Diagnostik av grampositiva katalaspositiva kocker

Artikel sammanställd av information från olika artiklar i denna referensmetodik februari 2013.

---

Diagnostik av grampositiva katalaspositiva kocker

Allmänt

Till katalaspositiva grampositiva kocker räknas familjerna Staphylococcaceae (genus Staphylococccus, och de ej humanpatogena genera Jeotgalicoccus, Macrococcus, Salinicoccus och Nosocomiicoccus), Micrococcaceae (genera Micrococcus, Arthrobacter, Kocuria och de ej humanpatogena genera Nesterenkonia, Acaricomes, Citricicoccus, Renibacterium, och Zhihengliuella), Dermacoccaceae (genera Dermacoccus, Demetria, Kytococcus, och de ej humanpatogena genera Luteipulveratus och Yimella) och Carnobacteriaceae (genus Alloiococcus otitis), Planococcaceae (ej humanpatogena genus Planococcus (hör bland annat till räkornas normalflora)).

Grampositiva katalaspositiva kocker kan av praktiska skäl i rutindiagnostiken klassificeras som koagulaspositiva-eller koagulasnegativa stafylokocker. Artbestämning är i många fall aktuell.

Smittämnen

Stafylokocker

Staphylococcus species förekommer i hudens normalflora. Bland katalaspositiva grampositiva kocker är stafylokocker de i särklass mest intressanta ur klinisk synvinkel.

• Koagulaspositiva stafylokocker
  • Staphylococcus aureus är en vanlig orsak till abscesser, impetigo och sårinfektioner. S. aureus kan även förekomma i urinodling hos kateteriserade patienter eller som tecken på en embolisering till urinvägarna. Andra manifestationer är osteomyelit, artrit, empyem, septikemi, meningit, endokardit och toxic shock syndrome. Toxinutlöst matförgiftning förekommer. Se för detaljerad information Staphylococcus aureus
  • MRSA (meticillinresistent S. aureus) är resistent mot alla betalaktamantibiotika och ibland även mot andra antibiotika. Den utgör därigenom ett nosokomialt problem. Se för detaljerad information MRSA
  • Staphylococcus intermedius är en beteckning på en grupp om tre arter (S. intermedius, S. pseudintermedius och S. delphini, klustrerna A och B). Infektioner med dessa species förekommer bland djur, bland annat hästar, hundar, katter och fåglar. Infektioner hos människa är ovanliga. Meticillinresistens förekommer men är ännu sällsynt.
  • Staphylococcus lutrae är en art som först beskrivits som patogen för uttrar. Sannolikt ej humanpatogen.
  • Staphylococcus schleiferi subsp coagulans är fenotypiskt närstående S. intermedius-komplexet, men genotypiskt närmare S. schleiferi. Isolerad ursprungligen från hund, men tycks i sällsynta fall kunna ge infektion hos människa som bakteriemi och sårinfektioner. Meticillinresistenta varianter har rapporterats.
• Koagulasnegativa stafylokocker (KNS) är en gruppbeteckning för ett antal bakteriearter (varav ett 40-tal inom genus Staphylococcus) som inte producerar enzymet koagulas, vilket skiljer dem från S. aureus. S. epidermidis är vanligaste species och finns i hudens normalflora. Exempel på andra arter är S. cohnii, S. haemolyticus, S. schleiferi subsp schleiferi, S. pettenkoferi och S. warneri. S hyicus (patogen för hästar, boskap) kan ibland vara koagulaspositiv. Sjukdomsframkallande förmågan är låg men infektioner utgående från främmande kroppar förekommer. Sjukhusstammar är ofta antibiotikaresistenta. Vanliga kontaminanter.
  • Staphylococcus epidermidis är den vanligaste koagulasnegativa stafylokocken i hudens normalflora. Den har låg sjukdomsframkallande förmåga men kan ge infektioner utgående från främmande kroppar. Sjukhusstammar är ofta antibiotikaresistenta. Vanlig kontaminant.
  • Staphylococcus lugdunensis kan ge abscesser, septikemi, endokardit, graft- och protesinfektioner m.m. Infektionerna har ofta ett mer akut förlopp än man väntar sig av koagulasnegativa stafylokocker. Dock ses långdragna svårbehandlade infektioner av typ hidroadenit, paronyki och mastit.
  • Staphylococcus saprophyticus kan ge kraftig akut cystit hos kvinnor främst i fertil ålder. Ofta täta miktioner vilket ger låga bakterietal vid urinodling.

Övriga koagulasnegativa stafylokocker

• Endast ett fåtal arter av gramnegativa katalaspositiva arter som inte hör till genus Staphylococcus har identifierats som orsak till humana infektioner.
  • Micrococcus, Arthrobacter, Kytococcus och Kocuria är grampositiva kocker närmast släkt med koagulasnegativa stafylokocker och inbegrips i gruppbeteckningen KNS. De finns i naturen och i huden hos människor och djur. Låg sjukdomsframkallande förmåga, men har associerats med endokardit, pneumoni och sepsis hos immunsupprimerade patienter.
  • Alloiococcus otitis hör till normal hörselgångsflora och kan möjligen orsaka lokal infektion i öra.

Provtagning och transport

Provtagningen görs enligt angivna principer för respektive provtyp.

Laboratoriediagnostik

Allmänt

Bakterierna som beskrivs i denna artikel växer i 36 C i luft, CO₂ eller anaerobt inom ett dygn på fasta standardsubstrat som blodagar. Ett undantag är S. aureus subsp anaerobius som växer bäst i anaerob miljö med inkubering i två dygn. Referenssubstrat för selektiv isolering av S. aureus är fenol-mannit-agar, men även kromogena substrat kan användas. Sådana substrat finns också tillgängliga för differentierat påvisande av S. saprophyticus. För isolering av A. otitis, en långsamväxande bakterie, rekommenderas selektiv blod-agar med 6,5 % NaCl. I gramfärgade preparat från kolonimaterial framträder bakterierna som grampositiva kocker i kluster eller oregelbundna grupper.

För fenotypisk diagnostik av stafylokocker hänvisas i första hand till artikeln Stafylokocker-minimikriterier vid speciesbestämning. Där beskrivs vissa nyckeltester för identifiering av de kliniskt mest relevanta arterna, men även mer svåridentifierade arter som i första hand är att betrakta som djurpatogener.

Kolonierna är ofta typiska; S. aureus växer på blodagar med krämgula (gräddfärgade) kolonier, ofta med betahemolys. KNS växer typiskt med icke pigmenterade, blanka, vita/gulaktiga kolonier. S. lugdunensis växer med krämiga gräddfärgade kolonier och S. warneri med ockra-tingerad pigmentering.

Kommersiella system som exempelvis API Staph eller VITEK (bioMerieux) har databaser som omfattar ett antal kliniskt relevanta arter inklusive KNS som inte hör till genus Staphylococcus. Träffsäkerheten för dessa och liknande system varierar enligt ASM-manualen 2011 mellan 70-90 %. Maldi-Tof erbjuder omfattande databaser för diagnostik av grampositiva kocker, men publicerat material saknas ännu för att närmare definiera metodikens prestanda. Ett flertal metoder för molekylärbiologiskt påvisande av stafylokocker i kliniska prover finns beskrivna, några också kommersiellt tillgängliga (exempelvis 16S och 23S rRNA, påvisande av nuc-och mec-gener med flera, se MRSA). Instrument för molekylärbiologiskt direktpåvisande av S. aureus/MRSA i kliniska prover tillhandhålls av vissa fabrikanter. Serologi för påvisande av anti-stafylokock-antikroppar brister i specificitet och har därför knappast någon roll för diagnostik av stafylokockinfektioner. Undantag är påvisandet av antikroppsutveckling mot antigen involverade vid TSS och SSSS, men metoder finns inte tillgängliga för rutindiagnostik.

Referensmetodik

• S. aureus, S. intermedius, S. lugdunensis: Se Stafylokocker-minimikriterier vid speciesbestämning
• MRSA: Se MRSA
• Övriga koagulasnegativa bakterier: Se Stafylokocker-minimikriterier vid speciesbestämning
• S. saprophyticus: Se Grampositiva bakterier vid UVI-diagnostik
• Micrococcus/Dermacoccus förväxlas lätt med KNS inom genus Staphylococcus. Kolonierna är ofta gulaktiga, ibland oranga eller rosa-röda, kupiga. Referensmetodik för fenotypisk diagnostik kan inte anges. Kommersiella system kan vara av värde för diagnostiken.
• Alloiococcus växer i luft med små, alfahemolytiska kolonier på blodagar. Ingen anaerob växt. Växer i 6,5 % NaCl. Referensmetodik för fenotypisk diagnostik kan inte anges. Kommersiella system kan vara av värde för diagnostiken. Se också Maldi-Tof

Epidemiologisk typning

• Pulsfältgelelektrofores (PFGE) av meticillinresistenta stafylokocker
• Spa-typning av Staphylococcus aureus och MRSA

Vid fynd i multipla blododlingar av KNS inom genus Staphylococcus kan rutinmässig identitetsprövning av isolaten göras på rutinlaboratorierna för relevansbedömning av fynden. Förslag till metod för detta (ej referensmetod) beskrivs i artikeln (Thore et al 1990)

Referensstammar(under utvärdering februari 2013)

• Staphylococcus aureus ATCC 12600
• Staphylococcus pseudintermedius CCUG 60703
• Staphylococcus lutrae CCUG 52136
• Staphylococcus schleiferi subsp coagulans CCUG 59442
• Staphylococcus hyicus CCUG 46524
• Staphylococcus epidermidis CCUG 61325
• Staphylococcus lugdunensis CCUG 62001
• Staphylococcus saprophyticus CCUG 44991
• Micrococcus terreus CCUG 60247
• Arthrobacter cumminsii CCUG 57490
• Kocuria kristinae CCUG 55878

Svarsrutiner

Fynd av S. aureus/MRSA, S. lugdunensis och S. intermedius-komplexet svaras ut med angivande av art enligt laboratoriets rutiner. Vid fynd av MRSA kompletteras svaret med att bakterien är anmälningspliktig enligt smittskyddslagen.

Eventuella fynd av övriga koagulaspositiva stafylokocker svaras ut med angivande av art. S. saprophyticus besvaras enligt rutiner för utsvarande av urinodlingar, för övriga prov enligt KNS.

KNS inom genus Staphylococcus svaras ut som växt av koagulasnegativa stafylokocker oavsett fyndlokal. Vid enstaka fynd i blododling eller annars steril lokal av KNS kan svaret kompletteras med ”sannolik provförorening”. Fynd av multiresistenta KNS i renkultur i prov från hud- och mjukdelsinfektioner kan med fördel besvarar med angivande art enligt resultat med Maldi-tof. Övriga KNS besvaras om möjligt med genus.

Laboratorieanmälan

Fynd av MRSA är anmälningspliktigt enligt smittskyddslagen. Anmälan görs enligt gällande falldefinition: Meticillinresistenta Staphylococcus aureus (MRSA).Övriga fynd är inte anmälningspliktiga.

Referensfunktioner

Ej utsedda

Författare och faktagranskare

• Magnus Thore, SMI
• Berndt Claesson, Skövde (faktagranskare)

REFERENSER

• Becker, K., et al. Kocuria rhizophila adds to the emerging spectrum of micrococcal species involved in human infections. J Clin Microbiol.2008;46:3537-3539
• Foster, G., Ross, H. M., Hutson, R. A. & Collins, M. D. (1997). Staphylococcus lutrae sp. nov., a new coagulase-positive species isolated from otters. Int J Syst Bacteriol 47, 724–726.
• Igimi, S., et al. Staphylococcus schleiferi subsp coagulans subsp nov., Isolated from the external auditory meatus of dogs with external ear otitis. Int J System Bact 1990;40:409-411
• Bosley, G.S., et al. Characterization of ear fluid isolates of Alloiococcus otitidis from patients with recurrent otitis media. J Clin Microbiol.1995;33:2876-2880.
• Renneberg, J., et al. Evaluation of Staph ID 32 system and Staph-Zym system for identification of coagulase-negative staphylococci. J Clin Microbiol. 1995;33:1150-1153.*Becker, K., von Eiff, C. Staphylococcus, Micrococcus, and other catalase-positive cocci. In Man Clin Microbiol Eds: Versalovic and others, ASM. 2011; Chapter 19
• Thore M, Kühn I, Löfdahl S, Burman LG. Drug-resistant coagulase-negative skin staphylococci. Evaluation of four marker systems and epidemiology in an orthopaedic ward. Epidemiol Infect. 1990 August; 105(1): 95–105.