Skillnad mellan versioner av "Diarréframkallande Escherichia coli-laboratoriediagnostik"
| (13 mellanliggande sidversioner av 2 användare visas inte) | |||
| Rad 1: | Rad 1: | ||
| + | ''Till huvudartikeln [[Diarréframkallande Escherichia coli]]'' | ||
| + | |||
| + | ---- | ||
| + | |||
== Laboratoriediagnostik av diarréframkallande ''Escherichia coli'' == | == Laboratoriediagnostik av diarréframkallande ''Escherichia coli'' == | ||
| Rad 4: | Rad 8: | ||
=== Allmänt === | === Allmänt === | ||
| − | Då selektiva medier för patogena ''E. coli'' saknas och andelen av den totala floran i ett fecesprov ofta är mycket låg ställs speciella krav på diagnostiken, vilken bör innehålla tre steg: 1) screening med en känslighet av en bakterie mot en | + | Då selektiva medier för patogena ''E. coli'' saknas och andelen av den totala floran i ett fecesprov ofta är mycket låg ställs speciella krav på diagnostiken, vilken bör innehålla tre steg: 1) screening med en känslighet av en bakterie mot en bakgrund av minst <math>10^3</math> andra bakterier; 2) isolering och 3) verifiering. Ett alternativ till screening är att för varje prov testa minst 10 kolonier från primärodlingen vilket dock medför en högre detektionsgräns. Diagnostik av patogena ''E. coli'' baseras lämpligast på identifiering av virulensfaktorer eller andra egenskaper specifika för respektive kategori och ej med serologisk O-typning som tidigare var mycket vanlig. O-typning är att betrakta som en epidemiologisk metod men kan ibland komplettera övriga analysresultat som en klonal markör då kunskap om ytterligare virulensegenskaper saknas. Dock kan O-antikroppar bundna till magnetiska kulor användas vid anriknings- och/eller isoleringssteg. |
Undersökning av EAggEC är idag att betrakta som specialdiagnostik för FoU. Därför anges ingen referensmetod i detta avsnitt. | Undersökning av EAggEC är idag att betrakta som specialdiagnostik för FoU. Därför anges ingen referensmetod i detta avsnitt. | ||
| Rad 14: | Rad 18: | ||
==== Referenssubstrat ==== | ==== Referenssubstrat ==== | ||
| − | *MacConkey-agar (MAC, se kapitel 1.1.15), rekommenderas för primärodling av fecesprov. Om analysen omfattar samtliga diarréframkallande ''E. coli'', inklusive EHEC rekommenderas i stället användning av sorbitol-MacConkey (SMAC, se [[Bilaga 1. | + | *MacConkey-agar (MAC, se kapitel 1.1.15), rekommenderas för primärodling av fecesprov. Om analysen omfattar samtliga diarréframkallande ''E. coli'', inklusive EHEC rekommenderas i stället användning av sorbitol-MacConkey (SMAC, se [[Bilaga 1. Bakteriologiska referenssubstrat]]), dock ej CT-SMAC. |
| − | |||
| + | *Buffrat peptonvatten (BPV) används vid preanrikning. [[Bilaga 1. Bakteriologiska referenssubstrat]]. | ||
==== Primär utodling ==== | ==== Primär utodling ==== | ||
| − | Provet stryks på MacConkey-agar (MAC) eller sorbitol-Mac¬Conkey (SMAC) agar. Sekundär- och tertiärstryk görs med ögla. Plattan | + | Provet stryks på MacConkey-agar (MAC) eller sorbitol-Mac¬Conkey (SMAC) agar. Sekundär- och tertiärstryk görs med ögla. Plattan inkuberas över natt vid 36 °C - 38 °C och sparas därefter i kyl. Vid mycket små provmängder eller dålig växt på primärplatta odlas provet i BPV vid 42 °C i 24 tim. Detta material används direkt för PCR-screening, respektive utodling på MAC/SMAC. |
==== PCR-screening ==== | ==== PCR-screening ==== | ||
| − | |||
| − | |||
| + | Målgener enligt tabell 17 påvisas med PCR på primärkultur eller enskilda kolonier. Metodbeskrivning ”Diarréframkallande ''Escherichia coli'' och shigatoxigena ''Enterobacteriaceae'' - påvisning med PCR”, som tillämpas vid Folkhälsomyndigheten bifogas som exempel ([[Bilaga 3. PCR-diagnostik av diarréframkallande E coli och EHEC]]). | ||
==== Isolering från PCR-positiva prov ==== | ==== Isolering från PCR-positiva prov ==== | ||
| Rad 35: | Rad 38: | ||
=== Identifiering och minimikriterier === | === Identifiering och minimikriterier === | ||
| − | PCR-positiva isolat karakteriseras med API 20E. Om biokemin är typisk för ''E. coli'' anses isolatet identifierat som ETEC (eltB/estA) eller EPEC (eae/bfpA). EPEC kan också utgöras av eae-positiva, bfpA-negativa ''E. coli'' om dessa begränsas till vissa serotyper (se '''tabell 18'''). Om ial-positivt isolat ej jäser som ''Shigella'', kan EIEC misstänkas. | + | PCR-positiva isolat karakteriseras med API 20E. Om biokemin är typisk för ''E. coli'' anses isolatet identifierat som ETEC (''eltB''/''estA'') eller EPEC (''eae''/''bfpA''). EPEC kan också utgöras av ''eae''-positiva, ''bfpA''-negativa ''E. coli'' om dessa begränsas till vissa serotyper (se '''tabell 18'''). Om ''ial''-positivt isolat ej jäser som ''Shigella'', kan EIEC misstänkas. |
| Rad 41: | Rad 44: | ||
[[Fil:Fecestabell17, 18.jpg|center|]] | [[Fil:Fecestabell17, 18.jpg|center|]] | ||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
=== Alternativ diagnostik === | === Alternativ diagnostik === | ||
| − | Screening och/eller isolering kan utföras med ”kolonihybridisering” med eae-, ial-, eltB- eller estA-probe. Då används radioaktiv DNA-probe (Se Målgen tabell 17) eller antikropp mot t.ex. toxin eller pili. Material slammas från | + | Screening och/eller isolering kan utföras med ”kolonihybridisering” med eae-, ial-, eltB- eller estA-probe. Då används radioaktiv DNA-probe (Se Målgen tabell 17) eller antikropp mot t.ex. toxin eller pili. Material slammas från primärstryket i PBS, späds och sprids på MAC/SMAC med en täthet av 100-1000 CFU/platta. |
Screening kan också ske i bakteriesuspension med ELISA. Ovanstående metoder har dock högre detektionsgräns än PCR men identifierar åtminstone en klon av ETEC som ST-PCR missar. Användning av ”kolonihybridisering” innebär också att man vid positivt prov nästan alltid erhåller ett isolat. Isoleringssteget vid PCR-positiva prov kan underlättas med IMS, som finns tillgängligt för ett begränsat antal EPEC/EHEC-serotyper från Dynal Biotech. | Screening kan också ske i bakteriesuspension med ELISA. Ovanstående metoder har dock högre detektionsgräns än PCR men identifierar åtminstone en klon av ETEC som ST-PCR missar. Användning av ”kolonihybridisering” innebär också att man vid positivt prov nästan alltid erhåller ett isolat. Isoleringssteget vid PCR-positiva prov kan underlättas med IMS, som finns tillgängligt för ett begränsat antal EPEC/EHEC-serotyper från Dynal Biotech. | ||
| Rad 88: | Rad 62: | ||
=== Epidemiologisk typning === | === Epidemiologisk typning === | ||
| − | + | Folkhälsomyndigheten utför vid utbrott epidemiologisk typning av tarmpatogena ''E. coli'' med PFGE och serotypning. | |
| − | |||
=== Kvalitetskontroll === | === Kvalitetskontroll === | ||
| − | Referensstammar se [[ | + | Referensstammar se '''tabell 17'''. |
| + | [[Kategori:Laboratoriediagnostik-Infektioner i mage och tarm]] | ||
Nuvarande version från 13 januari 2014 kl. 12.10
Till huvudartikeln Diarréframkallande Escherichia coli
Laboratoriediagnostik av diarréframkallande Escherichia coli[redigera]
Allmänt[redigera]
Då selektiva medier för patogena E. coli saknas och andelen av den totala floran i ett fecesprov ofta är mycket låg ställs speciella krav på diagnostiken, vilken bör innehålla tre steg: 1) screening med en känslighet av en bakterie mot en bakgrund av minst andra bakterier; 2) isolering och 3) verifiering. Ett alternativ till screening är att för varje prov testa minst 10 kolonier från primärodlingen vilket dock medför en högre detektionsgräns. Diagnostik av patogena E. coli baseras lämpligast på identifiering av virulensfaktorer eller andra egenskaper specifika för respektive kategori och ej med serologisk O-typning som tidigare var mycket vanlig. O-typning är att betrakta som en epidemiologisk metod men kan ibland komplettera övriga analysresultat som en klonal markör då kunskap om ytterligare virulensegenskaper saknas. Dock kan O-antikroppar bundna till magnetiska kulor användas vid anriknings- och/eller isoleringssteg.
Undersökning av EAggEC är idag att betrakta som specialdiagnostik för FoU. Därför anges ingen referensmetod i detta avsnitt.
Referensmetodik[redigera]
Referenssubstrat[redigera]
- MacConkey-agar (MAC, se kapitel 1.1.15), rekommenderas för primärodling av fecesprov. Om analysen omfattar samtliga diarréframkallande E. coli, inklusive EHEC rekommenderas i stället användning av sorbitol-MacConkey (SMAC, se Bilaga 1. Bakteriologiska referenssubstrat), dock ej CT-SMAC.
- Buffrat peptonvatten (BPV) används vid preanrikning. Bilaga 1. Bakteriologiska referenssubstrat.
Primär utodling[redigera]
Provet stryks på MacConkey-agar (MAC) eller sorbitol-Mac¬Conkey (SMAC) agar. Sekundär- och tertiärstryk görs med ögla. Plattan inkuberas över natt vid 36 °C - 38 °C och sparas därefter i kyl. Vid mycket små provmängder eller dålig växt på primärplatta odlas provet i BPV vid 42 °C i 24 tim. Detta material används direkt för PCR-screening, respektive utodling på MAC/SMAC.
PCR-screening[redigera]
Målgener enligt tabell 17 påvisas med PCR på primärkultur eller enskilda kolonier. Metodbeskrivning ”Diarréframkallande Escherichia coli och shigatoxigena Enterobacteriaceae - påvisning med PCR”, som tillämpas vid Folkhälsomyndigheten bifogas som exempel (Bilaga 3. PCR-diagnostik av diarréframkallande E coli och EHEC).
Isolering från PCR-positiva prov[redigera]
Cirka 10 kolonier, med morfologi som E. coli, plockas och testas med PCR. Vid negativt resultat testas ett flertal pooler bestående av minst 10 kolonier vardera. Sammanlagt minst 100 kolonier bör ha testats innan isoleringsförsök avbryts. De ingående isolaten i positiva pooler testas sedan separat.
Identifiering och minimikriterier[redigera]
PCR-positiva isolat karakteriseras med API 20E. Om biokemin är typisk för E. coli anses isolatet identifierat som ETEC (eltB/estA) eller EPEC (eae/bfpA). EPEC kan också utgöras av eae-positiva, bfpA-negativa E. coli om dessa begränsas till vissa serotyper (se tabell 18). Om ial-positivt isolat ej jäser som Shigella, kan EIEC misstänkas.
Alternativ diagnostik[redigera]
Screening och/eller isolering kan utföras med ”kolonihybridisering” med eae-, ial-, eltB- eller estA-probe. Då används radioaktiv DNA-probe (Se Målgen tabell 17) eller antikropp mot t.ex. toxin eller pili. Material slammas från primärstryket i PBS, späds och sprids på MAC/SMAC med en täthet av 100-1000 CFU/platta.
Screening kan också ske i bakteriesuspension med ELISA. Ovanstående metoder har dock högre detektionsgräns än PCR men identifierar åtminstone en klon av ETEC som ST-PCR missar. Användning av ”kolonihybridisering” innebär också att man vid positivt prov nästan alltid erhåller ett isolat. Isoleringssteget vid PCR-positiva prov kan underlättas med IMS, som finns tillgängligt för ett begränsat antal EPEC/EHEC-serotyper från Dynal Biotech.
- Verifikationssteget kan utföras med en rad alternativa metoder
- ETEC kan verifieras med DNA-probe GM1-gangliosid ELISA (LT), ELISA (ST) och Y1-adrenalcelltest (LT).
- EPEC- och EAggEC-diagnostiken verifieras med DNA-probe alternativt av adhesionsmönstret på Hep2- eller Hela-celler.
- EIEC verifieras med Serény test.
Epidemiologisk typning[redigera]
Folkhälsomyndigheten utför vid utbrott epidemiologisk typning av tarmpatogena E. coli med PFGE och serotypning.
Kvalitetskontroll[redigera]
Referensstammar se tabell 17.