KvalitetssÀkring-diagnostik mage, tarm

Hoppa till: navigering, sök

Till innehÄllsförteckningen för Referensmetodik: Tarminfektioner, 2:a upplagan 2002


KvalitetssÀkring vid diagnostik av infektioner i mage och tarm

Bakgrund och syfte

Den bakteriologiska odlingsdiagnostikens möjlighet att pÄvisa bakterier Àr bland annat beroende av koncentrationen mÄlbakterier i feces, deras viabilitet och odlingsmetodens prestanda (d.v.s. transporttider, förvaring, odlingsmediernas beskaffenhet, personalens kompetens och erfarenhet etc.). Sannolikt har laboratorierna efterstrÀvat bÀsta möjliga kÀnslighet men p.g.a. lokala omstÀndigheter uppnÄtt olika slutresultat.

KvalitetssĂ€kring av fecesdiagnostiken omfattas av det allmĂ€nna mĂ„let jĂ€mförbarhet mellan laboratorier och över tid vid det egna laboratoriet. För att uppnĂ„ detta bör anvĂ€nd odlingsmetodik harmonieras mot en referensmetodik kring vilken konsensus skapats. Metodiken skall sedan, Ă€ven om referensmetodiken i detalj följs, fortlöpande kontrolleras och sĂ€ttas i relation till prestanda som uppnĂ„s pĂ„ andra laboratorier. För detta Ă€ndamĂ„l Ă€r det önskvĂ€rt att som komplement till befintliga kontrollprogram tillskapa ett nationellt accepterat kontroll/referensmaterial bestĂ„ende av utvalda referensstammar och paneler. Detta bör designas för fördjupad granskning av metodikens kvalitativa komponent d.v.s förmĂ„gan att utifrĂ„n ett spĂ„rbart kontrollmaterial identifiera isolerad mikroorganism och den kvantitativa komponenten d.v.s förmĂ„gan att utifrĂ„n ett spĂ„rbart kontrollmaterial isolera viss mikroorganism i den koncentration som överenskommits som grĂ€nsvĂ€rde (kalibreringsnivĂ„). Den utskickade panelen Ă„r 2002 har arbetsgruppen för diagnostik av infektioner i mag-tarmkanaler tĂ€nkt utgöra första ”byggstenen” i ett sĂ„dant material. VĂ€sterĂ„slaboratoriet har Ă„tagit sig att tillhandahĂ„lla panelen och att framöver utvidga materialet till att omfatta olika Salmonella/Shigella/Yersinia-paneler nĂ€r resurserna sĂ„ tillĂ„ter.

Koncentrationen av mÄlbakterier i feces

Vid akut enterit Àr exempelvis koncentrationen av Salmonella species mellan 10^5-10^1^0 bakterier per gram feces. I konvalescentstadiet sjunker koncentrationen till ca 10^4 bakterier per gram. Klarar aktuell föreslagen referensmetodik att pÄvisa denna lÀgre bakteriekoncentration?

Studier vid Centrallasarettet i VĂ€sterĂ„s avseende teoretisk nedre kĂ€nslighetsgrĂ€ns ger vid handen att pinnstryk enligt referensmetoden ger möjlighet att analysera ca 2 mg feces och anrikning i Rappaportbuljong ca 30 mg feces. Om koncentrationen vid bĂ€rarskap Ă€r 10^4 mĂ„lbakterier/gram feces innebĂ€r det att man med referensmetoden stryker ut ca 20 av dessa pĂ„ plattan. I bĂ€sta fall vĂ€xer 10 av dem ut om growth index (GI) Ă€r 50 %. Samtidigt anrikas teoretiskt 250-300 bakterier i buljongen vilket Ă€r tillrĂ€ckligt för att klara Ă€ven svĂ„rodlade stammar som S. Senftenberg (se Bilaga 2. Bakteriologiska referensmaterial ).

Den teoretiskt lÀgsta kÀnslighetsgrÀnsen vid primÀrodling för Shigella species kan pÄ samma sÀtt uppskattas till 10^3 bakterier/gram feces vid anvÀndning av föreslagen referensmetodik. Liknande nedre detektionsnivÄer berÀknar man för Campylobacter species, Yersinia species och sannolikt Àven för EHEC.

Substratens beskaffenhet

KĂ€nsligheten Ă€r ocksĂ„ beroende av substratens egenskaper. Vid en omfattande svensk substratgenomgĂ„ng (Thore, SMI-tryck 127-1999) noterades skillnader mellan olika fabrikats förmĂ„ga att understödja vĂ€xt av mĂ„lbakterier. DĂ€rtill kan förekomma smĂ€rre skillnader mellan olika tillverkningsloter (batcher) av samma fabrikat, de senare sannolikt större ju mindre vĂ€ldefinierat substratet Ă€r. Vidare skiljer sig substraten i förmĂ„ga att undertrycka vĂ€xt av icke mĂ„lbakterier vilket pĂ„verkar sensitiviteten speciellt vid lĂ„ga koncentrationer av mĂ„lbakterier. Det skall noteras att upp till 60 % av odlingar pĂ„ DC-agar uppvisar konfluerande vĂ€xt av tarmflora i primĂ€rstryket. Det Ă€r alltsĂ„ av största vikt att vara noggrann vid utodlingen sĂ„ att fria kolonier erhĂ„lls i sekundĂ€r och tertiĂ€rstryk. Vid det enskilda laboratoriet Ă€r sedan variationer i den fortlöpande tillverkningen oundviklig.


Identifiering

Stor vikt bör lÀggas vid korrekta kriterier för identifiering, inte minst med hÀnvisning till att ett flertal diarréassocierade infektioner regleras genom smittskyddslagen.


EQAS

  • 1. Bakterier: För att beskriva aktuella prestanda för fecesodling har externa provpaneler sĂ€nts ut frĂ„n SMI till de kliniskt bakteriologiska laboratorierna i landet. MĂ„lbakterier av olika typ och i flera koncentrationer blandades med en konstant mĂ€ngd kontaminerande flora bestĂ„ende av Citrobacter braakii, E. coli, Proteus mirabilis och Enterococcus hirae sammanlagt motsvarande ca 10^5 CFU/mL i suspenderat frystorkat material. De flesta laboratorier klarade ca 10^4 CFU/mL av lĂ€ttodlad Salmonella vid primĂ€rodling (se Bilaga 2.3).

Vid tvÄ olika utskick frÄn SMI med Shigella sonnei och Shigella flexneri kunde 18 av 23 resp. 20 av 29 laboratorier hitta Shigella i koncentrationen 2x10^3 bakterier per mL.

  • 2. Virala agens: Externa provpaneler preparerade vid SMI avseende diagnostik av rotavirus har regelbundet sedan 1998 sĂ€nts ut genom EQUALIS till de mikrobiologiska laboratorier som erbjuder rotavirus-diagnostik. Provpanelerna har före utskick analyserats med elektronmikroskopi, in-house ELISA för antigendetektion samt gruppspecifik PCR. Provpanelerna har bestĂ„r av provmaterial innehĂ„llande rikligt och sparsamt med rotavirus. Samtliga prover har dock innehĂ„llit minst 10^6 viruspartiklar/mL fecessuspension som Ă€r detektionsgrĂ€nsen för elektronmikroskopi. Provpanelresultaten har inneburit att vissa kommersiella tester under Ă„ren bytts ut. Vid konsensusmöte för virala agens framkom önskemĂ„l om paneler för övriga virus som adenovirus, astrovirus och calicivirus som orsakar diarrĂ© för att underlĂ€tta kvalitetssĂ€kringsarbetet vid de enskilda laboratorierna.

Analytiska kvalitetsmÄl

KvalitetssÀkringens syfte Àr att göra resultat mellan olika laboratorier jÀmförbara och att Ästadkomma jÀmförbarhet över tid vid det egna laboratoriet. För att uppnÄ detta krÀvs metodharmonisering omfattande referensmetodik för instÀllning och kontrollmaterial för kalibrering och spÄrbarhet.

Medicintekniska produkter för in vitro-diagnostik skall enligt SOSFS 1999:24 ”uppnĂ„ de prestanda som tillverkaren angett, i synnerhet, nĂ€r det Ă€r tillĂ€mpligt i frĂ„ga om analytisk och diagnostisk sensitivitet, noggrannhet, repeterbarhet och reproducerbarhet --- samt grĂ€nser för pĂ„visbarhet.”

Kvalitetskontrollen bör vid diagnostik av tarmpatogener omfatta bÄde material som bevakar ett överenskommet grÀnsvÀrde för pÄvisande -kalibreringsnivÄ- och garanterar minimikriterier för identifiering och i förekommande fall resistensbestÀmning.

GrĂ€nsvĂ€rde Ă€r en term som bör skiljas frĂ„n detektionsgrĂ€ns, som innebĂ€r det minsta vĂ€rde som kan mĂ€tas med acceptabel riktighet och precision under optimala tekniska betingelser (NCCLS). GrĂ€nsvĂ€rden Ă€r beslutsvĂ€rden. Ett grĂ€nsvĂ€rde kan som i detta fall utgöra kalibreringsnivĂ„ för vad som Ă€r acceptabelt och inte acceptabelt vid pĂ„visande av bakterienĂ€rvaro. Det kan dĂ„ bestĂ€mmas av de kĂ€nslighetsgrĂ€nser deltagande laboratorier redovisat i explorativa EQAS-paneler eller av den koncentration som en viss andel av medverkande laboratorier klarat att pĂ„visa. Ett grĂ€nsvĂ€rde kan ocksĂ„ skilja mellan ”positivt” och ”negativt” utfall som vid serologiska test – cut-off.

GĂ€ngse kvalitetskontroll inskrĂ€nker sig i allmĂ€nhet till specificitetsdelen d.v.s. förmĂ„gan att rĂ€tt identifiera en isolerad mikroorganism. Med denna inskrĂ€nkning relaterar kvalitetskontrollen till begreppet ”kvalitativ” och med resultatet angivet som en observation. Bearbetningen sker efter nominalskalan (scale with a set of possible values for a given kind-of property that are each a word or symbol without relation to magnitude. Example Blood group).

HÀrvid bortser man frÄn att koncentrationen tarmpatogener varierar i feces och ibland faller under odlingens kÀnslighetsgrÀns. Kvalitetskontrollen bör dÀrför ocksÄ omfatta en kvantitativ komponent i första hand enligt ordinalskalan (scale with an ordered set of possible values for a given kind-of-property that are each a word or symbol used for ranking according to magnitude but where differences or ratios between values have no arithmetic meaning). Andra skalor med aritmetiskt samband mellan mÀtvÀrden Àr inte tillÀmpbara.


Metodkalibrering

Det Àr inte möjligt att ange en kÀnslighetsgrÀns (detektionsgrÀns) som Àr giltig för alla typer av Salmonella species (och andra typer av tarmpatogener) och som samtidigt Àr biologiskt relevant i olika medicinska situationer. DÀremot gÄr det att ange ett grÀnsvÀrde relaterat till ett spÄrbart och definierat kontrollmaterial avsett för nationell diagnostisk harmonisering och metodkalibrering. SÀrskilt vÀrde skulle ett sÄdant kontrollmaterial ha vid utprövning eller kvalitetskontroll av odlingsmedier.

Med utgÄngspunkt frÄn teoretiska berÀkningar och erfarenheter frÄn hittills utsÀnda paneler antog konsensusmötet att försöksvis definiera gemensamma grÀnsvÀrden för kalibrering av salmonellaodling genom ett suspenderat frystorkat kontrollmaterial. Med ökad erfarenhet av reproducerbarhet och acceptans kunde kontrollmaterialet etableras som ett referensmaterial. Laboratoriet för klinisk mikrobiologi vid Centrallasarettet i VÀsterÄs har Ätagit sig att tills vidare tillhandahÄlla kontrollmaterial för Salmonella species. Samma nivÄ borde kunna anvÀndas för Salmonella species, Shigella species, Yersinia species och Campylobacter species med avsikt att framöver, nÀr resurserna sÄ tillÄter, utvidga materialet till att omfatta flera tarmpatogener. Arbetsgruppen har för ÀndamÄlet försökt anvisa ett adekvat urval av referensstammar och referenssera för intern kontroll (Bilaga 2. Bakteriologiska referensmaterial).