoniae. Serologi med Triton X-114 extraherat lipidassocierat membranprotein (LAMP) har dock visats inte korsreagera med Mycoplasma pneumoniae. En in-house ELISA med detta antigen har utvecklats i Örebro. | ||
| − | Resistensbestämning | + | |
| + | === Resistensbestämning === | ||
| + | |||
Resistensbestämning för framförallt azitromycin har utförts i enstaka forskningsprojekt på Statens Serum Institut i Köpenhamn. | Resistensbestämning för framförallt azitromycin har utförts i enstaka forskningsprojekt på Statens Serum Institut i Köpenhamn. | ||
| − | Epidemiologisk typning | + | |
| + | === Epidemiologisk typning === | ||
| + | |||
DNA-sekvenseringsbaserat typningssystem har utvecklats för forksningsändamål. | DNA-sekvenseringsbaserat typningssystem har utvecklats för forksningsändamål. | ||
| − | Kvalitetskontroll | + | |
| + | === Kvalitetskontroll === | ||
| + | |||
Inga kommersiella externa ”quality assurance” (EQA) program finns tillgängliga. Laboratorierna bör därför tills sådana program blir tillgängliga upprätta scheman för flerlabsjämförelser. | Inga kommersiella externa ”quality assurance” (EQA) program finns tillgängliga. Laboratorierna bör därför tills sådana program blir tillgängliga upprätta scheman för flerlabsjämförelser. | ||
| − | Laboratorierapportering | + | |
| − | M. genitalium är inte anmälningspliktig. | + | == Laboratorierapportering == |
| + | |||
| + | ''M. genitalium'' är inte anmälningspliktig. | ||
== REFERENSER == | == REFERENSER == | ||
| Rad 46: | Rad 67: | ||
4. Jurstrand M, Jensen JS, Magnusson A et al. A serological study of the role of Mycoplasma genitalium in pelvic inflammatory disease and ectopic pregnancy. Sex Transm Inf 2007;83:319-323 | 4. Jurstrand M, Jensen JS, Magnusson A et al. A serological study of the role of Mycoplasma genitalium in pelvic inflammatory disease and ectopic pregnancy. Sex Transm Inf 2007;83:319-323 | ||
| − | [[Kategori:Laboratoriediagnostik]] | + | [[Kategori:Laboratoriediagnostik-STI]] |
Versionen från 23 juli 2009 kl. 10.51
Huvudartikel: Mycoplasma genitalium
Se även PCR-påvisning av Mycoplasma genitalium-bilaga3
Mycoplasma genitalium
Allmänt
Endast nukleinsyrabaserade metoder finns tillgängliga för rutindiagnostiken av M. genitalium. Idag finns inte tillgång till kommersiella kit, varför några väl utprovade molekylärbiologiska metoder redovisas. Odling används enbart för forskningsändamål. Serologiska metoder finns ännu inte allmänt tillgängliga.
Referensmetodik
Metodik som är tillräckligt standardiserad för att förtjäna beteckningen referensmetodik finns ännu ej definierad.
Alternativa diagnostiska metoder
Odling
Odling kan utföras med initial odling på veroceller och därefter på fast odlingsmedium men är inte aktuell för rutindiagnostik. Generationstiden är extremt lång vilket innebär att en odling kan ta flera månader.
Nukleinsyrapåvisning
Den första PCR-metoden för detektion av Mycoplasma genitalium beskrevs 1991. Denna detekterar sekvenser i adhesionsgenen MgPa. Det finns områden i MgPa som är variabla men MgPa1 och MgPa3 som används som primers i denna PCR har visat sig ligga i konserverade sekvenser. Hög känslighet och specificitet har även en 16S-baserad PCR med primers MG16-45F och MG16-447R. Flera realtids-PCR för detektion av Mycoplasma genitalium har publicerats. Den metod som flera laboratorier i Sverige använder är en Taqman PCR med primers och probe för MgPa-genen. Metoden är något känsligare än de traditionella metoderna ovan . Vid Seruminstitutet i Köpenhamn, liksom i Falun fram till 2007 används den 16S-baserade PCR-metoden för en första analys av alla kliniska prover. Positiva prover verifieras sedan med med MgPa1 och MgPa3
Som för alla PCR-metoder är DNA-extraktionen en väsentlig del av analysen för att få optimal känslighet. Därför måste urinen koncentreras före extraktion. För extraktion i robot, exempelvis Magna Pure, centrifugeras 2 mL urin. Supernatanten sugs av men ca 300 liter av urinen lämnas kvar i röret. Pelleten slammas upp i kvarvarande urin och provet hanteras sedan enligt anvisning. Urinprover har visat sig känsliga för frysning och PCR-påvisning kan bli falskt negativ efter frysning. För en närmare beskrivning av PCR-metodiken, se Bilaga 3.
Serologi
Kommersiell serologi finns idag inte tillgänglig. Serologi för Mycoplasma genitalium är svår på grund av korsreaktion med Mycoplasma pneumoniae. Serologi med Triton X-114 extraherat lipidassocierat membranprotein (LAMP) har dock visats inte korsreagera med Mycoplasma pneumoniae. En in-house ELISA med detta antigen har utvecklats i Örebro.
Resistensbestämning
Resistensbestämning för framförallt azitromycin har utförts i enstaka forskningsprojekt på Statens Serum Institut i Köpenhamn.
Epidemiologisk typning
DNA-sekvenseringsbaserat typningssystem har utvecklats för forksningsändamål.
Kvalitetskontroll
Inga kommersiella externa ”quality assurance” (EQA) program finns tillgängliga. Laboratorierna bör därför tills sådana program blir tillgängliga upprätta scheman för flerlabsjämförelser.
Laboratorierapportering
M. genitalium är inte anmälningspliktig.
REFERENSER
1. Jensen JS, Uldum SA, SØndergård-Andersen J et al. Polymerase chain reaction for detection of Mycoplasma genitalium in clinical samples. J Clin Microbiol 1991;29:46-50
2. Jensen JS, Borre MB, Dohn B. Detection of Mycoplasma genitalium by PCR Amplification of the 16S rRNA Gene. J Clin Microbiol 2003;41:261-266
3. Jensen JS, Björnelius E, Dohn B et al. Use of Taqman 5´ nuclease real-time PCR for quantitative detection of Mycoplasma genitalium DNA in males with and without urethritis who were attendees at a sexually transmitted disease clinic. J Clin Microbiol 2004;42:683-692
4. Jurstrand M, Jensen JS, Magnusson A et al. A serological study of the role of Mycoplasma genitalium in pelvic inflammatory disease and ectopic pregnancy. Sex Transm Inf 2007;83:319-323