Diagnostik av grampositiva, katalasnegativa kocker ("alfa-streptokocker")

Hoppa till: navigering, sök

Artikel publicerad oktober 2012, reviderad januari 2013. Faktagranskad


Till innehÄllsförteckningen för Referensmetodik: Bakteriologisk diagnostik av infektioner i hud, mjukdelar, skelett och inre organ


Diagnostik av grampositiva, katalasnegativa kocker ("alfa-streptokocker")

SmittÀmnen

Med alfa-streptokocker (engelska viridans-streptococci) avses ett antal olika arter av aeroba/fakultativt anaeroba grampositiva katalasnegativa kocker med liknande fenotypiska egenskaper som sammanförts till en grupp mer av praktiska Àn strikt taxonomiska skÀl. De vÀxer pÄ blodagar med kolonier med varierande (beta, alfa eller ingen) hemolys, de flesta med alfahemolys.

Alfa-streptokocker Àr generellt lÄgvirulenta och hör i flera fall till normal human normal mikroflora. De kan ÀndÄ orsaka infektioner i första hand hos immunsupprimerade, efter lÄngvarig antibiotikaterapi eller vid nÀrvaro av frÀmmande kropp. MÄnga av bakterierna orsakar endokardit, men de förekommer ocksÄ vid andra tillstÄnd som exempelvis abscesser, sÄrinfektioner, meningit, luftvÀgsinfektioner (Gemella), ögoninfektioner (Granulitacella /Abiotrophia) och urinvÀgsinfektioner (Aerococcus).

Alfa-streptokocker inom genus Streptococcus

  • Streptococcus anginosus –gruppen: S. anginosus, S. constellatus, S. intermedius. Dessa tre species inkluderar S. milleri som inte lĂ€ngre utgör en taxonomisk enhet. Hör till normal flora i munhĂ„la, GI-kanalen, genitalia och hud. Associerade med abcesser i hjĂ€rna, farynx, sinus maxillaris, bukhĂ„la och lever samt vid pleuraempyem. S. constellatus kan ge faryngit.
  • Streptococcus mitis –gruppen: S. mitis, S. sanguinis, S. parasanguinis, S.gordonii, S. cristacus, S. oralis, S. infantis, S. peroris, S. pneumoniae med flera. Ibland betraktas S. sanguinis som en egen grupp, men strikt enligt 16sRNA-analyser kan den inkorporeras i S. mitis-gruppen. De hör till normal flora i munhĂ„la, GI-kanalen, kvinnliga genitalia och hud. Ofta förorening (utom S. pneumoniae) vid blododling, men vanligaste fynd vid endokardit pĂ„ nativa klaffar. Kan ge livshotande sepsis hos immunsupprimerade vid kemoterapi.
  • Streptococcus salivarius –gruppen: S. salivarius, S. vestibularis, S. thermophilus. Fynd vanligen frĂ„n munhĂ„lan exempelvis vid tandborstning. Kan ge endokardit, meningit. Kan ibland vara associerad med koloncancer.
  • Streptococcus mutans –gruppen: S. mutans, S. sobrinus, S. criceti, S. ratti med flera. De tvĂ„ första arterna Ă„terfinns i human munflora. Huvudetiologisk faktor vid dental karies. Vanligt fynd vid bakteriemi.
  • Streptococcus bovis –gruppen: S. equinus, S. gallolyticus, , S. infantarius, S. alactolyticus. Alltid relevanta fynd i blododling. Vanligaste orsak till endokardit orsakad av alfastreptokocker. Kan ocksĂ„ orsaka meningit (S. gallolyticus ss pasteurianus). Associerad med koloncancer (S gallolyticus ssgallolyticus/ss pasteurianus ) och cancer i gallvĂ€gar/pancreas samt kolangit (S infantarius).

Övriga alfa-streptokocker

  • Aerococcus species Ă€r nĂ€rbeslĂ€ktade med enterokocker. De finns i miljön, men kan ocksĂ„ isoleras frĂ„n human hudflora. A. urinae och A.sanguinicola förekommer vid urinvĂ€gsinfektion, septikemi, endokardit och meningit. A. viridans förekommer vid urinvĂ€gsinfektioner om predisponerande faktorer finns. Har isolerats vid endokardit.
  • Gemella species Ă€r aerotoleranta grampositiva kocker. G. morbillorum (tidigare Streptococcus morbillorum) kan isoleras frĂ„n normalfloran i övre luftvĂ€garna och genitalia. Bakterien Ă€r sĂ€llan orsak till humana infektioner, men har rapporterats bland annat frĂ„n fall av artrit, osteomyelit och enstaka fall endokardit . Predisponerande faktorer för endokardit med G. morbillorum Ă€r dĂ„lig tandhygien, tandmanipulationer, bukkirurgi, inflammatorisk tarmsjukdom och kolonmaligniteter. G. haemolysans kan vara involverad i infektiösa exacerbationer hos CF-patienter, meningit, hjĂ€rnabscess, ögoninfektioner.
  • Abiotrophia/ Granulitacella: A. defectiva Ă€r grampositiva kocker som ingĂ„r i mĂ€nniskans normalflora i munhĂ„la och pĂ„ huden. Bakterien kan i sĂ€llsynta fall ge endokardit. G. adiacens (tidigare A. adiacens) Ă€r grampositiva kocker som ingĂ„r i den normala urogenital- och gastrointestinala floran. Omkring 5 % av infektiösa endokarditer hos vuxna utan tidigare proteskirurgi orsakas av Granulitacella eller Abiotrophia. Bakterierna orsakar ocksĂ„ infektioner i öga som keratit. Glaskroppsinfektioner med bakterierna har beskrivits efter starroperationer.
  • Lactococcus species Ă€r grampositiva kocker nĂ€rbeslĂ€ktade med streptokocker och enterokocker. De Ă€r typiska mjölksyra-bakterier, varvid mjölksyra produceras som enda syraprodukt vid glukosfermentation. Denna egenskap anvĂ€nds industriellt för syrsĂ€ttning av mjölkprodukter. Kan ibland upptrĂ€da som kontaminanter i kliniska prov. Enstaka blododlingsfynd frĂ„n patienter med endokardit i konstgjorda hjĂ€rtklaffar finns rapporterade. Bakterierna förvĂ€xlas ofta med enterokocker.
  • Vagococcus, rörliga kocker nĂ€rstĂ„ende laktokocker. Orsakar sĂ€llan infektioner, men har isolerats frĂ„n blod, sĂ„r och peritonealvĂ€tska.
  • Genus Leuconostoc Ă€r grampositiva fakultativt anaeroba kocker som tillhör normalfloran i magtarmkanalen och huden. Kan industriellt anvĂ€ndas för jĂ€sning av surkĂ„l. Enstaka fall av endokardit finns rapporterade liksom fynd frĂ„n dialysat, likvor och sĂ„r. L. mesenteroides har orsakat nosokomiala utbrott. Förekommer vid neonatal bakteriemi, sĂ„rinfektioner, hjĂ€rnabscesser och osteomyelit.
  • Genus Weissella (rörliga grampositiva kocker) rĂ€knas ocksĂ„ till familjen Leuconostaceae. De förekommer frĂ€mst pĂ„ grönsaker. De har i enstaka fall associerats med endokardit.
  • Pediococcus species Ă€r fakultativt anaeroba grampositiva kocker som kan kolonisera grönsaker och andra matvaror. De hör till de mjölksyraproducerande bakterierna som anvĂ€nds industriellt vid produktion av surkĂ„l, men de Ă€r ocksĂ„ kĂ€nda för att förstöra bryggerijĂ€st. De har isolerats frĂ„n fall av sepsis och leverabscess hos immunsupprimerade.
  • Genus Dolosigranulum associeras med infektioner i ögon, luftvĂ€gar, nosokomial pneumoni, synoviter och pankreatit.
  • Globicatella, Facklamia, Ignavigranum, Dolosicoccus Ă€r nĂ€rbeslĂ€ktade bakterier som har isolerats frĂ„n humana infektioner som UVI, meningit, blod, sĂ„r och korioamnionit.
  • Helcococcus finns i human hudflora. Har isolerats i blandfloror i samband med sĂ„rinfektioner. Kan förekomma i abscesser.


Provtagning och transport

Provtagningen görs enligt angivna principer för respektive provtyp. Pinnprov transporteras i angivet transportmedium.

Laboratoriediagnostik

AllmÀnt

Alfa-streptokocker vÀxer generellt vid aerob- eller CO2-inkubering pÄ traditionella fasta substrat som blod-agar och hematinagar. Selektiva medier som Thayer-Martin-agar kan anvÀndas för identifiering av de vankomycinresistenta arterna.

ArtbestÀmning inom gruppen alfa-streptokocker Àr notoriskt vansklig med gÀngse fenotypiska metoder och referensmetodik kan inte anges. AmbitionsnivÄn för identifiering alfa-streptokocker inom genus Streptococcus Àr dÀrför fenotypisk allokering till gruppnivÄ i kliniskt relevanta situationer som exempelvis fynd i flera blododlingsflaskor och vid upprepad provtagning. Nyare metodik som Maldi-Tof (liksom vissa andra kommersiella brickor) föreslÄr visserligen diagnoser pÄ artnivÄ, men det saknas Ànnu tillrÀcklig erfarenhet för att ange specificitetsnivÄ för artdiagnostiken av alfastreptokocker inom genus Streptococcus oavsett fenotypisk metod. Angivande av art i svaret rekommenderas dÀrför inte. För övriga genus inom gruppen alfa-streptokocker bör fynden i relevanta fall, exempelvis vid fynd i blododlingar, om möjligt karakteriseras till genus-nivÄ.

För diagnostiken kan diagnostiska tabletter anvÀndas (exempelvis Diatabs, ROSCO Diagnostika) och kommersiella brickor som API 20 strep, rapid ID strep eller Vitek2 kan vara stöd. Specificiteten av föreslagna diagnoser vid bruk av kommersiella brickor Àr oklar. Ofta föreslÄr dock systemen additiva tester. De mikrobiologiska Maldi-Tof-systemen har databasuppgifter för bakterierna, och enligt Christensen och medarbetare (2012) kan utrustning med leverantörberoende databas korrekt identifiera Ätminstone till genusnivÄ ett antal isolat av de grampositiva katalasnegativa kockerna som beskrivs i denna artikel. I dagslÀget torde dock 16S rRNA-sekvensering vara sÀkrare Àn fenotypiska metoder för artidentifiering. Kommersiella kit finns tillgÀngliga för detta ÀndamÄl.

Det torde vara vÀrdefullt att testa referensstammar (ett antal föreslÄs nedan under rubrik Referensstammar) enligt Tabell 1 för verifiering/kvalitetssÀkring av egen metodik, inklusive Maldi-Tof.

ResistensbestÀmning som inkluderar vankomycin bör alltid utföras.

PrimÀr klassificering

1Pneumokocker kan vara PYR-positiva 2 Vidare karakterisering enligt gÀngse metodik 3Enterokocker kan vara vanko-R 4GÀller enbart Pediococcus

Identifiering och alfa-streptokocker inom genus Streptococcus

Alfa-streptokocker inom genus Streptococcus kan bestÀmmas till gruppbehörighet med anvÀndande av ett schema för fenotypning (reviderat efter Manual of Clinical Microbiology, 10th Edition och Facklam R, 2012).


1 Pneumokocker kan vara PYR-positiva. 2 S sanguinus rĂ€knas ibland i litteraturen som en egen grupp. 3 Variabel reaktion 4S. anginosus-gruppens bakterier utmĂ€rker sig genom sitt vĂ€xtsĂ€tt med smĂ„ (pinpoint) kolonier. SĂ€rskilt S. constellatus Ă€r beta-hemolytisk pĂ„ blodagar men Ă€r till skillnad frĂ„n andra beta-hemolytiska streptokocker VP-positiva. Övriga arter inom gruppen Ă€r oftast alfa- eller gamma-hemolytiska.

Se för övrigt Maldi-Tof#Enterokocker och streptokocker

Identifiering av övriga alfa-streptokocker

Bakterier inom denna grupp kan identifieras till genusnivÄ enligt tillÀggstester presenterade i Tabell 1. Nedan beskrivs vissa ytterligare karakteristika för dessa bakterier

  • Gemella: G. morbillorum/haemolysans vĂ€xer bĂ€st aerobt. PĂ„ blodagar med pinpoint eller smĂ„ kolonier inom 48 timmar, med alfa-eller ingen hemolys. I gramfĂ€rgade preparat framtrĂ€der bakterierna som gramlabila, ibland enbart som gramnegativa elongerade kocker liggande enskilt, i par eller i korta kedjor.
  • Abiotrophia/ Granulitacella: Bakterierna vĂ€xer svagt pĂ„ blodagar. I gramfĂ€rgade preparat framtrĂ€der bakterierna som diplokocker eller i korta kedjor, kockobacillĂ€ra eller rent bacillĂ€ra former med sporlika ansvĂ€llningar förekommer.
  • Lactococcus species: Bakterierna förvĂ€xlas ofta med enterokocker men vĂ€xer till skillnad frĂ„n enterokocker inte vid 43o C.
  • Aerococcus species: A. viridans, A. urinae och A. sanguinicola vĂ€xer med alfa-hemolys pĂ„ blodagar och framtrĂ€der i gramfĂ€rgade preparat som en grampositiv kock i par, tetrad eller kluster.
  • Genus Leuconostoc Ă€r katalasnegativa bakterier som i gramfĂ€rgat preparat framtrĂ€der som ovoida kocker.
  • Weissella: Bakteriernas morfologi varierar frĂ„n sfĂ€riska/linsformiga till oregelbundna stavar.
  • Pediococcus Ă€r vankomycinresistenta. Organismerna kan förvĂ€xlas med stafylokocker och vĂ€xer som dessa i tetradstĂ€llning. Liksom enterokocker agglutinerar de Lancefields grupp-D-antigen.
  • Helcococcus VĂ€xer med grĂ„a kolonier med svag alfa-hemolys.

Referensstammar

Samtliga referensstammar nedan har testats (mikrobiologiskt laboratorium, VÀsterÄs) med förvÀntade resultat enligt fenotypisk diagnostisk metodik angiven i Tabell 1 och 2.

  • Streptococcus anginosus –gruppen: CCUG 52051 (S. anginosus-komlexet)
  • Streptococcus mitis –gruppen: CCUG 57422 (S. mitis-komplexet)
  • Streptococcus sanguinis CCUG 50604
  • Streptococcus salivarius –gruppen: CCUG 61241 (S. salivarius)
  • Streptococcus mutans –gruppen: CCUG 56427 (S. mutans)
  • Streptococcus bovis –gruppen: CCUG 46101 (S. gallolyticus)
  • Gemella morbillorum: CCUG 59637
  • Abiotrophia defectiva: CCUG 57749
  • Granulitacella adiacens: CCUG 61305
  • Lactococcus lactis: CCUG 59643
  • Aerococcus. viridans: CCUG 48207
  • Aerococcus urinae: CCUG 61823
  • Aerococcus sanguinicola: CCUG 61975
  • Leuconostoc mesenteroides CCUG 55138
  • Weissella confusa: CCUG 51220
  • Pediococcus pentosaceus CCUG 49383
  • Dolosigranulum pigrum CCUG 60739
  • Globicatella sulfidifaciens: CCUG 61287
  • Facklamia sourekii: CCUG 61220
  • Ignavigranum ruoffiae: CCUG 42496
  • Dolosicoccus paucivorans: CCUG 41592
  • Helcococcus kunzii: CCUG 61546
  • Vagococcus fluvialis: CCUG 42871

Epidemiologisk typning

Är sĂ€llan aktuellt för bakterier inom gruppen.

Svarsrutiner

Fynd av alfa-streptokocker kan i de flesta fall (UVI, sÄrinfektioner etc.) svaras ut som vÀxt av alfa-streptokocker.

Vankomycinresistenta alfastreptokocker eller motsvarande bör alltid genus/art-bestÀmmas.

Vid vÀxt i blododling i mer en en flaska, i annan normalt steril lokal eller vid upprepade fynd i exempelvis urinodling bör alfastreptokocker svaras ut med angivande av grupptillhörighet (genus Streptococcus) eller till genus-artnivÄ.

LaboratorieanmÀlan

Fynd av alfa-streptokocker (gÀller inte S. pneumoniae) eller övriga bakterier som beskrivs i denna artikel Àr inte anmÀlningspliktiga enligt smittskyddslagen.

Referensfunktioner

Ej beslutade

Författare och faktagranskare

  • Magnus Thore, SMI
  • Berndt Claesson, Skövde

Referenser

  • Facklam, R. What happened to the streptococci: overview of taxonomic and nomenclature changes: Clin Microbiol Rev. 2002;15:613-630.
  • Manual of Clinical Microbiology, 10th Edition. Eds. Versalovic och andra. ASM Press. 2011. Kapitel 20 och 22.
  • Saleem, T., et al. Gemella Morbillorum Endocarditis in a Patient with a Bicuspid Aortic Valve. Hellenic J Cardiol 2010; 51: 183-186
  • Christensen, J.J., and Facklam, R.R. Granulicatella and Abiotrophia Species from Human Clinical Specimens. J Clin Microbiol. 2001; 39(10): 3520–3523
  • Koneman's Color Atlas and Textbook of Diagnostic Microbiology. Av Washington C. Winn,Elmer W. Koneman (Laktokocker)
  • Zhang,Q., et al Aerococcus urinae in Urinary Tract Infections. J Clin Microbiol. 2000l; 38(4): 1703–1705.
  • Bou G, Saleta JL, SĂĄez Nieto JA, TomĂĄs M, Valdezate S, Sousa D, et al. Nosocomial outbreaks caused by Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides. Emerg Infect Dis [serial on the Internet]. 2008 Available from

http://wwwnc.cdc.gov/eid/article/14/6/07-0581.htm

  • Flaherty, J.D., et al. Fatal Case of Endocarditis Due to Weissella confusa. J Clin Microbiol. 2003; 41(5): 2237–2239.
  • Cattoir V, Kobal A, Legrand P Aerococcus urinae and Aerococcus sanguinicola, two frequently misidentified uropathogens. Scand J Infect Dis. 2010 Oct;42(10):775-80.
  • Shelton-Dodge K et al Clinical significance and antimicrobial susceptibilities of Aerococcus sanguinicola and Aerococcus urinae. Diagn Microbiol Infect Dis. 2011 Aug;70(4):448-51.
  • Facklam R, Lovgren M, Shewmaker PL, Tyrrell G. Phenotypic description and antimicrobial susceptibilities of Aerococcus sanguinicola isolates from human clinical samples. J Clin Microbiol. 2003 Jun;41(6):2587-92.
  • J.J. Christensen, R. Dargis, M. Hammer, U.S. Justesen, X.C. Nielsen, M. Kemp (Slagelse, Copenhagen, Odense, DK) MALDI-TOF in the bacteriology lab: MALDI-TOF mass spectrometry analysis of Gram-positive, catalase-negative cocci not belonging to the Streptococcus or Enterococcus genera and benefits of database extension. J Clin Microbiol. 2012 May;50(5):1787-91. Epub 2012 Mar 7. PMID: 22403420 [PubMed - indexed for MEDLINE]