Skillnad mellan versioner av "Hierarkisk metodstruktur-översikt"

Versionen från 23 oktober 2009 kl. 13.28

Till innehållsförteckningen för Referensmetodik: Urinvägsinfektioner/bakteriuri, 2:a upplagan 2000

Hierarkisk metodstruktur vid laboratoriediagnostik av urinvägsinfektioner

Det externa kvalitetssäkringsprogrammet har tydliggjort att den metodologiska variationen för urinodling är stor trots tidigare harmoniseringsförsök (bilaga 2). Dessutom har decentralisering och kommersialisering en tendens att driva diagnostiken mot snabbare och billigare lösningar vilka emellertid inte alltid är mikrobiologiskt optimala. Specificitetens stora vikt vid låga prevalenser uppmärksammas allt för lite; vid en sensitivitet och specificitet på 90 % blir PVpos 50 % om p=l0 %.

I vissa situationer som ackreditering och offertgivning är det därför av medicinskt intresse att vald ambitionsnivå specificeras så att mikrobiologiskt adekvatare lösningar inte missgynnas på grund av otydlighet.

Med European Urinalysis Guidelines, (2000), som förebild föreslås en hierarkisk struktur omfattande 4 nivåer.

Nivå 4: Definitiv referensnivå

En sådan teknik skall vara grundligt utvärderad och entydigt visats ge sanna och precisa mätvärden/observationer. Förhållanden och tillvägagångssätt skall vara exakt och klart beskrivna samt tillåta karakterisering av referensmaterial.

Definitiva referensmetoder (kan i bland ha status som "gold standard")saknas oftast inom klinisk mikrobiologi.

Nivå 3: Referensmetod/jämförelsemetod

För undersökning av bakteriuri beskrivs istället en kvalificerad jämförelsemetod eller referensmetod av något lägre dignitet. Den skall tillåta utodling av de flesta mikroorganismer som kräver speciella tillväxtbetingelser och ge en för ändamålet acceptabel kvantitativ reproducerbarhet. Isolerade organismer skall kunna identifieras till speciesnivå.

Metoden är p.g.a. merarbete och kostnad inte lämplig som rutinmetod utan endast avsedd för diagnostik i utvalda fall efter individuell bedömning samt som bas för vetenskapliga studier.

Nivå 2: Hög rutinnivå

Denna högsta rutinnivå på mikrobiologiskt laboratorium är en förenklad kvantitativ odling som ansluter sig till jämförelsemetoden genom användning av två substrat och därigenom säker isolering av mikroorganismer som kräver särskilda tillväxtförhållanden. Detta förfarande ger ökad sensitivitet men stärker i synnerhet specificiteten genom att tillåta identifiering av grampositiv flora från genitalia som tecken på provtagningsförorening.

Kvantifieringen är osäkrare än vid nivå 3 eftersom inokulering med ögla tillåts men är säkrare än vid nivå 1. Denna nivå skall tillåta kvantifiering ned till 10e6 CFU/L.

I sin referensversion rekommenderas två dygns inkubering. Härigenom ökas sensitivitet och specificitet ytterligare dels genom att långsamväxare tillåts växa ut dels genom att identifiering av blandflora underlättas. Två dygns odling erbjuder dessutom sekundärgranskning av annan avläsare med möjlighet till korrigeringar, utbildning och harmonisering inom laboratoriet. Inkuberingstiden kan dock anpassas till lokala överenskommelser med remitterande kliniker, typ av prov osv.

Isolerade mikroorganismer skall med 95 % säkerhet kunna identifieras till speciesnivå.

Nivå 2 kan ofta användas för validering av nivå 1 om procedurens svagheter välkända och beaktade.

Nivå 1: Låg rutinnivå eller screening

Metodik på denna nivå är formgiven för isolering av snabbväxande urinvägspatogener. Sensitiviteten försämras något men speciellt kan specificiteten påverkas genom att kontaminerande grampositiv flora från genitalia inte påvisas. Med dipslideteknik kan det p.g.a. den lilla agarytan och det icke selektiva inokuleringsförfarandet även vara svårt att påvisa blandflora av snabbväxande mer.

Kvantifieringen är osäkrare än vid nivå 2 eftersom endast en istället för två inokulatmängder används. Precisionen i det lägre mätområdet måste ifrågasättas vid utodling med ögla och för dipslide torde endast kvantifiering enligt en ordinalskala vara möjlig. Denna nivå skall tillåta kvantifiering ned till 10e7 CFU/L.

Identifiering av mikroorganismer kan variera från den ambitionsnivå av nivå typ som används vid mikrobiologiska laboratorier till enbart screening för E. coli som med dipslide trio.

Nivå 1 kompletteras inte sällan med nivå 2. På det mikrobiologiska laboratoriet kan proven initialt sorteras efter medicinsk remissinformation. På vårdcentral kan dipslide användas för att sortera ut klart positiva och klart negativa varefter resterande prov, vanligen 15-20 %, underkastas utvidgad undersökning

@@ Rad 3: / Rad 3: @@
 ----
-== Förvaring och transport ==
+== Hierarkisk metodstruktur vid laboratoriediagnostik av urinvägsinfektioner==
-Omedelbart efter provtagning ställs provet i kylskåp. Under transporten till laboratoriet bör provet också förvaras i kyla. Kyltransportörer avsedda för detta ändamål finns på marknaden. Prov som förvaras kylt bör omhändertagas och utodlas på laboratoriet inom ett dygn efter provtagning. Prov bör aldrig förvaras i rumstemperatur längre tid än 1 timme före utodling. Prov får ej frysas.
+Det externa kvalitetssäkringsprogrammet har tydliggjort att den metodologiska variationen för urinodling är stor trots tidigare harmoniseringsförsök (bilaga 2). Dessutom har decentralisering och kommersialisering en tendens att driva diagnostiken mot snabbare och billigare lösningar vilka emellertid inte alltid är mikrobiologiskt optimala. Specificitetens stora vikt vid låga prevalenser uppmärksammas  allt för lite; vid en sensitivitet och specificitet på 90 % blir PVpos 50 % om p=l0 %.
+I vissa situationer som ackreditering och offertgivning är det därför av medicinskt intresse att vald ambitionsnivå specificeras så att mikrobiologiskt adekvatare lösningar inte missgynnas på grund av otydlighet.
+Med European Urinalysis Guidelines, (2000), som förebild föreslås en hierarkisk struktur omfattande 4 nivåer.
+=== Nivå 4: Definitiv referensnivå ===
+En sådan teknik skall vara grundligt utvärderad och entydigt visats ge sanna och precisa mätvärden/observationer. Förhållanden och tillvägagångssätt skall vara exakt och klart beskrivna samt tillåta karakterisering av referensmaterial.
+Definitiva referensmetoder (kan i bland ha status som "gold standard")saknas oftast inom klinisk mikrobiologi.
+=== Nivå 3: Referensmetod/jämförelsemetod ===
+För undersökning av bakteriuri beskrivs istället en kvalificerad jämförelsemetod eller referensmetod av något lägre dignitet.
+Den skall tillåta utodling av de flesta mikroorganismer som kräver speciella tillväxtbetingelser och ge en för ändamålet acceptabel kvantitativ reproducerbarhet. Isolerade organismer skall kunna identifieras till speciesnivå.
+Metoden är p.g.a. merarbete och kostnad inte lämplig som rutinmetod utan endast avsedd för diagnostik i utvalda fall efter individuell bedömning samt som bas för vetenskapliga studier.
+=== Nivå 2: Hög rutinnivå ===
+Denna högsta rutinnivå på mikrobiologiskt laboratorium är en förenklad kvantitativ odling som ansluter sig till jämförelsemetoden genom användning av två substrat och därigenom säker isolering av mikroorganismer som kräver särskilda tillväxtförhållanden. Detta förfarande ger ökad sensitivitet men stärker i synnerhet specificiteten genom att tillåta identifiering av grampositiv flora från genitalia som tecken på provtagningsförorening.
-Särskilda provtransportrör, preparerade med konserveringsmedel och avsedda för förvaring av urinprov i rumstemperatur, finns kommersiellt tillgängliga för situationer där tranporten till laboratoriet inte kan ske i kyla. Konserveringsmedlet utgörs vanligen av borsyra (slutkoncentration 1,8%), ibland också andra stabiliserande tillsatser vilka möjliggör såväl mikrobiologiska som kemiska analyser. En relativt sparsam dokumentation och vissa påvisade svagheter (Clarridge 1998), gör att sådana rör inte förbehållslöst kan rekommenderas. Oförändrade bakteriekoncentrationer har dock påvisats i >90 % av kliniska prov förvarade upp till ett dygn i konserverande transportrör, vilket motsvarar förhållandet vid kylförvaring. Detta överensstämmer också med preliminära svenska erfarenheter (Eriksson och Thore). Längre tids förvaring kan ge upphov till betydligt förändrade bakteriekoncentrationer, vilket också är fallet vid förvaring i borsyrepreparerade rör (Guenther och Washington, 1981). Toxisk effekt av konserveringsmedlet har noterats för vissa stammar av bland annat ''Pseudomonas, Alcaligenes'' och ''Enterobacter''. Huruvida rören är användbara för urinprov från antibiotikabehandlade patienter utvärderas för närvarande (Eriksson och Thore).
+Kvantifieringen är osäkrare än vid nivå 3 eftersom inokulering med ögla tillåts men är säkrare än vid nivå 1. Denna nivå skall tillåta kvantifiering ned till 10e6 CFU/L.
-Konserverande transportrör kan med ovan beskrivna förbehåll vara acceptabla alternativ för urinprov som ej kan kyltransporteras. I första hand rekommenderas dock att varje laboratorium granskar och vid behov modifierar aktuella transportkedjor på sjukhusen och i den öppna vården. I de fall konserverande transportrör används måste följande beaktas:
+I sin referensversion rekommenderas två dygns inkubering. Härigenom ökas sensitivitet och specificitet ytterligare dels genom att långsamväxare tillåts växa ut dels genom att identifiering av blandflora underlättas. Två dygns odling erbjuder dessutom sekundärgranskning av annan avläsare med möjlighet till korrigeringar, utbildning och harmonisering inom laboratoriet. Inkuberingstiden kan dock anpassas till lokala överenskommelser med remitterande kliniker, typ av prov osv.
-Rören skall fyllas helt (7-10 mL urin) så att rätt koncentration av borsyra erhålles.
+Isolerade mikroorganismer skall med 95 % säkerhet kunna identifieras till speciesnivå.
-Provet bör vara omhändertaget och utodlat på laboratoriet inom ett dygn från provtagningstillfället.
+Nivå 2 kan ofta användas för validering av nivå 1 om procedurens svagheter välkända och beaktade.
-== REFERENSER ==
+=== Nivå 1: Låg rutinnivå eller screening ===
-*Clarridge JE, Johnson JR, Pezzio MT, Weissfeld AS (Cordinating ed.). Cumitech Laboratory diagnosis of urinary tract infections. 1998, Washington D.C.: America Society for Microbiology.
+Metodik på denna nivå är formgiven för isolering av snabbväxande urinvägspatogener. Sensitiviteten försämras något men speciellt kan specificiteten påverkas genom att kontaminerande grampositiv flora från genitalia inte påvisas. Med dipslideteknik kan det p.g.a. den lilla agarytan och det icke selektiva inokuleringsförfarandet även vara svårt att påvisa blandflora av snabbväxande mer.
-*Eriksson I och Thore M. Västerås, 2000. Opublicerade observationer.
+Kvantifieringen är osäkrare än vid nivå 2 eftersom endast en istället för två inokulatmängder används. Precisionen i det lägre mätområdet måste ifrågasättas vid utodling med ögla och för dipslide torde endast kvantifiering enligt en ordinalskala vara möjlig. Denna nivå skall tillåta kvantifiering ned till 10e7 CFU/L.
-*Guenther KL and Washington JA. Evaluation of the B-D urine culture kit. J C Microbiol. 1981 ;14:628-630.
+Identifiering av mikroorganismer kan variera från den ambitionsnivå av nivå typ som används vid mikrobiologiska laboratorier till enbart screening för ''[[E. coli]]'' som med dipslide trio.
-*Holliday, G., Strike, P. W., et al. . Perineal cleansing and midstream urine specimens i ambulatory women. J Hosp Infect 1991;18(l):71-5.
+Nivå 1 kompletteras inte sällan med nivå 2. På det mikrobiologiska laboratoriet kan proven initialt sorteras efter medicinsk remissinformation. På vårdcentral kan dipslide användas för att sortera ut klart positiva och klart negativa varefter resterande prov, vanligen 15-20 %, underkastas utvidgad undersökning
 [[Kategori:Laboratoriediagnostik-urinvägsinfektioner]]